On the use of many-core Marvell ThunderX2 processor for HPC workloads

Marvell’s ThunderX2 has been the first Arm-based processor with deployments in large-scale HPC production systems, challenging the dominance that x86 processors had in the last decades. While x86 processors and its software stack have been characterized in detail, the behavior of Arm counterparts is not well known, limiting its adoption. This work methodically characterizes performance and power efficiency of the ThunderX2 running different HPC workloads compiled with two state-of-the-art compilers, GCC and Arm HPC Compiler. We study the maturity of available compilers and find that the Arm HPC Compiler is able to apply additional optimizations, resulting in better performance than GCC. In addition, we also compare both performance and power with respect to an Intel Skylake processor. Despite the faster single thread performance of Skylake, ThunderX2 is able to match performance on multi-threaded workloads due to its superior memory bandwidth. However, power efficiency of ThunderX2 is far from matching Skylake-based processors when AVX512 extensions are used

Aplicació de la metodologia POGIL a l'aprenentatge de la fisiologia

Podeu consultar la Vuitena trobada de professorat de Ciències de la Salut completa a: http://hdl.handle.net/2445/66524POGIL és l’acrònim de “Process Oriented Guided Inquiry Learning”. És una metodologia que encaixa amb el constructivisme: l’estudiant construeix el coneixement a partir de qüestions i tasques proposades pel professor. Una activitat POGIL consisteix en una sessió a l’aula en la que els estudiants treballen sobre un qüestionari amb activitats diverses, de forma que al final són ells mateixos els que elaboren el tema..

El bonus-test. Una experiència d’avaluació formativa a través del Campus virtual

La Fisiologia Humana és una assignatura comuna dels graus de Nutrició Humana i Dietètica (NHD) i de Ciència i Tecnologia dels Aliments (CTA), que es va posar en marxa el curs 2010-11. Ja des de l’inici vàrem plantejar l’avaluació de l’assignatura de forma continuada; l’objectiu és que els estudiants aprenguin continuadament. El curs incorpora activitats d’avaluació no acreditativa, per estimular l’estudi continuat i, per tant, el seguiment correcte de l’assignatura. Es tracta d’un conjunt de deu qüestionaris que es fan setmanalment a través del Campus Virtual i que aporten una bonificació a la nota final: els anomenem BONUS-TEST. Aquesta experiència l’hem portat a terme des que es va iniciar l’assignatura fins el curs actual

Dietary Supplementation with Spray-Dried Porcine Plasma Attenuates Colon Inflammation in a Genetic Mouse Model of Inflammatory Bowel Disease

Dietary supplementation with spray-dried porcine plasma (SDP) can modulate the immune response of gut-associated lymphoid tissue. SDP supplementation reduces acute mucosal inflammation, as well as chronic inflammation associated with aging. The aim of this study was to analyze if SDP supplementation could ameliorate colitis in a genetic mouse model of inflammatory bowel disease (IBD). Wild-type mice and Mdr1a knockout (KO) mice were administered a control diet or an SDP-supplemented diet from day 21 (weaning) until day 56. The histopathological index, epithelial barrier, and intestinal immune system were analyzed in the colonic mucosa. KO mice had higher epithelial permeability, increased Muc1 and Muc4 expression, and lower abundance of E-cadherin and Muc2 (all p < 0.001). SDP prevented these effects (all p < 0.05) and decreased the colonic inflammation observed in KO mice, reducing neutrophil and monocyte infiltration and activation and the percentage of activated T helper lymphocytes in the colonic mucosa (all p < 0.05). SDP also diminished proinflammatory cytokine expression and increased the anti-inflammatory IL-10 concentration in the colonic mucosa (all p < 0.05). In conclusion, dietary supplementation with SDP enhances colon barrier function and reduces mucosal inflammation in a mouse model of IBD

Absorció intestinal de monosacàrids.

