Implementation of the quantitative Real-Time PCR for the molecular-genetic diagnostics of spinal muscular atrophy

Aim. To develop an easy and reliable assay for quantitative analysis of the SMN1 gene exon 7 copy number with Real-Time PCR and a SYBR Green dye which can be used as a test-system for spinal muscular atrophy (SMA) diagnostics. Methods. For the quantification the SMN1 gene exon 7 copies we have used the approach, which is based on the comparison of ratio between PCR amplification of the genomic DNA sample and that of an internal standard (Albumin gene) for each subject tested. For the development and validation of the assay we tested the DNA samples from ten patients with SMA (homozygous deletion of the exon 7 in the SMN1 gene) which were previously analyzed using standard PCR-RFLP method and 42 control DNA samples from: 29 heterozygous carriers of the deletion of the exon 7 in the SMN1 gene, 13 individuals without SMN1 deletion, which were previously analyzed using linkage analysis of 2AE9.1 (D5S557) and LAS96 (D5S681) polymorphic microsatellite loci, and 10 samples from individuals of the general population. The results were calculated using standard Livak method (2–ΔΔCt method). Results. The mean ± SD of the 2–ΔΔCt ratios for the carriers of the heterozygous deletion of the exon 7 in the SMN1 gene is 0.475 ± 0.091; and for the controls – 0.909 ± 0.068. The results obtained don’t show overlapping between 2–Ct ratios at the carriers of the SMN1 heterozygous deletion and individuals without it (t =3.84, p > 0.05). Conclusions. This method can be used as a basis for creating the test-system for SMA DNA diagnostics, especially for the carrier screening.Мета роботи полягала у розробці простого і надійного методу кількісного аналізу делеції 7-го екзону гена SMN1 за допомогою ПЛР у реальному часі з барвником-інтеркалятором SYBR Green, який можна використовувати в тест-системах для діагностики спінальної м’язової атрофії (СМА). Методи. Для розробки методу визначення кількості копій гена SMN1 застосовано підхід, який базується на порівнянні параметрів ампліфікації досліджуваного зразка ДНК та зовнішнього стандарту (ген альбуміну). Для підтвердження розробленого методу проаналізовано зразки ДНК 10 паціентів із СМА (гомозиготна делеція 7-го екзону гена SMN1), 42 контрольних зразки ДНК (від 29 гетерозиготних носіїв делеції 7-го екзону гена SMN1 і 13 індивідуумів без делеціії), які вивчено методом зчеплення з поліморфними мікросателітними маркерами 2AE9.1 (D5S557) і LAS96 (D5S681), а також зразки від 10 індивідуумів з контрольної популяції. Обробку результатів проводили за допомогою стандартного методу Лівака (метод 2–ΔΔCt). Результати. Середнє значение зі стандартною похибкою показника 2–ΔΔCt для гетерозиготних носіїв делеції 7-го екзону гена SMN1 становить 0,475 ± 0,091, для нормальних контролів – 0,909 ± 0,068. Встановлено відсутність перекривання результатів аналізу для гетерозиготних носіїв делеції і нормальних контролів (t = 3,84, p > 0,05). Висновки. Розроблений метод може бути придатним для аналізу СМА у програмах молекулярно-генетичного тестування, а також як компонент тест- систем для діагностики СМА.Цель работы состояла в разработке простого и надежного метода количественного анализа делеции 7-го экзона гена SMN1 с помощью ПЦР в реальном времени с интеркалирующим красителем SYBR Green, который можно использовать в тест-системах для диагностики спинальной мышечной атрофии (СМА). Методы. Для разработки метода подсчета количества копий гена SMN1 применен подход, основанный на сравнении параметров амплификации исследуемого образца ДНК и внешнего стандарта (ген альбумина). Для подтверждения разработанного метода проанализированы образцы ДНК 10 пациентов со СМА (гомозиготная делеция 7-го экзона гена SMN1), 42 контрольных образца ДНК (от 29 гетерозиготных носителей делеции 7-го экзона гена SMN1 и 13 индивидуумов без делеции), изученных методом сцепления с полиморфными микросателлитными маркерами 2AE9.1 (D5S557) и LAS96 (D5S681), а также образцы от 10 индивидуумов из контрольной популяции. Обработку результатов проводили с помощью стандартного метода Ливака (метод 2–ΔΔCt). Результаты. Среднее значение со стандартной ошибкой показателя 2–ΔΔCt для гетерозиготных носителей делеции 7-го экзона гена SMN1 составляет 0,475 ± 0,091, для нормальных контролей – 0.909 ± 0.068. Установлено отсутствие перекрывания результатов анализа для гетерозиготных носителей делеции и здоровых индивидуумов (t = 3,84, p > 0,05). Выводы. Разработанный метод может быть использован для анализа СМА в программах молекулярно-генетической диагностики, а также как компонент тест-систем для диагностики СМА

