Large scale genome-centric metagenomic data from the gut microbiome of food-producing animals and humans

Bill & Melinda Gates Foundation [INV-00764] and CNPq/DECIT [443805/2018-0]; Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio De Janeiro (FAPERJ) E-26/201.046/2022; Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico (CNPQ) 307145/2021-2; 312066/2019-8 Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior (CAPES)National Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilRegional University of Blumenau. Blumenau, SC, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilFederal University of Ceará. Postgraduate Program in Medical Microbiology. Group of Applied Medical Microbiology. Fortaleza, CE, Brazil.Regional University of Blumenau. Blumenau, SC, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Laboratório de Imunologia e Bacteriologia. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Diadema, SP, BrazilFederal University of Ceará. Postgraduate Program in Medical Microbiology. Group of Applied Medical Microbiology. Fortaleza, CE, Brazil.Universidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, BrazilUniversity São Francisco. Laboratory of Molecular Biology of Microorganisms. Bragança Paulista, SP, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilUniversidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal da Grande Dourados. Laboratório de Pesquisa em Ciências da Saúde. Dourados, MS, BrazilUniversity São Francisco. Laboratory of Molecular Biology of Microorganisms. Bragança Paulista, SP, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Especial de Microbiologia Clínica. São Paulo, SP, BrazilUniversidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas. Departamento de Ciências Biológicas. Laboratório de Imunologia e Bacteriologia. Setor de Biologia Molecular, Microbiologia e Imunologia. Diadema, SP, Brazil.Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Alerta. São Paulo, SP, Brazil / Universidade Federal de São Paulo. Escola Paulista de Medicina. Department of Internal Medicine. Division of Infectious Diseases. Laboratório Especial de Microbiologia Clínica. São Paulo, SP, BrazilNational Laboratory of Scientific Computing. Bioinformatics Laboratory. Rio de Janeiro, RJ, BrazilThe One Health concept is a global strategy to study the relationship between human and animal health and the transfer of pathogenic and non-pathogenic species between these systems. However, to the best of our knowledge, no data based on One Health genome-centric metagenomics are available in public repositories. Here, we present a dataset based on a pilot-study of 2,915 metagenome-assembled genomes (MAGs) of 107 samples from the human (N = 34), cattle (N = 28), swine (N = 15) and poultry (N = 30) gut microbiomes. Samples were collected from the five Brazilian geographical regions. Of the draft genomes, 1,273 were high-quality drafts (>= 90% of completeness and = 50% of completeness and <= 10% of contamination). Taxonomic predictions were based on the alignment and concatenation of single-marker genes, and the most representative phyla were Bacteroidota, Firmicutes, and Proteobacteria. Many of these species represent potential pathogens that have already been described or potential new families, genera, and species with potential biotechnological applications. Analyses of this dataset will highlight discoveries about the ecology and functional role of pathogens and uncultivated Archaea and Bacteria from food-producing animals and humans. Furthermore, it also represents an opportunity to describe new species from underrepresented taxonomic groups