Análisis genético poblacional en llamas Lama glama (Linnaeus, 1758) de la región Puno utilizando la región control del ADN mitocondrial

Publicación a texto completo no autorizada por el autorEvalúa la diversidad genética en las poblaciones de Lama glama (llama) en las regiones de Puno y Cuzco, para conocer la variabilidad genética contenida en el Banco de Germoplasma de la Estación Experimental (E. E.) Quimsachata – Puno, del Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA) creada hace 25 años por el gobierno peruano, para consolidar los planes de manejo y conservación. La extracción del material genético se realiza a partir de muestras de folículos pilosos en animales pertenecientes a los pequeños y medianos productores de llamas de las provincias de Melgar, El Collao, Chicuito y Lampa en la región Puno; asimismo, Quispicanchi, Canchis y Espinar en la región Cuzco. Se analiza el dominio hipervariable I de la región control del ADN mitocondrial de 282 individuos por PCR. Los productos de la amplificación son secuenciados y analizados a nivel intraespecífico, poblacional y filogenético. Se identifican 29 haplotipos a partir de las secuencias analizadas. Las poblaciones presentan alta diversidad genética y haplotípica, y sus distancias genéticas pequeñas. El análisis de la red de haplotipos muestra que las poblaciones de llamas comparten linajes maternos con guancos, vicuñas y alpacas. Es una población con historia demográfica estable, producto de su origen múltiple de las diversas subespecies de camélidos. Y en la E. E. Quimsachata se conservan los linajes maternos más frecuentes, ampliamente distribuidos y los compartidos con guanacos, vicuñas y alpacas. Los análisis de estructuración poblacional revelan que no existe estructuración geográfica y no hay correlación geográfica con la composición genética. Además, a nivel de variedad se hace evidente la ausencia de estructuración genética, y el fuerte efecto de hibridación. Sin embargo, la gran diversidad genética contenida en las regiones de Puno y Cuzo, y los catorce nuevos linajes maternos encontrados, convierte estas regiones en lugares potenciales para la conservación y diseño de futuros planes de manejo genético para la especie.Tesi

Multidrogorresistencia de Salmonella infantis en Perú: un estudio mediante secuenciamiento de nueva generación

Objetivos. Describir los patrones fenotípicos y genotípicos de la resistencia antimicrobiana de Salmonella Infantis en Perú. Materiales y Métodos. Se analizaron 297 cepas de Salmonella sp. remitidas al Instituto Nacional de Salud (INS) en el periodo 2014-2016. Las cepas fueron caracterizadas fenotípicamente mediante pruebas microbiológicas, serológicas y de susceptibilidad antimicrobiana. En base a los patrones de resistencia antimicrobiana se seleccionaron 46 cepas que fueron caracterizadas genéticamente mediante secuenciamiento de nueva generación. Resultados. Se identificaron 193/297 (65,0%) cepas de Salmonella Infantis, de la cuales 143 (74,1%) fueron multidrogorresistentes productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Con el secuenciamiento genómico se evidenció un nuevo perfil para Salmonella Infantis, además, se identificó la presencia de 15 diferentes determinantes genéticos de resistencia a los antimicrobianos codificados en cromosoma bacteriano y cinco codificados en un megaplásmido. Los patrones de resistencia fenotípicos y genotípicos coincidieron, a excepción de la ceftazidima. Asimismo, las 46 cepas presentaron resistencia y/o sensibilidad disminuida a las quinolonas. Conclusiones. Salmonella Infantis se ha convertido en una de las serovariedades más frecuentemente referidas al INS, la cual incluye cepas multidrogoresistentes productoras de BLEE con resistencia a las quinolonas. Finalmente, se reafirma la relevancia del secuenciamiento de nueva generación en la caracterización de nuevas variantes de patógenos de importancia para la salud pública y su uso potencial en los sistemas de vigilancia de resistencia antimicrobiana

Primer aislamiento y caracterización de la cepa prototipo del virus SARS-CoV-2 a inicios de la pandemia de la COVID-19 en el Perú

