Classical potential energy calculations for ApA, CpC, GpG, and UpU. The influence of the bases on RNA subunit conformations

Classical potential energy calculations have been made for the ribodinucleoside monophosphates ApA, CpC, GpG, and UpU. Van der Waal's, electrostatic, and torsional contributions to the energy were calculated, and the energy was minimized with the seven backbone conformational angles as simultaneously variable parameters. At the global minimum, ApA and CpC have conformations like double helical RNA: the angles ω′ and ω are g−g−, the sugar pucker is C3′-endo, and the bases are anti. GpG and UpU, on the other hand, have the ω′,ω angle pair g−t at the global minimum, and for GpG the bases are syn. Energy contour maps for ω′ and ω show two broad, low energy regions for ApA, CpC, and UpU: one is g−g−, and the second encompasses g−t and g+g+ within a single low energy contour. The two regions are connected by a path at 10–13 kcal./mole. For GpG, with bases syn, however, only a small low-energy region at g−t is found. The helical ‘A’ RNA conformation is 8.5 kcal/mole higher for this molecule. Thus, the base composition is shown to influence the conformations adopted by dinucleoside phosphates. Comparison of calculations with experimental data, where available, show good agreement

La Falla San Mateo, nuevas evidencias paleosismológicas de fallamiento activo en en Graben de Acambay, México.

Este artículo se centra en la identificación y la caracterización paleosísmica de la falla San Mateo, una estructura que se describe por primera vez en este trabajo. Esta falla forma parte del sistema de fallas central del graben de Acambay, en el centro de México. Es una falla normal de más de 13 km de largo, con rumbo E-O y buzamiento hacia el sur. Dos trincheras paleosísmicas fueron excavadas en la localidad de La Lechuguilla para determinar la cronología reciente de paleoterremotos asociados a la falla y caracterizar sus parámetros sísmicos. En una de estas trincheras se han reconocido al menos tres paleo-rupturas que ocurrieron entre el Pleistoceno tardío y el Holoceno, según las fechas de radiocarbono obtenidas. El evento más antiguo (Evento 1) se encuentra en el intervalo de 31.0-29.3 cal. ka AP. El Evento 2 se encuentra en el intervalo de 19.1-6.5 cal. ka AP y el fallamiento más joven (Evento 3) en el intervalo de 6.0 a 4.2 cal. ka AP. Estos resultados arrojan un intervalo de recurrencia de ruptura superficial preliminar de aproximadamente 11.57 ± 5.32 ka. Se estima una tasa de deslizamiento vertical de 0.085 ± 0.025 mm/año y una magnitud máxima (Mw) entre 6.43 y 6.76 a partir del desplazamiento cosísmico promedio de 0.85 ± 0.16 m y una longitud de ruptura de falla de 13 km. En el caso de que la falla tuviera una longitud de ruptura de 25 km, considerando su posible continuación bajo los sedimentos actuales del graben, se podría generar un sismo de magnitud máxima, Mw, de 6.7 ± 0.3. Los resultados de este estudio paleosísmico sugieren que la falla San Mateo representa, junto con otras fallas activas del graben de Acambay, un riesgo sísmico significativo para la población. Finalmente, el presente estudio destaca el carácter reciente de la actividad volcánica en el graben de Acambay