4 research outputs found
Recommended from our members
The architecture of clonal expansions in morphologically normal tissue from cancerous and non-cancerous prostates
Availability of data and materials: The datasets generated during the current study are available in the European Genome-Phenome Archive repository, https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001000689 and https://ega-archive.org/datasets/EGAD00001004125. The variant calls generated are available from the corresponding author on reasonable request.Supplementary information is available online at https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-022-01644-3#Sec18 .Copyright © The Author(s) 2022. Background
Up to 80% of cases of prostate cancer present with multifocal independent tumour lesions leading to the concept of a field effect present in the normal prostate predisposing to cancer development. In the present study we applied Whole Genome DNA Sequencing (WGS) to a group of morphologically normal tissue (n = 51), including benign prostatic hyperplasia (BPH) and non-BPH samples, from men with and men without prostate cancer. We assess whether the observed genetic changes in morphologically normal tissue are linked to the development of cancer in the prostate.
Results
Single nucleotide variants (P = 7.0 × 10–03, Wilcoxon rank sum test) and small insertions and deletions (indels, P = 8.7 × 10–06) were significantly higher in morphologically normal samples, including BPH, from men with prostate cancer compared to those without. The presence of subclonal expansions under selective pressure, supported by a high level of mutations, were significantly associated with samples from men with prostate cancer (P = 0.035, Fisher exact test). The clonal cell fraction of normal clones was always higher than the proportion of the prostate estimated as epithelial (P = 5.94 × 10–05, paired Wilcoxon signed rank test) which, along with analysis of primary fibroblasts prepared from BPH specimens, suggests a stromal origin. Constructed phylogenies revealed lineages associated with benign tissue that were completely distinct from adjacent tumour clones, but a common lineage between BPH and non-BPH morphologically normal tissues was often observed. Compared to tumours, normal samples have significantly less single nucleotide variants (P = 3.72 × 10–09, paired Wilcoxon signed rank test), have very few rearrangements and a complete lack of copy number alterations.
Conclusions
Cells within regions of morphologically normal tissue (both BPH and non-BPH) can expand under selective pressure by mechanisms that are distinct from those occurring in adjacent cancer, but that are allied to the presence of cancer. Expansions, which are probably stromal in origin, are characterised by lack of recurrent driver mutations, by almost complete absence of structural variants/copy number alterations, and mutational processes similar to malignant tissue. Our findings have implications for treatment (focal therapy) and early detection approaches.This project was funded by Cancer Research UK (C5047/A29626/A22530/A17528), the Dallaglio Foundation, and a Prostate Cancer UK Movember Training, Leadership & Development Award (TLD-S15-003). The funders played no role in the design of the study, collection, analysis, or interpretation of data
Національна доповідь про стан і перспективи розвитку освіти в Україні: монографія (До 30-річчя незалежності України)
The publication provides a comprehensive analysis of the state and development of national education over the 30 years of Ukraine’s independence, identifies current problems in education, ascertains the causes of their emergence, offers scientifically reasoned ways to modernise domestic education in the context of globalisation, European integration, innovative development, and national self-identification.
Designed for legislators, state officials, education institutions leaders, teaching and academic staff, the general public, all those who seek to increase the competitiveness of Ukrainian education in the context of civilisation changes.У виданні здійснено всебічний аналіз стану і розвитку національної освіти за 30-річний період незалежності України, визначено актуальні проблеми освітньої сфери, виявлено причини їх виникнення, запропоновано науково обґрунтовані шляхи модернізації вітчизняної освіти в умовах глобалізації, європейської інтеграції, інноваційного розвитку та національної самоідентифікації. Розраховано на законодавців, державних управлінців, керівників закладів освіти, педагогічних і науково-педагогічних працівників, широку громадськість, усіх, хто прагне підвищення конкурентоспроможності української освіти в контексті цивілізаційних змін
Bacterial Strain Alcaligenes denitrificans C-32 Containing Two Nitrilases with Different Substrate Specificities
National report on the status and prospects of educational development in Ukraine: monograph (On the 30th anniversary of the independence of Ukraine)
Die Publikation enthält eine umfassende Analyse des Standes und der Entwicklung des nationalen Bildungswesens in den 30 Jahren der Unabhängigkeit der Ukraine. Sie zeigt aktuelle Probleme im Bildungswesen auf, identifiziert deren Ursachen und bietet wissenschaftlich fundierte Wege zur Modernisierung des nationalen Bildungswesens im Kontext von Globalisierung, europäischer Integration, innovativer Entwicklung und nationaler Identität.
Es richtet sich an Gesetzgeber, Regierungsbeamte, Leiter von Bildungseinrichtungen, pädagogische und wissenschaftlich-pädagogische Fachkräfte, die breite Öffentlichkeit und alle, die sich für die Verbesserung der Wettbewerbsfähigkeit des ukrainischen Bildungswesens im Kontext des zivilisatorischen Wandels einsetzen.Видання містить комплексний аналіз стану та розвитку національної системи освіти за 30 років незалежності України. Показано актуальні проблеми в системі освіти, визначено їх причини та запропоновано науково обґрунтовані шляхи модернізації національної системи освіти в умовах глобалізації, євроінтеграції, інноваційного розвитку та національної ідентичності.
Розраховано на законодавців, державних службовців, керівників навчальних закладів, педагогів і науково-освітніх працівників, широку громадськість та всіх, хто працює над підвищенням конкурентоспроможності української системи освіти в контексті цивілізаційних змін.The publication contains a comprehensive analysis of the status and development of the national education system during the 30 years of Ukraine's independence. It shows current problems in the education system, identifies their causes and offers scientifically sound ways to modernize the national education system in the context of globalization, European integration, innovative development and national identity.
It is intended for legislators, government officials, heads of educational institutions, pedagogical and scientific-educational professionals, the general public and everyone working to improve the competitiveness of the Ukrainian education system in the context of civilizational change