Introduction: Currently, infections by the SARS-CoV-2 virus exceed 600 million cases in the world. Objective: Isolation and characterization of the SARS-CoV-2 virus causing COVID-19 at the beginning of the pandemic in Peru. Materials and methods: Twenty nasal and pharyngeal swab samples were isolated SARS-CoV-2 using two cell lines, Vero ATCC CCL-81 and Vero E-6; virus identification was performed by RT-PCR and the onset of cytopathic effect (CPE) was evaluated by indirect immunofluorescence and subsequent identification by genomic sequencing. One of the most widely circulating isolates was selected and named the prototype strain (PE/B.1.1/28549/2020). Then 10 successive passages were performed in Vero ATCC CCL-81 cells to assess mutation dynamics. Results: Results detected 11 virus isolates by cytopathic effect, and subsequently confirmed by RT-PCR and indirect immunofluorescence. Of these, six were sequenced and identified as the lineages B.1, B.1.1, B.1.1.1, and B.1.205 according to the Pango lineage nomenclature. The prototype strain corresponded to lineage B.1.1. The analysis of the strains from the successive passages showed mutations mainly at in the spike (S) protein of the virus without variation in the identity of the lineage. Conclusions: Four lineages were isolated in the Vero ATCC CCL-81 cell line. Subcultures in the same cell line show mutations in the spike protein indicating greater adaptability to the host cell and variation in pathogenicity in vitro, a behavior that allows it to have more survival success.Introducción: Actualmente los contagios por el virus del SARS-CoV-2 supera los 600 millones de casos en el mundo. Objetivo: Aislar y caracterizar el virus SARS-CoV-2 causante de la COVID-19 a inicios de la pandemia en el Perú. Materiales y métodos: Se realizó el aislamiento viral a partir de 20 muestras de hisopado nasal y faríngeo positivas a SARS-CoV-2 por RT-PCR. El aislamiento se realizó en las líneas celulares Vero ATCC CCL-81 y Vero E6, evaluando el efecto citopático, la presencia del virus por RT-PCR, inmunofluorescencia indirecta (IFI) y posterior identificación por secuenciación genómica. Posteriormente, uno de los aislamientos de mayor circulación fue seleccionado y denominado cepa prototipo (PE/B.1.1/28549/2020), realizándose 10 pasajes sucesivos en células Vero ATCC CCL-81 para evaluar la dinámica de mutaciones. Resultados: Se observaron 11 aislamientos de virus por efecto citopático confirmándose por RT-PCR e IFI, de los cuales 6 fueron secuenciados identificándose los linajes B.1, B.1.1, B.1.1.1 y B.1.205, según el comité Pango de los genomas. La cepa prototipo corresponde a la variante B.1.1 y el análisis de las secuencias de los pasajes sucesivos mostró mutaciones a nivel de la proteína de la espiga (S) del virus, sin variación en la identidad del linaje. Conclusiones: Se aislaron 4 linajes en la línea celular Vero ATCC CCL-81. Los subcultivos en la misma línea celular muestran mutaciones en la proteína de la espiga, lo que indica mayor adaptabilidad a la célula hospedera y variación de la patogenicidad in vitro, comportamiento que le permite tener más éxito de supervivencia

Variante Ómicron (BA.1) presenta menor replicación in vitro que la variante del año 2020 (B.1.1) del virus SARS-CoV-2

Sr. Editor, A dos años de la pandemia de la COVID-19, a finales de junio del 2022 los peruanos estamos enfrentando la cuarta ola causada por la variante Ómicron del virus SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus). A diferencia de la primera ola de la COVID-19 en marzo del 2020, causada por el linaje viral B.1.1, la tercera y cuarta ola han sido causadas por los linajes y sublinajes de la variante Ómicron (1,2), los cuales se caracterizan por ser más transmisibles, pero causan la enfermedad menos grave y menor mortalidad, comportamiento observado durante la evolución epidemiológica de la enfermedad. Con el objetivo de evaluar el comportamiento in vitro en la replicación viral del linaje B.1.1, linaje de mayor frecuencia y persistencia en el tiempo durante la primera ola del 2020 (3), con el linaje BA.1 (variante Ómicron) de la tercera ola en el Perú, se comparó la replicación de 10 generaciones sucesivas de las 2 variantes (B.1.1 y BA.1), observándose que el linaje del 2020 se replica rápidamente in vitro, con alto título viral y causando daño celular, a diferencia de la variante Ómicron (linaje BA.1) que presenta replicación lenta causando leve daño celular. Este hallazgo podría correlacionar con la gravedad de la enfermedad observada en las olas ocasionadas por las mencionadas variantes, y contrasta con la capacidad de infección observada por las mismas, aunque otro factor que juega un rol importante es la protección inmune, sea por infecciones previas a lo que se suma la vacunación de la población

Influence of salinity on the degradation of xenobiotic compounds in rhizospheric mangrove soil

