Staphylococcus aureus Bakteriyemisi Olan Hastalarda COVID-19 Enfeksiyonunun Mortaliteye Etkisi Var mı?

Giriş ve Amaç: Viral solunum yolu virüslerinin yol açtığı salgınlarda sekonder bakteriyel enfeksiyon riski artmaktadır. COVID-19 seyrinde gelişen S. aureus enfeksiyonlarında mortalitenin arttığı bildirilmiştir. Bu çalışmada, pandemi döneminde S. aureus bakteriyemisi gelişen hastalarda COVID-19 geçirme öyküsünün mortalite ile ilişkisi değerlendirilmiştir.Yöntem: Çalışmaya 2021 yılında kan kültüründe S. aureus üremesi olan hastalar alındı. Demografik özellikler, laboratuvar verileri, klinik bulgular, COVID-19 geçirme öyküsü ve sağ kalım verileri geriye dönük olarak değerlendirildi. Bakteriyoloji laboratuvarından 2019 ve 2021 yılları toplam kan kültürü sayıları elde edildi ve yıllar arasında S.aureus üremeleri karşılaştırıldı. Veriler SPSS 22.0 programı ile analiz edildi.Bulgular: Merkezimizde 2019 yılında alınan 36569 kan kültüründen 236 (%0,6)’sında; 2021 yılında ise, 47234 kan kültüründen 417 (%0,9)’sinde S. aureus üremesi saptanmıştır. Pandemi öncesi dönemde kan kültüründe S. aureus insidansı 6,5/1000; pandemi döneminde ise 8,8/1000’dir.(p=0.000)Çalışmaya alınan 104 hastanın yaş ortalaması 69,5±14,6 (26-95) olup 58 (%55,8)’i erkekti. Yüz (%96.2) hastada en az bir ek hastalık bulunmaktaydı. En sık görülen hastalıklar 52(%50)’sindehipertansiyon, 30(%29,8)’unda kronik kalp hastalığı ve 28(%28,8)’inde kronik böbrek hastalığıydı. Seksen sekiz (%84,6) hasta yatarak takip edildi. Ortanca yatış süresi 12 (0-120) gündü. Alınan kan kültürü ortanca sayısı 6 (2-46), üreme olan kan kültürü ortanca sayısı 2(1-24) idi. Metisilin direnci 18 (%19,2)’inde saptandı. Enfeksiyon odağı olarak en sık 40 (%38,5) hastada primer bakteriyemi, 31(%29,8) hastada katater ilişkili kan dolaşımı enfeksiyonu ve 12(%11,5)’sinde pnömoni saptandı.Hastaların 23(%22,1)’ü bakteriyemi öncesi veya eş zamanlı COVID-19 geçirdi. COVID-19 ile bakteriyemi arasındaki ortanca süre 17,5 (0-377) gündü. Sağ kalım değerlendirilen 91 hastanın 61(%67)’i yaşarken, 30(%33)’u öldü. COVID-19 ile bakteriyemi arasındaki süre kısaldıkça mortalitenin arttığı saptandı. (p=0,016) (Tablo 1)SonuçMerkezimizde pandemi döneminde, öncesine göre S. aureus bakteriyemi insidansında artış saptandı ancak bu artışın nedeni belirlenemedi. Hastaların beşte birinde COVID-19 geçirme öyküsü olmakla birlikte COVID-19 geçirenlerde mortalitede fark saptanmadı. Her iki tanı arasındaki sürenin kısalığı mortaliteye katkı sağladı.</p

Ege bölgesi’nde izole edilen HIV-1 izolatlarının alttip dağılımının pol gen bölgesi filogenetik analizi ve otomatize araçlar kullanılarak belirlenmesi