Analysis of 17p11.2 chromosome region rearrangements in CMT1 patients from Ukraine

Two intercomplementary methods of 17p11.2 duplication/deletion identification have been elaborated: STR allelic variants analysis and direct PMP22 gene dosage measuring by means of quantitative Real Time PCR. It has been carried out detection and analysis of 17p11.2 chromosome region rearrangements in CMT1 patients from Ukraine. It has been registered the high level of de novo cases with 17p11.2-duplication. It has been shown the 17p11.2 chromosome region duplication/deletion association with CMT1A and HNPP clinical phenotypes which may be used in differential diagnosis of this type of CMT polyneuropathy.Проведена детекция и анализ хромосомных перестроек области 17p11.2 у пациентов с болезнью ШаркоМари-Тус (ШМТ) из Украины. Разработаны два взаимодополняющих метода идентификации дупликаций/делеций в области 17p11.2: анализ аллельных вариантов STR локусов и прямой анализ дозы гена РМР22 с использованием ПЦР в реальном времени. Выявлен высокий уровень de novo дупликаций в указанном хромосомном регионе. Показана ассоциация дупликаций/делеций в области 17p11.2 с клиническими фенотипами ШМТ1А и HNPP, что может быть использовано для дифференциальной диагностики упомянутых типов полиневропатии ШМТ.Проведено детекцію та аналіз хромосомних перебудов ділянки 17p11.2 у пацієнтів з хворобою Шарко-Марі-Тус (ШМТ) з України. Розроблено два взаємодоповнюючі методи ідентифікації дуплікацій/делецій у ділянці 17p11.2: аналіз алельних варіантів STR-локусів та прямий аналіз дози гена РМР22 із використанням ПЛР у реальному часі. Виявлено високий рівень de novo дуплікацій цієї хромосомної ділянки. Показано ассоціацію дуплікацій/делецій у ділянці 17p11.2 із клінічними фенотипами ШМТ1А та HNPP, що може бути використано для диференційної діагностики даних типів поліневропатії ШМТ

