Heterozygous deletions are main cause of expression alterations of PPM1M and PRICLE2 genes in human clear cell renal cell carcinomas

Aim. To discover the mechanisms of the PPM1M and PRICKLE2 genes expression alterations in clear cell renal cell carcinomas. Methods. Study of the copy number was performed, using the quantitative PCR (Q-PCR). Results. Deletions of PPM1M were found in 55 % of cases, amplifications – in 17 % and in 28 % of samples there were no changes of the copy number. We found the deletions of PRICKLE2 in 50 % of samples, no changes of the copy number in 39 %, and amplifications in 11 % of cases. Conclusions. By the analysis of the gene copy number we have shown that homo- and heterozygous deletions are the main reason of changes in expression of the PPM1M and PRICKLE2 genes.Мета. Знайти механізм, відповідальний за зміну експресії генів PPM1M і PRICKLE2 у світлоклітинних карциномах нирки людини. Методи. Вивчення змін кількості ко­пій генів було проведено за допомогою кількісної ПЛР (Q- ПЛР). Результати. Делеції гена PPM1M були знайдені у 55,6 % випадків, ампліфікації – у 16,7 %, а у 27,8 % зразків не було змін кількості копій гена. Ми виявили делеции гена PRICKLE2 у 50 % зразків, зміни не виявлено у 38,9 % зразків, а ампліфікації спостерігалися у 11,1 % випадків. Висновки. За допомогою аналізу кількості копій ге­на ми показали, що гомо- та гетерозиготні делеції є голов­ною причиною зміни експресії генів PPM1M і PRICKLE2.Цель. Найти механизм, ответственный за изменение эксп­рес­сии генов PPM1M и PRICKLE2 в светлоклеточных кар­циномах почки человека. Методы. Изучение изменений количества копий проводили методом количественной ПЦР (Q-ПЦР). Результаты. Делеции гена PPM1M были найдены в 55,6 % случаев, амплификации – в 16,7 %, а в 27,8 % образцов не было изменений количества копий гена. Мы обнаружили делеции гена PRICKLE2 в 50 % образцов, в 38,9 % образцов изменений не обнаружено, амплификации наблюдались в 11,1 % случаев. Выводы. С помощью анализа количества копий гена мы показали, что гомо- и гетерозиготные делеции являются главной причиной изменения экспресии генов PPM1M и PRICKLE2

PPM1M and PRICKLE2 are potential tumor suppressor genes in human clear-cell renal cell carcinoma

Aim. To investigate the expression levels of PPM1M and PRICKLE2 in clear-cell renal cell carcinomas (ccRCC) and propose a mechanism leading to the expression changes in tumor. Methods. Analysis of GEO data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR, deletion search. Results. We found that the PRICKLE2 expression was down-regulated in 83 % of samples. Decreased expression of PPM1M was shown in 33.3 % of ccRCC samples. The promoters of PPM1M and PRICKLE2 were not methylated, and no deletions were found in their sequences. Conclusions. Our data suggest that PRICKLE2 and PPM1M might be candidates for the tumor suppressor genes in ccRCC.Мета. Дослідити рівень експресії PPM1M і PRICKLE2 у світло- клітинних карциномах нирки (ccRCC) і запропонувати механізм, що призводить до змін експресії генів у пухлинах. Методи. Аналіз баз даних GEO, кількісна ПЛР (Q-ПЛР), бісульфітне секвенування, метил-специфічна ПЛР, пошук делецій. Результати. Ми виявили, що експресія гена PPM1M знижена у 33,3 % зразків ccRCC, у той час як гена PRICKLE2 – у 83 % зразків ccRCC. Метилювання промоторної зони і делеції в генах PPM1M і PRICKLE2 не виявлено. Висновки. Наші дані вказують на те, що PRICKLE2 і PPM1M можуть бути кандидатами в гени-супресори для ccRCC.Цель. Исследовать уровень экспрессии PPM1M и PRICKLE2 в светлоклеточных карциномах почки (ccRCC) и предложить механизм, ведущий к изменениям экспрессии генов в опухолях. Методы. Анализ баз данных GEO, количественная ПЦР (Q-ПЦР), бисульфитное секвенирование, метил-специфическая ПЦР, поиск делеций. Результаты. Мы выявили, что экспрессия гена PPM1M снижена в 33,3 % образцов ccRCC, тогда как гена PRICKLE2 – в 83 % образцов ccRCC. Метилирование промоторной зоны и делеции в генах PPM1M и PRICKLE2 не обнаружены. Выводы. Наши данные показывают, что PRICKLE2 и PPM1M могут быть кандидатами в гены-супрессоры для ccRCC

Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma

Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutathione peroxidase 1 and 3 (GPX1 and GPX3) were expressed at low levels in renal cancers. The relative gene expression of GPX1 and GPX3 that was widely inactivated in clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) was confirmed by Q-PCR. No correlation between expression levels and promoter methylation was found. It was found, however, that an allele with five ALA repeats in the N-terminal region of GPX1 is the most frequent polymorphic variant in ccRCC patients. Conclusions. Our data support the hypothesis that GPX1 and GPX3 are involved in tumorigenesis of ccRCC and could be putative TSGs (tumor suppressor genes) in renal cancer.Мета. Знайти можливі діагностичні і прогностичні маркери канцерогенезу. Методи. Аналіз даних SAGE і мікрочіпів, кількісна ПЛР (Q-PCR), бісульфітне секвенування, метилспецифічна ПЛР. Результати. Біоінформатичним аналізом баз даних SAGE і мікрочіпів виявлено, що гени, які кодують глутатіонпероксидазу 1 і 3 (GPX1 і GPX3), мають низький рівень експресії у тканинах раку нирок. Дані Q-PCR щодо відносної експресії генів GPX1 і GPX3 підтвердили, що зазначені гени часто інактивовані у світлоклітинній карциномі нирки (ccRCC). Кореляції між рівнем експресії і метилюванням промотoру у жодному разі не знайдено. Проте встановлено, що алель з п’ятьма ALA-повторами в N-кінцевій ділянці GPX1 є найчастіше повторюваним поліморфним варіантом у пацієнтів з ccRCC. Висновки. Наші дані підтверджують гіпотезу, що гени GPX1 і GPX3 залучені до процесу канцерогенезу ccRCC і можуть бути кандидатами на роль генів – супресорів пухлин (TSGs, tumor suppressor genes) при раку нирок.Цель. Найти предполагаемые диагностические и прогностические маркеры канцерогенеза. Методы. Анализ данных SAGE и микрочипов, количественная ПЦР (Q-PCR), бисульфитное секвенирование, метилспецифическая ПЦР. Результаты. Биоинформатическим анализом баз данных SAGE и микрочипов выявлено, что гены, кодирующие глютатионпероксидазу 1 и 3 (GPX1 и GPX3), имеют низкий уровень экспрессии в тканях рака почек. Данные Q- PCR по относительной экспрессии генов GPX1 и GPX3 подтвердили, что эти гены часто инактивированы в светлоклеточной карциноме почки (ccRCC). Корреляции между уровнем экспрессии и метилированием промотoра ни в одном случае не найдено. Однако обнаружено, что аллель с пятью ALA-повторами в N-концевом участке GPX1 является наиболее часто повторяемым полиморфным вариантом у пациентов с ccRCC. Выводы. Наши результаты подтверждают гипотезу, что гены GPX1 и GPX3 вовлечены в процесс канцерогенеза ccRCC и могут быть кандидатами на роль генов – супрессоров опухолей (TSGs, tumor suppressor genes) при раке почек

Comparative analysis of epigenetic markers in plasma and tissue of patients with colorectal cancer

