Стан кишкової мікробіоти як один із патогенетичних факторів розвитку метаболічних порушень і терапевтична мішень у дітей з ожирінням (огляд літератури, власні дослідження)

Значний рівень поширеності ожиріння серед дітей та підлітків на сучасному етапі становить важливу медико-соціальну проблему в педіатричній практиці. Наявність ожиріння в дітей є вагомим фактором ризику розвитку метаболічних порушень в організмі. Патогенетичні механізми розвитку метаболічних порушень в осіб з ожирінням залишаються до кінця не вивченими, але як один із ключових факторів їх формування розглядається наявність в організмі хронічного запального процесу. На сьогодні багатьма науковцями вивчається стан мікробіоти кишечника як одного з вірогідних тригерів хронічного запалення та розвитку метаболічних змін у людей з ожирінням. Мета - узагальнити дані літератури та результати власних досліджень щодо вивчення ефективності терапевтичного впливу пробіотичних культур на основні метаболічні показники в дітей з ожирінням. Результати та висновки. На сучасному етапі продовжуються дослідження щодо вивчення ролі кишкової мікробіоти як в якості маркера метаболічних змін в організмі людей з ожирінням, так і в якості вірогідної терапевтичної мішені. За даними систематичних оглядів, в організмі осіб з ожирінням значно підвищений рівень прозапальних цитокінів і відмічаються виражені дисбіотичні порушення. Додавання до терапії пробіотичних культур, за даними різних дослідників, дає змогу поліпшити основні метаболічні показники та знизити рівень маркерів запалення в людей з ожирінням. У результаті власного дослідження виявлено поліпшення показників вуглеводного та ліпідного обмінів, структурно-функціонального стану печінки та загального стану дітей з ожирінням, які застосовували синбіотичний препарат у комплексному лікуванні. Дослідження виконано відповідно до принципів Гельсінської декларації. Протокол дослідження ухвалено Локальним етичним комітетом усіх зазначених у роботі установ. На проведення досліджень отримано інформовану згоду батьків, дітей. Автори заявляють про відсутність конфлікту інтересів

Using the topical moisturizing agent in children with atopic dermatitis is the cornerstone of the successful preventive treatment

