Recensement des périmètres irrigués et des groupes motopompes dans la zone de concentration 6è F.E.D. Rapport final d'enquête

L'irrigation par pompage à partir des fleuves Logone et Chari connait un développement important dans la région de N'Djaména (ou zone de concentration), surtout depuis 1984, en rapport avec la diminution de la pluviométrie et l'augmentation de la demande urbaine en produits agricoles et maraîchers. Le Programme ADER s'est intéressé à l'irrigation en réalisant 7 petits périmètres irrigués de 30 ha chacun au Nord de N'Djaména et en les appuyant en matière de gestion. Il a lancé ce recensement dans le but de mieux connaître tous les autres périmètres existants dans la zone de concentration et de mettre en oeuvre des actions éventuelles d'appui auprès de certains d'entre eux. Le recensement réalisé en 1997 donne, pour l'ensemble des 3 secteurs de Douguia, Mandélia et Guelendeng, les chiffres globaux suivants : 498 périmètres (dont 60 enquêtés sommairement) se répartissant en 70 périmètres collectifs et 428 périmètres individuels ; 602 groupes motopompes (pour les 438 périmètres enquêtés) appartenant à 44 marques différentes dont 287 de faible puissance (13 marques) et 315 de puissance moyenne (31 marques) ; 2685 ha aménagés ou irrigables se répartissant en 1073 ha de périmètres collectifs et 1612 ha de périmètres individuels ; 2015 ha mis en valeur sur une année (saison des pluies + contre saison) ; un faible taux de mise en valeur aussi bien sur les périmètres collectifs que sur les périmètres individuels (moyenne de 75 %) C'est ce dernier critère (croisé avec le statut collectif ou individuel et la surface) qui a été jugé le plus pertinent pour réaliser une typologie simplifiée des périmètres. Il a ainsi été identifié 9 catégories différentes. Mais cette typologie demanderait à être affinée, par le suivi d'un échantillon d'entre eux, car elle ne fait pas suffisamment ressortir les véritables causes de la bonne ou de la mauvaise efficience des périmètre

InBase 2.0: Tietokanta ja tutkimustyökalu automaattisesti isäntäproteiinista irti silmukoituville proteiineille

Inteins are autocatalyzing self-splicing proteins that are excised from a host protein giving a free intein and an active protein. Other protein groups related to inteins by their ability to self-splice are also found and their function are at some level studied. These proteins share a domain named as HINT (Hedgehog/Intein). At the moment these groups are named as inteins, bacterial intein-like proteins A, B and C, hedgehog proteins and Vints. The purpose of this work was to build a platform, named as InBase 2.0, where the functions and properties of these self-splicing elements could be studied efficiently. The database that gathers protein sequences having these common properties lies at the basis of InBase 2.0. The database is a relational database linking other important information to the actual sequential data of the proteins. Such information is for example publications, classification of proteins, measured self-splicing activities etc. A set of tools was added to the InBase 2.0 in order to perform sequential analysis and comparison between the sequences. The set of tools performing sequential analysis includes BLAST, InterProScan 5, ClustalW and WebLogo. Several known inteins contain homing endonuclease domain. This domain can copy the intein coding sequence to another location in a genome. However, the copy site needs to have a specific recognition site, which is again specific to the intein. The capability of the tools were studied by constructing a workflow capable to predict such recognition sites. Some recognition sites are known and the constructed workflow utilizing the tools of InBase 2.0 was capable to find these recognition sites with a small deficiency, not been able to predict the length of the site. Classification of the protein sequences containing the HINT domain is not very clear. InBase 2.0 main purpose for now on is to help to provide more specific definitions to the subgroups of the HINT domain containing proteins.Inteinit ovat proteiineja, jotka silmukoituvat automaattisesti irti isäntäproteiinista ilman entsyymejä tai muita katalyyttejä. Silmukoitumisesta seuraa toimiva isäntäproteiini ja vapaa inteini. Tämä automaattinen leikkauttuminen on inteini -proteiinien perusominaisuus ja myös muita samankaltaisilla ominaisuuksilla varustettuja proteiiniryhmiä on löydetty. Kaikissa näissä ryhmissä - inteinit mukaanluettuna - on proteiini -alue (engl. domain) nimeltä HINT, joka vastaa leikkautumisesta. Tällä hetkellä ryhmät ovat inteinit, bakteeriperäiset inteinien kaltaiset proteiinit A, B ja C, sekä Hedgehog ja Vint -ryhmät. Monet näiden ryhmien proteiineista ovat huonosti tutkittuja. Tämän työn tarkoituksena on rakentaa verkkopohjainen työkalu - nimeltään InBase 2.0 - näiden ryhmien ominaisuuksien tutkimiseen sekä tietokanta proteiinisekvenssien tallennukseen. InBase 2.0:n tietokanta on relaatiotietokanta, jossa proteiinisekvensseihin voidaan linkittää niihin liittyvää tietoa. Tallaista tietoa on esimerkiksi sekvenssiin liittyvät julkaisut, sekvenssien luokitukset ja leikkautumisaktiivisuus. InBase 2.0:n työkalupaketti sisältää sekvenssianalyysissä yleisesti käytettyjä ohjelmistoja. Työkalut ovat BLAST, InterProScan 5, ClustalW ja WebLogo. Useat inteinit sisältävät myös proteiini -domainin nimeltä hakeutuva endonukleaasi. Tämä domaini voi kopioida inteiniä koodavan DNA -sekvenssin toisaalle organismin genomissa. Uusi sijainti tulee kuitenkin sisältää lyhyen ko. inteinille spesifisen DNA -sekvenssin, ns. tunnistusalue. Osalta inteineistä tämä tunnistusalue on tunnettu. Tätä tietoa käytettiin hyväksi, kun InBase 2.0:n työkaluista rakennettiin yhteiskäyttökokonaisuus, jolla näitä tunnistusalueita pyritään ennustamaan. Kokonaisuus toimii kyeten selvittämään tunnetut tunnistusalueet, mutta ei sitä kuinka pitkä tämä alue on. Toinen päätehtävä InBase 2.0:lla on se että HINT domainin sisältävien proteiinien luokittelu on hankalaa ja epämääräistä. Tähän ongelmaan pyritään saada selkeämpi määrittely käyttäen hyväksi InBase 2.0 työkaluja