Physician-scientists in the United States at 2020: Trends and concerns

Physician-scientists comprise a unique and valuable part of the biomedical workforce, but for decades there has been concern about the number of physicians actively engaged in research. Reports have outlined the challenges facing physician-scientists, and programs have been initiated to encourage and facilitate research careers for medically trained scientists. Many of these initiatives have demonstrated successful outcomes, but there has not been a recent summary of the impact of the past decade of effort. This report compiles available data from surveys of medical education and physician research participation to assess changes in the physician-scientist workforce from 2011-2020. Several trends are positive: rising enrollments in MD-PhD programs, greater levels of interest in research careers among matriculating medical students, more research experience during medical school and rising numbers of physicians in academic medicine, and an increase in first R01 grants to physician-scientists. However, there are now decreased levels of interest in research careers among graduating medical students, a steady decline in MDs applying for NIH loan repayment program support, an increased age at first R01 grant success for physicians, and fewer physicians reporting research as their primary work activity: all of these indicators create concern for the stability of the career path. Despite a recommendation by the Physician-Scientist Workforce in 2014 to create real-time reporting on NIH grants and grantees to help the public assess trends, this initiative has not been completed. Better information is still needed to fully understand the status of the physician-scientist workforce, and to assess efforts to stabilize this vulnerable career path

Expression profiling of snoRNAs in normal hematopoiesis and AML

Key Points A subset of snoRNAs is expressed in a developmental- and lineage-specific manner during human hematopoiesis. Neither host gene expression nor alternative splicing accounted for the observed differential expression of snoRNAs in a subset of AML.</jats:p

Human T Regulatory Cells Can Use the Perforin Pathway to Cause Autologous Target Cell Death

AbstractCytotoxic T lymphocytes and natural killer cells use the perforin/granzyme pathway to kill virally infected cells and tumor cells. Mutations in genes important for this pathway are associated with several human diseases. CD4+ T regulatory (Treg) cells have emerged as important in the control of immunopathological processes. We have previously shown that human adaptive Treg cells preferentially express granzyme B and can kill allogeneic target cells in a perforin-dependent manner. Here, we demonstrate that activated human CD4+CD25+ natural Treg cells express granzyme A but very little granzyme B. Furthermore, both Treg subtypes display perforin-dependent cytotoxicity against autologous target cells, including activated CD4+ and CD8+ T cells, CD14+ monocytes, and both immature and mature dendritic cells. This cytotoxicity is dependent on CD18 adhesive interactions but is independent of Fas/FasL. Our findings suggest that the perforin/granzyme pathway is one of the mechanisms that Treg cells can use to control immune responses

Computational identification of the normal and perturbed genetic networks involved in myeloid differentiation and acute promyelocytic leukemia

A dissection of the genetic networks and circuitries is described for two form of leukaemia. Integrating transcription factor binding and gene expression profiling, networks are revealed that underly this important human disease

Stormfloder - en kunskapsöversikt av metoder för att identifiera och kvantifiera extrema havsvattenstånd

Stormfloder är tillfälligt förhöjda vattennivåer orsakade av meteorologiska fenomen som kan ge upphov till översvämningar utmed kusten. När havsnivån stiger till följd av klimatförändringarna och befolkningen utmed kusten ökar, leder det till en ökad översvämningsrisk. Risk kan beskrivas som en kombination av sannolikhet och konsekvens. För att kunna bestämma var som är säkert att bygga och hur befintlig bebyggelse kan skyddas behövs kunskap om hur höga vattenstånd som kan uppstå, hur stora vågorna kan bli och hur länge en storm varar. Vanligtvis utgår man från en sannolikhetsnivå, till exempel att ett område kan tillåtas att översvämmas i genomsnitt vart hundrade år, och bestämmer sedan vilken vattennivå det motsvarar genom extremvärdesanalys av tillgängliga mätdata. För att göra en så säker förutsägelse som möjligt behövs en lång tidserie (i förhållande till den beräknade frekvensen). Det är även viktigt att veta om observationerna är representativa även för framtida förhållanden. Vid stadsplanering och dimensionering av kustskydd är planeringshorisonten i storleksordningen 25 – 200 år, och känsliga byggnader, till exempel vattenverk, kärnkraftverk, och sjukhus dimensioneras för långa återkomsttider, i storleksordningen 200 – 10 000 år. I dagsläget är det svårt att med rimlig säkerhet bedöma konsekvenserna av så ovanliga händelser och hur de kommer att utvecklas i framtiden. Problemet är att mätserierna av stormfloder ofta är för korta för att göra en robust analys. I den här rapporten undersöks hur analyser av stormfloder kan förbättras genom att ta hänsyn till händelser som inträffade innan vattenståndsmätningarna började samt hur de påverkas av klimatvariationer och klimatförändringar.Genom en internationell litteraturstudie undersöks vilka metoder som kan användas för att utöka dataserierna genom att studera historiska dokument, geologiska undersökningar, samt hydrodynamisk modellering. Vidare studeras hur olika statistiska modeller kan användas för att inkludera dessa faktorer i extremvärdesanalys. En fördjupad studie görs av utvalda länder runt Nordsjön och Östersjön (Danmark, England, Schleswig-Holstein och Nederländerna). Analysen visar på stora skillnader, både mellan de studerade länderna och i jämförelse med Sverige, avseende dimensionerande händelser, metoder för extremvärdesanalys, samt hur historiska stormfloder beaktas i riskanalyser.Om översvämningsrisker underskattas, föreligger risk för stora materiella skador och i värsta fall människors liv och hälsa. Om översvämningsrisker å andra sidan överskattas innebär det en suboptimal markanvändning i kustnära områden och att översvämningsskydd överdimensioneras med negativa samhällsekonomiska och miljömässiga effekter till följd. För att möjliggöra en hållbar utveckling av kustnära områden är därför korrekta bedömningar av översvämningsrisken en nyckelfaktor. Metoderna som presenteras i den här studien kan appliceras på Sveriges kuster för öka kunskapsunderlaget om stormfloder och möjliggöra mer robusta riskanalyser och dimensioneringsunderlag för kustskydd

wuHMM: a robust algorithm to detect DNA copy number variation using long oligonucleotide microarray data

Copy number variants (CNVs) are currently defined as genomic sequences that are polymorphic in copy number and range in length from 1000 to several million base pairs. Among current array-based CNV detection platforms, long-oligonucleotide arrays promise the highest resolution. However, the performance of currently available analytical tools suffers when applied to these data because of the lower signal:noise ratio inherent in oligonucleotide-based hybridization assays. We have developed wuHMM, an algorithm for mapping CNVs from array comparative genomic hybridization (aCGH) platforms comprised of 385 000 to more than 3 million probes. wuHMM is unique in that it can utilize sequence divergence information to reduce the false positive rate (FPR). We apply wuHMM to 385K-aCGH, 2.1M-aCGH and 3.1M-aCGH experiments comparing the 129X1/SvJ and C57BL/6J inbred mouse genomes. We assess wuHMM's performance on the 385K platform by comparison to the higher resolution platforms and we independently validate 10 CNVs. The method requires no training data and is robust with respect to changes in algorithm parameters. At a FPR of <10%, the algorithm can detect CNVs with five probes on the 385K platform and three on the 2.1M and 3.1M platforms, resulting in effective resolutions of 24 kb, 2–5 kb and 1 kb, respectively