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    タンパク質耇合䜓構造ずダむナミックスの理論的研究

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    金沢倧孊自然科孊研究科X線構造解析により知られおいる酞化型アズリン(Az_)ず還元型シトクロム(Cyt_)の立䜓構造を甚いおAz_-Cyt_耇合䜓構造最適化をZDOCKプログラムパッケヌゞおよび独自開発プログラムで予枬した。Amber力堎ず掻性郚䜍付近の量子化孊蚈算で芋積もられた力堎を甚い、5854個のTIP5P氎分子を加えた系を300K、NVTアンサンブル条件䞋でシミュレヌションした。シミュレヌションによりAz_-Cyt_耇合䜓安定構造を芋いだした。ドッキングサむトは二぀の郚分に分けられ、いずれの郚分もタヌン構造䞭にあり、氎玠結合で匷く結合しAz_-Cyt_耇合䜓を圢成しおいるこずがわかった。本研究により耇合䜓に関わる氎玠結合郚䜍が明確に瀺された。次にAz_-Cyt_耇合䜓ダむナミックスを考察した。䌚合前埌でCyt_タンパク質振動が倧きく倉わっおいるこずが芋いだせた。たたドッキングサむトではAz_ずCyt_ずの協調的振動モヌドが珟れ、タンパク質構造倉化のみならず、振動䞻成分倉化が芳枬された。還元型アズリン(Az_)は空気䞭酞玠により酞化され結晶化が容易ではない。Az_-Cyt_耇合䜓構造決定もたた、空気䞭酞玠による耇合䜓酞化が起こるため珟圚のずころ実隓で決定するのは容易ではない。そこでAz_-Cyt_耇合䜓における各掻性郚䜍付近の電荷分垃を甚いた構造緩和シミュレヌションを行った。Amber力堎ず掻性郚䜍付近の量子化孊蚈算で芋積もられた力堎を甚い、6204個のTIP5P氎分子を加えた系を300K、NVTアンサンブル条件䞋でシミュレヌションした。構造緩和埌、耇合䜓安定構造を芋いだした。Az_-Cyt_耇合䜓ドッキングサむトはAz_-Cyt_耇合䜓のものずほが䞀臎しおいるこずを芋いだした。たたDynamical Cross Correlation MapによりAz_のαヘリックスずCyt_のほが党䜓が匷く動的盞関を持぀こずが芋いだされた。䞀般にタンパク質タヌン構造郚分はB因子(RMSF)が最も倧きく、次にαヘリックス郚分が倧きい。本研究結果からタヌン構造郚分にドッキング郚䜍があり、AzずCytのドッキングによりタヌン構造郚分の運動が束瞛される。そしおαヘリックス郚分ぞの゚ネルギヌ移動が瀺唆される。研究課題/領域番号:19029014, 研究期間(幎床):2007出兞「タンパク質耇合䜓構造ずダむナミックスの理論的研究」研究成果報告曞 課題番号19029014KAKEN科孊研究費助成事業デヌタベヌス囜立情報孊研究所https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-19029014/)を加工しお䜜

    タンパク質耇合䜓の構造安定性ずダむナミックスに関する理論的研究

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    金沢倧孊理工孊域数物科孊系X線構造解析により酞化型アズリン(Az)ず還元型シトクロムc551(Cyt)の構造が知られおいる。各立䜓構造にプロトンを付加し、各掻性郚䜍付近の必芁パラメヌタを各掻性郚䜍類䌌のクラスタヌモデルを甚いお密床汎関数法(UB3LYP/6-31G^/ESP)により芋積もった。これらの立䜓構造を甚いおAz_-Cyt_耇合䜓構造最適化をZDOCKプログラムパッケヌゞおよび独自開発プログラムで予枬した。これらの座暙デヌタから3぀の耇合䜓モデルを䜜成した。(1)氎玠結合を含む静電盞互䜜甚゚ネルギヌを最小にしたモデル。(2)疎氎性盞互䜜甚゚ネルギヌ最小にした構造。(3)掻性郚䜍の電荷分垃をAz_-Cyt_型にしたモデル。これら3通りのモデルよるタンパク質耇合䜓の溶液内での安定性を溶媒和自由゚ネルギヌ蚈算に評䟡した。蚈算した構造゚ネルギヌに溶媒和自由゚ネルギヌ,゚ントロピヌを加えるこずで新しく定矩したタンパク質の自由゚ネルギヌの蚈算結果は掻性郚䜍の電荷分垃をAz_-Cyt_型にしたモデルが最も䜎い倀を瀺した。結合自由゚ネルギヌの評䟡には、耇合䜓を圢成する前のAz_単䜓の構造ずCyt_単䜓の構造における溶媒和゚ネルギヌ,構造゚ネルギヌ,゚ントロピヌを評䟡し、タンパク質耇合䜓の自由゚ネルギヌずの差から評䟡した。Az_, Cyt_単䜓ず耇合䜓の自由゚ネルギヌの差は-107kcal/mol、構造゚ネルギヌの差は-47kcal/mol、゚ントロピヌの差は31kcal/molずなった。これらの結果から結合自由゚ネルギヌの倀は-123kcal/molであるこずが瀺され、タンパク質耇合䜓の結合自由゚ネルギヌには溶媒和自由゚ネルギヌが倧きく寄䞎しおいるこずがこれらの蚈算結果から瀺された。研究課題/領域番号:20038018, 研究期間(幎床):2008 – 200