У даній статті описуються підходи до ведення дітей з атопічним дерматитом (АД) різного ступеню тяжкості, а саме можливості застосуванні немедикаментозних засобів (зволожуючих засобів, ванн, вологого обгортання та ін.). Атопічний дерматит – це захворювання, що супроводжується вираженим свербежем, має хронічний перебіг та вражає до 25% дитячої популяції. Ксероз є однією із основних клінічних особливостей АД, що призводить до порушення епідермального бар’єру. В лікуванні ксерозу та з метою попередження трансепідермальної втрати вологи перш за все застосовують топічні зволожуючі засоби, які містять різні пом’якшуючі речовини та/або компоненти, що посилюють бар’єрну функцію шкіри. Більшість з них містять воду, яка забезпечує лише короткочасний зволожуючий ефект, проте інші компоненти забезпечують основні переваги того чи іншого препарату. Емоленти повинні бути основою місцевого лікування при легких формах захворювання та займати важливе місце в терапії середнього та тяжкого ступеня хвороби. Вони також є вкрай необхідним компонентом в лікуванні та профілактиці загострень. Тому, слід пам’ятати, що зволожуючі засоби – це суттєва складова та невід’ємна ланка в терапії AД, особливо в дитячій популяції. Навіть сьогодні бракує систематичних досліджень, щоб визначити оптимальну кількість та частоту застосування зволожуючих засобів. Прийнято вважати, що емоленти необхідно застосовувати таким чином, щоб явища ксерозу були мінімальними. Традиційні зволожуючі засоби випускаються у формі кремів, мазей, масел, гелів і лосьйонів. Більшість сучасних мазей мають велику перевагу, що не містять консервантів, які при нанесенні на пошкоджену шкіру можуть викликати печію та бути занадто жирними для хворих AД. Лосьйони містять більший відсоток води, яка швидко випаровується, тому їх не рекомендується застосовувати у пацієнтів з вираженим ксерозом. Клінічні випробування щодо порівняння конкретних зволожуючих засобів нечисленні, а опубліковані дані і досі не продемонстрували переваг одного емоленту над іншим. В нашій клініці також є тривалий досвід застосування емолентів у дітей з АД, у тому числі раннього віку. Найчастіше у своїй практиці ми використовуємо Топікрем, Фізіогель та Ойлатум. Для того, щоб проаналізувати ефективність кожного з них, ми виділили 24 дитини віком від 6 місяців до 2 років з встановленим діагнозом атопічний дерматит, період ремісії та порівну розділили їх на три групи. Період спостереження тривав 14 днів. Оцінка ефективності проводилась за допомогою індексу SCORAD, завдяки якому визначали не тільки об’єктивні критерії, але й проводили суб’єктивний аналіз порушення сну та вираженості свербіжу. У ході проведеного дослідження, точніше клінічного спостереження, яке відносить до ІІІ рівня доказовості (С), нам вдалося ще раз продемонструвати високу ефективність зволожуючих засобів. Аналізуючи отримані результати, перш за все, хочемо підкреслити хорошу клінічну ефективність усіх трьох емолентів. Таким чином, вибір зволожуючого засобу – це виключно індивідуальний підхід, адже ідеальний засіб повинен бути безпечним, ефективним, доступним, не містити шкідливих добавок, ароматизаторів та інших потенційно сенсибілізуючих агентів; В данной статье описываются подходы к ведению детей с атопическим дерматитом (АД) разной степени тяжести, а именно возможности применении немедикаментозных средств (увлажняющих средств, ванн, влажного обертывания и др.). Атопический дерматит - это заболевание, сопровождающееся выраженным зудом, имеет хроническое течение и поражает до 25% детской популяции. Ксероз является одной из кардинальных клинических особенностей атопического дерматита и приводит к нарушению эпидермального барьера. В лечении ксероза и с целью предупреждения трансэпидермальных потери влаги, прежде всего, применяют топические увлажняющие средства, в состав которых входят различные смягчающие вещества и/или компоненты, усиливающие барьерную функцию кожи. Большинство из них содержат воду, которая обеспечивает лишь кратковременный увлажняющий эффект, однако другие компоненты обеспечивают основные преимущества того или иного препарата. Эмоленты должны быть основой местного лечения при легких формах заболевания и занимать важное место в терапии средней и тяжелой степени болезни. Они также являются крайне необходимым компонентом в лечении и профилактике обострений. Поэтому, следует помнить, что увлажняющие средства - это важная составляющая и неотъемлемое звено в терапии AД, особенно в детской популяции. Даже сегодня не хватает систематических исследований, чтобы определить оптимальное количество и частоту применения увлажняющих средств. Принято считать, что эмоленты необходимо применять таким образом, чтобы явления ксероза были минимальными. Традиционные увлажняющие средства выпускаются в форме кремов, мазей, масел, гелей и лосьонов. Большинство современных мазей имеют большое преимущество, не содержат консервантов, которые при нанесении на поврежденную кожу могут вызвать жжение и быть слишком жирными для больных с AД. Лосьоны содержат больший процент воды, быстро испаряются, поэтому их не рекомендуется применять у пациентов с выраженным ксерозом. Сравнительные испытания между конкретными увлажняющими средствами малочисленны, а опубликованные исследования до сих пор не продемонстрировали преимуществ одного эмолента перед другим. В нашей клинике также есть длительный опыт применения эмолентов у больных с АД, в том числе у детей раннего возраста. Чаще всего в своей практике мы используем Топикрем, Физиогель и Ойлатум. Для того, чтобы проанализировать эффективность каждого из них, мы выделили 24 ребенка в возрасте от 6 месяцев до 2 лет с установленным диагнозом атопический дерматит, период ремиссии и поровну разделили их на три группы. Период наблюдения длился 14 дней. Оценка эффективности проводилась с помощью индекса SCORAD, благодаря которому определяли не только объективные критерии, но и проводили субъективный анализ нарушения сна и выраженности зуда. В ходе проведенного исследования, точнее клинического наблюдения, которое относит к III уровню доказательности (С), нам удалось еще раз продемонстрировать высокую эффективность увлажняющих средств. Анализируя полученные результаты, прежде всего, хотим подчеркнуть хорошую клиническую эффективность всех трех эмолентов. Таким образом, выбор увлажняющего средства - это исключительно индивидуальный выбор, ведь идеальное средство должен быть безопасным, эффективным, доступным, не содержать вредных добавок, ароматизаторов и других потенциально сенсибилизирующих агентов; This article describes the management of pediatric atopic dermatitis (AD) of all severities and covers the use of nonpharmacologic approaches (eg, moisturizers, bathing practices, and wet wraps). Atopic dermatitis is a chronic, pruritic, inflammatory dermatitis that affects up to 25% of children. Xerosis is one of the cardinal clinical features of AD and results from a dysfunctional epidermal barrier. Topical moisturizers are used to combat xerosis and transepidermal water loss, with traditional agents containing different amounts of emollient, occlusive, and/or humectant ingredients. Although they often include water as well, this only delivers a transient effect, whereas the other components provide the main benefits. Moisturizers can be the main primary treatment for mild disease and should be a part of the regimen for moderate and severe disease. They are also an important component of maintenance treatment and prevention of flares. Moisturizers are therefore a cornerstone of AD therapy and should be included in to the management plans especially in children. There are a few systematic studies to define an optimal amount or frequency of application of moisturizers. It is generally thought that liberal and frequent reapplication is necessary to reduce xerosis to minimal. Traditional moisturizers are formulated into a variety of delivery systems, including creams, ointments, oils, gels, and lotions. Although most ointments have the advantage of not containing preservatives, which may cause stinging when applied to inflamed skin, they may be too greasy for some patients with AD. Lotions have a higher water content that can evaporate and may be less ideal in those with significant xerosis. Head-to-head trials between specific moisturizing products are few, and the published information has not demonstrated the preference of one emollient to others. Therefore, the choice of moisturizing agent highly depends on the individual preference. In our clinic we also have a long experience of using emollients in children with AD, including young children. Very often in our practice we use Topicrem, Physiogel and Oilatum. Analyzing efficiency of each, we have identified 24 children aged from 6 months to 2 years with a diagnosis of atopic dermatitis in remission and divided them into three equal groups. Observation period lasted 14 days. Evaluation of efficacy was performed using SCORAD index, determined not only objective criteria but also subjective marks sleep disorders and severity of itching. During the study, accurately clinical observation refers to the third level of evidence (C), we were able to demonstrate again the high efficiency of moisturizers. Analyzing the results, first of all, we want to emphasize the good clinical efficacy of all three emollients. To conclude, the choice of moisturizers demands an individual approach. The ideal agent should be safe, effective, inexpensive, and free of additives, fragrances, perfumes, and other potentially sensitizing agents

