Functional characterization of a miniature inverted transposable element at the origin of mcr-5 gene acquisition in Escherichia coli

Plasmid-mediated colistin resistance of the mobile colistin resistance (MCR) type is a growing concern in Enterobacteriaceae since it has been described worldwide in humans and animals. Here, we identified a series of MCR-producing Escherichia coli isolates corresponding to two different clones (represented by isolates PS1 and PS8b) producing MCR-1 and MCR-5, respectively, obtained from pig fecal samples in France. Plasmid analysis showed that the plasmid carrying the mcr-1 gene (pPS1) possesses an IncHI2 backbone, whereas the mcr-5 gene was carried onto a 6,268-bp nontypeable non-self-conjugative plasmid (pPS8b). Detailed analysis of plasmid pPS8b revealed a 3,803-bp-long cassette containing the mcr-5 gene that was bracketed by two inverted-repeat (IR) sequences with 5-bp-long direct repeats at each extremity, similarly to an insertion sequence, but with the exception that no transposase gene was identified within this cassette. By performing in vitro transposition experiments, we showed that the mcr-5 cassette could be mobilized by the TnAs1 transposase provided in trans, displaying a mobilization mechanism similar to that of miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs)

Culicoides, hematophagous Diptera vectors of Bluetongue disease

Bluetongue is an exotic viral disease qualified as “re-emerging” in Europe, and whose vectors are small hematophagous diptera of Ceratopogonidae family (Culicoides genus). The best-known Culicoides species is Culicoides imicola, which is the main vector incriminated in Europe. The development of this insect includes several larval stages, before moulting into the nymph stage, and finally within a few days into a mature adult, which is able to reproduce. The Bluetongue virus replicates in the adult insect, and its concentration in the insect’s saliva can be multiplied a thousand fold. These insects do not harbour just only carry only Bluetongue virus. Over fifty other viruses have been isolated from Culicoides caught in traps. These insects represent a major health hazard, which must be monitored, since they are found with all types of climates: from Finland to the tropics, and from the United States to Europe. Their geographical extension is dependent on climatic factors, which can influence their biology, each species having its own specificity and geographical distribution. Various Culicoides species have thus managed to colonise Europe and Culicoides imicola is responsible for the transmission of epizootics rife in Corsica since the year 2000. This vector species now seems to constitute an increasing threat for the continent.Les insectes vecteurs de la fièvre catarrhale, maladie virale exotique qualifiée de « ré-émergente » en Europe, appartiennent au genre Culicoides et sont de petits diptères hématophages de la famille des Cératopogonidés. L’espèce la plus connue est Culicoides imicola, qui est le principal vecteur incriminé en Europe. Leur développement passe par différents stades larvaires, suivis d’une transformation en nymphe, pour aboutir après quelques jours à l’adulte mature, capable de se reproduire. La réplication du virus a lieu chez cet adulte; elle permet de multiplier par 1000 la concentration virale dans la salive de l’insecte. Ces insectes ne véhiculent pas seulement le virus de la fièvre catarrhale du mouton. Plus d’une cinquantaine d’autres virus ont été isolés à partir de Culicoides récoltés par piégeage. Ces insectes représentent un risque sanitaire majeur qu’il est important de surveiller, d’autant plus qu’on les retrouve sous tous les types de climats, de la Finlande jusqu’aux Tropiques, en passant par les Etats-Unis et l’Europe. Leur extension géographique est conditionnée par certains facteurs climatiques qui peuvent influer sur leur biologie, chaque espèce ayant ses propres spécificités et sa propre localisation. Diverses espèces de Culicoides sont ainsi parvenues à coloniser l’Europe et C. imicola est responsable de la transmission des épizooties de fièvre catarrhale qui sévissent en Corse depuis les années 2000. Cette espèce vectrice semble d’ailleurs menacer de plus en plus le continent

