Utilisation de marqueurs génétiques en sélection : les activités de Labogena

National audienceLe diagnostic génétique appliqué à la sélection animale n’est pas récent, mais des progrès fantastiques ont été réalisés ces dernières années grâce à l’émergence des techniques de biologie moléculaire. L’évolution du nombre d’analyses réalisées par LABOGENA, 45 000 en 1988 pour plus de 100 000 en 1998, est bien la preuve de cet essor. Si deux tiers des activités demeurent traditionnelles, 30 % sont réalisées grâce aux marqueurs de l’ADN et la tendance va encore s’accentuer. La biologie moléculaire permet de réaliser des progrès et d’augmenter les possibilités de diagnostic : les supports biologiques utilisables sont nombreux (sang, poil, peau, viande, embryon, sperme …) ; l’émergence de nouveaux marqueurs polymorphes comme les marqueurs microsatellites de l’ADN permet l’identification et le contrôle de filiations pour de nouvelles espèces (Porc, Chien, Turbot …) ; les diagnostics peuvent être réalisés très précocement par l’analyse directe des variations des gènes impliqués (exemple de la qualité fromagère du lait déterminée sur les futurs reproducteurs mâles) ; les pathologies d’origine génétique peuvent être recherchées par les mutations causales (hyperthermie maligne, tremblante …). Ces informations sur les génotypes aident les sélectionneurs à définir leurs stratégies et permettent d’assurer une bonne gestion des reproducteurs et des populations animales

Apports actuels et futurs des marqueurs génétiques dans l’amélioration des populations animales. Les contrôles de filiation dans les populations

Le contrôle de filiation est utilisé par les organismes en charge de l’amélioration génétique des espèces d’élevage. Il permet de contrôler l’exactitude des généalogies enregistrées dans les fichiers des chaînes nationales d’identification. Il est réalisé en comparant les hémotypes des trois membres (père, mère, produit) des familles contrôlées. Les analyses comportent un grand nombre de tests immunologiques et biochimiques conférant au contrôle de filiation une grande efficacité dans la détection des familles erronées

An ABC estimate of pedigree error rate: application in dog, sheep and cattle breeds

Chantier qualité GAOn the basis of correlations between pairwise individual genealogical kinship coefficients and allele sharing distances computed from genotyping data, we propose an approximate Bayesian computation (ABC) approach to assess pedigree file reliability through genedropping simulations. We explore the features of the method using simulated data sets and show precision increases with the number of markers. An application is further made with five dog breeds, four sheep breeds and one cattle breed raised in France and displaying various characteristics and population sizes, using microsatellite or SNP markers. Depending on the breeds, pedigree error estimations range between 1% and 9% in dog breeds, 1% and 10% in sheep breeds and 4% in cattle breeds