Development of ARMS PCR tests for detection of common CFTR gene mutations

Aim. To develop diagnostic assays, based on the amplification refractory mutation system (ARMS) principle, for detection of common mutations in the CFTR gene using two approaches: standard PCR with further gel-electrophoresis and Real-Time PCR with SYBR Green. Materials. For this study we have chosen the following mutations: dF508, W1282X, R117H, 621 + 1G > T, 2143delT with the frequencies in Ukraine: dF508 – 43.3 %; 2143delT – 1.38 %; W1282X – 1.1 %; R117H, 621 + 1G > T – T, 2143delT mutations. To validate the developed assays we have analyzed control DNA samples with the following mutations: W1282X (n = 3), R117H (n = 2), 621 + 1G > T (n = 1), 2143delT (n = 1). For validation of the dF508 assay we have analyzed 100 heterozygous carriers and 50 homozygous carriers. We have analyzed 48 patients with cystic fibrosis, in which only one mutation was previously detected in combination with unknown mutant variant, using the developed ARMS assay for the 2143delT mutation, and detected 4 heterozygous carriers. No differences were observed in comparison with the standard protocols. Conclusions. It was shown that ARMS is a reliable, rapid and inexpensive method, and the developed assays can be applied in the standard PCR protocol with further gel-electrophoresis as well as using Real-Time PCR with SYBR Green for the molecular genetic diagnostics of cystic fibrosis.Мета. Мета дослідження полягала у розробці діагностичних методик, основаних на принципі алель-специфічної ПЛР для аналізу розповсюджених мутацій в гені ТРБМ з використанням двох підходів: традиційної ПЛР з подальшим розділенням продуктів у гель-електрофорезі та з використанням ПЛР у реальному часі. Методи. Для дослідження обрано такі мутації – dF508, W1282X, R117H, 621 + 1G > T, 2143delT з частотою зустрічальності в Україні: dF508 – 43,3 %; 2143delT – 1,38 %; W1282X – 1,1 %; R117H і 621 + 1G > T – T, 2143delT. Розроблені методики аналізу підтверджено перевіркою контрольних зразків ДНК з мутаціями W1282X (n = 3), R117H (n = 2), 621 + 1G > T (n = 1), 2143delT (n = 1). Щоб перевірити тест на dF508 нами проаналізовано 100 носіїв даної мутації в гетерозиготному стані та 50 – в гомозиготному. За допомогою створеної методики детекції 2143delT проаналізовано також 48 пацієнтів, хворих на муковісцидоз, у яких первинно виявлено лише по одній мутації разом з невідомим мутантним варіантом. В результаті аналізу серед них визначено ще чотири носії зазначеної делеції в гетерозиготному стані. При цьому не встановлено розбіжностей в даних, отриманих з використанням стандартних протоколів аналізу досліджених мутацій. Висновки. Показано, що метод алель-специфічної ПЛР є швидким та відносно недорогим, його можна застосовувати для детекції відомих мутацій у гені ТРБМ.Цель работы состояла в разработке диагностических методик, основанных на принципе аллель-специфической ПЦР для анализа распространенных мутаций в гене ТРБМ с использованием двух подходов: традиционной ПЦР c дальнейшим разделением продуктов в гель-электрофорезе и ПЦР в реальном времени. Методы. Для исследований выбраны следующие мутации – dF508, W1282X, R117H, 621 + 1G > T, 2143delT с частотой встречаемости в Украине: dF508 – 43,3 %; 2143delT – 1,38 %; W1282X – 1,1 %; R117H и 621 + 1G > T – T, 2143delT. Разработанные методики анализа подтверждены проверкой контрольных образцов ДНК с мутациями W1282X (n = 3), R117H (n = 2), 621 + 1G > T (n = 1), 2143delT (n = 1). Для проверки теста на dF508 проанализированы 100 носителей данной мутации в гетерозиготном состоянии и 50 – в гомозиготном состоянии. С помощью разработанной методики детекции 2143delT проанализированы также 48 пациентов, больных муковисцидозом, у которых первично выявлено лишь по одной мутации вместе с неизвестным мутантным вариантом. В результате анализа среди них определены еще четырее носителя указанной делеции в гетерозиготном состоянии. При этом не найдено отличий в данных, полученных с использованием стандартных протоколов анализа этих мутаций. Выводы. Показано, что метод аллель-специфической ПЦР является быстрым и относительно недорогим, его можно применять для детекции известных мутаций в гене ТРБМ

Novel gene PUS3 c.A212G mutation in Ukrainian family with intellectual disability

