First case report of bloodstream infection due to a Candida species closely related to the novel species Candida pseudorugosa

Fil: Taverna, Constanza Giselle. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Córdoba, Susana. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Isla, Guillermina. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Fernández, Norma. Hospital de Clínicas José de San Martín. División Infectología. Sección Micología; Argentina.Fil: García, Susana. Hospital de Clínicas José de San Martín. Departamento de Bioquímica Clínica. División Bacteriología; Argentina.Fil: Mazza, Mariana. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Murisengo, Omar Alejandro. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Vivot, Walter. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Szusz, Wanda. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Davel, Graciela. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Tiraboschi, Iris Nora. Hospital de Clínicas José de San Martín. División Infectología. Sección Micología; Argentina.Fil: Bosco-Borgeat, María Eugenia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Candida pseudorugosa is a novel species closely related to Candida rugosa for which only one case has been reported. We report the first case of a bloodstream infection in humans caused by a Candida sp. closely related to C. pseudorugosa. We contribute evidence to show this organism as a potential human pathogen that may be misidentified by conventional methods, also pointing out its lower sensitivity to azoles and other antifungal agents

Amino acid substitution in Cryptococcus neoformans lanosterol 14-α-demethylase involved in fluconazole resistance in clinical isolates

Fil: Bosco-Borgeat, María E. ANLIS Dr. C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Mazza, Mariana. ANLIS Dr. C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Taverna, Constanza Giselle. ANLIS Dr. C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Córdoba, Susana. ANLIS Dr. C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Murisengo, Omar A. ANLIS Dr. C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Vivot, Walter. ANLIS Dr. C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Davel, Graciela Odelsia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.The molecular basis of fluconazole resistance in Cryptococcus neoformans has been poorly studied. A common azole resistance mechanism in Candida species is the acquisition of point mutations in the ERG11 gene encoding the enzyme lanosterol 14-α-demethylase, target of the azole class of drugs. In C. neoformans only two mutations were described in this gene. In order to evaluate other mutations that could be implicated in fluconazole resistance in C. neoformans we studied the genomic sequence of the ERG11 gene in 11 clinical isolates with minimal inhibitory concentration (MIC) values to fluconazole of ≥16μg/ml. The sequencing revealed the G1855A mutation in 3 isolates, resulting in the enzyme amino acid substitution G484S. These strains were isolated from two fluconazole-treated patients. This mutation would not intervene in the susceptibility to itraconazole and voriconazole

Comparative analyses of classical phenotypic method and ribosomal RNA gene sequencing for identification of medically relevant Candida species

Made available in DSpace on 2015-09-21T17:25:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1914 bytes, checksum: 7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81f (MD5) mariana_boité_etal_IOC_2013.pdf: 754087 bytes, checksum: d93393de1339222992ebb04d972b71f6 (MD5) Previous issue date: 2013Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Departamento Micología. Buenos Aires, Argentina.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Departamento Micología. Buenos Aires, Argentina.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Departamento Micología. Buenos Aires, Argentina.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Departamento Micología. Buenos Aires, Argentina.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Leishmaniose. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Pesquisa em Leishmaniose. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Departamento Micología. Buenos Aires, Argentina.As the distribution of Candida species and their susceptibility to antifungal agents have changed, a new means of accurately and rapidly identifying these species is necessary for the successful early resolution of infection and the subsequent reduction of morbidity and mortality. The current work aimed to evaluate ribosomal RNA gene sequencing for the identification of medically relevant Candida species in comparison with a standard phenotypic method. Eighteen reference strains (RSs), 69 phenotypically identified isolates and 20 inconclusively identified isolates were examined. Internal transcribed spaces (ITSs) and D1/D2 of the 26S ribosomal RNA gene regions were used as targets for sequencing. Additionally, the sequences of the ITS regions were used to establish evolutionary relationships. The sequencing of the ITS regions was successful for 88% (94/107) of the RS and isolates, whereas 100% of the remaining 12% (13/107) of the samples were successfully analysed by sequencing the D1/D2 region. Similarly, genotypic analysis identified all of the RS and isolates, including the 20 isolates that were not phenotypically identified. Phenotypic analysis, however, misidentified 10% (7/69) of the isolates. Phylogenetic analysis allowed the confirmation of the relationships between evolutionarily close species. Currently, the use of genotypic methods is necessary for the correct identification of Candida species

Prevalence of Candida dubliniensis fungemia in Argentina: identification by a novel multiplex PCR and comparison of different phenotypic methods