LA RACE BOVINE VOSGIENNE

La vache de race Vosgienne est aisément reconnaissable par son petit gabarit et sa robe caractéristique (bandes blanches dorsale et ventrale, flancs noirs avec plus ou moins de mouchetures). Sa rusticité lui permet de composer avec les pentes abruptes et les conditions climatiques de la moyenne montagne des Vosges. Race mixte par excellence, elle fournit un lait de qualité, idéal pour la fabrication du fromage Munster. Ses qualités bouchères sont en revanche sousexploitées. Alors que ses effectifs étaient au plus bas (3000 représentants en 1975), la Vosgienne a fait l'objet d'un plan de relance. Deux taureaux Telemark norvégiens ont été importés pour apporter du " sang neuf " et améliorer le potentiel génétique de la race. Depuis, la création d'un centre d'insémination et la sélection génétique ont permis le développement de ses qualités et l'augmentation de ses effectifs, supérieurs aujourd'hui à 10.000 vaches.MAISONS-ALFORT-Ecole Vétérin (940462302) / SudocSudocFranceF

LA PARAMPHISTOMOSE BOVINE ENQUETE EPIDEMIOLOGIQUE DANS L'EST DE LA FRANCE

Paramphistomum daubneyi, longtemps considéré comme peu pathogène, semble en extension en France. Ce trématode de la famille des Para mphistomidés, dont le cycle biologique est proche de celui de Fasciola hepatica est à l'origine de deux formes cliniques: une forme aiguë larvaire entraînant de fortes diarrhées et pouvant entraîner la mort, et une forme chronique due aux parasites adultes dont les symptômes évoquent une atteinte non spécifique du système digestif. Peu de molécules actives contre les paramphistomes sont autorisées en France. Un traitement à base d'oxyclosanide à la dose de 10,2 mg/kg sans stop dose réalisé pendant l'hiver, après dépistage coproscopique, serait bénéfique mais il ne dispose pas d'AMM. Une enquête épidémiologique a été réalisé à l'abattoir de Mirecourt en 2001 pour mettre en évidence la présence du parasite dans le rumen des bovins abattus et évaluer la prévalence de l'infestation en région Lorraine. 30% des bovins abattus étaient parasités. Les bovins adultes étaient plus infestés que les bovins de moins de deux ans. Les animaux de race allaitante étaient aussi plus touchés que les animaux de type laitier. Par contre, aucune différence significative n'a été mise en évidence entre mâles et femelles. L'augmentation constante de la prévalence de cette affection depuis plusieurs années devrait amener vétérinaires et éleveurs à s'impliquer davantage dans la lutte contre celle-ci.MAISONS-ALFORT-Ecole Vétérin (940462302) / SudocSudocFranceF

Conception et réalisation du site Internet de l'Unité Pédagogique de Pathologie Médicale du Bétail et des Animaux de Basse-cour de l'Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort

Internet est devenu ces dix dernières années un média incontournable, en particulier en termes d enseignement avec le développement des TICE (Technologies de l Information et de la Communication pour l Education). Le Web (réseau mondial d ordinateurs connectés grâce à Internet) répond à un besoin de formation et d information à travers un support attrayant, en particulier pour les nouvelles générations. C est pourquoi l unité pédagogique (UP) de Pathologie médicale du bétail a décidé de se doter d un site Internet. Ce travail de thèse est attaché à développer un nouvel outil de formation, que ce soit pour les étudiants pendant leur cursus ou pour les vétérinaires au cours de leur pratique. Ce site Internet présente l Unité au travers de ses enseignants, de ses locaux et des programmes. Cet outil de formation complémentaire repose également sur une banque d images de cas cliniques et un recueil de vidéos présentant des symptômes évocateurs et des gestes techniques de base. Le planning et un recueil de liens complètent ce site Internet qui devra être réactualisé fréquemment par les membres de l UP. Ce manuscrit explique tout d abord la portée d Internet et de l informatique dans le monde de l enseignement. Ensuite, il présente les principales pages du site tout en décrivant la démarche adoptée lors de sa conception. Enfin, la dernière partie explique comment modifier les pages du site, ce qui permettra de le faire vivre en le mettant à jour.TOULOUSE-EN Vétérinaire (315552301) / SudocMAISONS-ALFORT-Ecole Vétérin (940462302) / SudocSudocFranceF