Aim. To evaluate a possible role of a novel c.A212G substitution in the PUS3 gene at intellectual disability (ID). Methods. The observed group consisted of the ID Ukrainian family members (parents and two affected children) and the control group – of 300 healthy individuals from general population of Ukraine. Sanger sequencing of the PUS3 gene exon 1 was performed for the family members. Polymorphic variants of c.A212G were analyzed using ARMS PCR. The homology models of wild type and p.Y71C mutant catalytic domains of human Pus3 were generated using the crystal structure of the human Pus1 catalytic domain (PDB ID: 4NZ6) as a template. Results. It was shown that the father of the affected siblings was the c.A212G substitution heterozygous carrier whereas the mother was a wild type allele homozygote, and the exom sequencing result was confirmed – the affected children are 212G homozygotes. We supposed de novo mutation in the maternal germ line. A low frequency of 212G allele (0.0017) was shown in the population of Ukraine. Homology modelling of the wild type and p.Y71C mutant catalytic domain of human Pus3 revealed that substitution p.Y71C is located in close proximity to its active site. Conclusions. The absence of hypoproteinemia in our patients, homozygous for the 212C allele allows us to assume that the mutation c.A212G PUS3 is rather neutral and cannot be the major cause of ID. However, considering a low frequency of the 212G allele in the population and close localization of p.Y71C substitution to the active site of hPus3 we cannot exclude that the c.A212G mutation in PUS3 may be a modifier for some pathologies including syndromic ID.Мета. Оцінити можливу роль нової заміни c.A212G в гені PUS3 в розвитку інтелектуальній недієздатності (ІН). Ме­то­ди. Група спостереження складалася з членів української родини з ІН (батьків і двох хворих дітей) та контрольної групи з 300 здорових осіб із загальної популяції України. Для членів родини проводили секвенування по Сангеру екзона 1 гена PUS3. Поліморфні варіанти c.A212G аналізували з використанням ARMS ПЛР. Моделі дикого типу і мутантного p.Y71C каталітичних доменів Pus3 людини були побудовані за гомологією, з використанням кристалічної структури каталітичного домену Pus1 людини (PDB ID: 4NZ6) як матрицю. Результати. Було показано, що батько хворих сиблінгів є гетерозиготним носієм заміни c.A212G, а мати – гомозиготною за алелем дикого типу, і підтверджено результат екзомного секвенування, що обидва хворих сиблінга є гомозиготами 212G. Ми припускаємо de novo мутацію в оогенезі матері. Була показана низька частота 212G алеля (0,0017) в популяції України. Моделювання по гомології дикого типу та мутантного p.Y71C каталітичного домену Pus3 людини показало, що заміна p.Y71C розташована в безпосередній близькості від її активного центру. Висновки. Від­сутність гіпопротеїнемії у наших пацієнтів, гомозиготних за 212С алелем, дозволяє припустити, що мутація c.A212G в PUS3 ймовірно нейтральна і не може бути основною причиною ІН. Але, враховуючи низьку частоту 212G алеля в популяції і близьку локалізацію заміни p.Y71C до активного сайту hPus3, ми не можемо виключити, що мутація c.A212G в PUS3 може бути модифікуючим фактором для деяких патологій, включаючи синдромальну ІН.Цель. Оценить возможную роль новой замены c.A212G в гене PUS3 в развитии интеллектуальной недееспособности (ИН). Методы. Группа наблюдения состояла из членов украинской семьи с ИН (родителей и двух больных детей) и контрольной группы 300 здоровых человек из общей популяции Украины. Для членов семьи проводили секвенирование по Сангеру экзона 1 гена PUS3. Полиморфные варианты c.A212G анализировали с использованием ARMS ПЦР. Модели дикого типа и мутантного p.Y71C каталитических доменов Pus3 человека были построены по гомологии, с использованием кристаллической структуры каталитического домена Pus1 человека (PDB ID: 4NZ6) в качестве матрицы. Результаты. Показано, что отец больных сиблингов является гетерозиготным носителем замены c.A212G, а мать – гомозиготной по аллелю дикого типа, и подтверждено результат экзомного секвенирование, что оба больных сиблинга являются гомозиготами 212G. Мы предполагаем de novo мутацию в оогенезе матери. Была показана низкая частота 212G аллеля (0,0017) в популяции Украины. Моделирование по гомологии дикого типа и мутантного p.Y71C каталитических доменов Pus3 человека показало, что замена p.Y71C расположена в непосредственной близости от его активного центра. Выводы. Отсутствие гипопротеинемии у наших пациентов, гомозиготных по 212С аллелю, позволяет предположить, что мутация c.A212G в PUS3 вероятно нейтральна и не может быть основной причиной ИН. Но, учитывая низкую частоту 212G аллеля в популяции и близкую локализацию замены p.Y71C к активному сайту hPus3, мы не можем исключить, что мутация c.A212G в PUS3 может быть модифицирующим фактором для некоторых патологий, включая синдромальную ИН

Association of the leukemia inhibitory factor gene polymorphism rs929271 with idiopathic mild intellectual disability