Human immunodeficiency virus (HIV) exhibiting remarkable genetic variability, includes two genoty- pes namely HIV-1 (group M, N, O and P) and HIV-2 (group A-H). HIV-1 group M, which is mainly the cause of the AIDS pandemic, is divided into nine pure subtypes, more than 45 circulating recombinant forms (CRF) and numerous unique recombinant forms (URF). According to the documents of Turkish Government of Health, among a total of 6802 HIV-positive cases, 1096 of them were defined as AIDS as of June 2013 in Turkey. Although subtype B is the predominant subtype, recent studies indicate higher proportion of CRFs similar to their increasing role in the HIV pandemic. The aim of this study was to determine the subtype distribution of HIV-1 strains isolated from 70 patients (61 male, 9 female; age range: 16-73 yrs, mean age: 39.6 yrs) who presented to our institution between April 2008-June 2013. HIV-1 strains were subtyped by phylogenetic analysis of the pol gene region and commonly used automated subtyping tools namely, Stanford HIV db v6.2.0 and Rega v3.0. Pol sequences retrieved from the Los Alamos database and from GeneBank, were trimmed from full-length genomes. Phylogenetic analysis of the 1302 base pair of the pol gene region was performed using Mega v5.2 software. The sequences were aligned using Muscle and phylogenetic distances between sequences were estimated by using Kimura two-parameter model (transition/transversion ratio: 2.0). Tree topology was obtained using neighbour-joining method and bootstrap value was set at 1000. Sixty-one (87.1%) patients were antiretroviral treatment (ART)-naive and nine were on different ART regimens. The subtypes of the isolates according to phylogenetic analysis were found as follows; 31 (44.2%) subtype B, 24 (34.2%) CRF42_BF, 6 (8.5%) B/CRF02_AG recombinants, 5 (7.1%) sub-subtype A1, 1 (1.4%) sub-subtype F1, 1 (%1.4) CRF 25_cpx, 1 (1.4%) CRF02_AG and 1 (1.4%) CRF01_AE. Rega v3.0 subtyping tool produced five discrepant results (4 B/CRF02-AG and 1 CRF42_BF) compared to phylogenetic analysis. Stanford HIVdb v6.2.0 had eight results (3 CRF42_BF, 2 subtype B, 2 sub-subtype A1, 1 CRF25_cpx) that were not concordant with phylogenetic analysis. Stanford HIVdb v6.2.0 was able to subtype all B/CRF02_AG recombinant strains. B/CRF02_AG recombinants which were seen among homosexual men in France were for the first time isolated in Turkey from five men (2 homosexual, 2 bisexual, 1 heterosexual) and one heterosexual woman. CRF42_BF had not been found in Turkey previously and it has not been a common type isolated in neighboring countries either. Full genome sequencing could be helpful to further analysis of those isolates. Our results support the latest studies from Turkey reporting increase in the proportion of CRF-related infections. This is not an unusual finding when geographical location of Turkey is considered. Nevertheless, more comprehensive data regarding molecular epidemiology and subtype distribution of HIV-1 isolates in Turkey are needed.Yüksek genetik değişkenlik gösteren insan immün yetmezlik virusu (HIV)’nun, HIV-1 (grup M, N, O ve P) ve HIV-2 (grup A-H) olmak üzere iki genotipi bulunmaktadır. HIV-1 grup M, dünyadaki enfeksiyonların önemli bir bölümünden sorumludur ve dokuz alttip, 45’ten fazla dolaşan rekombinant form (CRF) ve çok sayıda özgün rekombinant formlardan (URF) oluşmaktadır. Türkiye’de, Haziran 2013 tarihine kadar, Sağlık Bakanlığı verilerine göre 1096’sı AIDS’li olmak üzere toplam 6802 HIV pozitif olgu bildirilmiştir. Ülkemizde alttip B dominant olarak görülse de, son yıllarda yapılan yayınlarda tüm dünya ile paralel ola- rak artan oranda CRF’ler bildirilmektedir. Bu çalışmada, kurumumuza Nisan 2008-Haziran 2013 tarihleri arasında başvuran 70 hastadan (61 erkek, 9 kadın; yaş aralığı: 16-73 yıl, yaş ortalaması: 39.6 yıl) izole edilen HIV-1 izolatlarının alttip dağılımlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Alttiplendirme için, pol gen bölgelerinin filogenetik analizi ile birlikte Stanford HIVdb v6.2.0 ve Rega v3.0 otomatize araçları kullanılmıştır. Los Alamos Ulusal Laboratuvarı HIV-1 2010 referans dizi seti ve Gen Bankasından elde edilen kökenlerin tüm genomlarından, pol gen bölgelerinin 1302 baz çiftlik bölümü kesilerek kullanılmış; filogenetik analiz Mega v5.2 programı ile yapılmıştır. Diziler Muscle seçeneği kullanılarak hizalanmış ve Kimura-2 para-metre yöntemi (transisyon/transversiyon oranı: 2.0) ile genetik uzaklıklar belirlenmiştir. Filogenetik ağaç neighbor-joining yöntemi kullanılarak oluşturulmuş ve bootstrap değeri 1000 olarak alınmıştır. Hastaların 61 (%87.1)’i daha önce antiretroviral tedavi (ART) kullanmamış olup, dokuz hasta farklı tedaviler ile izlenmektedir. Filogenetik analiz sonuçlarına göre kökenlerin alttip dağılımı; 31 (%44.2) alttip B, 24 (%34.2) CRF42_BF, 6 (%8.5) B/CRF02_AG rekombinantı, 5 (%7.1) alt-alttip A1, 1 (%1.4) alt-alttip F1, 1 (%1.4) CRF25_cpx, 1 (%1.4) CRF02_AG ve 1 (%1.4) CRF01_AE olarak belirlenmiştir. Rega v3.0 programı sonuçları incelendiğinde; dördü B/CRF02_AG rekombinantı ve biri de CRF42_BF olmak üzere toplam beş izolatta filogenetik analiz ile uyumsuz sonuç görülmüştür. Stanford HIVdb v.6.2.0 programında ise sekiz köken (3 CRF42_BF, 2 alttip B, 2 alt-alttip A1, 1 CRF25_cpx) filogeni ile uyumsuz olarak değerlendiril- miştir. Tüm B/CRF02_AG rekombinantları Stanford HIVdb v6.2.0 ile tanımlanabilmiştir. Fransa’da daha çok homoseksüel erkeklerde rastlanan ve ülkemizden ilk kez bildirilen B/CRF02_AG rekombinantları, çalışmamızda beşi erkek (2 homoseksüel, 2 biseksüel, 1 heteroseksüel) ve biri heteroseksüel kadın olmak üzere toplam altı hastadan izole edilmiştir. CRF42_BF suşu da Türkiye’den daha önce bildirilmemiştir ve komşu ülkelerde de yaygın olarak bulunmamaktadır. Bu nedenle çalışmamızda CRF42_BF olarak tanım- lanan izolatların tüm genom analizlerinin yapılması faydalı olacaktır. Çalışmamızın sonuçları, ülkemizde son yıllarda CRF oranında artış olduğunu bildiren diğer çalışmaları desteklemektedir. Türkiye’nin coğrafi konumu düşünülecek olursa bu beklenen bir durumdur; ancak ülkemizdeki HIV-1 alttip dağılımı ile ilgili daha fazla veriye gereksinim olduğu açıktır

