Genome-Wide Mapping of DNA Strand Breaks

Determination of cellular DNA damage has so far been limited to global assessment of genome integrity whereas nucleotide-level mapping has been restricted to specific loci by the use of specific primers. Therefore, only limited DNA sequences can be studied and novel regions of genomic instability can hardly be discovered. Using a well-characterized yeast model, we describe a straightforward strategy to map genome-wide DNA strand breaks without compromising nucleotide-level resolution. This technique, termed “damaged DNA immunoprecipitation” (dDIP), uses immunoprecipitation and the terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP-biotin end-labeling (TUNEL) to capture DNA at break sites. When used in combination with microarray or next-generation sequencing technologies, dDIP will allow researchers to map genome-wide DNA strand breaks as well as other types of DNA damage and to establish a clear profiling of altered genes and/or intergenic sequences in various experimental conditions. This mapping technique could find several applications for instance in the study of aging, genotoxic drug screening, cancer, meiosis, radiation and oxidative DNA damage

Rôle de la protéine chaperonne Hfq dans la spécificité de l'appariement du petit ARN RyhB avec ses ARNm cibles

Un intérêt certain s'est développé pour les petits ARN (sRNA) depuis qu'ils ont été identifiés comme d'importants régulateurs métaboliques et adaptateurs aux stress chez la bactérie. Chez l'entérobactérie Escherichia coli, plus d'une soixantaine de petits ARN sont connus; ces ARN de moins de 300 nucléotides ne codent en général pour aucune protéine. L'un de ces petits ARN, RyhB, est impliqué dans le métabolisme du fer. La régulation de gène ryhB est contrôlée par Fur, un répresseur de transcription liant le fer, et le gène est exprimé lorsque la bactérie est soumise à une carence en fer. Une fois exprimé, le petit ARN RyhB s'apparie à une vingtaine d'ARN messagers (ARNm) cibles, et le duplex d'ARN est dégradé par un mécanisme dépendant de la RNase E. Étant donné que toutes les cibles de RyhB codent pour des protéines qui utilisent le fer ou l'emmagasinent, ce mécanisme permet de réguler étroitement l'utilisation du fer lorsque ce métal se fait rare. Le mécanisme d'appariement très spécifique de RyhB sur ses cibles est peu connu. Cependant, il a déjà été proposé qu'une protéine chaperonne ARN, Hfq, pourrait promouvoir l'appariement entre RyhB et ses cibles: en se liant sur chacun des ARN, la protéine les rapprocherait dans l'espace, favorisant l'appariement. Aussi, il a été démontré que la présence de cette protéine était essentielle au maintien de l'intégrité de RyhB. Dans cette étude, nous proposons qu'en plus de promouvoir l'interaction de RyhB avec ses cibles, Hfq serait un acteur essentiel pour la spécificité de cette interaction. Nous avons établi un système comparatif entre les cibles de RyhB et d'un ARNm cible potentiel, dit noncible. Nous avons d'abord caractérisé la liaison de Hfq avec ses ARNm cibles, puis l'avons comparé celle de la non-cible. Nous avons pu ainsi montrer une préférence de Hfq pour les ARNm cibles. Nous montrons clairement que Hfq favorise l'appariement de RyhB aux cibles, mais inhibe son appariement avec la non-cible. De plus, nous avons déterminé que Hfq semble se lier aux ARNm cibles sur leur région d'initiation de la traduction, affectant la traduction, et par le fait même, leur stabilité. Finalement, nous croyons que c'est la protéine chaperonne Hfq qui détermine spécifiquement quels ARNm RyhB doit cibler

Rôle de la protéine chaperonne Hfq dans la spécificité de l'appariement du petit ARN RyhB avec ses ARNm cibles

Un intérêt certain s'est développé pour les petits ARN (sRNA) depuis qu'ils ont été identifiés comme d'importants régulateurs métaboliques et adaptateurs aux stress chez la bactérie. Chez l'entérobactérie Escherichia coli, plus d'une soixantaine de petits ARN sont connus; ces ARN de moins de 300 nucléotides ne codent en général pour aucune protéine. L'un de ces petits ARN, RyhB, est impliqué dans le métabolisme du fer. La régulation de gène ryhB est contrôlée par Fur, un répresseur de transcription liant le fer, et le gène est exprimé lorsque la bactérie est soumise à une carence en fer. Une fois exprimé, le petit ARN RyhB s'apparie à une vingtaine d'ARN messagers (ARNm) cibles, et le duplex d'ARN est dégradé par un mécanisme dépendant de la RNase E. Étant donné que toutes les cibles de RyhB codent pour des protéines qui utilisent le fer ou l'emmagasinent, ce mécanisme permet de réguler étroitement l'utilisation du fer lorsque ce métal se fait rare. Le mécanisme d'appariement très spécifique de RyhB sur ses cibles est peu connu. Cependant, il a déjà été proposé qu'une protéine chaperonne ARN, Hfq, pourrait promouvoir l'appariement entre RyhB et ses cibles: en se liant sur chacun des ARN, la protéine les rapprocherait dans l'espace, favorisant l'appariement. Aussi, il a été démontré que la présence de cette protéine était essentielle au maintien de l'intégrité de RyhB. Dans cette étude, nous proposons qu'en plus de promouvoir l'interaction de RyhB avec ses cibles, Hfq serait un acteur essentiel pour la spécificité de cette interaction. Nous avons établi un système comparatif entre les cibles de RyhB et d'un ARNm cible potentiel, dit noncible. Nous avons d'abord caractérisé la liaison de Hfq avec ses ARNm cibles, puis l'avons comparé celle de la non-cible. Nous avons pu ainsi montrer une préférence de Hfq pour les ARNm cibles. Nous montrons clairement que Hfq favorise l'appariement de RyhB aux cibles, mais inhibe son appariement avec la non-cible. De plus, nous avons déterminé que Hfq semble se lier aux ARNm cibles sur leur région d'initiation de la traduction, affectant la traduction, et par le fait même, leur stabilité. Finalement, nous croyons que c'est la protéine chaperonne Hfq qui détermine spécifiquement quels ARNm RyhB doit cibler

Associations between Cord Blood Leptin Levels and Childhood Adiposity Differ by Sex and Age at Adiposity Assessment

Lower cord blood leptin levels have been associated with lower and higher adiposity in childhood and associations seem to differ according to the child’s age, methods of adiposity assessment and sex. Our aim was to investigate sex-specific associations of cord blood leptinemia with childhood adiposity at birth, 3 and 5 years of age. We measured cord blood leptin using Luminex immunoassays in 520 offspring from the Gen3G cohort. We tested associations between cord blood leptin and body mass index (BMI) z-score, skinfolds thicknesses (SFT), and body composition using dual-energy X-ray absorptiometry, adjusted for confounders. At birth, girls had almost twice as much leptin in cord blood as boys (15.5 [8.9; 25.6] vs. 8.6 [4.9; 15.0] ng/mL; p p = 0.03) and higher BMI z-score (β= −0.22 ± 0.08; p = 0.01) in 3-year-old boys only. We did not observe these associations at age 5, or in girls. Our results suggest a sexual dimorphism in the programming of leptin sensitivity and childhood adiposity, but further observational and functional studies are needed to better understand the role of leptin in early life