Aim. To investigate the possible association of LIF gene polymorphism rs929271 with mild intellectual disability (ID). Methods. The group of patients with mild (IQ score between 50 and 70) idiopathic intellectual disability consisted of 64 individuals including 40 (62.5 %) males and 24 (47.5 %) females. The control group consisted of 238 healthy volunteers from different regions of Ukraine. Polymorphic variants of LIF gene rs929271 were detected using PCR followed by Hinf1 RFLP analysis. Results. The data concerning LIF genotypes and allelic variants distribution in ID patients and control group were obtained. Statistical analysis shows significant differences at rs929271 for both genotype and allele frequency when comparing ID cases and controls (p = 0.01 and 0.02, respectively). Conclusions. Our results suggest that LIF gene polymorphism rs929271 is associated with idiopathic mild intellectual disability. Therefore, we propose LIF as a new marker of genetic susceptibility for intellectual disability.Мета. Дослідити можливу асоціацію поліморфізму rs929271 гена LIF з легкою інтелектуальною недієздатністю (ІН). Методи. Група пацієнтів з легкою (IQ між 50 і 70) ідіопатичною інтелектуальною недієздатністю складалася з 64 індивідів, включаючи 40 (62,5 %) чоловіків і 24 (47,5 %) жінки. Контрольна група складалася з 238 здорових добровольців з різних регіонів України. Поліморфні варіанти rs929271 гена LIF виявляли за допомогою ПЛР з подальшим Hinf1 ПДРФ аналізом. Результати. Були отримані дані про розподіл генотипів і алельних варіантів ге­на LIF в групі пацієнтів з ІН і в контрольній групі. Статистичний аналіз показує значимі відмінності по rs929271 як для частот генотипів, так і алельних варіантів при порівнянні досліджуваної та контрольної груп (р = 0,01 і 0,02, відповідно). Висновки. Наші результати показують, що поліморфізм rs929271гена LIF асоційований з легкою ідіопатичною інтелектуальною недієздатністю. Тому ми пропонуємо LIF в якості нового маркера генетичної схи­льності до інтелектуальної недієздатності.Цель. Исследовать возможную ассоциацию полиморфиз­ма rs929271 гена LIF с легкой интеллектуальной недее­спо­­собностью (ИН). Методы. Группа пациентов с легкой (IQ между 50 и 70) идиопатической интеллектуальной недееспособностью состояла из 64 индивидов, включая 40 (62,5 %) мужчин и 24 (47,5 %) женщины. Контрольная группа состояла из 238 здоровых добровольцев из разных регионов Украины. Полиморфные варианты rs929271 гена LIF выявляли посредством ПЦР с последующим Hinf1 ПДРФ анализом. Результаты. Были получены данные о распределении генотипов и аллельных вариантов гена LIF в группе пациентов с ИН и в контрольной группе. Статистический анализ показывает значимые различия по rs929271 как для частот генотипов, так и аллелей при сравнении исследуемой и контрольной групп (р = 0,01 и 0,02, соответственно). Выводы. Наши результаты показывают, что полиморфизм rs929271гена LIF ассоциирован с легкой идиопатической интеллектуальной недееспособностью. Поэтому мы предлагаем LIF в качестве нового маркера генетической предрасположенности к интеллектуальной недееспособности

Study on the IFNL4 gene ss469415590 variant in Ukrainian population

Aim. To determine genotype and allele disribution for the IFNL4 gene ss469415590 and examine it for linkage with the IL28B gene rs12979860 in Ukrainian population. Methods. The studied group consisted of 100 unrelated donors of Eastern European origin representing the population of Ukraine. Genotyping for the IFNL4 gene ss469415590 was performed using the amplification-refractory mutation system PCR. Genotyping for the IL28B gene rs12979860 was performed by the PCR-based restriction fragment length polymorphism assay. Results. Genotype frequencies for both studied variants showed no significant deviation from those expected according to Hardy-Weinberg equilibrium. Allelic distribution for ss469415590 was: TT – 0.665, G – 0.335. Allelic frequencies of rs12979860 were: C – 0.655, T – 0.345. The results of likelihood ratio test indicated a linkage disequilibrium between the studied variants (p > 0.0001), the major alleles ss469415590 TT and rs12979860 C were in phase. The genetic structure of Ukrainian population in terms of two studied polymorphic variants is similar to the European population presented in the «1000 genomes» project. Conclusions. Considering a tight linkage revealed in Ukrainian population between the ss469415590 variant and rs12979860, a crucial genetic marker of chronic hepatitis C treatment efficiency, this polymorphism might be a promising target for further investigation as a pharmacogenetic marker.Мета. Встановити розподіл генотипів і алелів за варіантом ss469415590 гена IFNL4, а також дослідити його зчеплення з rs12979860 у гені IL28B в популяції України. Методи. До групи дослідження входили 100 неспоріднених донорів східно-європейського походження, які представляють популяцию України. Варіант ss469415590 гена IFNL4 генотипували методом алель-специфічної ПЛР, варіант rs12979860 гена IL28B – методом ПЛР з подальшим аналізом поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів. Результати. Частоти генотипів за обома дослідженими варіантами відповідали очікуваними за рівновагою Харді- Вайнберга. Розподіл частот алелей для ss469415590 було наступним: TT – 0,665, G – 0,335; для rs12979860 – C – 0,655, T – 0,345. Результати тесту співвідношення правдоподібності засвідчують нерівновагу за зчепленням між дослідженими поліморфізмами (p > 0.0001), мажорні алелі ss469415590 TT та rs12979860 C перебувають у фазі. Генетична структура популяції України за двома дослідженими поліморфними варіантами подібна до європейської популяції, описаної в проекті «1000 геномів». Висновки. Беручи до уваги тісне зчеплення між варіантом ss469415590 і важливим генетичним маркером ефективності терапії хронічного гепатиту С у популяції України – rs12979860, цей поліморфізм видається перспективним для подальшого дослідження його як фармакогенетичного маркера.Цель. Установить распределение генотипов и аллелей по варианту ss469415590 гена IFNL4, а также исследовать его сцепление с rs12979860 в гене IL28B в популяции Украины. Методы. В группу исследования входили 100 неродственных доноров восточно-европейского происхождения, представляющие популяцию Украины. Вариант ss469415590 гена IFNL4 генотипировали методом аллель-специфической ПЦР, вариант rs12979860 гена IL28B – ПЦР с последующим анализом полиморфизма длины рестрикционных фрагментов. Результаты. Частоты генотипов по обоим исследуемым вариантами отвечали ожидаемыми по равновесию Харди-Вайнберга. Распределение частот аллелей для ss469415590 было следующим: TT – 0,665, G – 0,335, для rs12979860: C – 0,655, T – 0,345. Результаты теста соотношения правдоподобия указывают на неравновесие по сцеплению между исследуемыми полиморфизмами (p > 0,0001), мажорные аллели ss469415590 TT и rs12979860 C находятся в фазе. Генетическая структура популяции Украины по двум исследованным полиморфным вариантам подобна европейской популяции, описанной в проекте «1000 геномов». Выводы. С учетом тесного сцепления между вариантом ss469415590 и важным генетическим маркером эффективности терапии хронического гепатита С в популяции Украины – rs12979860, этот полиморфизм кажется перспективным для дальнейшего исследования его в качестве фармакогенетического маркера

