The Cytotoxic Necrotizing Factor of Yersinia pseudotuberculosis (CNFy) is Carried on Extracellular Membrane Vesicles to Host Cells

In this study we show Yersinia pseudotuberculosis secretes membrane vesicles (MVs) that contain different proteins and virulence factors depending on the strain. Although MVs from Y. pseudotuberculosis YPIII and ATCC 29833 had many proteins in common (68.8% of all the proteins identified), those located in the outer membrane fraction differed significantly. For instance, the MVs from Y. pseudotuberculosis YPIII harbored numerous Yersinia outer proteins (Yops) while they were absent in the ATCC 29833 MVs. Another virulence factor found solely in the YPIII MVs was the cytotoxic necrotizing factor (CNFy), a toxin that leads to multinucleation of host cells. The ability of YPIII MVs to transport this toxin and its activity to host cells was verified using HeLa cells, which responded in a dose-dependent manner; nearly 70% of the culture was multinucleated after addition of 5 mu g/ml of the purified YPIII MVs. In contrast, less than 10% were multinucleated when the ATCC 29833 MVs were added. Semi-quantification of CNFy within the YPIII MVs found this toxin is present at concentrations of 5 -10 ng per mu g of total MV protein, a concentration that accounts for the cellular responses see

Lasten ja nuorten tunnetaitojen tukeminen toimintaterapiassa eläinavusteisin menetelmin : toimintaterapeuttien menetelmiä ja kokemuksia käytännön työssä

Eläinavusteinen interventio on monelle vielä melko tuntematon termi, vaikka sitä hyödynnetään kuntoutuksessa yhä enemmän. Lisäksi siitä on saatavilla vain vähän konkreettista materiaalia työskentelyn tueksi. Opinnäytetyön tavoitteena on tuoda esiin eläinavusteisten menetelmien hyödyntämistä tunnetyöskentelyssä lasten ja nuorten toimintaterapiassa. Opinnäytetyö toteutettiin laadullisena tutkimuksena ja aineistonkeruumenetelmänä käytettiin verkkokyselyä. Kysely koostui pääasiassa avoimista kysymyksistä. Saatu aineisto käsiteltiin sisällönanalyysilla. Vastauksista nousi esiin koira ja hevonen yleisimpinä eläinlajeina eläinavusteisessa työskentelyssä. Tulosten mukaan eläintä hyödynnetään terapiassa esimerkiksi asiakkaan motivoinnissa, vuorovaikutustilanteiden harjoittelussa tai osana toimintaa. Hyödynnettävät menetelmät vaihtelevat eläimen tarpeisiin vastaamisesta konkreettiseen tunnetaitojen harjoittamiseen ja toiminnan valitsemiseen eläimen avulla. Toimintaterapeuttien kokemusten perusteella eläinavusteisen tunnetyöskentelyn vaikutukset asiakkailla ovat muun muassa itsesäätelykeinojen ja tunnetaitojen vahvistuminen sekä pidemmällä aikavälillä arjen haasteiden vähentyminen. Eläinavusteisen työskentelyn vaikuttavuudesta tunnetaidoissa on saatavilla vielä vähän tutkimusnäyttöä ja lisätutkimusta kaivattaisiin. Tutkimukseen vastanneet nostivat esiin tarpeen näyttöön perustuvista konkreettisista menetelmistä

Automating three-dimensional osteoarthritis histopathological grading of human osteochondral tissue using machine learning on contrast-enhanced micro-computed tomography

Objective: To develop and validate a machine learning (ML) approach for automatic three-dimensional (3D) histopathological grading of osteochondral samples imaged with contrast-enhanced micro-computed tomography (CEμCT). Design: A total of 79 osteochondral cores from 24 total knee arthroplasty patients and two asymptomatic donors were imaged using CEμCT with phosphotungstic acid -staining. Volumes-of-interest (VOI) in surface (SZ), deep (DZ) and calcified (CZ) zones were extracted depth-wise and subjected to dimensionally reduced Local Binary Pattern -textural feature analysis. Regularized linear and logistic regression (LR) models were trained zone-wise against the manually assessed semi-quantitative histopathological CEμCT grades (diameter = 2 mm samples). Models were validated using nested leave-one-out cross-validation and an independent test set (4 mm samples). The performance was primarily assessed using Mean Squared Error (MSE) and Average Precision (AP, confidence intervals are given in square brackets). Results: Highest performance on cross-validation was observed for SZ, both on linear regression (MSE = 0.49, 0.69 and 0.71 for SZ, DZ and CZ, respectively) and LR (AP = 0.9 [0.77–0.99], 0.46 [0.28–0.67] and 0.65 [0.41–0.85] for SZ, DZ and CZ, respectively). The test set evaluations yielded increased MSE on all zones. For LR, the performance was also best for the SZ (AP = 0.85 [0.73–0.93], 0.82 [0.70–0.92] and 0.8 [0.67–0.9], for SZ, DZ and CZ, respectively). Conclusion: We present the first ML-based automatic 3D histopathological osteoarthritis (OA) grading method which also adequately perform on grading unseen data, especially in SZ. After further development, the method could potentially be applied by OA researchers since the grading software and all source codes are publicly available.Peer reviewe