El intestino es un órgano muy especializado, cuya funcion primaria es captar los nutrientes que constituyen la dieta para transferirlos al torrente sanguineo, desde donde seran distribuidos a todo el organismo. El presente trabajo es una recopilación de los conocimientos actuales sobre los mecanismos implicados en la absorción intestinal de monosacáridos. Dicho proceso consiste en el paso de los monosacáridos a través de la membrana luminal (borde 'en cepillo') por transporte mediado concentrativo (transporte active) y por difusión simple. Una vez en el interior del enterocito, los monosacáridos salen de la célula a través de la membrana basolateral, ya sea por transporte mediado equilibrativo (difusión facilitada) o bien per difusión simple. De esta manera alcanzan la lámina propia, desde donde Ilegan al compartimiento plasmático. El proceso que tiene lugar en la membrana luminal consiste en el cotransporte del substrato y del ion sodio y esta mantenido per el gradiente electroquímico de Na+ y por el potencial de membrana. Se trata de un mecanismo dependiente de la energia metabólica y de la presencia de Na+ en el medio extracelular

Absorció d'hexoses a través de l'epiteli intestinal.

En aquesta revisió es fa una recopilació dels coneixements actuals sobre els mecanismes implicats en 1'absorció intestinal de monosacàrids. A més dels mecanismes inespecífics,caracteritzats pel moviment passiu a favor de gradient per les vies transcel·lular i paracel·lular, els monosacàrids són transportats per proteïnes específiques de la membrana de 1'enteròcit. Aquests transportadors son proteïnes que presenten dotze segments transmembrana, i s'agrupen en dues grans famílies: els SGLT, caracteritzats per cotransportar Na+ i hexosa i ésser capaços d'acumular el substrat en contra de gradient, i els GLUT, que són transportadors facilitats que només funcionen a favor de gradient. Durant el proces d'absorció, 1'SGLT1 apical transporta D-glucosa i D-galactosa amb gran afinitat mentre que la D-fructosa penetra a traves del GLUT5. A la membrana basolateral hi ha un sistema de baixa afinitat, anomenat GLUT2 que transporta tots tres monosacàrids cap al medi intern. La regulació del transport de monosacàrids depèn de factors genètics i del control que exerceixen els mateixos substrats transportats. En tractar-se de nutrients no essencials amb una funció merament energètica, el patró adaptatiu consisteix en la inducció de transport pel mateix substrat present a la llum intestinal. L'augment de la capacitat de transport es correlaciona amb 1'expressió o la densitat de SGLT1, GLUT5 i GLUT2. A elevades concentracions luminals de monosacàrids , la regulació de la permeabilitat de la via paracel·lular pot representar una fracció considerable del flux transepitelial d'aquest tipus de nutrients

Accurate and efficient constrained molecular dynamics of polymers using Newton's method and special purpose code

In molecular dynamics simulations we can often increase the time step by imposing constraints on bond lengths and bond angles. This allows us to extend the length of the time interval and therefore the range of physical phenomena that we can afford to simulate. We examine the existing algorithms and software for solving nonlinear constraint equations in parallel and we explain why it is necessary to advance the state-of-the-art. We present ILVES-PC, a new algorithm for imposing bond constraints on proteins accurately and efficiently. It solves the same system of differential algebraic equations as the celebrated SHAKE algorithm, but ILVES-PC solves the nonlinear constraint equations using Newton’s method rather than the nonlinear Gauss-Seidel method. Moreover, ILVES-PC solves the necessary linear systems using a specialized linear solver that exploits the structure of the protein. ILVES-PC can rapidly solve constraint equations as accurately as the hardware will allow. The run-time of ILVES-PC is proportional to the number of constraints. We have integrated ILVES-PC into GROMACS and simulated proteins of different sizes. Compared with SHAKE, we have achieved speedups of up to 4.9× in single-threaded executions and up to 76× in shared-memory multi-threaded executions. Moreover, ILVES-PC is more accurate than P-LINCS algorithm. Our work is a proof-of-concept of the utility of software designed specifically for the simulation of polymers