Fil: Bosco-Borgeat, María Eugenia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Taverna, Constanza Giselle. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Córdoba, Susana. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Isla, Guillermina. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Murisengo, Omar Alejandro. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Szusz, Wanda. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Vivot, Walter. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Davel, Graciela. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Candida dubliniensis is an emerging pathogen that can cause invasive disease in patients who have a variety of clinical conditions. C. dubliniensis is often misidentified as Candida albicans by clinical laboratories. In Argentina, incidence data are still scarce, and only one systemic infection has been reported. This study aims to determine the prevalence of C. dubliniensis in blood samples in Argentina, to evaluate a novel PCR multiplex as well as several phenotypic methods for the identification of this yeast, and to know the susceptibility profile of isolates against seven antifungal drugs. We have found that prevalence in Argentina appears to be lower than that reported in other countries, occurring only in 0.96% of the Candidemia cases recovered in 47 hospitals during a 1-year period. All C. dubliniensis clinical isolates included in this study were genetically identical when comparing ITS genes sequences. This is in agreement with the previous studies suggesting little genetic variation within this species. The novel multiplex PCR proved to be 100% sensitive and specific for the identification of C. dubliniensis. Therefore, we propose its use as a rapid and inexpensive method for laboratories having access to molecular techniques. Although no single phenotypic test has proved to be infallible, both colony morphology on tobacco agar, as well as abundant chlamydospore formation on both tobacco agar and on sunflower seed agar, may be used as a presumptive differentiation method in routine mycology laboratories. It has been suggested that C. dubliniensis may have higher propensity to develop azole antifungal drug resistance than C. albicans. In this study, one of the five clinical isolates of C. dubliniensis was resistant to fluconazole

First case of Fungemia due to Pseudozyma aphidis in a pediatric patient with Osteosarcoma in Latin America

Fil: Orecchini, Luisa Alejandra. Hospital de niños de la Santísima Trinidad; Argentina.Fil: Olmos, Eugenia. Hospital de niños de la Santísima Trinidad; Argentina.Fil: Taverna, Constanza Giselle. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Murisengo, Omar Alejandro. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Szuzs, Wanda. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Vivot, Walter. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Córdoba, Susana. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Bosco-Borgeat, María Eugenia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento Micología; Argentina.Fil: Montanaro, Patricia Cristina. Hospital de niños de la Santísima Trinidad; Argentina.We report the first case of blood infection due to Pseudozyma aphidis in Latin America. We contribute evidence showing this organism to be a potential human pathogen, and we provide new data about its identification, drug susceptibility, and treatment outcome

Distribución de especies y perfil de sensibilidad de levaduras aisladas de hemocultivos: resultados de un estudio multicéntrico de vigilancia de laboratorio en Argentina

Fil: Córdoba, S. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Vivot, W. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Bosco-Borgeat, María Eugenia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Taverna, C. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Szusz, W. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Murisengo, O. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Isla, Guillermina. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Davel, Graciela Odelsia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Red Nacional de Laboratorios de Micología; Argentina.The Mycology Department of the Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas “Dr. C. Malbrán”, conducted the Second National Multicenter Survey on Fungemia due to Yeasts in Argentina. The aim was to obtain updated data of the frequency of the causative species encountered and their in vitro susceptibility to seven antifungal agents. Yeast species were identified by micromorphological and biochemical studies. Antifungal susceptibility testing was performed by the reference microdilution method E.Def 7.1 of the European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). A total of 461 viable yeasts were identified. The most frequent species were: Candida albicans (38.4 %), Candida parapsilosis (26 %), Candida tropicalis (15.4 %) and Candida glabrata (4.3 %). Other uncommon species, such as Candida viswanathii (0.6 %), Candida haemulonii (0.4 %), Candida inconspicua (0.2 %) and Candida fermentati (0.2 %) were also isolated. Among the Candida spp., 5.4 % and 1.6 % were resistant to fluconazole and voriconazole, respectively. Itraconazole and caspofungin were the most efficient agents against all Candida spp. tested (MIC 8 mg/l), 75 % of Trichosporon spp., and 100 % of Rhodotorula spp., Geotrichum candidum, Saccharomyces cerevisiae. The global percentage of mortality was 20 %. The presence of uncommon species reinforces the need for performing continuous laboratory surveillance in order to monitor possible changes, not only in the epidemiological distribution of species, but also in the resistance to antifungal drugs. El Departamento Micología del Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas “Dr. Carlos G. Malbrán” condujo el segundo estudio multicéntrico nacional sobre fungemias debidas a levaduras. El objetivo fue obtener datos actualizados sobre la distribución de especies y la sensibilidad in vitro frente a siete antifúngicos. Las levaduras fueron identificadas mediante el estudio de la micromorfología y la realización de pruebas bioquímicas. La determinación de la sensibilidad se realizó según el método de referencia E.Def 7.1 del European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). Se identificaron 461 levaduras. Las especies más frecuentes fueron Candida albicans (38,4 %), Candida parapsilosis (26 %), Candida tropicalis (15,4 %) y Candida glabrata (4,3 %). Se aislaron otras especies menos comunes, como Candida viswanathii (0,6 %), Candida haemulonii (0,4 %), Candida inconspicua (0,2 %) y Candida fermentati (0,2 %). Entre las especies del género Candida, el 5,4 % y el 1,6 % fueron resistentes al fluconazol y al voriconazol, respectivamente. El itraconazol y la caspofungina fueron los antifúngicos más eficaces in vitro frente a las especies de Candida evaluadas (CIM 8 mg/l), el 75 % de los aislamientos de Trichosporon spp. y el 100 % de los aislamientos de Rhodotorula spp., Geotrichum candidum y Saccharomyces cerevisiae. El porcentaje de mortalidad fue del 20 %. La presencia de especies infrecuentes refuerza la necesidad de realizar la continua vigilancia de laboratorio con el fin de monitorear posibles cambios, no solo en la epidemiología de las especies causantes de fungemia, sino también en la resistencia a los antifúngicos