LA FIEVRE CATARRHALE DU MOUTON : METHODES DE DIAGNOSTIC ET SITUATION EPIDEMIOLOGIQUE EN CORSE

La fièvre catarrhale est une arbovirose affectant les ruminants et plus particulièrement les ovins dont elle provoque fréquemment la mort. L'agent responsable de cette maladie est un virus appartenant au genre Orbivirus de la famille des Reoviridae. Son génome est constitué de 10 segments d'ARN double brin. Il est transmis par l'intermédiaire d'arthropodes hématophages de la famille des Culicoides. Face aux épizooties qui ont touché la Corse en 2000 et 2001, l'AFSSA-LERPAZ de Maisons-Alfort, et plus précisément l'unité VEE, a été nommé laboratoire de référence pour le diagnostic virologique de la fièvre catarrhale. Pour cela, elle dispose des méthodes classiques d'isolement viral ainsi que d'une RT PCR qu'elle a pu développer selon les méthodes de référence du manuel de diagnostic de l'OIE. Cette dernière par sa sensibilité, sa spécificité et sa rapidité a contribué à contenir les épizooties corses et d'en déterminer l'origine. Ainsi, le rôle primordial du réchauffement climatique et de ses conséquences sur le vecteur de la fièvre catarrhale ont été mis en avant. Ils soulignent la nécessité de mettre en place une surveillance sanitaire pour limiter l'apparition, dans les années à venir, de nouveaux foyers en Corse ou sur le continent, où les conditions climatiques semblent également favorables.MAISONS-ALFORT-Ecole Vétérin (940462302) / SudocSudocFranceF

ENQUETE SUR L'ETIOLOGIE DES DIARRHEES DES VEAUX NOUVEAU-NES EN HAUTE-VIENNE DE 1994 A 1998. EVOLUTION DE L'ANTIBIORESISTANCE DES COLIBACILLES ISOLES AU LDA 87

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La maladie hémorragique épizootique des cervidés, maladie émergente chez les bovins ?

La maladie hémorragique épizootique des cervidés (EHD : Epizootic Hemorrhagic Disease) est une arbovirose inscrite sur la liste de l'OIE (Organisation mondiale pour la santé animale, anciennement Office international des épizooties) qui touche les ruminants aussi bien sauvages (essentiellement les cervidés) que domestiques (essentiellement les bovins). L'agent responsable est un virus proche de celui de la FCO (Fièvre catarrhale ovine), appartenant au même genre des Orbivirus et à la même famille des Reoviridæ que celui-ci. Il est transmis par des arthropodes hématophages de la famille des Culicoides. Le virus de l'EHD est responsable d'épizooties saisonnières meurtrières chez les cervidés. Chez les bovins, les conséquences économiques de l'infection sont souvent plus importantes que les conséquences sanitaires elles-mêmes. Néanmoins, suite aux nombreuses épizooties qui ont touché les bovins depuis le début des années 2000 en Afrique du Nord et au Moyen-Orient, les questions de l'émergence effective de cette maladie dans le monde et de son émergence future en Europe se posent avec acuité. L'apparition, l'évolution et la réussite d'une maladie émergente, définie comme une maladie dont l'incidence réelle augmente dans le temps et/ou dans l'espace, sont toutes trois sous l'influence de nombreux facteurs naturels et anthropiques qui agissent sur le complexe virus-vecteur-hôte. Dans le cas de l'EHD, de nombreux facteurs de risque d'émergence sont d'ores et déjà réunis en Europe. Face au risque d'arrivée du virus sur le continent, des recommandations générales sur les mesures de lutte à appliquer ont été rappelées par les autorités sanitaires. Une difficulté majeure risque cependant de se présenter, qui pourra retarder la mise en oeuvre de mesures de lutte adaptées : le risque important de confusion entre l'EHD et la FCO, tant sur le plan du diagnostic clinique que du diagnostic de laboratoire.MAISONS-ALFORT-Ecole Vétérin (940462302) / SudocSudocFranceF

