Hydration dynamics at fluorinated protein surfaces

Water-protein interactions dictate many processes crucial to protein function including folding, dynamics, interactions with other biomolecules, and enzymatic catalysis. Here we examine the effect of surface fluorination on water-protein interactions. Modification of designed coiled-coil proteins by incorporation of 5,5,5-trifluoroleucine or (4S)-2-amino-4-methylhexanoic acid enables systematic examination of the effects of side-chain volume and fluorination on solvation dynamics. Using ultrafast fluorescence spectroscopy, we find that fluorinated side chains exert electrostatic drag on neighboring water molecules, slowing water motion at the protein surface

Design of an electrochemical micromachining machine

Electrochemical micromachining (μECM) is a non-conventional machining process based on the phenomenon of electrolysis. μECM became an attractive area of research due to the fact that this process does not create any defective layer after machining and that there is a growing demand for better surface integrity on different micro applications including microfluidics systems, stress-free drilled holes in automotive and aerospace manufacturing with complex shapes, etc. This work presents the design of a next generation μECM machine for the automotive, aerospace, medical and metrology sectors. It has three axes of motion (X, Y, Z) and a spindle allowing the tool-electrode to rotate during machining. The linear slides for each axis use air bearings with linear DC brushless motors and 2-nm resolution encoders for ultra precise motion. The control system is based on the Power PMAC motion controller from Delta Tau. The electrolyte tank is located at the rear of the machine and allows the electrolyte to be changed quickly. This machine features two process control algorithms: fuzzy logic control and adaptive feed rate. A self-developed pulse generator has been mounted and interfaced with the machine and a wire ECM grinding device has been added. The pulse generator has the possibility to reverse the pulse polarity for on-line tool fabrication.The research reported in this paper is supported by the European Commission within the project “Minimizing Defects in Micro-Manufacturing Applications (MIDEMMA)” (FP7-2011-NMPICT- FoF-285614)

Clinical and immunological responses after CD30-specific chimeric antigen receptor-redirected lymphocytes

BACKGROUND. Targeting CD30 with monoclonal antibodies in Hodgkin lymphoma (HL) and anaplastic large cell lymphoma (ALCL) has had profound clinical success. However, adverse events, mainly mediated by the toxin component of the conjugated antibodies, cause treatment discontinuation in many patients. Targeting CD30 with T cells expressing a CD30- specific chimeric antigen receptor (CAR) may reduce the side effects and augment antitumor activity. METHODS. We conducted a phase I dose escalation study in which 9 patients with relapsed/refractory HL or ALCL were infused with autologous T cells that were gene-modified with a retroviral vector to express the CD30-specific CAR (CD30. CAR-Ts) encoding the CD28 costimulatory endodomain. Three dose levels, from 0.2 - 108 to 2 - 108 CD30.CAR-Ts/m2, were infused without a conditioning regimen. All other therapy for malignancy was discontinued at least 4 weeks before CD30. CAR-T infusion. Seven patients had previously experienced disease progression while being treated with brentuximab. RESULTS. No toxicities attributable to CD30.CAR-Ts were observed. Of 7 patients with relapsed HL, 1 entered complete response (CR) lasting more than 2.5 years after the second infusion of CD30.CAR-Ts, 1 remained in continued CR for almost 2 years, and 3 had transient stable disease. Of 2 patients with ALCL, 1 had a CR that persisted 9 months after the fourth infusion of CD30.CAR-Ts. CD30.CAR-T expansion in peripheral blood peaked 1 week after infusion, and CD30.CAR-Ts remained detectable for over 6 weeks. Although CD30 may also be expressed by normal activated T cells, no patients developed impaired virus-specific immunity. CONCLUSION. CD30.CAR-Ts are safe and can lead to clinical responses in patients with HL and ALCL, indicating that further assessment of this therapy is warranted

Gastroözofageal reflü hastalığının psikopatoloji, mizaç-karakter yönünden incelenmesi