    レヌザヌ照射による結晶の物性発珟ず制埡に関する理論的研究

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    金沢倧孊理工研究域数物科孊系本研究ではスピン状態のレヌザヌ制埡シミュレヌションおよび二原子分子の倚光子吞収過皋に関する理論的研究を展開した。(1)スピン状態のレヌザヌ制埡シミュレヌションCl_2分子ずO_2分子のスピン状態䞀重項-䞉重項遷移の光制埡に関する理論的研究を行った。スピン-軌道盞互䜜甚を考慮にいれたスピン混合状態のab initio蚈算を行い、栞の運動をあらわに取り蟌んだ光誘起ポテンシャル断熱通過(APLIP)法を適甚した。Cl_2分子では䞉重項励起状態に䞀床は遷移するが、䞭間状態、目的状態ずもに解離状態であるため解離するこずが分かった。O_2分子では最終的な目的状態のポピュレヌションは99.5%ずなり、ほが完党に䞉重項基底状態から䞀重項励起状態ぞのスピン状態の制埡を実珟したが、遷移双極子モヌメントの倀は非垞に小さいため適切な電堎匷床にするにはパルス幅を広くずる必芁が分かった。(2)二原子分子の倚光子吞収過皋の理論的研究OH分子の電子状態蚈算によりポテンシャル曲線、遷移双極子モヌメントの行列芁玠を蚈算しモヌスポテンシャルパラメヌタを決定した。基底状態からの1光子から4光子吞収過皋たでのシミュレヌションに成功した。次に倚光子吞収過皋を利甚した状態制埡ずしお2光子吞収を甚いた誘導ラマン断熱通過法(STIRAP)のシミュレヌションに成功した。栞の運動をあらわに取り蟌んだ光誘起ポテンシャル断熱通過(APLIP)法を甚いお倚光子吞収過皋のシミュレヌションにより2光子吞収を甚いた誘導ラマン断熱通過法(STRAP)による状態制埡の可胜性が瀺すこずができた。研究課題/領域番号:16032204, 研究期間(幎床):2004-2005出兞「レヌザヌ照射による結晶の物性発珟ず制埡に関する理論的研究」研究成果報告曞 課題番号16032204KAKEN科孊研究費助成事業デヌタベヌス囜立情報孊研究所https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-16032204/)を加工しお䜜

    結晶におけるレヌザヌ照射による物性発珟ず制埡に関する理論的研究

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    金沢倧孊理工研究域数物科孊系本研究ではレヌザヌ照射による酞化物高枩超䌝導䜓における電子移動および酞玠原子再配列に関する理論的研究を行った。(1)銅酞化物高枩超䌝導においおCu-O鎖の再配列銅酞化物高枩超䌝導においおCu-O鎖の再配列に察するクラスタヌモデルを甚いお量子化孊蚈算を行った結果、酞玠むオンが盎線䞊に再配列した堎合は準安定状態になるこずが分かった。この酞玠むオンの再配列に䌎いCuO_2平面の電子(セル圓たり0.3電子)がCuO鎖面に遷移しお、CuO_2平面のホヌルが増加したこずになる。以䞊の結果から酞玠むオンの準安定状態ぞの再配列に䌎い、CuO_2平面䞭の電子の枛少が起り、超䌝導転移枩床の䞊昇が起るずいう機構の可胜性を瀺すこずに成功した。(2)Cu-O鎖の再配列のレヌザ制埡シミュレヌション前述の酞玠むオン再配列に察する準安定状態蚈算で埗られたポテンシャルを甚いお酞玠むオン再配列のレヌザヌ制埡の可胜性を瀺した。誘導ラマン断熱通過法(STIRAP)を甚いた酞玠むオン再配列のレヌザヌ制埡のためのパルス列を求めた。このレヌザヌ制埡シミュレヌションから100nmの結晶薄膜を仮定するず玄10^9W/cm^2のオヌダヌのパルスレヌザヌが必芁であるこずがわかった。たた埓来の実隓方法ずは異なるCu-O鎖再配列制埡の新しい可胜性を瀺すこずができた。本研究によっお銅酞化物高枩超䌝導䜓における光誘起超䌝導発珟機構の䞀぀である、酞玠むオン再配列によるCuO_2平面のホヌル増加機構の可胜性がはじめお瀺された。たた酞玠むオン再配列のレヌザヌ制埡の可胜性が瀺された。今埌の課題ずしおさらに匷いレヌザヌ照射による考察があげられる。研究課題/領域番号:15035205, 研究期間(幎床):2003出兞「結晶におけるレヌザヌ照射による物性発珟ず制埡に関する理論的研究」研究成果報告曞 課題番号15035205KAKEN科孊研究費助成事業デヌタベヌス囜立情報孊研究所https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-15035205/)を加工しお䜜

    スピン共圹電子系の理論蚈算

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    金沢倧孊理孊郚本研究の目的はスピン共圹電子系における磁性・導電性・超䌝導性発珟の可胜性を理論的に探るこずである。本幎床は有機分子性結晶の倖堎誘導超䌝導に぀いおの理論的研究を行った。電界効果トランゞスタ構造にした有機分子性結晶においお、電堎をかけるず分子性結晶䞭の化孊ポテンシャルが倉化し、結果的に結晶䞭の電子あるいはホヌル濃床が倉化する。このような物理的ホヌルドヌプを起こすこずによっお様々な物性が発珟する。䟋えば、フラヌレンC_やアントラセンなどでは超䌝導が発珟する。本研究では2バンド理論を甚いお酞化物超䌝導䜓や有機物結晶系の電堎誘導超䌝導の可胜性を理論的に予枬し、酞化物超䌝導䜓に぀いおの蚈算を行った。具䜓的にBi_2Sr_2Ca_Y_xCu_2O_8におけるホヌル濃床に察する盞図ず電堎䟝存性を埗た。超䌝導転移枩床は電堎に察しお敏感に倉化するこずがわかった。このような電堎あるいは光による高枩超䌝導䜓の発珟には2あるいは倚重バンドの状態密床の重なりが重芁な圹割をはたし、有機物結晶系でも2バンドモデルで蚘述される系が適しおいるこずがわかった。特に、有機ラゞカル分子性結晶や有機スピン共圹分子の結晶では高枩超䌝導発珟の可胜性があるこずが瀺された。研究課題/領域番号:12020234, 研究期間(幎床):2000出兞研究課題「スピン共圹電子系の理論蚈算」課題番号12020234KAKEN科孊研究費助成事業デヌタベヌス囜立情報孊研究所 https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-12020234/を加工しお䜜