Distribución de especies y perfil de sensibilidad de levaduras aisladas de hemocultivos: resultados de un estudio multicéntrico de vigilancia de laboratorio en Argentina

Fil: Córdoba, S. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Vivot, W. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Bosco-Borgeat, María Eugenia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Taverna, C. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Szusz, W. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Murisengo, O. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Isla, Guillermina. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Davel, Graciela Odelsia. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas. Departamento de Micología; Argentina.Fil: Red Nacional de Laboratorios de Micología; Argentina.The Mycology Department of the Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas “Dr. C. Malbrán”, conducted the Second National Multicenter Survey on Fungemia due to Yeasts in Argentina. The aim was to obtain updated data of the frequency of the causative species encountered and their in vitro susceptibility to seven antifungal agents. Yeast species were identified by micromorphological and biochemical studies. Antifungal susceptibility testing was performed by the reference microdilution method E.Def 7.1 of the European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). A total of 461 viable yeasts were identified. The most frequent species were: Candida albicans (38.4 %), Candida parapsilosis (26 %), Candida tropicalis (15.4 %) and Candida glabrata (4.3 %). Other uncommon species, such as Candida viswanathii (0.6 %), Candida haemulonii (0.4 %), Candida inconspicua (0.2 %) and Candida fermentati (0.2 %) were also isolated. Among the Candida spp., 5.4 % and 1.6 % were resistant to fluconazole and voriconazole, respectively. Itraconazole and caspofungin were the most efficient agents against all Candida spp. tested (MIC 8 mg/l), 75 % of Trichosporon spp., and 100 % of Rhodotorula spp., Geotrichum candidum, Saccharomyces cerevisiae. The global percentage of mortality was 20 %. The presence of uncommon species reinforces the need for performing continuous laboratory surveillance in order to monitor possible changes, not only in the epidemiological distribution of species, but also in the resistance to antifungal drugs. El Departamento Micología del Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas “Dr. Carlos G. Malbrán” condujo el segundo estudio multicéntrico nacional sobre fungemias debidas a levaduras. El objetivo fue obtener datos actualizados sobre la distribución de especies y la sensibilidad in vitro frente a siete antifúngicos. Las levaduras fueron identificadas mediante el estudio de la micromorfología y la realización de pruebas bioquímicas. La determinación de la sensibilidad se realizó según el método de referencia E.Def 7.1 del European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). Se identificaron 461 levaduras. Las especies más frecuentes fueron Candida albicans (38,4 %), Candida parapsilosis (26 %), Candida tropicalis (15,4 %) y Candida glabrata (4,3 %). Se aislaron otras especies menos comunes, como Candida viswanathii (0,6 %), Candida haemulonii (0,4 %), Candida inconspicua (0,2 %) y Candida fermentati (0,2 %). Entre las especies del género Candida, el 5,4 % y el 1,6 % fueron resistentes al fluconazol y al voriconazol, respectivamente. El itraconazol y la caspofungina fueron los antifúngicos más eficaces in vitro frente a las especies de Candida evaluadas (CIM 8 mg/l), el 75 % de los aislamientos de Trichosporon spp. y el 100 % de los aislamientos de Rhodotorula spp., Geotrichum candidum y Saccharomyces cerevisiae. El porcentaje de mortalidad fue del 20 %. La presencia de especies infrecuentes refuerza la necesidad de realizar la continua vigilancia de laboratorio con el fin de monitorear posibles cambios, no solo en la epidemiología de las especies causantes de fungemia, sino también en la resistencia a los antifúngicos

Development and validation of an extended database for yeast identification by MALDI-TOF MS in Argentina

Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has revolutionized the identification of microorganisms in clinical laboratories because it is rapid, relatively simple to use, accurate, and can be used for a wide number of microorganisms. Several studies have demonstrated the utility of this technique in the identification of yeasts; however, its performance is usually improved by the extension of the database. Here we developed an in-house database of 143 strains belonging to 42 yeast species in the MALDI Biotyper platform, and we validated the extended database with 388 regional strains and 15 reference strains belonging to 55 yeast species. We also performed an intra- and interlaboratory study to assess reproducibility and analyzed the use of the cutoff values of 1.700 and 2.000 to correctly identify at species level. The creation of an in-house database that extended the manufacturer's database was successful in view of no incorrect identification was introduced. The best performance was observed by using the extended database and a cutoff value of 1.700 with a sensitivity of .94 and specificity of .96. A reproducibility study showed utility to detect deviations and could be used for external quality control. The extended database was able to differentiate closely related species and it has potential in distinguishing the molecular genotypes of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii