Исследование метода ПЦР в режиме «реального времени» для обнаружения и идентификации возбудителей фитоплазмозов винограда

For the detection and identification of Candidatus Phytoplasma vitis Flavescence doree — the yel-lowing grape quarantine pest for the territory of Russia and Candidatus Phytoplasma solani Bois noir — pa-thogen of blackening crust grape was used one of the existing methods of diagnosis PCR in “real time” (RT-PCR). Matched to the fragment 16SrRNA gene species-specific primer systems were tested for false positive and false negative results for the detection of plant material in the above two phytoplasmas. Accord-ing to the results of PCR in “real time”, it was determined that the studied pairs of primers allow the identifi-cation of target species phytoplasmas. Cross-reactions with other species phytoplasmas were not detected. Primers pairs do not give false positive reactions with gram-positive bacteria and some types of bacterial microflora grapes. The primer pairs and probes FDrt and BNrt can be used to detect and identify phytoplas-mas — pathogens FD and BN in the regulated articles, as well as monitoring. RT-PCR method is consi-dered to be relatively simple to implement and does not require time-consuming for the detection results.Для выявления и идентификации Candidatus Phytoplasma vitis Flavescence doree - возбудителя золотистого пожелтения винограда, карантинного вредного организма для территории России, и Candidatus Phytoplasma solani Bois noir - возбудителя почернения коры винограда был применен один из существующих методов диагностики ПЦР в режиме «реального времени» (ПЦР-РВ). Подобранные на участок 16SrRNA гена видоспецифичные праймерные системы исследовали на наличие ложноположительных и ложноотрицательных результатов для обнаружения в растительном материале двух вышеуказанных возбудителей фитоплазмозов. По результатам ПЦР в режиме «реального времени» было определено, что изучаемые пары праймеров позволяют выявлять целевые виды фитоплазм. Перекрестные реакции с другими видами фитоплазм не были зафиксированы. Пары праймеров не дают ложноположительных реакций с грамположительными бактериями и некоторыми видами бактерий микрофлоры винограда. Пары праймеров и соответствующие зонды FDrtF/R/FAM и BNrtF/R/FAM возможно использовать для обнаружения и идентификации фитоплазм - возбудителей болезней FD и BN в подкарантинном материале, а также при проведении мониторингов. Метод ПЦР-РВ считается достаточно простым в исполнении и не требует больших затрат времени для детекции результатов

ВЫЯВЛЕНИЕ И ИДЕНТИФИКАЦИЯ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ФИТОПЛАЗМОЗОВ ГРУППЫ APPLE PROLIFERATION НА ПЛОДОВЫХ КУЛЬТУРАХ

In this research were studied the Apple proliferation group phytoplasmas (AP) and their diagnostics. Was estimated the distribution AP group phytoplasmas on the territory of the Russian Federation and European countries. All DNA samples were tested by nested-PCR with universal primers designed against the regions of the genes 16-23S. Were tested more than 60 samples of fruit trees, were detected AP group phytoplasmas. Candidatus Phytoplasma mali was detected in samples from Spain. Ca. Phytoplasma pyri was detected in samples from the Republic of Dagestan, Italy and Spain. Ca. Phytoplasma prunorum was detected in the samples from the Czech Republic. Obtained DNA sequences of regions of the apple proliferation group phytoplasmas were deposited into the National Center for Biotechnology Information (NCBI).Целью исследования было изучение, выявление и идентификация фитоплазмозов группы Apple proliferation (АР) на территории Российской Федерации и европейских стран. Из 67 исследованных образцов плодовых культур определены фитоплазмы, входящие в группу AP. Все образцы выделенной ДНК анализировали методом «nested»-ПЦР с помощью универсальных праймеров, разработанных для участка 16-23S генов. Показано, что возбудитель заболевания «пролиферация яблони» (AP) Candidatus Phytoplasma mali обнаружен в Испании, возбудитель заболевания «истощение груши» (PD) Candidatus Phytoplasma pyri — в Республике Дагестан, Италии, Испании, возбудитель заболевания «хлоротическое скручивание листьев абрикоса» (ESFY) Candidatus Phytoplasma prunorum — в Чехии. По результатам секвенирования получены и депонированы в Международную генетическую базу данных (NCBI) участки ДНК фитоплазм группы пролиферации яблони

ВЫЯВЛЕНИЕ И ИДЕНТИФИКАЦИЯ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ФИТОПЛАЗМОЗОВ ГРУППЫ APPLE PROLIFERATION НА ПЛОДОВЫХ КУЛЬТУРАХ

In this research were studied the Apple proliferation group phytoplasmas (AP) and their diagnostics. Was estimated the distribution AP group phytoplasmas on the territory of the Russian Federation and European countries. All DNA samples were tested by nested-PCR with universal primers designed against the regions of the genes 16-23S. Were tested more than 60 samples of fruit trees, were detected AP group phytoplasmas. Candidatus Phytoplasma mali was detected in samples from Spain. Ca. Phytoplasma pyri was detected in samples from the Republic of Dagestan, Italy and Spain. Ca. Phytoplasma prunorum was detected in the samples from the Czech Republic. Obtained DNA sequences of regions of the apple proliferation group phytoplasmas were deposited into the National Center for Biotechnology Information (NCBI).Целью исследования было изучение, выявление и идентификация фитоплазмозов группы Apple proliferation (АР) на территории Российской Федерации и европейских стран. Из 67 исследованных образцов плодовых культур определены фитоплазмы, входящие в группу AP. Все образцы выделенной ДНК анализировали методом «nested»-ПЦР с помощью универсальных праймеров, разработанных для участка 16-23S генов. Показано, что возбудитель заболевания «пролиферация яблони» (AP) Candidatus Phytoplasma mali обнаружен в Испании, возбудитель заболевания «истощение груши» (PD) Candidatus Phytoplasma pyri — в Республике Дагестан, Италии, Испании, возбудитель заболевания «хлоротическое скручивание листьев абрикоса» (ESFY) Candidatus Phytoplasma prunorum — в Чехии. По результатам секвенирования получены и депонированы в Международную генетическую базу данных (NCBI) участки ДНК фитоплазм группы пролиферации яблони

Апробация тест-систем для детекции фитоплазм яблони и груши

The article presents data on testing of kits for detection Apple proliferation group phytoplasmas (AP): Candidatus phytoplasma mali and Candidatus phyto-plasma pyri. Commercial kits are presented by company «AgroDiagnostica». Phytoplasmas DNA was analyzed be real-time polymerase chain reaction (qPCR).Представлены данные по апробации тест-систем на обнаружение фитоплазм Candidatus phytoplasma mali и Candidatus phytoplasma pyri группы Apple proliferation (AP). Коммерческие наборы представлены компанией ООО «АгроДиагностика», ДНК фитоплазм анализировали методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени (ПЦР-РВ)

Апробация тест-систем для детекции фитоплазм яблони и груши

The article presents data on testing of kits for detection Apple proliferation group phytoplasmas (AP): Candidatus phytoplasma mali and Candidatus phyto-plasma pyri. Commercial kits are presented by company «AgroDiagnostica». Phytoplasmas DNA was analyzed be real-time polymerase chain reaction (qPCR).Представлены данные по апробации тест-систем на обнаружение фитоплазм Candidatus phytoplasma mali и Candidatus phytoplasma pyri группы Apple proliferation (AP). Коммерческие наборы представлены компанией ООО «АгроДиагностика», ДНК фитоплазм анализировали методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени (ПЦР-РВ)