Association of the EPHA1 gene polymorphism with idiopathic mild intellectual disability

Aim. To investigate a possible association of the EPHA1 gene polymorphism with mild intellectual disability (ID). Methods. The group of patients with mild (IQ score between 50 and 70) idiopathic intellectual disability consisted of 65 individuals including 41 (63.1 %) males and 24 (36.9 %) females. The control group consisted of 250 healthy volunteers from different regions of Ukraine. The genotyping was performed using PCR followed by RFLP analysis for rs11768549, rs11767557, rs11771145 and ARMS PCR analysis for novel c.1891G>A EPHA1 gene mutation. Results. The data concerning the EPHA1 genotypes and allelic variants distribution in ID patients and control group were obtained. Statistical analysis showed a significant association of minor rs11768549-A allele (OR = 3.96, 95 % CI = 1.13 – 13.89) and wild-type rs11767557-T (OR = 1.99, 95 % CI = 1.18 – 3.37) and rs11771145-G (OR = 1.55, 95 % CI = 1.02– 2.37) alleles with a higher risk of mild ID development (pA мутації в гені EPHA1. Результати. Отримані дані про розподіл генотипів і алельних варіантів гена EPHA1 в групі пацієнтів з ІН і в контрольній групі. За результатами статистичного аналізу встановлено достовірну асоціацію мінорного rs117685 49- A алеля (OR = 3.96, 95 % CI = 1.13 – 13.89) і алелів дикого типу rs11767557-T (OR = 1.99, 95 % CI = 1.18–3.37) та rs11771145-G (OR = 1.55, 95 % CI = 1.02 – 2.37) з більш високим ризиком розвитку легкої ІН (р A мутации в гене EPHA1. Результаты. Были получены данные о распределении генотипов и аллельных вариантов гена EPHA1 в группе пациентов с ИН и в контрольной группе. Статистический анализ показывает достоверную ассоциацию минорного rs11768549-A аллеля (OR = 3.96, 95 % CI = 1.13 – 13.89) и аллелей дикого типа rs11767557-T (OR = 1.99, 95% CI = 1.18 – 3.37) и rs11771145-G (OR = 1.55, 95 % CI = 1.02– 2.37) с более высоким риском развития легкой ИН (р <0,05 для всех). Выводы. Наши результаты показывают, что SNPs (rs11768549, rs11767557, rs11771145) в гене EPHA1 ассоциированы с легкой идиопатической интеллектуальной недееспособностью. Поэтому мы предлагаем EPHA1 в качестве нового гена кандидата и полиморфизмы rs11768549, rs11767557, rs11771145 в качестве новых маркеров генетической предрасположенности к интеллектуальной недееспособности

The role of IL6 and ESR1 gene polymorphisms as immunological factors of pregnancy maintenance