Dynamics of cellular immunity indicators in the complex treatment of acute optic neuritis

An increase in the incidence of optic neuritis among the working-age population, as well as an unpromising prognosis for vision due to the development of optic nerve atrophy, determines the high social significance of this problem. The aim of the work is to analyze the effect of Imunofan at the parameters of cellular immunity and clinical symptoms of the disease in the complex treatment of optic neuritis associated with herpes virus infection. The study involved 37 people (37 eyes) with acute optic neuritis associated with herpes infection. The treatment regimen included the appointment of a dexamethasone solution according to a decreasing scheme, a 1% solution of the drug Emoxipin 0.5 mL and a 12.5% solution of the drug Dicynone 0.5 mL through an irrigation system implanted in the retrobulbar space, in combination with the neuroprotection drugs (Pikamilon and Semax) for 10 days. All patients were divided into 2 groups. The main group consisted of 20 patients who received Imunofan to the treatment regimen in addition. The comparison group included 17 patients who were treated only according to the method described above. The course of treatment lasted 10 days. The analysis of the data showed a more significant positive dynamics of cellular immunity parameters in those who received immunotherapy. Our studies showed the effectiveness of this drug in the complex treatment of optic neuritis associated with herpes infection, what is confirmed by the acceleration of inflammation relief, a more significant increase in visual functions of patients treated with Imunofan, and a lower percentage of optic nerve atrophy. In this group of patients, changes in the parameters of the cellular link of immunity occurred earlier and remained stable throughout the entire period of observation. According to our data, an intergroup assessment of the immunoregulatory index showed its faster increase in patients of the comparison group who received Imunofan, and reached normal values already 6 months after treatment. The clinical effectiveness of Imunofan in the complex therapy of optic neuritis associated with herpes infection was characterized by a reduction in the period of relief of signs of inflammation in the optic nerve by 2 times or more, by an increase in the maximum corrected visual acuity by 4.5 times, and by a decrease in the incidence of recurrence of optic neuritis by 2 times over a 12 months observation period

Comprehensive patterns of comorbidity: copd and depression

Introduction: Data on the prevalence of psychopathological disorders in the exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are very heterogeneous. COPD and depression have common predisposing factors. The aim: The aim of the research is to conduct a comprehensive assessment of the e»ect of paroxetine on the level of depressive disorders in the exacerbation of severe degree COPD in women. Materials and methods: The study included patients with severe degree COPD and depressive disorder. A step-by-step test, dynamometry of muscular strength of muscle groups and calculation of the percent ratio of muscular strength to mass were performed for all patients, and the strength of the respiratory muscles was measured. To assess the level of depression, the HADS questionnaire and the CES-D self-questionnaire were used. Assessment of the severity of the patient’s condition was conducted according to the Hospital Alert and Depression Scale (HADS). Results: In exacerbation of severe COPD, the level of depression in patients correlates with the severity of the main criteria: FEV1, the 6-minute step test distance, oxygen saturation after the 6-minute step test, expiratory pressure in the oral cavity. Conclusions: Upon the synchronization of the standard therapy, the level of depression in patients with exacerbation of severe COPD e»ectively decreases. Paroxetine is a valid choice in the comprehensive treatment of COPD. According to the data of evidence-based medicine, the medication demonstrates high eÈciency and favorable safety pro le, without exerting a negative e»ect on COPD, which is of key signi cance in the combined pathology treatment

