NMR structure and ion channel activity of the p7 protein from hepatitis C virus

The small membrane protein p7 of hepatitis C virus forms oligomers and exhibits ion channel activity essential for virus infectivity. These viroporin features render p7 an attractive target for antiviral drug development. In this study, p7 from strain HCV-J (genotype 1b) was chemically synthesized and purified for ion channel activity measurements and structure analyses. p7 forms cation-selective ion channels in planar lipid bilayers and at the single-channel level by the patch clamp technique. Ion channel activity was shown to be inhibited by hexamethylene amiloride but not by amantadine. Circular dichroism analyses revealed that the structure of p7 is mainly α-helical, irrespective of the membrane mimetic medium (e.g. lysolipids, detergents, or organic solvent/water mixtures). The secondary structure elements of the monomeric form of p7 were determined by 1H and 13C NMR in trifluoroethanol/water mixtures. Molecular dynamics simulations in a model membrane were combined synergistically with structural data obtained from NMR experiments. This approach allowed us to determine the secondary structure elements of p7, which significantly differ from predictions, and to propose a three-dimensional model of the monomeric form of p7 associated with the phospholipid bilayer. These studies revealed the presence of a turn connecting an unexpected N-terminal α-helix to the first transmembrane helix, TM1, and a long cytosolic loop bearing the dibasic motif and connecting TM1 to TM2. These results provide the first detailed experimental structural framework for a better understanding of p7 processing, oligomerization, and ion channel gating mechanism.Instituto de Física La Plat

euHCVdb: the European hepatitis C virus database

The hepatitis C virus (HCV) genome shows remarkable sequence variability, leading to the classification of at least six major genotypes, numerous subtypes and a myriad of quasispecies within a given host. A database allowing researchers to investigate the genetic and structural variability of all available HCV sequences is an essential tool for studies on the molecular virology and pathogenesis of hepatitis C as well as drug design and vaccine development. We describe here the European Hepatitis C Virus Database (euHCVdb, ), a collection of computer-annotated sequences based on reference genomes. The annotations include genome mapping of sequences, use of recommended nomenclature, subtyping as well as three-dimensional (3D) molecular models of proteins. A WWW interface has been developed to facilitate database searches and the export of data for sequence and structure analyses. As part of an international collaborative effort with the US and Japanese databases, the European HCV Database (euHCVdb) is mainly dedicated to HCV protein sequences, 3D structures and functional analyses

NMR structure and ion channel activity of the p7 protein from hepatitis C virus

The small membrane protein p7 of hepatitis C virus forms oligomers and exhibits ion channel activity essential for virus infectivity. These viroporin features render p7 an attractive target for antiviral drug development. In this study, p7 from strain HCV-J (genotype 1b) was chemically synthesized and purified for ion channel activity measurements and structure analyses. p7 forms cation-selective ion channels in planar lipid bilayers and at the single-channel level by the patch clamp technique. Ion channel activity was shown to be inhibited by hexamethylene amiloride but not by amantadine. Circular dichroism analyses revealed that the structure of p7 is mainly α-helical, irrespective of the membrane mimetic medium (e.g. lysolipids, detergents, or organic solvent/water mixtures). The secondary structure elements of the monomeric form of p7 were determined by 1H and 13C NMR in trifluoroethanol/water mixtures. Molecular dynamics simulations in a model membrane were combined synergistically with structural data obtained from NMR experiments. This approach allowed us to determine the secondary structure elements of p7, which significantly differ from predictions, and to propose a three-dimensional model of the monomeric form of p7 associated with the phospholipid bilayer. These studies revealed the presence of a turn connecting an unexpected N-terminal α-helix to the first transmembrane helix, TM1, and a long cytosolic loop bearing the dibasic motif and connecting TM1 to TM2. These results provide the first detailed experimental structural framework for a better understanding of p7 processing, oligomerization, and ion channel gating mechanism.Instituto de Física La Plat

Pourquoi risquer sa vie ? « Comprendre » la pratique des sports à risque

Les sports à risque présentent un apparent déséquilibre : ils exigent une mise en jeu considérable et semblent ne proposer aucune possibilité de gain matériel. Il y a très peu de professionnels et quasiment pas d’argent à gagner lors des compétitions. Nous avons même montré que les prises de risque pouvaient être parfois stigmatisées : ceux qui investissent ces sports sont souvent considérés comme des « fous ». Nous ne pouvons pourtant nous résoudre à l’idée que l’engagement dans un sport à r..