Aim. The study is aimed at the evaluation of the association of IL6 gene -174G/C polymorphism and ESR1 gene -397C/T polymorphism with recurrent pregnancy loss (RPL) pathogenesis and at the investigation of the ESR1 gene -397C/T variant regulatory significance for the IL6 gene function. Methods. A case group of 75 women with RPL history and a control group of 106 unrelated healthy women, who have given birth to at least one child conceived in natural way, were genotyped by a PCR based restriction fragment length polymorphism assay. Results. There was no significant difference in IL6 -174G/C or ESR1 -397C/T genotype and allele frequencies between the case and control groups. Combined genotype distribution analysis showed significantly (p < 0.05) lower frequency of individuals homozygous for both IL6 -174G and ESR1 -397C alleles in case group (0.026) comparing to control (0.094). Conclusions. Genotype comprising IL6 -174G and ESR1 -397C alleles in homozygous state may be considered as a genetic marker of successful pregnancy maintenance during gestation early stages.Мета. Встановити асоціацію поліморфних варіантів -174 G/C гена IL6 і -397 C/T гена ESR1 з патогенезом звичного невиношування вагітності (ЗНВ) та дослідити ймовірний регуляторний вплив поліморфізму -397 C/T гена ESR1 на функціонування гена IL6. Методи. Досліджувану (75 жінок з історією ЗНВ) та контрольну (106 неспоріднених здорових жінок, які народили хоча б одну дитину, зачату природним шляхом) групи прогенотиповано методом ПЛР з наступним аналізом поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів. Результати. Достовірної різниці частот генотипів та алелів за поліморфізмами IL6 -174 G/C і ESR1 -397 C/T не встановлено. Аналіз комбінованих генотипів виявив статистично достовірно (p < 0,05) нижчу частоту осіб, гомозиготних за алелями IL6 -174G та ESR1 -397C у досліджуваній групі (0,026) порівняно з контрольною (0,094). Висновки. Генотип, до складу якого входять алелі IL6 -174G та ESR1 -397C у гомозиготному стані, можна розглядати як генетичний маркер успішного підтримання вагітності на ранніх строках гестації.Цель. Установить ассоциацию полиморфных вариантов -174 G/C гена IL6 и -397 C/T гена ESR1 с патогенезом привычного невынашивания беременности (ПНБ), а также исследовать вероятный регуляторный эффект полиморфизма -397 C/T гена ESR1 на функционирование гена IL6. Методы. Исследуемая (75 женщин с историей ПНБ) и контрольная (106 неродственных женщин, родивших хотя бы одного ребенка, зачатого естественным путем) группы прогенотипированы методом ПЦР с последующим анализом полиморфизма длины рестрикционных фрагментов. Результаты. Достоверной разницы в частоте генотипов и аллелей по полиморфизмам IL6 -174 G/C и ESR1 -397 C/T не установлено. Анализ комбинированных генотипов выявил статистически достоверно (p < 0,05) меньшую частоту индивидов, гомозиготных по аллелям IL6 -174 G и ESR1 -397 C в исследуемой группе (0,026) по сравнению с контрольной (0,094). Выводы. Генотип, в состав которого входят аллели IL6 -174G и ESR1 -397C в гомозиготном состоянии, можно рассматривать в качестве генетического маркера успешного поддержания беременности на ранних сроках гестации

Study on occurrence of the IVS8-5T allele of the CFTR gene in Ukrainian males with spermatogenesis failure

