Caractérisation structurelle et fonctionnelle d'un stimulateur d'épissage

Nous avons employé le pré-mRNA du gène de la fibronectine humaine comme modèle afin d'investiger le rôle des séquences exoniques dans le choix de sites d'épissage. Il a été précédemment démontré dans notre laboratoire qu'une séquence purinique de 9 nt (GAAGAAGAC) située dans l'exon alternatif EDI pouvait stimuler l'utilisation in vitro du site d'épissage 3 ' en amont (Lavigueur et al., 1993. Genes Dev. 7: 2405-2417). Cet élément peut agir à partir de plusieurs endroits dans l'exon, peut stimuler l'épissage de sites 3 ' hétérologues ainsi qu'être reconnu par des protéines SR. Afin d'adresser la contribution de nucléotides à chaque position d'un tel élément stimulateur d'épissage, nous avons généré des variantes aux positions de purines. Premièrement, des oligonucléotides contenant une région dégénérée de 8 nt composée uniquement de purines, ont été cloné en aval du site d'épissage 3 ' d'EDI. Ainsi, nous avons vérifié la capacité de stimuler l'utilisation du site 3 ' d'EDI pour plusieurs combinaisons de motifs puriniques. Nos résultats démontrent clairement que les motifs de purines n'ont pas tous une activité stimulatrice équivalente et que la force de leur stimulation dépend du contenu de leur séquence polypurine. De plus, il ne semble pas exister de patron particulier permettant de prédire l'efficacité d'un élément basé sur sa séquence. Ainsi, la présence d'un motif riche en purines dans un exon n'est pas en soi suffisant pour y associer une activité stimulatrice. Enfin, nos expériences suggèrent que plusieurs paramètres autre que la séquence influencent également l'activité d'un motif riche en purines, signalant la complexité et la prudence dans la définition des stimulateurs d'épissage de ce type

Caractérisation structurelle et fonctionnelle d'un stimulateur d'épissage

Nous avons employé le pré-mRNA du gène de la fibronectine humaine comme modèle afin d'investiger le rôle des séquences exoniques dans le choix de sites d'épissage. Il a été précédemment démontré dans notre laboratoire qu'une séquence purinique de 9 nt (GAAGAAGAC) située dans l'exon alternatif EDI pouvait stimuler l'utilisation in vitro du site d'épissage 3 ' en amont (Lavigueur et al., 1993. Genes Dev. 7: 2405-2417). Cet élément peut agir à partir de plusieurs endroits dans l'exon, peut stimuler l'épissage de sites 3 ' hétérologues ainsi qu'être reconnu par des protéines SR. Afin d'adresser la contribution de nucléotides à chaque position d'un tel élément stimulateur d'épissage, nous avons généré des variantes aux positions de purines. Premièrement, des oligonucléotides contenant une région dégénérée de 8 nt composée uniquement de purines, ont été cloné en aval du site d'épissage 3 ' d'EDI. Ainsi, nous avons vérifié la capacité de stimuler l'utilisation du site 3 ' d'EDI pour plusieurs combinaisons de motifs puriniques. Nos résultats démontrent clairement que les motifs de purines n'ont pas tous une activité stimulatrice équivalente et que la force de leur stimulation dépend du contenu de leur séquence polypurine. De plus, il ne semble pas exister de patron particulier permettant de prédire l'efficacité d'un élément basé sur sa séquence. Ainsi, la présence d'un motif riche en purines dans un exon n'est pas en soi suffisant pour y associer une activité stimulatrice. Enfin, nos expériences suggèrent que plusieurs paramètres autre que la séquence influencent également l'activité d'un motif riche en purines, signalant la complexité et la prudence dans la définition des stimulateurs d'épissage de ce type

Phylogenetic Clustering among Asylum Seekers with New HIV-1 Diagnoses in Montreal, QC, Canada

Migrants are at an increased risk of HIV acquisition. We aimed to use phylogenetics to characterize transmission clusters among newly-diagnosed asylum seekers and to understand the role of networks in local HIV transmission. Retrospective chart reviews of asylum seekers linked to HIV care between 1 June 2017 and 31 December 2018 at the McGill University Health Centre and the Jewish General Hospital in Montreal were performed. HIV-1 partial pol sequences were analyzed among study participants and individuals in the provincial genotyping database. Trees were reconstructed using MEGA10 neighbor-joining analysis. Clustering of linked viral sequences was based on a strong bootstrap support (>97%) and a short genetic distance (<0.01). Overall, 10,645 provincial sequences and 105 asylum seekers were included. A total of 13/105 participant sequences (12%; n = 7 males) formed part of eight clusters. Four clusters (two to three people) included only study participants (n = 9) and four clusters (two to three people) included four study participants clustered with six individuals from the provincial genotyping database. Six (75%) clusters were HIV subtype B. We identified the presence of HIV-1 phylogenetic clusters among asylum seekers and at a population-level. Our findings highlight the complementary role of cohort data and population-level genotypic surveillance to better characterize transmission clusters in Quebec