Intérêt de la mise en place d'une certification du cheptel bovin français vis-à-vis de la paratuberculose bovine

La paratuberculose bovine est une maladie chronique infectieuse et contagieuse due à la multiplication dans l'organisme de la mycobactérie appelée M. paratuberculosis. Cette maladie est répandue dans tous les pays pratiquant l'élevage intensif des bovins et provoque de très lourdes pertes économiques. La lutte collective contre cette infection s'organise. L'Australie, les États-Unis et les Pays Bas ont mis en place des programmes de certification. Le but de ces programmes est d'atteindre une garantie collective par niveaux progressifs. En effet si un seul contrôle négatif ne peut pas constituer une garantie absolue, un nombre répété de contrôles négatifs permet d'augmenter le niveau de confiance vis à vis du statut de troupeau indemne. En France, le contrôle de la paratuberculose au sein du cheptel bovin est maintenant organisé, aussi bien en ce qui concerne les aspects curatifs que préventifs grâce à la mise en place de deux programmes nationaux. Cependant le nombre d'élevages engagés est encore irrégulier et dépend de différents facteurs tels que l'épidémiologie, le type de production, l'historique de l'élevage... La mise en place d'une certification du troupeau bovin français vis-à-vis de la paratuberculose permettrait d'une part, d'améliorer le statut sanitaire national du cheptel français répondant ainsi aux attentes des différentes filières bovines françaises et d'uniformiser les initiatives locales, et d'autre part permettrait de se préparer aux différentes exigences possibles émises par les pays déjà engagés dans un processus de certification. L'Association pour la Certification de la Santé Animale (ACERSA) a donc étudié la faisabilité de la mise en place d'un processus de certification en proposant un protocole comprenant deux niveaux de garantie. Le groupe d'experts a donc pratiqué une étude coût/bénéfice. Dans un premier temps, les bénéfices résultant de l'achat d'un animal certifié ont été calculés puis comparés au coût de l'animal vendu. Cette étude fait apparaître que la certification du troupeau bovin français vis-à-vis de la paratuberculose est réalisable techniquement et financièrement mais nécessiterait une gestion administrative et financière lourde.MAISONS-ALFORT-Ecole Vétérin (940462302) / SudocSudocFranceF

Entérotoxémie, comparaison des formes ovines et caprines

Les entérotoxémies constituent une dominante pathologique en élevage ovin et caprin, provoquant une mort subite. L'agent étiologique majeur affectant les petits ruminants est Clostridium perfringens, mais l'expression clinique est très spécifique. La forme ovine est généralisée et nerveuse avec des lésions peu caractéristiques, liées à la toxémie. La forme caprine est digestive, avec de fréquentes lésions d'entérocolite. La maîtrise des facteurs de risque et la vaccination permettent de prévenir la maladie chez les ovins. L'efficacité vaccinale est très contestée chez les caprins, car la réponse vaccinale subit d'importantes fluctuations individuelles. Cette variabilité s'explique probablement par une différence de sensibilité aux toxines clostridiennes. La maladie est reproductible et modélisable sur animal vivant ou sur cellules épithéliales digestives, endothéliales vasculaires et nerveuses. Aucune étude à ce jour ne permet de mieux cerner les facteurs de sensibilité aux toxines.MAISONS-ALFORT-Ecole Vétérin (940462302) / SudocSudocFranceF