Finding Frequent Subsequences in a Set of Texts

Given a set of strings, the Common Subsequence Automaton accepts all common subsequences of these strings. Such an automaton can be deduced from other automata like the Directed Acyclic Subsequence Graph or the Subsequence Automaton. In this paper, we introduce some new issues in text algorithm on the basis of Common Subsequences related problems. Firstly, we make an overview of different existing automata, focusing on their similarities and differences. Secondly, we present a new automaton, the Constrained Subsequence Automaton, which extends the Common Subsequence Automaton, by adding an integer $q$ denoted quorum

Conservez l’historique de vos commandes pour chaque projet, le retour

National audienceConservez l'historique de vos commandes pour chaque projet, le retour Alban Mancheron [Enseignant-Chercheur en bioinformatique à l'Université de Montpellier, linuxien depuis 1997 (convaincu depuis 1998)] Pouvoir conserver un historique dédié pour chaque projet, voici l'idée géniale énoncée par Tristan Colombo dans un précédent article de GLMF [1]. Cet article reprend le concept génial (je l'ai déjà dit?) et l'étoffe en simplifiant son installation et en ajoutant quelques fonctionnalités (comme l'auto-détection de projets versionnés pour proposer à l'utilisateur d'activer un historique dédié si ce n'est pas le cas). /// TAG = BASH /// /// Titre Couv Bash / Open source #7541 : Conservez l'historique de vos commandes pour chaque projet : histoire d'une amélioration /// /// Mots-clés /// Bash, historique des commandes, projet versionné, partage /// Fin Mots-clés /// Une histoire, ça se raconte. Une belle histoire, elle, ne se raconte pas ; elle se conte , on l'adapte, on la transforme, on se l'approprie et au final, cela en devient une nouvelle version. Laissez vous conter ma version d'history-guardian. 1 Histoire d'un jour Ce prologue pourrait ressembler à une page de publicité pour GLMF, mais il m'apparaît nécessaire pour comprendre ce qui m'a amené à faire évoluer la version présentée dans le numéro 232. Le lecteur pressé pourra passer directement à la partie intitulée « Un jour d'histoire », mais ce serait dommage… 1.1 Un début de journée ordinaire Il est 6h20. Nous sommes mardi. Je me lève, non pas que j'en ai envie-loin s'en faut, mais en père attentionné et habitant à la campagne, j'emmène mes grandes en ville jusqu'au tramway. Comme bien souvent, ma première pensée en émergeant est que je ne suis vraiment pas du matin. Pourvu que la journée démarre bien. Le temps du petit déjeuner, de la toilette, nous sommes en retard. La circulation est difficile à l'arrivée en ville, comme souvent. Je dépose mes filles et arrive enfin au boulot, il est presque 8h. Un petit café et la journée démarre vraiment. Quelle tristesse de vivre une journée si ordinaire. Un peu plus tard, le va-et-vient des collègues donne un petit coup de fouet jusqu'à l'arrivée de l'un d'entre eux qui me ramène le Linux Mag' [1] qu'il avait emprunté. Je dis « me ramène » car habituellement, je suis le premier à le récupérer encore sous blister. Je le range pour plus tard, mais cette journée s'annonce finalement plutôt bien

C’est l’histoire d’un make…

National audienceL'outil make permet de fabriquer des fichiers selon des règles de production décrites dans une syntaxe très simple. Dans cet article, nous allons explorer les grands principes de l'écriture de ces règles et pour ceux qui ne sont pas encore familiers de cet outil, vous faire regretter d'avoir attendu si longtemps pour le connaître

Une introduction à la programmation parallèle avec Open MPI et OpenMP

National audienceAlors que nos machines utilisent plusieurs processeurs et que fleurissent de plus en plus de centres de calculs distribués, la plupart des algorithmes que nous concevons sont pensés pour une exécution séquentielle. Explorons les possibilités ouvertes par l’implémentation des standards OpenMP (Open Multi-Processing) et MPI (Message Passing Interface) pour le langage C/C++

Voyage initiatique vers la bioinformatique: en route pour l’aventure.

