Ontology-based Extraction of Structured Information from Publications on Preclinical Experiments for Spinal Cord Injury Treatments

Paaßen B, Stöckel A, Dickfelder R, et al. Ontology-based Extraction of Structured Information from Publications on Preclinical Experiments for Spinal Cord Injury Treatments. In: Maynard D, Erp van M, Davis B, eds. Third Workshop on Semantic Web and Information Extraction (SWAIE). The 25th International Conference on Computational Linguistics (COLING). Dublin, Ireland; 2014: 25-32.Preclinical research in the field of central nervous system trauma advances at a fast pace, currently yielding over 8,000 new publications per year, at an exponentially growing rate. This amount of published information by far exceeds the capacity of individual scientists to read and understand the relevant literature. So far, no clinical trial has led to therapeutic approaches which achieve functional recovery in human patients. In this paper, we describe a first prototype of an ontology-based information extraction system that automatically extracts relevant preclinical knowledge about spinal cord injury treatments from natural language text by recognizing participating entity classes and linking them to each other. The evaluation on an independent test corpus of manually annotated full text articles shows a macro-average F1 measure of 0.74 with precision 0.68 and recall 0.81 on the task of identifying entities participating in relations

Exploring the diagnostic pathway of symptomatic cancer patients in the Netherlands

Cancer is prevalent disease in the Netherlands with high morbidity and mortality. As prognosis of cancer is highly dependent on disease stage at diagnosis, timely detection is important and widely pursued. For Dutch cancer patients, the duration of the diagnostic pathway including all its different intervals and potential for improvement was not yet explored. With the DICKENS studies, we charted and explored the diagnostic pathway of Dutch cancer patients. Based on the results, we conclude that cancer is generally diagnosed within acceptable time limits; the median duration (half of the patients had a duration equal to or shorter than this value) of the diagnostic interval varied from 7 days for breast cancer to 78 days for kidney cancer and was comparable to or shorter than the median durations in other gatekeeper based health care systems. Because of the central role of the general practitioner (GP) in cancer detection in the Netherlands, we explored for which patients time to referral was relatively long and whether there were preventable delays. The majority of cancer patients (75-90%) was timely referred by the GP. Among patients for whom duration to referral was relatively long (10-25%), this was mainly because of a low cancer suspicion, for example because of a lack of alarm symptoms. Although GPs miss diagnostic opportunities once in a while, reduction of the primary care interval seems hardly possible for the majority of the patients. To reduce time to referral, new diagnostic tests and strategies are needed, enabling the GP to earlier recognize cancer patients despite a low suspicion

Visie Integrale hulp MBO-studenten. Integrale hulp en ondersteuning voor MBO-studenten met psychische problemen in Utrecht

Full text via link. MBO Utrecht Academie Welzijn (niveau 3 en 4) en de Utrechtse buurtteamorganisatie Lokalis willen komen tot een samenhangende aanpak voor MBO-studenten met psychische problemen, gericht op inclusie en het voorkomen van uitval. Hiervoor is allereerst een gezamenlijke visie op de integrale begeleiding en ondersteuning van MBO-studenten met psychische problemen ontwikkeld, met de jongeren en ouders zelf, studieloopbaanbegeleiders en andere MBOmedewerkers, medewerkers van het Buurtteam MBO, en andere externe hulpverleners en betrokkenen. In deze visie worden de verschillende perspectieven (student, onderwijs, hulp en gemeente) in één conceptueel kader verenigd, als gemeenschappelijke basis voor een samenhangende aanpak. De ontwikkelde gezamenlijke visie omvat negen thema's van goede zorg en ondersteuning voor MBO-studenten die zich laten definiëren op basis van twee dimensies: de organisatie van de hulp en ondersteuning die varieert van ‘cultuur’ tot ‘afspraken’, en de actor die de zeggenschap heeft over de hulp en ondersteuning en die varieert van ‘student’ tot ‘school

Influence of lung function on course of disease and response to antibiotic therapy in adult primary care patients with acute cough: a post hoc analysis of patients enrolled in a prospective multicentre study

BACKGROUND: In acute cough patients, impaired lung function as present in chronic lung conditions like asthma and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are often thought to negatively influence course of disease, but clear evidence is lacking.AIMS: To investigate the influence of lung function abnormalities on course of disease and response to antibiotic therapy in primary care patients with acute cough.METHODS: A total of 3,104 patients with acute cough (?28 days) were included in a prospective observational study with a within-nested trial, of which 2,427 underwent spirometry 28-35 days after inclusion. Influence of the lung function abnormalities fixed obstruction (forced expiratory volume in 1?s (FEV1)/forced vital capacity (FVC) ratio <0.7) and bronchodilator responsiveness (FEV1 increase of ?12% or 200?ml after 400??g salbutamol) on symptom severity, duration and worsening were evaluated using uni- and multivariable regression models. Antibiotic use was defined as the reported use of antibiotics ?5 days in the first week. Interaction terms were calculated to investigate modifying effects of lung function on antibiotic effect.RESULTS: The only significant association was the effect of severe airway obstruction on symptom severity on days 2-4 (difference=0.31, 95% confidence interval (CI)=0.03-0.60, P=0.03). No evidence of a differential effect of lung function on the effect of antibiotics was found. Prior use of inhaled steroids was associated with a 30% slower resolution of symptoms rated 'moderately bad' or worse (hazard ratio=0.75, 95% CI=0.63-0.90, P=0.00).CONCLUSIONS: In adult patients with acute cough, lung function abnormalities were neither significantly associated with course of disease nor did they modify the effect of antibiotics

Kan het diagnostisch traject bij kanker sneller?