Hemophilia Patients’ Level of Knowledge of About Viral Hepatitis

Introduction: Hemophilia is a genetic disease presenting predominantly with joint hemorrhages in clinical course. Thus, its treatment requires transfusion of numerous blood and blood products. As a consequence, hemophilia patients are under high risk of many transfusion-borne infections, especially viral hepatitis and human immunodeficiency virus infection. Measures should be taken to prevent the transmission of blood-borne diseases in these patients. Vaccination against hepatitis A and B and patient education are especially crucial for prevention. The aim of this study was to evaluate hemophilia patients’ knowledge on viral hepatitis and to test whether their knowledge could be improved by a two-hour training program. Materials and Methods: The study was conducted on June 6, 2015 during a full-day educational program on different topics for hemophilia patients being followed by the Department of Internal Medicine, Hematology Division at Ege University Faculty of Medicine. Twenty-four participating patients filled up pre-test questionnaires, followed by a training given by an expert. The same questionnaire was distributed as a post-test after the training session. There were 18 questions in the questionnaire, comprising six questions on socio-demographic characteristics, eight true/false questions on knowledge about hepatitis and four questions on their vaccination status. Pre- and post-tests were compared with the McNemar test. Results: The mean age of the participating 24 patients was 37.0±13.0 (20-67) years. The mean duration since the diagnosis of hemophilia was 32.7±12.8 (6-60) years. Among the participants, one had chronic hepatitis B, two had chronic hepatitis C and the rest were unaware of their viral hepatitis status. Before the training, 19 patients had heard of hepatitis B, 17 had heard of hepatitis A and C, four had heard of hepatitis D and two had heard of hepatitis E. Only two patients knew the routes of transmission of hepatitis A correctly. The patients had misconceptions on the transmission routes of hepatitis B and C. After the training, their information on the fact that hepatitis A is spread primarily through contaminated food or water, hepatitis C can be transmitted via sexual intercourse, there are vaccines to prevent hepatitis A and a vaccine against hepatitis C is not available yet, improved significantly. Conclusion: Patient education programs targeting special high-risk groups such as haemophilia patients could both increase their knowledge and render prevention of viral hepatitis possible

Lactic acidosis secondary to metformin in a patient presenting with acute renal failure due to diarrhea: Case report

Metformin biguanid sınıfından, Tip 2 diyabetiklerde, özellikle böbrek fonksiyonları normal hastalarda ilk basamakta kullanılan oral antidiyabetiktir. Metforminin en ciddi yan etkisi laktik asidozdur. Böbrek yetersizliği laktat atılım bozukluğunun en sık sebebidir. Metformin kullanan bir hastada gelişen akut böbrek yetersizliğinin alevlendirdiği laktik asidoz tablosunun sunulması amaçlanmıştır. Atmış sekiz yaşında bayan hasta metformin kullanırken iki haftadır devam eden ishal, bulantı ve kusma yakınmaları ile enfeksiyon hastalıkları servisine yatırıldı. Kan gazında artmış anyon açıklı metabolik asidoz saptandı. Laktik asit düzeyi yüksek saptanması üzerine metformin kullanımına bağlı Tip B laktik asidoz olarak değerlendirildi. Hasta akut böbrek yetmezliği nedeni ile hemodiyalize alındı. Yatışının 11. gününde tüm kan parametreleri düzelmiş olarak şifa ile taburcu edildi. Metformin böbrek yetersizliği gelişen hastalarda laktik asidoza sebep olabilmektedir, bu hastalarda erken diyaliz klinik durumun hızla düzelmesini sağlar.Metformin is a biguanide used in the treatment of type 2 diabetic patients with normal renal functionLactic acidosis is the most serious side effect of metformin. Renal failure is the most common cause of reduced lactate excretion. It is aimed to present a case of metformin-induced lactic acidosis exacerbated by acute renal failure. A 68-year-old female patient used metformin was admitted to the infectious disease department due to diarrhea, nausea and vomiting. Type B lactic acidosis due to metformin was diagnosed after the detection of high anion gap metabolic acidosis and high lactate level on blood gas analysis. Hemodialysis was performed because of acute renal failure. The patient was discharged on the 11th day of the hospitalization with normal serum parameters. Metformin may cause lactic acidosis among patients with acute renal failure; early hemodialysis provides rapid clinical improvement