Contribution à l'étude de la peste porcine en République Démocratique du Congo : approches épidémiologiques et virologiques

Les résultats de cette thèse sont présentés sous la forme d’un ensemble cohérent de quatre études. 1. – Caractérisation moléculaire des souches du virus de la peste porcine africaine (PPA) impliquées dans la persistance de l’infection en Afrique centrale (République Démocratique du Congo, RDC). Entre 1997 et 2000, sur 350 prélèvements de sang et organes provenant des porcs apparemment sains, 73 porcs (20,8%) avaient les anticorps dirigés contre la peste porcine africaine (PPA). Au cours de la même enquête, des organes prélevés sur les carcasses des porcs provenant d’une ferme familiale avec des mortalités constatées ont permis la détection de l’ADN du virus de la PPA. La caractérisation du virus a permis d’établir une similarité génétique avec des souches d’Afrique de l’Ouest, notamment du Nigeria et du Ghana. 2. – Estimation de la prévalence de la peste porcine africaine en République Démocratique du Congo et évaluation de la sensibilité et de la spécificité de trois tests ELISA en condition de terrain. Une étude a été menée sur 495 porcs domestiques apparemment en bonne santé de la RDC afin de déterminer le niveau d’exposition au virus de la PPA sur la base de 3 tests ELISA utilisant respectivement comme antigène la protéine VP72 soit sous forme brute (CP72) ou soit sous forme recombinante (rp72) et la protéine p30 recombinante (rp30). En outre, une PCR ciblant la région conservée du gène B646L codant pour la protéine de capside VP72 a été utilisée afin de déterminer l'exposition en fonction du stade de l'infection virus de la PPA. La prévalence apparente (PA) calculée avec les tests ELISA variait de 10% (48/482) avec la RP30 à 22,3% (79/354) avec la rp72. Basé sur des résultats positifs reproduits au moins par deux tests de diagnostic, la PA globale a été estimé à 17% (55/328). Parmi 495 animaux testés par PCR, l’ADN du virus de la PPA a été détecté chez 7 animaux (1,4%), dont 5 porcs séropositifs. En outre, en considérant le test ELISA CP72 comme référence, la sensibilité et la spécificité relatives des tests ELISA rp72 et rp30 ont été estimées sur un sous-ensemble de 328 porcs pour lesquels les résultats à tous les tests étaient disponibles. Le test ELISA rp72 avait une sensibilité relative de 93,5% (IC à 95%: 82,1 à 98,6) et une spécificité relative de 88,0% (IC à 95%: 83,6 à 91,5). Le test ELISA rp30 avait une sensibilité relative de 34,8% (IC à 95%: 21,3 à 50,2) et une spécificité relative de 93,7% (IC à 95%: 89,7 à 95,9). La combinaison globale de la PCR et des trois tests ELISA a révélé que 62% des cas positifs avaient au moins un de leur résultat confirmé par un autre test. Le test ELISA rp72 peut être recommandé dans le dépistage à grande échelle de la maladie dans les zones endémiques de PPA en Afrique comme une alternative au test ELISA de CP72. En outre, le test ELISA de rp30 peut être recommandé pour la confirmation à tout stade de l'infection, y compris dans les plus précoces en parallèle avec la PCR. 3 – La caractérisation génétique des isolats du virus de la PPA impliquées dans les foyers en République Démocratique du Congo, entre 2005 et 2012, révèle une co-circulation de trois Génotypes : I, IX et XIV et 16 variants du virus. L’étude a portée sur 62 pièces anatomiques de rates, ganglions hépato-gastriques, reins, cœurs, poumons, foies et estomacs provenant des 57 carcasses des porcs dont 54 provenant de foyers et 3 provenant des points d’abattage des marchés. L’ensemble représente 25 foyers au total. Ces foyers concernent 5 Provinces de la RDC, dont notamment l’Equateur, le Bas-Congo, le Katanga et Kinshasa. L’étude a révélé la co-circulation de 3 génotypes (I, IX et XIV) et 16 variants du virus. 4 - Immunisation des porcs des races Africaines avec le virus OURT88/3 du Génotype I induit une protection contre l’infection avec deux souches virulentes du Génotype I. La souche atténuée OURT88/3 du virus de la PPA, de genotype I, a déjà démontré son pouvoir protecteur chez les porcs domestiques de races européennes envers les isolats virulents du virus de la PPA. Pour déterminer si les réponses immunitaires protectrices pourraient également être induites chez des porcs de races indigènes de de la région Kinshassa en République démocratique du Congo, nous avons immunisé un groupe de 8 porcs avec la souche atténuée OURT88/3 et infecté les porcs 21 jours plus tard avec la souche virulente OURT88/1 du même génotype. Parmi les 8 porcs, 4 ont été protégés contre l’infection. Trois des 8 porcs sont morts du virus de la PPA et un 4ième est mort de cause inconnue. Les 4 porcs restants ont survécu à une seconde infection avec une souche virulente RDC 085/10 du virus de la PPA, de même génotype. Deux groupes contrôles de porcs non immunisés ont été infectés par la souche OURT88/1 ou la souche RDC 085/10 et ont développé des signes cliniques aigus de la PPA. Ils avaient des niveaux élevés de génome viral dans le sang