Reconciliation and evolution of Penicillium rubens genome-scale metabolic networks–What about specialised metabolism?

In recent years, genome sequencing of filamentous fungi has revealed a high proportion of specialised metabolites with growing pharmaceutical interest. However, detecting such metabolites through in silico genome analysis does not necessarily guarantee their expression under laboratory conditions. However, one plausible strategy for enabling their production lies in modifying the growth conditions. Devising a comprehensive experimental design testing in different culture environments is time-consuming and expensive. Therefore, using in silico modelling as a preliminary step, such as Genome-Scale Metabolic Network (GSMN), represents a promising approach to predicting and understanding the observed specialised metabolite production in a given organism. To address these questions, we reconstructed a new high-quality GSMN for the Penicillium rubens Wisconsin 54–1255 strain, a commonly used model organism. Our reconstruction, iPrub22, adheres to current convention standards and quality criteria, incorporating updated functional annotations, orthology searches with different GSMN templates, data from previous reconstructions, and manual curation steps targeting primary and specialised metabolites. With a MEMOTE score of 74% and a metabolic coverage of 45%, iPrub22 includes 5,192 unique metabolites interconnected by 5,919 reactions, of which 5,033 are supported by at least one genomic sequence. Of the metabolites present in iPrub22, 13% are categorised as belonging to specialised metabolism. While our high-quality GSMN provides a valuable resource for investigating known phenotypes expressed in P. rubens, our analysis identifies bottlenecks related, in particular, to the definition of what is a specialised metabolite, which requires consensus within the scientific community. It also points out the necessity of accessible, standardised and exhaustive databases of specialised metabolites. These questions must be addressed to fully unlock the potential of natural product production in P. rubens and other filamentous fungi. Our work represents a foundational step towards the objective of rationalising the production of natural products through GSMN modelling

Avant Propos

International audienceAvec ce livre s'ouvrent de nouvelles perspectives, celles de l'histoire globale des techniques. Cette approche, liant histoire du livre et histoire des techniques, constitue un défi jamais encore relevé. En effet, à la faveur d'une réflexion critique face à un comparatisme normatif et euro‐centré qui a longtemps prévalu en histoire des techniques, les approches d'histoire culturelle des techniques offrent une voie nouvelle pour penser le sens donné aux techniques en société. Le livre technique occupe dans ces réflexions une place centrale, comme l'attestent les importants travaux sur les lettrés fonctionnaires en Chine. Le but de cet ouvrage est de contribuer à l'histoire globale des techniques en proposant un terrain d'enquête qui permette une analyse intégrée, autour de questions structurantes

Le livre technique avant le xxe siècle : À l'échelle du monde

L'histoire du livre technique constitue un champ neuf et peu développé. Si elle est relativement moins connue que celle du livre de science ou de la littérature artistique, elle concerne pourtant une production extrêmement riche, qui représente et met à l'œuvre l'intelligence pratique et l'esprit d'invention. Il suffit de penser aux Descriptions des arts et métiers, commandées au plus haut sommet de l'État sous l'Ancien Régime, aux spectaculaires « théâtres de machines », aux manuels de fonctionnaires circulant dans tout l'empire chinois, aux multiples traités qui ont formé des générations d'ingénieurs ou encore aux guides techniques destinés à améliorer les pratiques des artisans et des agriculteurs, pour comprendre qu'il s'agit d'une littérature importante à caractère universel faisant l'objet de circulations intenses entre les différentes parties du globe. L'objet de ce livre est à la fois de combler une lacune du champ historique et d'interroger les relations entre l'économie du livre et le monde de la technique afin d'analyser la catégorie du livre technique à travers ses formes, ses fonctions, ses modes de diffusion et d'appropriation, avant le xxe siècle. Cet ouvrage contribue ainsi au dynamisme de l'histoire des techniques, soucieuse d'affirmer sa dimension culturelle, comme une histoire des savoirs et des représentations, et de s'inscrire dans les débats de l'histoire globale

Regards croisés sur le livre et les techniques avant le XXe siècle

International audienceL'histoire du livre technique constitue un champ neuf et peu développé. Il s'agit d'une littérature extrêmement riche, qui représente et met à l'øeuvre l'intelligence pratique et l'esprit d'invention. Cependant, elle est relativement méconnue, reᤀ étant la place marginale (à tort) que l'his‐toire des techniques occupe au sein de l'histoire générale. L'objet de cet article est à la fois de combler une lacune du champ historique et d'analyser la caté‐gorie du livre technique à travers ses formes, ses fonctions, ses modes de diffusion et d'appropriation, avant le xxe siècle

Le livre technique avant le XXe siècle. À l'échelle du monde

International audienceL'histoire du livre technique constitue un champ neuf et peu développé. Si elle est relativement moins connue que celle du livre de science ou de la littérature artistique, elle concerne pourtant une production extrêmement riche, qui représente et met à l'øeuvre l'intelligence pratique et l'esprit d'invention. Il suffit de penser aux Descriptions des arts et métiers, commandées au plus haut sommet de l'État sous l'Ancien Régime, aux spectaculaires « théâtres de machines », aux manuels de fonctionnaires circulant dans tout l'empire chinois, aux multiples traités qui ont formé des générations d'ingénieurs ou encore aux guides techniques destinés à améliorer les pratiques des artisans et des agriculteurs, pour comprendre qu'il s'agit d'une littérature importante à caractère universel faisant l'objet de circulations intenses entre les différentes parties du globe. L'objet de ce livre est à la fois de combler une lacune du champ historique et d'interroger les relations entre l'économie du livre et le monde de la technique afin d'analyser la catégorie du livre technique à travers ses formes, ses fonctions, ses modes de diffusion et d'appropriation, avant le xxe siècle. Cet ouvrage contribue ainsi au dynamisme de l'histoire des techniques, soucieuse d'affirmer sa dimension culturelle, comme une histoire des savoirs et des représentations, et de s'inscrire dans les débats de l'histoire globale

Le livre technique avant le XXe siècle. À l'échelle du monde

International audienceL'histoire du livre technique constitue un champ neuf et peu développé. Si elle est relativement moins connue que celle du livre de science ou de la littérature artistique, elle concerne pourtant une production extrêmement riche, qui représente et met à l'øeuvre l'intelligence pratique et l'esprit d'invention. Il suffit de penser aux Descriptions des arts et métiers, commandées au plus haut sommet de l'État sous l'Ancien Régime, aux spectaculaires « théâtres de machines », aux manuels de fonctionnaires circulant dans tout l'empire chinois, aux multiples traités qui ont formé des générations d'ingénieurs ou encore aux guides techniques destinés à améliorer les pratiques des artisans et des agriculteurs, pour comprendre qu'il s'agit d'une littérature importante à caractère universel faisant l'objet de circulations intenses entre les différentes parties du globe. L'objet de ce livre est à la fois de combler une lacune du champ historique et d'interroger les relations entre l'économie du livre et le monde de la technique afin d'analyser la catégorie du livre technique à travers ses formes, ses fonctions, ses modes de diffusion et d'appropriation, avant le xxe siècle. Cet ouvrage contribue ainsi au dynamisme de l'histoire des techniques, soucieuse d'affirmer sa dimension culturelle, comme une histoire des savoirs et des représentations, et de s'inscrire dans les débats de l'histoire globale

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Inactivation of raptor in a human granulosa cells line

National audienc

Inactivation de la protéine Raptor dans une lignée de cellules de la granulosa humaine

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