2 research outputs found
A moduláris szervezĹ‘dĂ©s szerepe a fehĂ©rjĂ©k tĂ©rszerkezetĂ©nek kialakulásában Ă©s a katalĂtikus funkciĂł megvalĂłsĂtásában = Role of Modular Organization in Formation of the Protein Structure and in Realization of the Enzime Function
A 3-foszfoglicerát kináz kĂ©t domĂ©nje közötti egyĂĽttműködĂ©s mechanizmusát Ărjuk le, amely a domĂ©nek zárĂłdásához vezet Ă©s amely az enzim működĂ©sĂ©hez szĂĽksĂ©ges. Funkcionális (enzimkinetika, ligandkötĂ©s, irányĂtott mutagenĂ©zis) Ă©s szerkezeti (krisztallográfia, molekuláris grafika, modellezĂ©s, SAXS, DSC) vizsgálatainkbĂłl megállapĂtottuk, hogy i. a kötött szubsztrátok flexibilis foszfátjai idĹ‘leges kölcsönhatásuk rĂ©vĂ©n hozzájárulnak bizonyos hĂ©lixek elmozdulásához Ă©s Ăgy elĹ‘segĂtik a domĂ©nzárĂłdást; ii. az R38 Ă©s K215 oldalláncok szĂĽksĂ©gesek mind a domĂ©nmozgáshoz, mind a katalĂzishez; iii. a terner enzim-szubsztrát komplexben kialakulĂł speciális H-kötĂ©s láncolat felelĹ‘s az L-jelű bĂ©ta-redĹ‘ben lĂ©vĹ‘ fĹ‘ csuklĂł rĂ©giĂł működĂ©sĂ©Ă©rt. A termofil, mezofil Ă©s hidegtűrĹ‘ izopropilmalátdehidrogenázzal vĂ©gzett összehasonlĂtĂł denaturáciĂłs-renaturáciĂłs vizsgálataink megmutatták, hogy a hĹ‘stabilitási kĂĽlönbsĂ©gek a kĂĽlönbözĹ‘ denaturáciĂłs sebessĂ©gekkel hozhatĂłk összefĂĽggĂ©sbe. A renaturáciĂłs folyamatok hasonlĂł sebessĂ©ge viszont a konzervativ oldalláncok között lĂ©trejövĹ‘ specifikus kapcsolatoknak tulajdonĂthatĂł. | Mechanism of interplay between two domains of 3-phosphoglycerate kinase leading to domain closure over the active site, a general problem associated with enzyme function, has been deduced from functional (enzyme kinetic, ligand binding, mutagenesis) and structural (crystallography, molecular graphics, modelling, SAXS, DSC) studies. The main points are: i. the bound substrates assist in movement of certain helices through the temporal interactions with their flexible phosphates and thereby promotes domain closure; ii. the side chains R38 and K215 are essential both in domain movement and the catalysis; iii. a special H-bond network, formed in the ternary enzyme-substrate complex, is responsible for operation of the main hinge at beta-strand L. ? Comparative unfolding-refolding studies with thermophilic, mesophilic and psychrotropic isopropylmalatedehydrogenases have revealed the importance of their different unfolding rates in their different thermal stabilities. The similar refolding rates, however, can be related to formation of specific interactions of the conserved side chains
Fehérjék konformációs dinamikája mint a biomolekuláris felismerés és jelátvitel meghatározó eleme = Protein conformational dynamics as a key determinant in biomolecular recognition and signal transmission
A tĂ©rszerkezet alapján, a konformáciĂłs dinamika figyelembevĂ©telĂ©vel kĂsĂ©reltĂĽk meg az intramolekuláris Ă©s molekulák közötti jelátvitel megĂ©rtĂ©sĂ©t atomi felbontással. KĂsĂ©rleti objektumok: a komplement rendszer, azon belĂĽl is a nemrĂ©g felfedezett lektin Ăşt fehĂ©rjekomplexei, a flagelláris exportrendszer valamint moduláris monomer, dimer Ă©s oligomer felĂ©pĂtĂ©sű enzimek álltak. MegállapĂtottuk, hogy FliI ATPáz, amely kĂ©pes az exportálandĂł fehĂ©rjĂ©je kitekerĂ©sĂ©re, a FliJ, FliH Ă©s FliS komponensekkel egyĂĽtt kĂ©pez olyan szupramolekuláris komplexet, amely kĂ©pes az export szubsztrátumok felismerĂ©sĂ©re. LeĂrtuk a foszfoglicerát kináz enzim alloszterikus működĂ©si mechanizmusát, atomi felbontással. Feltártuk az izopropilmalát dehidrogenáz molekuláris csuklĂłinak működĂ©sĂ©t Ă©s szerepĂ©t az alegysĂ©gek kölcsönhatásaiban. SzelektĂv inhibitorokkal a tankönyvi tĂ©zissel ellentĂ©tes felismerĂ©sre jutottunk, miszerint a komplement rendszer lektin Ăştjának meghatározĂł aktivátora a MASP-1 szerin proteáz. ĂŤgy a komplement aktiválással összefĂĽggĹ‘ betegsĂ©gek Ăşj gyĂłgyszercĂ©lpont molekuláját azonosĂtottuk. FelfedeztĂĽk, hogy a MASP-1 kĂ©pes a kininogĂ©n hasĂtása Ăştján, bradikinint felszabadĂtva, komplement fĂĽggĹ‘ gyulladást keltĂ©sĂ©re. FelfedeztĂĽk, hogy a trombinhoz hasonlĂłan a MASP-1, PAR-4 receptoron keresztĂĽl endotĂ©l sejteket aktivál. BizonyĂtĂ©kot találtunk arra, hogy a fehĂ©rjĂ©k konformáciĂłs dinamikája meghatározza a szerkezet evolĂşciĂłjának lehetsĂ©ges irányait, több milliárd Ă©ves idĹ‘skálán is. | The CUB2 domain of C1r without calcium has disordered structure. This flexibility, necessary for autocativation of C1r inside the C1 complex, is regulated by calcium. Using MASP-selective inhibitors we proved that, in contrast to the previous textbook picture, MASP-1 is the exclusive activator of MASP-2. Blocking the proteolytic activity of MASP-1 prevents activation of the lectin pathway, therefore MASP-1 is a new target in treating complement related diseases. We solved the structure of the catalytic region of MASP-1. The structure explains the special enzymatic characteristics of this complement protease. We discovered a new, inflammation related function of the complement system: MASP-1 is able to directly activate endothelial cells through cleaving protease activated receptor-4. We discovered that MASP-1 is able to cleave kininogen and liberates bradykinin. In this way MASP-1 can contribute to the local inflammatory reaction triggered by complement activation. The allosteric mechanismnof human PGK has been explored at atomic details. In the dimeric enzyme IPMDH structural and site-directed mutagenesis studies revealed the operation of the two main molecular hinges and their relationship with the subunit interactions. We have shown that conformational motions are linked to protein evolution by producing structural variants that can be evolutionarily stabilized. This process is exemplified by segment-swapped proteins, a new group of proteins discovered by us