Delphine Moraldo, L’esprit de l’alpinisme. Une sociologie de l’excellence du XIXe siècle au début du XXIe siècle

Pour certaines disciplines sportives, la définition de l’excellence semble assez simple. C’est le cas notamment pour les sports (l’athlétisme par exemple) dans lesquels les conditions de production et de mesure de la performance sont extrêmement standardisées. Bien qu’ayant des origines historique et géographique communes avec ces disciplines, l’alpinisme ne s’inscrit pas dans ce modèle. Les aléas, météorologiques, par exemple, sont constitutifs de cette « activité qui consiste à escalader de..

Jeu du risque et rapports sociaux de sexe

1. De la rhétorique égalitaire à l’affirmation des différences 1.1. Des pratiques asexuées ? Certaines pratiques sportives donnent à voir comme une évidence les différenciations sexuées. Tout d’abord parce qu’elles sont souvent démixées. Dans la plupart des pratiques sportives, celles qui sont institutionnalisées notamment, plus encore dans leur dimension compétitive, le marquage des différences sexuées est fréquemment rappelé. Rares par exemple sont les pratiques compétitives dans lesquelles..

Des acteurs et des épreuves

Statistiquement, les choix sportifs des garçons et des filles ne se ressemblent pas. D’une manière générale, les parcours, qu’ils soient scolaire, professionnel ou sportif sont différenciés Ce n’est assurément pas sans lien avec le fait que garçons et filles rencontrent dès l’enfance un partage sexué de leurs expériences (Tap et Zaouche-Gaudron, 1999). C’est ainsi que les pratiques des unes et des autres se « chevauchent » peu. Les femmes qui s’engagent dans les sports à risque font donc figu..

Première partie. Le risque, l’engagement, les rapports sociaux de sexe

Faire une sociologie de l’engagement dans les pratiques sportives à risque conduit à emprunter quelques détours qui n’en sont pas vraiment. L’exploration de la littérature donne parfois l’impression de se perdre ou plus exactement de perdre de vue le sujet, jusqu’à ce que les écarts apparaissent finalement comme les pièces d’un puzzle qui se révèlent lorsqu’elles s’organisent. C’est que l’objet étudié n’est pas isolé mais s’inscrit au contraire dans un ensemble problématique. Les pièces qu’il..

Conclusion

L’enquête portait sur les pratiques sportives à risque. L’ambition consistait à mieux connaître ces disciplines et leurs pratiquants, notamment les modes d’accès à ces sports, les rapports au risque qu’ils donnent à voir, les rapports sociaux de sexe qu’ils dévoilent et participent à façonner. Chemin faisant, les interrogations de départ ont conduit à explorer des problématiques dépassant le seul cadre des pratiques observées. Au point même que nous pourrions finalement presque considérer que..

Des rapports sociaux de sexe à la domination masculine

Un des apports heuristiques de la notion de rapports sociaux de sexe repose sur la perspective dynamique qu’elle propose. Les rapports produits entre hommes et femmes sont plutôt pensés comme des construits sociaux susceptibles d’évoluer. En rien ils ne sont immuables. Ils résultent de la tension entre deux groupes de sexe. C’est d’ailleurs en ce sens qu’il convient de parler de rapports sociaux (Battagliola et Combes, 1990,113). C’est dans cette logique que se présente ce chapitre, à partir ..