Deep-sequencing reveals broad subtype-specific HCV resistance mutations associated with treatment failure

A percentage of hepatitis C virus (HCV)-infected patients fail direct acting antiviral (DAA)-based treatment regimens, often because of drug resistance-associated substitutions (RAS). The aim of this study was to characterize the resistance profile of a large cohort of patients failing DAA-based treatments, and investigate the relationship between HCV subtype and failure, as an aid to optimizing management of these patients. A new, standardized HCV-RAS testing protocol based on deep sequencing was designed and applied to 220 previously subtyped samples from patients failing DAA treatment, collected in 39 Spanish hospitals. The majority had received DAA-based interferon (IFN) a-free regimens; 79% had failed sofosbuvir-containing therapy. Genomic regions encoding the nonstructural protein (NS) 3, NS5A, and NS5B (DAA target regions) were analyzed using subtype-specific primers. Viral subtype distribution was as follows: genotype (G) 1, 62.7%; G3a, 21.4%; G4d, 12.3%; G2, 1.8%; and mixed infections 1.8%. Overall, 88.6% of patients carried at least 1 RAS, and 19% carried RAS at frequencies below 20% in the mutant spectrum. There were no differences in RAS selection between treatments with and without ribavirin. Regardless of the treatment received, each HCV subtype showed specific types of RAS. Of note, no RAS were detected in the target proteins of 18.6% of patients failing treatment, and 30.4% of patients had RAS in proteins that were not targets of the inhibitors they received. HCV patients failing DAA therapy showed a high diversity of RAS. Ribavirin use did not influence the type or number of RAS at failure. The subtype-specific pattern of RAS emergence underscores the importance of accurate HCV subtyping. The frequency of “extra-target” RAS suggests the need for RAS screening in all three DAA target regions

Effects of Wind Speed and Direction on Monthly Fluctuations of Cladosporium Conidia Concentration in the Air

This study determined the relationship between airborne concentration of Cladosporium spp. spores and wind speed and direction using real data (local wind measured by weather station) and modelled data (air mass flow computed with the aid of HYbrid Single Particle Lagrangian Trajectory model). Air samples containing fungal conidia were taken at an urban site (Worcester, UK) for a period of five consecutive years using a spore trap of the Hirst design. A threshold of ≥6000 s m−3 (double the clinical value) was applied in order to select high spore concentration days, when airborne transport of conidia at a regional scale was more likely to occur. Collected data were then examined using geospatial and statistical tools, including circular statistics. Obtained results showed that the greatest numbers of spore concentrations were detected in July and August, when C. herbarum, C. cladosporioides and C. macrocarpum sporulate. The circular correlation test was found to be more sensitive than Spearman’s rank test. The dominance of either local wind or the air mass on Cladosporium spore distributions varied between examined months. Source areas of this pathogen had an origin within the UK territory. Very high daily mean concentrations of Cladosporium spores were observed when daily mean local wind speed was vs ≤ 2.5 m s−1 indicating warm days with a light breeze

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 41 Número 3-4

Suelos. Interacción del dimetilsulfóxido con montmorillonitas, por G. Dios Cancela y S. González García.-- Complejos de adsorción de la montmorillonita. I., por S. González García, G. Dios Cancela y A. García Fernández.-- Complejos de adsorción de la montmorillonita. Il., por G. Dios Cancela, S. González García y A. García Fernández.-- Complejos de adsorción de la montmorillonita. I., por S. González García, G. Dios Cancela y A. García Fernández.-- Complejos de adsorción de la montmorillonita. II por S. Dios Cancela, S. González y A. García Fernández.-- Estudio de las características del sistema edáfico de Sierra Nevada, por E. Barahona, R. Delgado Calvo-Flores y J. Linares.-- El relieve como factor formador de los suelos de Sierra Nevada, por R. Delgado CalvoFlores, E. Barahona y J. Linares.-- Los factores de edafogénesis en suelos de margas, por L J. Alias Pérez. G. Sánchez García y María T. Fernández Tapia.-- Utilización del evaporamiento en la programación del riego, por A. León, F. del Amor y A. Torrecillas.-Modelo experimental de alteración de feldespatos. Ill., por Hoyos de Castro, A., Hernando Massanet, M. I., Hernando Costa, J. y Pisonero Ruiz, L.-- Características petroquímicas y micromorfológicas de Xerochrepts, por P. Arévalo, J. Gallardo y J. Benayas.-- Los suelos de la Sierra del Barbanza: 5) Las formaciones "campa", por Torras Troncoso, M." L., .Gil Sotres, F., Diaz-Fierros Viqueira, F.-- Suelos empardecidos. l. Factores formadores, por Hoyos de Castro, A., Palomar G. Villamil, M. L., Hernando Costa, J. y Egido Rodríguez, J. A. Suelos empardecidos. II. Estudio de la materia orgánica, por Hoyos de Castro, A., Palomar G. Vil/ami/, M. L., Hernando Costa, J. y Egido Rodríguez, J. A.-- Suelos empardecidos. III. Estudio químico y físico-químico, por Hoyos de Castro, A., Palomar G. Villamil, M. L., Hernando Costa, J. y Egido Rodríguez, J. A. -- Los factores ecológicos en la génesis y evolución de suelos, por A. Hoyos, J. G. Parra, C. G. Huecos y A. L. Lafuente.-- Determinación de microtrazas de actividad ureásica en suelo, por González Carcedo, S. y Barriuso Benito, E.-- Efectos erosivos de los incendios forestales en suelos, por F. Diaz-Fierros, V., F. Gil Sotres, A. Cabaneiro, T. Carballas, M. C. Leiros de la Peña y M. C. Villar Celorio 627 Materia orgánica de tierras pardas ácidas, por J. Bech, A. Hereter y R. Vallejo.-- Fertilidad de los Suelos. Fertilización potásica en suelos pobres sobre ryegrass y trifolium, por J. A. Diez.-- Estudio electroforético del punto isoeléctrico de óxidos de hierros, por Rafael Martinez Gosca, Juan Cornejo y Pablo de Arambarri.--Necesidad en cal de los suelos ácidos de Tenerife, por I. Trujillo Jacinto del Castillo, A. Borges Pérez, F. Gutiérrez Jerez y C. Curbelo Mújica.—Nutrición y Fisiología Vegetal. Efectos de la fertilización con N, P y K sobre los azúcares en hojas de vid, por C. Mozuelos, R . Romero, V. Valpuesta, R. Sarmiento y L. Catalina.-- Actividad biológica de algunos inhibidores naturales, por Durán, J. M. y Langreo, M.-- Redistribución de nutrientes en limonero verna, por A. Cerdá, M. Caro y F. Santa Cruz.-- Evoluciones de fósforo de distintas fracciones en la hoja citrus Iimonum, por María Parra y T. Parra.-- Distribución de nutrientes en la planta de tomate, por M." P. Sánchez Conde.-- Efectos de la luz, oscuridad y fotoperiodo sobre la germinación, por J. F. Pérez Francés, M. Niebla y A. C. Blesa.—NotasPeer reviewe