Aim. The work is devoted to the development of less invasive tools for the colorectal cancer (CRC) screening. Methods. Q-PCR and methylation-specific PCR techniques were used in the current work. Results. We have shown that the levels of cell-free plasma DNA are higher in the CRC patients compared with the healthy donors (p < 0.01). Hypermethylation of APC, FHIT, LRRC3B and HIC1 genes was studied in the tumor and plasma samples of CRC patients. Two-stage verification for CRC screening was proposed. Conclusions. We proposed and tested a novel approach for CRC screening based on the determination of cell-free DNA and methylated DNA fragments in the plasma.Мета. Розробка менш інвазивних методик для скринінгу злоякісних пухлин товстого кишечника (CRC). Методи. Використано кількісну ПЛР і метил-специфічну ПЛР. Результати. Показано, що середнє значення концентрацій вільно циркулюючої ДНК у плазмі крові є статистично достовірно вищим у пацієнтів з CRC порівняно зі здоровими донорами (p < 0,01). Встановлено гіперметилювання генів APC, FHIT, LRRC3B і HIC1 у пухлинах та плазмі хворих на CRC. Висновки. Нами запропоновано і перевірено новітній підхід для скринінгу CRC, який базується на визначенні позаклітинної ДНК і метильованих фрагментів ДНК у плазмі.Цель. Разработка менее инвазивных методик для скрининга злокачественных опухолей толстого кишечника (CRC). Методы. Использована количественная ПЦР и метил-специфическая ПЦР. Результаты. Показано, что среднее значение свободно циркулирующей ДНК в плазме статистически достоверно выше у пациентов с CRC по сравнению со здоровыми донорами (p < 0,01). Установлено гиперметилирование генов APC, FHIT, LRRC3B и HIC1 в опухолях и плазме пациентов с CRC. Выводы. Нами предложен и проверен новейший подход для скрининга CRC, базирующийся на определении внеклеточной ДНК и метилированных фрагментов ДНК в плазме

Heterozygous deletions are main cause of expression alterations of PPM1M and PRICLE2 genes in human clear cell renal cell carcinomas

Aim. To discover the mechanisms of the PPM1M and PRICKLE2 genes expression alterations in clear cell renal cell carcinomas. Methods. Study of the copy number was performed, using the quantitative PCR (Q-PCR). Results. Deletions of PPM1M were found in 55 % of cases, amplifications – in 17 % and in 28 % of samples there were no changes of the copy number. We found the deletions of PRICKLE2 in 50 % of samples, no changes of the copy number in 39 %, and amplifications in 11 % of cases. Conclusions. By the analysis of the gene copy number we have shown that homo- and heterozygous deletions are the main reason of changes in expression of the PPM1M and PRICKLE2 genes.Мета. Знайти механізм, відповідальний за зміну експресії генів PPM1M і PRICKLE2 у світлоклітинних карциномах нирки людини. Методи. Вивчення змін кількості ко­пій генів було проведено за допомогою кількісної ПЛР (Q- ПЛР). Результати. Делеції гена PPM1M були знайдені у 55,6 % випадків, ампліфікації – у 16,7 %, а у 27,8 % зразків не було змін кількості копій гена. Ми виявили делеции гена PRICKLE2 у 50 % зразків, зміни не виявлено у 38,9 % зразків, а ампліфікації спостерігалися у 11,1 % випадків. Висновки. За допомогою аналізу кількості копій ге­на ми показали, що гомо- та гетерозиготні делеції є голов­ною причиною зміни експресії генів PPM1M і PRICKLE2.Цель. Найти механизм, ответственный за изменение эксп­рес­сии генов PPM1M и PRICKLE2 в светлоклеточных кар­циномах почки человека. Методы. Изучение изменений количества копий проводили методом количественной ПЦР (Q-ПЦР). Результаты. Делеции гена PPM1M были найдены в 55,6 % случаев, амплификации – в 16,7 %, а в 27,8 % образцов не было изменений количества копий гена. Мы обнаружили делеции гена PRICKLE2 в 50 % образцов, в 38,9 % образцов изменений не обнаружено, амплификации наблюдались в 11,1 % случаев. Выводы. С помощью анализа количества копий гена мы показали, что гомо- и гетерозиготные делеции являются главной причиной изменения экспресии генов PPM1M и PRICKLE2

Genetic and epigenetic changes of GPX1 and GPX3 in human clear-cell renal cell carcinoma

Aim. To find putative diagnostic and prognostic markers of cancerogenesis. Methods. Analysis of microarray and SAGE data, quantitative PCR (Q-PCR), bisulfite sequencing, methylation-specific PCR. Results. Bioinformatic analysis of microarray and SAGE database revealed that genes, encoding the glutathione peroxidase 1 and 3 (GPX1 and GPX3) were expressed at low levels in renal cancers. The relative gene expression of GPX1 and GPX3 that was widely inactivated in clear-cell renal cell carcinoma (ccRCC) was confirmed by Q-PCR. No correlation between expression levels and promoter methylation was found. It was found, however, that an allele with five ALA repeats in the N-terminal region of GPX1 is the most frequent polymorphic variant in ccRCC patients. Conclusions. Our data support the hypothesis that GPX1 and GPX3 are involved in tumorigenesis of ccRCC and could be putative TSGs (tumor suppressor genes) in renal cancer.Мета. Знайти можливі діагностичні і прогностичні маркери канцерогенезу. Методи. Аналіз даних SAGE і мікрочіпів, кількісна ПЛР (Q-PCR), бісульфітне секвенування, метилспецифічна ПЛР. Результати. Біоінформатичним аналізом баз даних SAGE і мікрочіпів виявлено, що гени, які кодують глутатіонпероксидазу 1 і 3 (GPX1 і GPX3), мають низький рівень експресії у тканинах раку нирок. Дані Q-PCR щодо відносної експресії генів GPX1 і GPX3 підтвердили, що зазначені гени часто інактивовані у світлоклітинній карциномі нирки (ccRCC). Кореляції між рівнем експресії і метилюванням промотoру у жодному разі не знайдено. Проте встановлено, що алель з п’ятьма ALA-повторами в N-кінцевій ділянці GPX1 є найчастіше повторюваним поліморфним варіантом у пацієнтів з ccRCC. Висновки. Наші дані підтверджують гіпотезу, що гени GPX1 і GPX3 залучені до процесу канцерогенезу ccRCC і можуть бути кандидатами на роль генів – супресорів пухлин (TSGs, tumor suppressor genes) при раку нирок.Цель. Найти предполагаемые диагностические и прогностические маркеры канцерогенеза. Методы. Анализ данных SAGE и микрочипов, количественная ПЦР (Q-PCR), бисульфитное секвенирование, метилспецифическая ПЦР. Результаты. Биоинформатическим анализом баз данных SAGE и микрочипов выявлено, что гены, кодирующие глютатионпероксидазу 1 и 3 (GPX1 и GPX3), имеют низкий уровень экспрессии в тканях рака почек. Данные Q- PCR по относительной экспрессии генов GPX1 и GPX3 подтвердили, что эти гены часто инактивированы в светлоклеточной карциноме почки (ccRCC). Корреляции между уровнем экспрессии и метилированием промотoра ни в одном случае не найдено. Однако обнаружено, что аллель с пятью ALA-повторами в N-концевом участке GPX1 является наиболее часто повторяемым полиморфным вариантом у пациентов с ccRCC. Выводы. Наши результаты подтверждают гипотезу, что гены GPX1 и GPX3 вовлечены в процесс канцерогенеза ccRCC и могут быть кандидатами на роль генов – супрессоров опухолей (TSGs, tumor suppressor genes) при раке почек