HIGA, R. H.

MOKRY, F. B.

MUNARI, D. P.

URBINATI, I.

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86Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça CanchimIsmael Urbinati¹Fabiana Barichello Mokry²Danísio Prado Munari³Roberto Hiroshi Higa4¹ FCAV, Unesp Jaboticabal - ismael.urbinati@gmail.com2 Universidade Federal de São Carlos3 Departamento de Ciências Exatas, FCAV Unesp Jaboticabal4 Embrapa Informática Agropecuária - roberto.higa@embrapa.brEstudos com genotipagem permitem analisar regiões específicas do ge-noma, associando-as com o fenótipo do animal, por isso são de grande utilidade na produção animal. A genotipagem com chips de alta densidade baseia-se em marcadores genéticos de alta densidade, dentre os quais es-tão, atualmente, os polimorfismos de único nucleotídeo, Single Nucleotide Polymorphism (SNP), que são mudanças de um único par de bases do DNA e que permitem a identificação, em cada animal, de grande número de mar-cadores moleculares. Além de permitir analisar regiões do genoma associa-das a uma característica (estudos de associação), estudar marcadores SNP também permite identificar regiões que estão sendo mantidas de geração para geração devido à seleção. Tais regiões são denominadas assinaturas de seleção, e são detectáveis por diferentes tipos de metodologias, utilizan-do dados de animais genotipados.A identificação de regiões de assinaturas de seleção em um rebanho de bovinos de corte, que apresenta grande adaptabilidade ao clima brasileiro como o Canchim, permite que se estude os genes presentes nessas regi-ões e sua relação com os fenótipos utilizados na seleção da população. Isto 87Resumos: IX Mostra de Estagiários e Bolsistas ...permite uma melhor compreensão dos processos biológicos envolvidos nas manifestações fenotípicas e pode fornecer subsídios para estudos futuros de seleção genômica ampla. Por isso, o estudo de regiões de assinaturas de seleção é de grande importância para o melhoramento animal e, em par-ticular, para a raça Canchim.A genotipagem está sujeita a erros, e devido à alta densidade de dados (> 700.000 SNP), estes erros podem alterar de forma significativa os re-sultados, criando vieses. Portanto, para se realizar um estudo com dados genotipados de alta densidade, inicialmente é preciso realizar um controle de qualidade nestes dados, tanto com critérios para os SNP quanto para os animais (amostras). Este trabalho tem por objetivo analisar um banco de dados de bovinos de corte da raça Canchim genotipados com painéis de alta densidade, representantes de animais sob seleção, para posteriores escaneamentos em busca de assinaturas de seleção.Foram utilizados registros de 400 animais genotipados com o painel Illumina BovineHD BeadChip (777.692 SNP), provenientes da base de dados genô-micos da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. O conjunto de dados é constituído por 205 fêmeas e 195 machos, em que 192 animais são oriun-dos da fazenda da Embrapa Pecuária Sudeste com origem em 17 touros, sendo 184 animais Canchim e 8 animais pertencentes ao grupo genético MA (filhos de touros Charolês e vacas 1⁄2 Canchim X 1⁄2 Zebu). O restante das amostras pertence a fazendas do Estado de São Paulo (38 animais Canchim e 9 animais MA) e de Goiás (60 animais Canchim e 95 animais MA), e 6 touros (5 Canchim e 1 Charolês) que são pais de alguns dos indivíduos ge-notipados. O critério para escolha dos animais genotipados foi baseado em animais (machos e fêmeas) com valores genéticos extremos (altos e baixos) para a característica área de olho de lombo. O controle de qualidade dos SNP pode ser verificado por meio da frequência mínima de alelos (MAF), das porcentagens de SNP válidos por animal e de cada SNP em toda a população (call rate) e pelo escore de qualidade de genotipagem de cada SNP (GC score). Os valores mínimos para estes crité-rios foram estabelecidos pela avaliação do banco de dados e baseados em revisão de literatura. Para realizar estas análises de controle de qualidade foi utilizado o pacote “snpStats” (CLAYTON, 2012) do software estatístico R (R CORE TEAM, 2012). Na revisão de literatura, em trabalhos para fins de busca de assinaturas de seleção, foi possível encontrar alguns valores de referência para início das análises até o presente momento (Tabela 1). Os 88resultados após o controle de qualidade com os parâmetros citados estão na Tabela 2.ReferênciasCLAYTON, D. SnpStats and XSnpMatrix classes and methods: R package. Version 1.8.1. 2012. Disponível em: <http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/R_rdfile?f=snpStats/man/snpStats-package.Rd&d=R_BC>. Acesso em: 27 set. 2013.R CORE TEAM. R: A language and environment for statistical computing. Vienna: R Foundation for Statistical Computing, 2013. Disponível em: <http://www.R-project.org/> Acesso em: 27 set. 2013.SOMAVILLA, A. L. Identificação de assinaturas de seleção e anotação do genoma em bovinos da Raça Nelore. 2012. 64 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista, Jaboticabal, 2012.Os parâmetros foram similares quanto ao número de SNP excluído, ficando à critério do pesquisador qual será utilizado em futuros estudos, buscando assinaturas de seleção.Tabela 2. Resultados preliminares para CQ utilizando os parâmetros encontrados (CQ 1 e CQ 2). Valores-referência Nº SNP antes CQ Nº SNP após CQ CQ 1 742.851 597.629 CQ 2 742.851 591.465  Tabela 1. Valores referência para parâmetros de controle de qualidade para os dados disponíveis e objetivos propostos. Valores-referência MAF Call rate SNP Call rate amostra Utsunomiya et al. (20130 (CQ 1) 0,03 90 % 90 % Somavilla (2012) (CQ 2) 0,01 95 % 90 %  89Resumos: IX Mostra de Estagiários e Bolsistas ...UTSUNOMIYA, Y. T.; PÉREZ O’BRIEN, A. M.; SONSTEGARD, T. S.; VAN TASSELL, C. P.; do CARMO, A. S.; MÉSZÁROS, G.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Detecting loci under recent positive selection in dairy and beef cattle by combining different genome-wide scan methods. PLoS ONE, v. 8, n. 5, p. e64280, May 2013. Doi:10.1371/journal.pone.0064280, 2013.

Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim.

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