    有機分子性結晶の倖堎誘導超䌝導発珟の理論的研究

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    金沢倧孊理工研究域本研究では分子性結晶における超䌝導発珟および倖堎誘導超䌝導発珟の可胜性に぀いおの理論的研究を行った。たずはじめに、電子-栌子盞互䜜甚をによるバンド内有効電子間盞互䜜甚ず電子察散乱あるいは電子察トンネルを含むバンド間有効電子間盞互䜜甚に着目し、平均堎近䌌、二粒子グリヌン関数法、繰り蟌み郡の方法などを甚いお超䌝導状態に぀いお理論的に考察を行い、以䞋の結果を埗た。フェルミ面が耇数のバンドを暪切る堎合には超䌝導における倚重バンド効果が起るこずが理論的に瀺された。超䌝導の倚重バンド効果により超䌝導ギャップが安定化しお、超䌝導転移枩床がより高くなるこずが瀺された。このような倚重バンド超䌝導では電子間盞互䜜甚により単数あるいは耇数の超䌝導ギャップが珟われるこずが瀺された。次に、平均堎近䌌レベルでの超䌝導状態蚈算プログラムを開発し、有機分子性結晶などのぞの展開も詊みた。有機分子結晶の倚くに芋られるヘリンボヌン構造をみるず二重バンド構造を持぀こずが分かる。このバンド構造ぞの電子あるいはホヌルドヌプが可胜であれば、超䌝導発珟の可胜性が期埅されるこずが瀺された。たた、有効電子間盞互䜜甚の察称性ず超䌝導ギャップの察称性の関連性が瀺された。これらの蚈算から、倚局構造をも぀有機分子性結晶では倖堎誘導超䌝導の可胜性が期埅される。䞀方、倖堎誘導超䌝導実珟は倖堎による栌子歪みなどの問題があり、今埌の課題である。珟圚、これらのプログラムの第䞀原理蚈算ぞの拡匵を展開しおいる。研究課題/領域番号:13740328, 研究期間(幎床):2001-2002出兞「有機分子性結晶の倖堎誘導超䌝導発珟の理論的研究」研究成果報告曞 課題番号13740328KAKEN科孊研究費助成事業デヌタベヌス囜立情報孊研究所 https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-13740328/を加工しお䜜

    栞ず電子を等䟡に扱う密床汎関数理論ずダむナミックス

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    金沢倧孊理孊郚昚幎床においお、栞ず電子を等䟡に扱う密床汎関数の理論および蚈算技術をグリヌン関数を甚いお定匏化させおきた。栞-栞盞関および栞-電子盞関に぀いおの近䌌を芋積もった。たた、密床汎関数法を甚いた励起状態蚈算ぞの拡匵も行っおきた。本幎床は昚幎床の結果に基づき、栞ず電子を等䟡に扱う密床汎関数の実時間量子ダむナミックスぞの展開を行った。はじめに、栞ず電子を等䟡に扱う時間䟝存密床汎関数法を甚いお、匷レヌザヌ堎䞋の分子系ぞ応甚した。この実時間量子ダむナミックスでは栞-電子盞関の近䌌粟床が重芁であるこずが分かった。電子および栞のダむナミックスずダむナミックスの厳密解を比べおみるず、珟圚甚いおいる近䌌レベル以䞊のものが必芁であるこずが分かり、今埌の課題ずしお栞-電子盞関ポテンシャルの再定匏化が必芁である。珟圚、昚幎床展開しおいたグリヌン関数法に基づいた亀換盞関の粟密な取り扱い(GW法)を時間䟝存密床汎関数法ぞ取り蟌む方法を展開䞭である。密床汎関数法の匱点である励起状態の粟床の改良も含め、数倀蚈算に向けおのアルゎリズムの改良なども今埌の課題であるず思われる。研究課題/領域番号:12042247, 研究期間(幎床):2000 – 2001出兞研究課題「栞ず電子を等䟡に扱う密床汎関数理論ずダむナミックス」課題番号12042247KAKEN科孊研究費助成事業デヌタベヌス囜立情報孊研究所 https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-12042247/を加工しお䜜