Inleiding Het is niet bekend hoe lang de verschillende fases van het diagnostisch traject voor kanker in Nederland duren. Dit onderzoek brengt dit voor de vijf meest voorkomende kankersoorten in kaart. Methode Een retrospectief cohortonderzoek in geanonimiseerde huisartsdossiers en de Nederlandse kankerregistratie. De onderzoekers bepaalden de mediane duur van 1) het huisartsinterval (HI); de periode vanaf het eerste kankergerelateerde consult bij de huisarts tot de verwijzing; 2) het verwijzingsinterval (VI): de verwijzing tot de diagnosestelling; 3) het behandelinterval (BI): van de diagnosestelling tot de start van de behandeling; 4) het diagnostisch interval (DI): vanaf het eerste kankergerelateerde consult bij de huisarts tot de diagnosestelling en 5) het zorginterval (ZI): vanaf het eerste kankergerelateerde consult bij de huisarts tot de start van de behandeling. Resultaten Voor 301, 309, 197, 237 en 149 patiënten met respectievelijk borst-, colorectale, long- en prostaatkanker, en melanoom was de mediane duur van HI, VI en DI het kortst voor borstkanker en melanoom (DI 7 en 21 dagen), middellang voor long- en colorectale kanker (DI 49 en 54 dagen) en het langst voor prostaatkanker (DI 137 dagen). Hoewel de duur van de diagnostische intervallen bij alle kankersoorten voor het grootste deel van de patiënten beperkt was, was bij 10 tot 25% van de patiënten de duur opvallend lang. Bij colorectale kanker werd bij stijgende DI-duur steeds meer tijd bij de huisarts gespendeerd. Conclusie De duur van het diagnostisch proces bij kanker lijkt voor het grootste deel van de patiënten weinig ruimte voor substantiële verbetering te geven. Binnen de groep patiënten met de langste diagnostische trajecten (10 tot 25%) zien we echter een sterke toename van de duur. Vooral voor colorectale kanker lijkt het relevant om te onderzoeken hoe de lengte van het huisartsinterval kan worden verkort

Kan het diagnostisch traject bij kanker sneller?

Inleiding Het is niet bekend hoe lang de verschillende fases van het diagnostisch traject voor kanker in Nederland duren. Dit onderzoek brengt dit voor de vijf meest voorkomende kankersoorten in kaart. Methode Een retrospectief cohortonderzoek in geanonimiseerde huisartsdossiers en de Nederlandse kankerregistratie. De onderzoekers bepaalden de mediane duur van 1) het huisartsinterval (HI); de periode vanaf het eerste kankergerelateerde consult bij de huisarts tot de verwijzing; 2) het verwijzingsinterval (VI): de verwijzing tot de diagnosestelling; 3) het behandelinterval (BI): van de diagnosestelling tot de start van de behandeling; 4) het diagnostisch interval (DI): vanaf het eerste kankergerelateerde consult bij de huisarts tot de diagnosestelling en 5) het zorginterval (ZI): vanaf het eerste kankergerelateerde consult bij de huisarts tot de start van de behandeling. Resultaten Voor 301, 309, 197, 237 en 149 patiënten met respectievelijk borst-, colorectale, long- en prostaatkanker, en melanoom was de mediane duur van HI, VI en DI het kortst voor borstkanker en melanoom (DI 7 en 21 dagen), middellang voor long- en colorectale kanker (DI 49 en 54 dagen) en het langst voor prostaatkanker (DI 137 dagen). Hoewel de duur van de diagnostische intervallen bij alle kankersoorten voor het grootste deel van de patiënten beperkt was, was bij 10 tot 25% van de patiënten de duur opvallend lang. Bij colorectale kanker werd bij stijgende DI-duur steeds meer tijd bij de huisarts gespendeerd. Conclusie De duur van het diagnostisch proces bij kanker lijkt voor het grootste deel van de patiënten weinig ruimte voor substantiële verbetering te geven. Binnen de groep patiënten met de langste diagnostische trajecten (10 tot 25%) zien we echter een sterke toename van de duur. Vooral voor colorectale kanker lijkt het relevant om te onderzoeken hoe de lengte van het huisartsinterval kan worden verkort

Visie Integrale hulp MBO-studenten. Integrale hulp en ondersteuning voor MBO-studenten met psychische problemen in Utrecht

Full text via link. MBO Utrecht Academie Welzijn (niveau 3 en 4) en de Utrechtse buurtteamorganisatie Lokalis willen komen tot een samenhangende aanpak voor MBO-studenten met psychische problemen, gericht op inclusie en het voorkomen van uitval. Hiervoor is allereerst een gezamenlijke visie op de integrale begeleiding en ondersteuning van MBO-studenten met psychische problemen ontwikkeld, met de jongeren en ouders zelf, studieloopbaanbegeleiders en andere MBOmedewerkers, medewerkers van het Buurtteam MBO, en andere externe hulpverleners en betrokkenen. In deze visie worden de verschillende perspectieven (student, onderwijs, hulp en gemeente) in één conceptueel kader verenigd, als gemeenschappelijke basis voor een samenhangende aanpak

Sneller verwijzen bij darmkanker

Bij 10 tot 25% van de patiënten met darmkanker duurt het lang voordat de huisarts tot verwijzing overgaat. Dat moet beter, want de ziektelast neemt af wanneer kanker tijdig wordt herkend. Lange duur tot verwijzing kan teruggedrongen worden wanneer huisartsen valkuilen weten te vermijden en nieuwe diagnostische strategieën gaan toepassen