National audienceDans un précédent article, nous avions découvert la suite EMBOSS et mis en évidence des régions d’intérêt de la séquence nucléique de référence du virus SARS-CoV-2. Nous allons donc continuer le chemin en exploitant de nouveaux outils, certains issus de la bioinformatique et d’autres issus de la communauté linuxienne

Voyage initiatique vers la bioinformatique: en route pour l’aventure.

National audienceDans un précédent article, nous avions découvert la suite EMBOSS et mis en évidence des régions d’intérêt de la séquence nucléique de référence du virus SARS-CoV-2. Nous allons donc continuer le chemin en exploitant de nouveaux outils, certains issus de la bioinformatique et d’autres issus de la communauté linuxienne

Conservez l’historique de vos commandes pour chaque projet, le retour

National audienceConservez l'historique de vos commandes pour chaque projet, le retour Alban Mancheron [Enseignant-Chercheur en bioinformatique à l'Université de Montpellier, linuxien depuis 1997 (convaincu depuis 1998)] Pouvoir conserver un historique dédié pour chaque projet, voici l'idée géniale énoncée par Tristan Colombo dans un précédent article de GLMF [1]. Cet article reprend le concept génial (je l'ai déjà dit?) et l'étoffe en simplifiant son installation et en ajoutant quelques fonctionnalités (comme l'auto-détection de projets versionnés pour proposer à l'utilisateur d'activer un historique dédié si ce n'est pas le cas). /// TAG = BASH /// /// Titre Couv Bash / Open source #7541 : Conservez l'historique de vos commandes pour chaque projet : histoire d'une amélioration /// /// Mots-clés /// Bash, historique des commandes, projet versionné, partage /// Fin Mots-clés /// Une histoire, ça se raconte. Une belle histoire, elle, ne se raconte pas ; elle se conte , on l'adapte, on la transforme, on se l'approprie et au final, cela en devient une nouvelle version. Laissez vous conter ma version d'history-guardian. 1 Histoire d'un jour Ce prologue pourrait ressembler à une page de publicité pour GLMF, mais il m'apparaît nécessaire pour comprendre ce qui m'a amené à faire évoluer la version présentée dans le numéro 232. Le lecteur pressé pourra passer directement à la partie intitulée « Un jour d'histoire », mais ce serait dommage… 1.1 Un début de journée ordinaire Il est 6h20. Nous sommes mardi. Je me lève, non pas que j'en ai envie-loin s'en faut, mais en père attentionné et habitant à la campagne, j'emmène mes grandes en ville jusqu'au tramway. Comme bien souvent, ma première pensée en émergeant est que je ne suis vraiment pas du matin. Pourvu que la journée démarre bien. Le temps du petit déjeuner, de la toilette, nous sommes en retard. La circulation est difficile à l'arrivée en ville, comme souvent. Je dépose mes filles et arrive enfin au boulot, il est presque 8h. Un petit café et la journée démarre vraiment. Quelle tristesse de vivre une journée si ordinaire. Un peu plus tard, le va-et-vient des collègues donne un petit coup de fouet jusqu'à l'arrivée de l'un d'entre eux qui me ramène le Linux Mag' [1] qu'il avait emprunté. Je dis « me ramène » car habituellement, je suis le premier à le récupérer encore sous blister. Je le range pour plus tard, mais cette journée s'annonce finalement plutôt bien

¡Viva la libertad!

National audienceVous avez certainement entendu parler du changement des conditions d’utilisation de l’application WhatsApp et de la nécessité de se tourner vers une solution alternative. Je vous propose à travers ce faux problème de comprendre d’une part les stratégies techniques et technologiques sur lesquelles s’appuient les différents outils, mais également les modèles économiques sur lesquels ces outils sont basés. À l’issue de cet article, peut-être trouverez-vous l’application qui vous convient