Exomim : a web application for variant prioritization in whole-exome sequencing

Para a identificação de mutações de DNA que possam prejudicar a saúde de seus portadores, a genética médica concentra esforços na análise de um importante trecho do genoma humano, o exoma. O grande volume de dados provenientes do sequenciamento genético e das inúmeras bases de dados médicos disponíveis na web faz com que ferramentas de Bioinformática sejam indispensáveis nesse processo. Uma etapa decisiva na análise de exomas é a de priorização das variantes genéticas. Atualmente, existem diversas ferramentas de priorização de variantes disponíveis. Entretanto, encontrar uma adequada às necessidades de um grande centro de pesquisas é uma tarefa difícil. Por isso, foi desenvolvido o Exomim, uma aplicação web para priorização de variantes que utiliza dados fenotípicos como elemento extra de filtragem. Os fenótipos são utilizados para a montagem de uma lista de genes correlacionados. Esses dados são provenientes do Online Mendelian Inheritance in Man, uma conceituada fonte de informação médica disponível na Internet. Nesse trabalho foi realizado o projeto, a implementação de um protótipo e a análise dessa ferramenta. Como resultado, obteve-se uma aplicação capaz de filtrar até 14 campos diferentes de variantes anotadas. Um desses campos está diretamente relacionado aos genes buscados a partir de fenótipos. Espera-se que esse trabalho possa contribuir para futuras pesquisas na área das análises clínicas.To identify DNA’s mutations that may endanger the health of their human carriers, the medical genetics concentrates its efforts on the analysis of an important section of the human genome, the exome. The large volume of data from genome sequencing and the numerous medical consultation databases available in the web, makes Bioinformatics tools indispensable in this process. A turning point in exomas analysis is in the genetic variants prioritization. Currently, there are several tools available for variants prioritization. However, finding an adequate to the needs of a major research center is a difficult task. Therefore, we developed the Exomim, a web based application to prioritize variants using phenotypic data as an extra filter element. The phenotypes are used for assembling a list of their related genes. These data are sourced from the Online Mendelian Inheritance in Man, a respected medical information database available on the Internet. In this work it was carried out the project, the implementation of a prototype and the analysis of this tool. As a result, we obtained an application capable of filtering up to 14 different fields of annotated variants. One of these fields is directly related to genes fetched from phenotypes. It is to be hoped that this work will contribute to future research in the area of clinical analysis

Exomim : a web application for variant prioritization in whole-exome sequencing

Para a identificação de mutações de DNA que possam prejudicar a saúde de seus portadores, a genética médica concentra esforços na análise de um importante trecho do genoma humano, o exoma. O grande volume de dados provenientes do sequenciamento genético e das inúmeras bases de dados médicos disponíveis na web faz com que ferramentas de Bioinformática sejam indispensáveis nesse processo. Uma etapa decisiva na análise de exomas é a de priorização das variantes genéticas. Atualmente, existem diversas ferramentas de priorização de variantes disponíveis. Entretanto, encontrar uma adequada às necessidades de um grande centro de pesquisas é uma tarefa difícil. Por isso, foi desenvolvido o Exomim, uma aplicação web para priorização de variantes que utiliza dados fenotípicos como elemento extra de filtragem. Os fenótipos são utilizados para a montagem de uma lista de genes correlacionados. Esses dados são provenientes do Online Mendelian Inheritance in Man, uma conceituada fonte de informação médica disponível na Internet. Nesse trabalho foi realizado o projeto, a implementação de um protótipo e a análise dessa ferramenta. Como resultado, obteve-se uma aplicação capaz de filtrar até 14 campos diferentes de variantes anotadas. Um desses campos está diretamente relacionado aos genes buscados a partir de fenótipos. Espera-se que esse trabalho possa contribuir para futuras pesquisas na área das análises clínicas.To identify DNA’s mutations that may endanger the health of their human carriers, the medical genetics concentrates its efforts on the analysis of an important section of the human genome, the exome. The large volume of data from genome sequencing and the numerous medical consultation databases available in the web, makes Bioinformatics tools indispensable in this process. A turning point in exomas analysis is in the genetic variants prioritization. Currently, there are several tools available for variants prioritization. However, finding an adequate to the needs of a major research center is a difficult task. Therefore, we developed the Exomim, a web based application to prioritize variants using phenotypic data as an extra filter element. The phenotypes are used for assembling a list of their related genes. These data are sourced from the Online Mendelian Inheritance in Man, a respected medical information database available on the Internet. In this work it was carried out the project, the implementation of a prototype and the analysis of this tool. As a result, we obtained an application capable of filtering up to 14 different fields of annotated variants. One of these fields is directly related to genes fetched from phenotypes. It is to be hoped that this work will contribute to future research in the area of clinical analysis

Diversidade genética e morfológica em protoescólices do parasito Echinococcus granulosus de bovinos do RS

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Diversidade genética de populações do parasito Echinococcus granulosus (Cyclophyllidea; Taeniidae) durante a fase adulta

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