Análisis de las poblaciones bacterianas mediante secuenciación del gen arnr 16s en un ambiente agrícola para la producción de melón (Cucumis melo l.)

En los últimos años, las tecnologías de secuenciación de DNA han sido implementadas en productos alimenticios para conocer su microbiota nativa incluyendo microorganismos benéficos, o bien deteriorantes para el alimento y/o patógenos al consumidor sin la necesidad de aislarlos por microbiología convencional. En el presente trabajo se realizó un estudio de las poblaciones bacterianas de muestras de fruto, suelo y manos de los pizcadores en dos huertas productoras de melón (Cucumis melo L.) Para ello, las muestras recolectadas fueron sometidas a extracción de ADN y se enviaron a secuenciar mediante la tecnología Illumina. En el análisis de resultados se encontró que las poblaciones bacterianas son similares en ambas huertas, sin embargo, al comparar las muestras se encontró que el suelo presenta una mayor biodiversidad en comparación a lo encontrado en el melón y las manos de los pizcadores, estas dos últimas, presentan una diversidad taxonómica similar. Los filos dominantes en el ambiente donde se cultiva el melón son Proteobacteria (80-90% de abundancia relativa), Firmicutes (1-10%), y Actinobacteria (<1% en melón y manos; 10-20% en suelos). Además se logró la detección de bacterias de los géneros Escherichia (1.64-3.45%), Salmonella (0.3-4.42%) y Listeria (4.76%), los cuales se han asociado como responsable de brotes de enfermedades transmitidas por alimentos. Así mismo se identificaron fitopatógenos que pueden afectar la producción de melón, en donde se detectaron taxones de Acidovorax (0.19-0.26%) y Pectobacterium (0.04-0.9%), los cuales han sido reportados como fitopatógenos que dañan al fruto del melón, causando la aparición de manchas en el producto, con una pérdida económica de hasta el 90% del producto