The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Auto-assemblage par liaisons hydrogène de systèmes p-conjugués (application de la tectonique moléculaire à la réalisation de dispositifs optoélectroniques)

Les concepts de la tectonique moléculaire par liaisons hydrogène de molécules p-conjuguées ont été appliqués à la réalisation de dispositifs optoélectroniques tels que les diodes électroluminescentes et les cellules photovoltaïques organiques. Des couches actives d'OLED's ont été élaborées avec succès (Lm = 1200 Cd.m-2) par auto assemblage de tectons tétraédriques constitués d'un coeur saturé C(CH2-OR)4 porteur de quatre segments pi conjugués fonctionnalisés par des motifs d'association diaminotriazine. Une seconde approche innovante a été proposée pour réaliser des diodes. Elle met en oeuvre l'association par liaisons hydrogène d'un fluorophore phénylènevinylène central fonctionnalisé par des fonctions imides terrminales (motifs de reconnaissance ADA de liaisons hydrogène) et de deux tectons volumineux dotés d'une unité de reconnaissance DAD complémentaires. L'utilisation de la tectonique moléculaire pour la réalisation de couches actives de cellules solaires par auto-assemblage par liaisons hydrogène de chromophores de type donneur et accepteur d'électron à été brièvement abordéeMONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF

Ingénierie moléculaire et supramoléculaire d'oligo (phénylènethienylène) S p-conjugués

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Synthèse de nanostructures moléculaires [Pi]-conjuguées comportant des enchaînements thiénylène-phénylène

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Conception, synthèse et caractérisation de matériaux fluorescents pour l'élaboration d'un capteur chimique d'explosifs

Dans le cadre de la lutte antiterroriste, il est crucial d'être en mesure de détecter la présence d'explosifs dans des lieux publics. De même, le déminage des anciennes zones de conflits nécessite également de développer des outils adaptés à la détection d'explosifs. Cette thèse est consacrée à l'étude de matériaux organiques fluorescents pour la détection de nitroaromatiques qui figurent parmi les explosifs les plus courants. L'objectif de cette thèse est triple puisqu'il s'agit à la fois de concevoir de nouveaux matériaux sensibles aux nitroaromatiques par inhibition de fluorescence, de développer un prototype et de mieux cerner les mécanismes de détection des nitroaromatiques. Nous explorons la synthèse et l'utilisation de nouveaux co-polymères alternés comportant des segments conjugués fluorescents de type phénylèneéthynylène et des unités chirales de possédant un axe de symétrie C2. La présence de cette unité est susceptible de limiter les interactions pi-pi entre les fluorophores et de conférer au matériau des propriétés adéquates. Dans le but d'obtenir une sensibilité optimale, nous étudions l'incidence de la nature du segment conjugué d'une part et le type d'unité chirale d'autre part. Nous nous intéressons également aux interactions entre les nitroaromatiques et les matériaux sensibles. Les polymères alternés développés dans ce cadre conduisent à des dépôts homogènes et reproductibles. Leur bonne sensibilité et leur excellente sélectivité pour la détection des nitroaromatiques en fait d'excellents candidats pour la réalisation de capteurs. L'aboutissement de ce travail de recherche est le développement d'un prototype de détection miniaturiséTo be able to detect explosives ultra-traces has become a societal need particularly to anticipate terrorist attacks and for land mine detection. During the last decade, despite well studied heavy analytical techniques, more sensitive, rapid and portable new chemical gas sensors have been developed. This thesis is devoted to the study of fluorescent organic materials used for nitroaromatics detection which appears among the most current explosives. Three objectives concern the present work: we have to design new sensitive materials towards nitroaromatics via fluorescence quenching, to develop a portable integrated sensor and to focus on the understanding of the detection process involved in nitroaromatics sensing. We explore the synthesis and the use of new alternate copolymers bearing fluorescent conjugated segments (phenyleneethynylene type) and chiral units with a C2 symmetry axis. This chiral unit is designed in order to avoid pi-stacking between fluorophores. The effect of the conjugated segment nature and the type of chiral unit are studied in order to obtain an optimal sensitivity. The interactions between nitroaromatics and sensitive fluorescent materials are also investigated. The deposition of alternate polymers leads to homogeneous and smooth thin layers. Their good sensitivity and their excellent selectivity for nitroaromatics detection are well fitted for the development of chemical sensors. The result of this leads to the development of a miniaturized integrated prototype of detectionMONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF

