Amostragem de indivíduos representativos em uma população de animais da raça Canchim aparentados e genotipados.

O objetivo neste estudo foi avaliar diferentes métodos para selecionar uma amostra de uma população contendo animais aparentados, representando estratos de famílias, de forma que os animais selecionados representem toda a população. Utilizaram-se duas fontes de informação para o estudo. A primeira foi o arquivo de pedigree (animal, pai e mãe) constituído de 6.801 animais da raça Canchim, sendo 400 animais genotipados . A segunda foi a matriz de parentesco constituída pelos coeficientes de parentesco dos 400 animais genotipados, organizados na forma de matriz, com os animais nas linhas e colunas e os correspondentes coeficientes de parentesco dentro da matriz (BOURDON, 2000)

Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim.

A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários.CIIC 2012. No 12604

In the search of the polled locus in a Bos taurus x Bos indicus population.

The objective in this study was to identify regions and SNPs associated with the polled/horned phenotype in a composite Bos taurus x Bos indicus breed (Canchim).ISAFG 2013. AB.20

Interação genótipo x ambiente em características avaliadas por ultrassom em bovinos da raça Canchim.

Foram avaliados 1.652 animais Canchim (5/8 Charolês + 3/8 zebu) e MA (filhos de touro Charolês em fêmeas ½ Canchim + ½ zebu) para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS) durante os anos de 2005 a 2010. Esses animais foram separados por sexo e por região de criação (São Paulo e Goiás) e então foi avaliado o efeito da interação genótipo-ambiente por meio de análises bi-características, utilizando-se modelo animal com efeitos fixos de grupo de contemporâneo, covariáveis lineares (idade, peso e heterozigose individual), além dos efeitos aleatórios aditivo direto e residual. A herdabilidade (h2a) para EGS em fêmeas (0,28) foi superior aos machos (0,04) e a correlação genética (0,49) indica que a característica é controlada de forma diferente em machos e fêmeas. A h2a para AOL por sexo (M=0,34 e F=0,38) e por região (SP=0,37 e GO=0,47) indica que a característica apresenta variância genética suficiente para responder à seleção nos diferentes ambientes estudados

Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim.

Resumo: Foram genotipados 400 animais Canchim que apresentavam fenótipos para área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Após o controle de qualidade, foi realizado análise de associação dos SNPs com AOL e EGS por meio da metodologia de RandomForest. Os 400 indivíduos foram também reamostrados 10 vezes formando grupos de 200 indivíduos mais representativos e menos aparentados. Foi criado um grupo de SNPs contendo apenas os SNPs que foram selecionados em todas as análises, considerados os SNPs mais robustos totalizando 197 SNPs para AOL e 162 SNPs para EGS. Após o ajuste de uma regressão selecionou-se um conjunto de 20 SNPs para AOL com R2=0,59 e um conjunto de 17 SNPs para EGS com R2=0,49. Esses SNPs ainda precisam ser validados para então serem utilizados para seleção assistida por marcadores moleculares.SBMA 2012