Amaç: Bu çalışmanın amacı GÖRH'ün biyopsikososyal modele uygun olarak psikiyatrik açıdan ele alınması, GÖRH ve alt gruplarının sağlıklı kontrollerle psikopatoloji bakımından olası farklarının araştırılmasıdır. Yöntem: Çalışmaya Aralık 2011 ile Mayıs 2013 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Gastroenteroloji Bölümü Reflü Polikliniğine başvuran, belirlenen kriterlere uygun ve gönüllü 114 reflü hastası ile yaş, cinsiyet ve eğitim bakımından benzer 44 sağlıklı kontrol alınmıştır. Reflü hastaları üst GİS endoskopisi, 24 saatlik intraözofageal impedans, pHmetri monitorizasyonu ile reflü alt gruplarının belirlenmesi sonrası reflü alt grubuna kör psikiyatri asistanına yönlendirilmiştir. Reflü hastaları psikiyatrik açıdan SCID-I ile tanısal; bedensel duyumları abartma ölçeği, anksiyete duyarlılık indeksi-3, Beck Depresyon Ölçeği, mizaç ve karakter envanteri, Toronto Aleksitimi Ölçeği, durumluk-sürekli kaygı envanteri ile psikometrik yönden değerlendirilmiştir. Reflü hastalarının SF-36 hayat kalitesi ölçeği, sosyodemografik ve hastalıkla ilgili verileri reflü kliniği veri tabanından elde edilmiştir. Sağlıklı kontroller aktif psikopatoloji ve reflü hastalığı yönünden incelendikten sonra reflü hastalarıyla aynı psikometrik değerlendirmelere tabi tutulmuştur. Eksen I tanılarının görülme sıklığı yönünden GÖRH ve alt grupları Türkiye toplumu ve birinci basamak sağlık hizmetine başvuranlarla karşılaştırılmıştır. Psikometrik veriler sağlıklı kontrollerle, SF-36 puanları toplum standartları ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: 39 ERH, 44 NERH, 31 FRH toplam 114 GÖRH olgusu ile 44 sağlıklı kontrol çalışmaya alınmıştır. Reflü grupları ve kontrol grubu arasında yaş, cinsiyet, eğitim durumu yönünden istatistiksel olarak anlamlı fark tespit edilmemiştir. Şimdiki depresyon sıklıkları bakımından reflü grupları temel sağlık hizmetlerine başvuranlara göre NERH dışında tüm gruplarda, Türkiye toplumuna göre tüm gruplarda anlamlı daha sık depresyon saptanmıştır. Şimdiki dönem distimi sıklığı açısından tüm reflü gruplarında Türkiye toplumu ve temel sağlık hizmetlerine başvuranlara göre anlamlı daha sık distimi tanısı tespit edilmiştir. YAB sıklığının temel sağlık hizmetlerine başvuranlara göre ERH ve GÖRH gruplarında, Türkiye toplumuna göre ise tüm reflü gruplarında anlamlı daha sık olduğu saptanmıştır. Şimdiki panik bozukluk sıklığının temel sağlık hizmetine başvuranlara göre sadece GÖRH grubunda, Türkiye toplumuna göre ise FRH dışında tüm reflü gruplarında anlamlı daha sık olduğu tespit edilmiştir. Agorofobi tanısı FRH grubunda temel sağlık hizmetlerine başvuranlar ve Türkiye toplumuna göre anlamlı daha sık konulmuştur. SAB tanısı ele alındığında tüm reflü gruplarında Türkiye toplumuna göre anlamlı daha yüksek sıklıklar tespit edilmiştir. Reflü alt gruplarının kendi aralarında herhangi bir eksen I tanısı sıklığı bakımından anlamlı fark tespit edilmemiştir. GÖRH grubunun Beck Depresyon ve zarardan kaçınma puanlarının kontrollere göre istatistiksel olarak anlamlı daha yüksek çıktığı saptanmıştır. Sağlıklı kontrollerin ise kendini yönetme puanlarının GÖRH grubuna göre istatistiksel açıdan anlamlı daha yüksek olduğu saptanmıştır. GÖRH grubu tüm SF-36 alt ölçeklerinde Türk Toplumu Standartlarına göre istatistiksel olarak anlamlı daha düşük puanlar almıştır. Reflü alt grupları ve kontrol grubu arasında istatistiksel açıdan anlamlı fark sadece Beck Depresyon puanında tespit edilmiştir. Tüm reflü alt grupları kontrollere göre anlamlı daha yüksek depresyon puanı almışlardır. İkili karşılaştırmalarda reflü alt grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır. Reflü alt grupları SF-36 alt ölçekleri puanları bakımından karşılaştırıldığında fiziksel rol güçlüğü, ağrı, sosyal işlevsellik alt ölçeklerinde NERH ve ERH grubu FRH grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı daha yüksek puanlar almışlardır. Reflü alt grupları SF-36 alt ölçek puanları Türk toplum standartları ile karşılaştırıldığında fiziksel işlevsellik, fiziksel rol güçlüğü, canlılık alt ölçeklerinde FRH grubunun toplum standartlarından anlamlı daha düşük puan aldığı saptanmıştır. Emosyonel rol güçlüğü alt ölçeğinde ERH ve FRH grubu; ağrı, genel sağlık algısı, sosyal işlevsellik, ruhsal sağlık alt ölçeklerinde tüm gruplar toplum standartlarından anlamlı daha düşük puan almışlardır. Sonuç: Bu çalışmada GÖRH'e alt gruptan bağımsız olarak depresif bozukluk tanısı sıklıkla eşlik etmiştir. Fonksiyonel grubun diğer reflü gruplarına göre hayat kalitelerinin daha düşük olduğu ve bu sonucun yapılan psikiyatrik değerlendirmelerle açıklanamadığı belirlenmiştir. Gelecek çalışmalarda reflü ile eşlik eden psikiyatrik hastalıkların seyrinin nasıl değiştiğinin izlenmesi, her iki hastalığın tedavisinin klinik değişkenleri nasıl etkilediğinin araştırılması, fonksiyonel grubun daha etkin tedavi edilebilmesi için yeni yöntemlerin geliştirilmesi önerilir