cellules solaires photovoltaïques organiques à base de matériaux réticulables

1Les meilleurs rendements des cellules organiques sont aujourd'hui de l'ordre de 5 % [1]. Cependant, même pour des applications portables et jetables, les durées de vie reportées de l'ordre de quelques milliers d'heures sont actuellement insuffisantes à la commercialisation. Les durées de vie sont fortement liées à la stabilité des matériaux. Aussi, pour atteindre de bons rendements, il est nécessaire d'atteindre un état métastable avec une séparation de phase spécifique entre les matériaux donneurs et accepteurs d'électrons. Nous proposons ici l'utilisation de matériaux réticulables afin de mettre en forme ces couches minces bi-matériaux, d'atteindre l'état de phase le plus favorable, puis par réticulation, par UV par exemple, de figer cet état. L'idée est de développer des cellules photovoltaïques organiques (OPV) élaborées à base de matériaux conjugués capables de réticuler en un réseau tridimensionnel de molécules liées les unes aux autres de façon covalente. De part la très bonne stabilité physique et chimique de ces couches, une notable amélioration des durées de vies et de la fiabilité est attendue. Nous avons récemment démontré la faisabilité de l'utilisation de « petites molécules » réticulables par voie sol-gel dans des dispositifs électroniques [2]. Nous présenterons ici les différentes voies envisagées. Des polymères dérivés du polythiophène capables de réticuler par voie sol-gel ou par voie photochimique (UV) seront présentés. Les performances des dispositifs seront discutées en fonction de cette réticulation. [1] M. Reyes-Reyes, K. Kim and D.L. Carroll, Appl. Phys. Lett., 2005, 87, 083506. [2] O. J. Dautel, G. Wantz, R. Almairac, D. Flot, L. Hirsch, J-P. Lère-Porte, J-P. Parneix, F. Serein-Spirau, L. Vignau, J. J. E. Moreau, J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 4892-4901

Absorption and photoluminescence of a new thienylene-phenylene copymer

The optical studies are reported of the thin film of 1 thienylene-dialkoxyphenylene copolymer. Absorption spectra were recorded at 300-20 K. The analysis of he relative intensity of zero-phonon and the 0-1 and 0-2 vibronic bands indicates a change in conjugation length with temp. in the PL spectra, and its evolution allows the detn. of the Huang-Rhys facto

Spectroscopic investigations of copolymers incorporating various thiophene and phenylene monomers

International audienceExperimental and theoretical studies are combined in order to describe copolymers involving various thiophene and phenylene monomers (TBT). The copolymers structures are confirmed and their optical properties are examined. The incorporation of a block unit, such as biphenylene, bipyridine or anthracene into the full conjugated backbone has a significant effect not only on the structural and vibrational properties of the compound but also on its optical behavior, resulting in different electronic transitions and emission colors from blue to blue-greenish and green. Therefore, a better correlation between photoluminescence and Raman vibrational modes assigned to the phonon emission is established. Theoretical studies, based mainly on density functional theory (DFT) calculations, are performed to explain the effect of the block unit incorporation in the optical property modifications. As a result, the blue shift is related to a less planar structure of the copolymer

Designing sterically demanding thiolate coated gold nanoparticles for electrical characterization of biphenyl dithiol in a nanoparticle-​molecule-​nanoelectrode platform

International audienceMolecular electronics with single or few molecules requires a stable metal-molecule nanojunction platform. Herein, we report the design and synthesis of gold nanoparticles coated with sterically demanding thiol ligands that are essential to fabricate a versatile and stable nanoelectrode-molecule- nanoparticle platform suitable for electrical characterization of small organic molecules. By combining ω-tetraphenylmethane ether functionalized alkyl thioacetate and alkyl thiols, we prepare highly stable gold nanoparticles in a one-phase reaction providing simple and efficient purification. This robust preparation gives highly pure nanoparticles in very high yields (up to 90%) with long-time shelf stability. The synthesis in this work has superior reproducibility compared to the previous synthesis processes that are currently being used for such molecular electronics platforms. Electron microscopy confirms the formation of uniform and small nanoparticles in the range of 5 to 7 nm. These nanoparticles with different ligand surface coverages are placed in a 20 nm nanoelectrodes setup using dielectrophoretic forces. This setup was utilized to characterize the conductivity of the molecular wire 4,4’-biphenyldithiol introduced via ligand place-exchange under ambient conditions