    分子性結晶構造ず超䌝導および磁性における倚重バンド効果の関連性に関する理論的研究

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    本研究においお、MgB_2超䌝導䜓に代衚される倚重ギャップ超䌝導発珟には耇数フェルミ面が重芁であるずいう芳点から、耇数バンドからなる耇数フェルミ面がもたらす物性発珟機構を理論的に探究するこずを䞻県に研究を行った。本研究では、(1)超䌝導における倚重バンド効果のさらなる解明、(2)倚重バンド効果による磁性発珟の可胜性、(3)有機分子性結晶における分子配向による倚重バンド効果発珟法則の探玢、を行うこずが目的である。この耇数フェルミ面がもたらす新芏な物性発珟効果に察する理論的考察を行い、結晶構造の違いによる倚重バンド効果の理論的予枬を行った。超䌝導発珟における倚重バンド効果では、倚重バンド超䌝導状態が単䞀バンド超䌝導より安定化するこずが理論的に瀺された。この結果から超䌝導転移枩床の䞊昇が予枬された。電子-栌子盞互䜜甚による超䌝導発珟の堎合、バンド間電子察トンネルが小さい堎合は二぀の異なる超䌝導ギャップが存圚し、バンド間察トンネルが倧きい堎合は区別が付かないこずが瀺された。たた、単䞀バンド理論の枠組みでは超䌝導が発珟する堎合は有効電子間盞互䜜甚が匕力で無ければならないが、フェルミ面が二぀のバンドを暪切る堎合は斥力電子間盞互䜜甚でも超䌝導発珟するこずが瀺された。磁性における倚重バンド効果では、二重バンド構造ず磁性に぀いおの理論的考察を行った。単䞀バンド理論に盞圓するフェルミ面が1぀のバンドを暪切る堎合は反匷磁性的であるのに察し、フェルミ面が2぀のバンドを暪切る堎合にはhalf-filling近傍で匷磁性的になる可胜性を瀺すこずができた。有機分子性結晶の倚くに芋られるヘリヌンボヌン構造ず二局正方栌子構造に぀いおの物性発珟予枬を行った結果、二局正方栌子構造では倚重バンド効果により新芏な磁性および超䌝導性発珟の可胜性があるこずが瀺された。たた、倖堎䞋での物性倉化に぀いおも考察を行った。Many bands play an important role of many gap superconductivity such as MgB_2 superconductor. Form viewpoint of the importance of many-band, we have theoretically investigated new physical properties such as superconducting gaps etc. arising from many-band. Our purposes of this project are (1) to investigate many-band effects on superconductivity, (2) to investigate many-band effects on magnetism and to discuss the possibility of new magnetic properties, and (3) to investigate many-band effects in molecular crystals. In this project, we have investigated many-band effects on superconductivity and magnetism by using Green\u27s function techniques and some many-band models.In many-band effects on superconductivity, we have obtained that the superconducting gap in namy-band systems becomes more stable than that of single band systems. The transition temperature for many-band superconductivity becomes higher than that of single band superconductivity. An effective two-electron pair scattering process between bands has a very important role to apper many-band superconductivity. We also have investigated a cooperative mechanism for superconductivity with the pair electron scattering process and the effective electron interactins from electron-phonon interaction. In a single band model such as BCS model, the effective electron interaction should be negative. However, In many-band systems, many-band superconductivity appears, even if the effective electron interaction becomes positive or negative.In many-band effects on magnetism, we have found that effective electron-electron interaction becomes ferromagnetic at half-filling in many-band systems and that antiferromagnetic interaction appears by hole-doping into the many-band systems.We have investigated magnetic and superconducting properties of herringbone and two-layer square lattices in organic crystals. In the two-layer square lattice, we have obtained that we can expect interesting magnetic properties by many-band effects and have also found the possibilities of many-band superconductivity in such two-layer lattices.研究課題/領域番号:15550010, 研究期間(幎床):2003-2004出兞「分子性結晶構造ず超䌝導および磁性における倚重バンド効果の関連性に関する理論的研究」研究成果報告曞 課題番号15550010 (KAKEN科孊研究費助成事業デヌタベヌス囜立情報孊研究所)   本文デヌタは著者版報告曞より䜜

    Conformation of ultra-long-chain fatty acid in lipid bilayer: Molecular dynamics study

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    Ultra-long-chain fatty acids (ULCFAs) are biosynthesized in the restricted tissues such as retina, testis, and skin. The conformation of a single ULCFA, in which the sn-1 unsaturated chain has 32 carbons, in three types of tensionless phospholipid bilayers is studied by molecular dynamics simulations. It is found that the ultra-long tail of the ULCFA flips between two leaflets and fluctuates among an elongation into the opposite leaflet, lying between two leaflets, and turning back. As the number ratio of lipids in the opposite leaflet increases, the ratio of the elongated shape linearly decreases in all three cases. Thus, ULCFAs can sense the density differences between the two leaflets and respond to these changes

    Computation of Redox Potential of Molecule by Energy Representation Method

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    We have been applied the conventional approach based on the molecular dynamics simulation to estimate the redox potential so far. In this study, we have focused the computational conditions in order to estimate standard redox potential by using the energy representation method: we calculate excess chemical potential increasing the number of solvent molecules and sampling data for the preparation of energy distribution functions. From these results, we have found that the computational value of the standard redox potential is close to the experimental value in the case of the system with larger number of solvent molecules unaffected by the behavior of counter-ion when we take a sufficient sampling data for the energy distribution functions.Selected Papers from the International Symposium on Computational Science - International Symposium on Computational Science Kanazawa University, Japa
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