Adaptive UKF based state estimation of HIV, Hepatitis-B and cancer mathematical models

Nowadays, mathematical model based estimation and control approaches are frequently consulted and applied for the treatment of such diseases. For the derived dynamics of the diseases, there are some states or internal variables which are very difficult to measure and needs very expensive measurement devices. Therefore, in this paper, adaptive unscented Kalman filter (AUKF) is designed for the state estimation of some vital diseases. These are Human Immunodeficiency Virus (HIV), Hepatitis-B virus (HBV) infection and Cancer such that unmeasurable states are estimated under measurement noises. The computational results show that accurate estimation of the unmeasured states are obtained and plotted for monitoring and control of possible future real-time applications. © 2018 IEEE

Cold response of the Mediterranean fruit fly (Ceratitis capitata) on a lab diet

Cold treatment at 0.0 °C with different exposure durations (0–12 days) was applied to the Mediterranean fruit fly Ceratitis capitata (Wiedemann) fed on a lab diet. The examined developmental stages were early eggs (42 h), first instar, second instar and third instar larvae. Pupation, adult emergence and sex ratios of survived flies were investigated to study the C. capitata responses to this low temperature treatment. Our results showed that exposure time at low temperature has a clear effect on pupation and adult emergence. Based on pupation ratios, the first and third instar are the most cold tolerant stages, with LT99 = 7.3 for both of them. Cold tolerance at both stages are very close and no significant differences were detected. There were no significant differences on C. capitata sex ratios among different stages after treatment. This study improves our understanding of C. capitata responses to cold treatment, which may assist in the improvement of the current treatment strategies to control this destructive horticulture pest species