Aim. To study the IVS8-5T allele of the CFTR gene and it is involvement in spermatogenesis failure in men with azoospermia and oligozoospermia. Methods. The IVS8-nT polymorphism was analyzed by PCR followed by «A.L.F.-express» fragment analysis in the infertile men group, consisting of 113 azoospermic and 217 oligozoospermic patients, and the control group of 150 fertile men with proven paternity. Results. The frequency of the IVS8-5T allele among infertile males was higher than in controls. A statistically significant difference (P < 0.05) was observed in the frequencies of the IVS8-5T allele in azoospermia patients (5.3 %) when compared with the control group (2.0 %). Conclusions. The IVS8-5T allele of the CFTR gene contributes to spermatogenesis failure and/or sperm maturation.Мета. Дослідити алель IVS8-5T гена CFTR і його залучення до порушенням сперматогенезу у чоловіків із азооспермією та олігозооспермією. Методи. IVS8-nT-поліморфізм аналізували у групі безплідних чоловіків, яку склали 113 пацієнтів із азоо- спермією та 217 пацієнтів із олігозооспермією, та в контрольній групі, до якої увійшли 150 фертильних чоловіків із підтвердженим батьківством, з використанням ПЛР та фрагментного аналізу «A.L.F.-express». Результати. Частота появи алеля IVS8-5T серед безплідних чоловіків була вищою, ніж у контролі. Статистично достовірну різницю (P < 0,05) визначено за частотами IVS8-5T-алеля у пацієнтів із азооспермією (5,3 %) порівняно з контрольною групою (2,0 %). Висновки. Алель IVS8-5T гена CFTR сприяє порушенню сперматогенезу і/або дозріванню сперматозоїдів.Цель. Изучение аллеля IVS8-5T гена CFTR и его вовлечение в нарушение сперматогенеза у мужчин с азооспермией и олигозооспермией. Методы. IVS8-nT-полиморфизм исследовали в группе бесплодных мужчин, которую составили 113 пациентов с азооспермией и 217 пациентов с олигозооспермией, и контрольной группе, куда вошли 150 фертильных мужчин с подтвержденным отцовством, с использованием ПЦР и фрагментного анализа с «A.L.F.-express». Результаты. Частота появления IVS8-5T-аллеля среди бесплодных мужчин была выше, чем в контроле. Статистически достоверная разница (P < 0,05) определена по частоте IVS8-5T-аллеля у пациентов с азооспермией (5,3 %) по сравнению с контрольной группой (2,0 %). Выводы. IVS8-5T-аллель гена CFTR способствует нарушению сперматогенеза и/или дозреванию сперматозоидов

IFN-l-3 (IL28B) genotyping by restriction fragment length polymorphism method: detection polymorphism of rs12979860

Aim. The goal of our study was to develop an accurate detection of the SNP rs12979860 by RFLP-based method and to evaluate the polymorphic genotype distribution forthis SNP among individuals with unknown HCV status from Ukraine. Methods.The SNP rs12979860 was tested by PCR RFLP-based method in 99 individuals from Ukraine. Results. The method of accurate detection of the SNP rs12979860 was developed. The genotypes distributions were: CC – 56 %, CT – 34 %, TT – 10 %. Conclusions. Due to the high incidence of CC genotype, found in ourstudy, the SNP rs12979860 analysis may be useful for Ukrainian patientsto predict responsesto the treatment considering the HCV genotype and viral load. Keywords: IFN-l-3 (IL28B) gene, SNP rs12979860, PCR-RFLP method, hepatitis C.Мета. Метою даної роботи була розробка простого методу детекції поліморфізму rs12979860 на основі ПДРФ-аналізу та проведення генотипування за даним поліморфізмом серед індивідів з невизначеним статусом хронічного гепатиту С в популяції України. Методи. SNP rs12979860 проаналізовано методом ПЛР/ ПДРФ серед 99 індивідів з України. Результати. Розроблено точний метод детекції rs12979860 та виявлено такий розподіл генотипів: CC – 56 %, CT – 34 %, TT – 10 %. Висновки. Зважаючи на визначену високу частоту генотипу СС у нашому дослідженні, аналіз поліморфізму rs12979860 можна застосовувати в Україні для прогнозу відповіді пацієнта на лікування з урахуванням генотипу вірусу С і вірусного навантаження. Ключові слова: ген IFN-l-3 (IL28B4), SNP rs12979860, метод ПЛР/ПДРФ, гепатит C.Цель. Цель данной работы состояла в разработке простого метода определения полиморфизма rs12979860 на основе ПДРФанализа и проведение генотипирования по данному полиморфизму среди индивидов с неустановленным статусом хронического гепатита С из Украины. Методы. SNPrs12979860 проанализирован методом ПЦР/ПДРФ среди 99 индивидов из Украины. Результаты. Разработан точный метод детекции rs12979860 и выявлено следующее распределение генотипов в популяции Украины: CC – 56 %, CT – 34 %, TT – 10 %. Выводы. Принимая во внима - ние высокую частоту генотипа СС, определенную в нашем исследовании, можно сделать вывод о том, что анализ полиморфизма rs12979860 целесообразно применять в Украине для прогноза ответа пациента на лечение с учетом генотипа вируса С и вирусной нагрузки. Ключевые слова: ген IFN-l-3 (IL28B4), SNP rs12979860, метод ПЦР/ПДРФ, гепатит C