Mangroves are highly productive tropical ecosystems influenced by seasonal and daily salinity changes, often exposed to sewage contamination, oil spills and heavy metals, among others. There is limited knowledge of the influence of salinity on the ability of microorganisms to degrade xenobiotic compounds. The aim of this study were to determine the salinity influence on the degradation of xenobiotic compounds in a semi-arid mangrove in La Guajira-Colombia and establish the more abundant genes and degradation pathways. In this study, rhizospheric soil of Avicennia germinans was collected in three points with contrasting salinity (4H, 2 M and 3 L). Total DNA extraction was performed and shotgun sequenced using the Illumina HiSeq technology. We annotated 507,343 reads associated with 21 pathways and detected 193 genes associated with the degradation of xenobiotics using orthologous genes from the KEGG Orthology (KO) database, of which 16 pathways and 113 genes were influenced by salinity. The highest abundances were found in high salinity. The degradation of benzoate showed the highest abundance, followed by the metabolism of the drugs and the degradation of chloroalkane and chloroalkene. The majority of genes were associated with phase I degradation of xenobiotics. The most abundant genes were acetyl-CoA C-acetyltransferase (atoB), catalase-peroxidase (katG) and GMP synthase (glutamine-hydrolysing) (guaA). In conclusion, the metagenomic analysis detected all the degradation pathways of xenobiotics of KEGG and 59% of the genes associated with these pathways were influenced by salinity. Mangroves have the ability to degrade various xenobiotic compounds under different levels of salinity.Fil: Muñoz García, Andrea. Universidad Antonio Nariño; ColombiaFil: Mestanza, Orson. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Isaza, Juan Pablo. Universidad Antonio Nariño; ColombiaFil: Figueroa Galvis, Ingrid Paola. Universidad Nacional de Colombia; Colombia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Vanegas, Javier. Universidad Antonio Nariño; Colombi

Effect of salinity on fungal diversity in the rhizosphere of the halophyte Avicennia germinans from a semi-arid mangrove

This study aimed to inventory fungal populations associated with the rhizosphere of Avicennia germinans in different salinity levels in a semi-arid mangrove in the Colombian tropics. Targeting the ITS1 and ITS2 regions provided complementary information, allowing a better approach to inventorying the fungal biodiversity. Amorosia and Aspergillus were the most abundant ascomycete genera, while Cystobasidium was the most abundant basidiomycete genus. Only five genera showed significant differences in abundance among the three salinity levels. Nevertheless, 65.4% of the genera were classified as exclusive for a specific salt content. Saprotrophs were the most abundant functional group and symbiotrophs were detected as mycorrhizas, fungi with biocontrol activity and entomopathogenic activity. These ecological groups play an important role in the cycling of organic matter and the availability of nutrients for mangrove plants and their tolerance to environmental and biotic stresses. This study highlights soil salinity as a determining factor in the composition of the fungal community in mangroves.Fil: Vanegas, Javier. Universidad Antonio Nariño; ColombiaFil: Muñoz García, Andrea. Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca.; ColombiaFil: Pérez Parra, Katty Alejandra. Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca.; ColombiaFil: Figueroa Galvis, Ingrid Paola. Universidad Nacional de Colombia; Colombia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mestanza, Orson. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Polanía, Jaime. Universidad Nacional de Colombia. Sede Medellin; Colombi

WGS-Based Lineage and Antimicrobial Resistance Pattern of Salmonella Typhimurium Isolated during 2000–2017 in Peru

Salmonella Typhimurium is associated with foodborne diseases worldwide, including in Peru, and its emerging antibiotic resistance (AMR) is now a global public health problem. Therefore, country-specific monitoring of the AMR emergence is vital to control this pathogen, and in these aspects, whole genome sequence (WGS)—based approaches are better than gene-based analyses. Here, we performed the antimicrobial susceptibility test for ten widely used antibiotics and WGS-based various analyses of 90 S. Typhimurium isolates (human, animal, and environment) from 14 cities of Peru isolated from 2000 to 2017 to understand the lineage and antimicrobial resistance pattern of this pathogen in Peru. Our results suggest that the Peruvian isolates are of Typhimurium serovar and predominantly belong to sequence type ST19. Genomic diversity analyses indicate an open pan-genome, and at least ten lineages are circulating in Peru. A total of 48.8% and 31.0% of isolates are phenotypically and genotypically resistant to at least one antibiotic, while 12.0% are multi-drug resistant (MDR). Genotype–phenotype correlations for ten tested drugs show >80% accuracy, and >90% specificity. Sensitivity above 90% was only achieved for ciprofloxacin and ceftazidime. Two lineages exhibit the majority of the MDR isolates. A total of 63 different AMR genes are detected, of which 30 are found in 17 different plasmids. Transmissible plasmids such as lncI-gamma/k, IncI1-I(Alpha), Col(pHAD28), IncFIB, IncHI2, and lncI2 that carry AMR genes associated with third-generation antibiotics are also identified. Finally, three new non-synonymous single nucleotide variations (SNVs) for nalidixic acid and eight new SNVs for nitrofurantoin resistance are predicted using genome-wide association studies, comparative genomics, and functional annotation. Our analysis provides for the first time the WGS-based details of the circulating S. Typhimurium lineages and their antimicrobial resistance pattern in Peru