Оцінка ефективності використання ресурсів сільської медицини

Сьогодні через брак фінансових ресурсів сільські медичні та профілактичні установи знаходяться у важкому стані, збільшується неефективне використання наявних коштів. Тому одним з напрямків вирішення проблем щодо поліпшення функціонування сфери охорони здоров’я є визначення рівня ефективності використання наявних ресурсів. Таким чином, такі медико-демографічні показники, як смертність і захворюваність, можуть використовуватися для оцінки ефективності сільській системи охорони здоров’я шляхом зіставлення їх з економічними показниками. Систематизація показників, що характеризують рівень здоров’я населення, в тому числі медико-демографічні та соціально-економічні показники, дозволяє вибрати серед них найбільш інформативні. Сегодня из-за нехватки финансовых ресурсов сельские медицинские и профилактические учреждения находятся в тяжелом состоянии, увеличивается неэффективное использование имеющихся средств. Поэтому одним из направлений решения проблем по улучшению функционирования сферы здравоохранения является определение уровня эффективности использования имеющихся ресурсов. Таким образом, такие медико-демографические показатели, как смертность и заболеваемость, могут использоваться для оценки эффективности сельской системы здравоохранения путем сопоставления их с экономическими показателями. Систематизация показателей, характеризующих уровень здоровья населения, в том числе медико-демографические и социально-экономические показатели, позволяет выбрать среди них наиболее информативны. Today, due to a lack of financial resources, rural medical and preventive institutions are in serious condition, the inefficient use of available means is increasing. Therefore, one of the directions of solving problems, on improving the functioning of the healthcare sphere, is to determine the level of efficiency of the use of available resources. Therefore, such medical and demographic indicators as mortality and morbidity can be used to assess the effectiveness of the rural health system by comparing them with economic indicators. The systematization of indicators characterizing the level of health of the population, including medical-demographic and socio-economic indicators, allows you to select among them the most informative

In vivo evolution of tumour cells after the generation of double-strand DNA breaks

In vitro, the ratio of single- to double-strand DNA breaks (DSB) and their absolute values determine the cell death pathway. The consequences of the generation of various numbers of DSB generated in vivo in tumour cells have been analysed in two different experimental tumour models. Synchronisation of DSB generation and control of their number have been achieved using different doses of bleomycin (BLM) and tumour cell permeabilisation by means of locally delivered electric pulses. According to BLM dose, different cell death pathways are observed. At a low therapeutic dose, a mitotic cell death pathway is detected. It is characterised by the appearance of 'atypical mitosis', TUNEL and caspase-3 positive, 24 h after the treatment, and later by the presence of typical apoptotic figures, mainly TUNEL positive but caspase-3 negative. Caspase-3 is thus an early marker of apoptosis. Mitotic cell death is also followed by lymphocytic infiltration reaction. At high doses of BLM, pseudoapoptosis is detected within a few minutes after the treatment. These cell death pathways are discussed as a function of the number of DSB generated, by comparison with previous results obtained in vitro using BLM or ionising radiation

Role of genetic mutations in development of immunological and clinical disorders in children with chronic pyelonephritis

At the present time, the study of mechanisms of recognition of foreign agents, which is realized by means of Toll-like receptors (TLR) of the innate immune system, has become one of the main tasks of clinical immunology. The aim of our study was to investigate the prevalence of polymorphism of Toll-like receptor 4 (Asp299Gly, Gly299Gly) among children with chronic pyelonephritis (CP) and determine the association of this TLR4 polymorphism with phenotypic features of chronic pyelonephritis and level of interleukin-6 (IL-6). Significantly higher frequency of the mutant allele 299Gly among children with CP was revealed. Significant correlation between the presence of 299Gly TLR4, association of U. urealyticum and M.hominis in lower sections of urinary tract and highest levels of IL-6 concentration was reflected. Sick children with polymorphous locus of TLR4 gene had higher risk of CP early manifestation and formation of its recurrent course with protracted urinary syndrome and unstable remission in comparison with the carriers of “wild” genotype. Obtained results prove the important role of TLR4 in the realization of innate immune response in children with CP and allow considering the TLR4 polymorphism as an additional prognostic indicator in this category of patients

Features of the organization and provision of emergency medical care in Poltava region

The aim: Is to study and analyze the dynamics of the indicators of the emergency medical service of the Ukrainian and the Poltava region in the context of the reforms of the healthcare system in Ukraine. Materials and methods: In this work, the indicators of development of the emergency medical service of the Ukrainian and the Poltava region were studied and analyzed. Conclusions: The provision of emergency medical care in the Poltava region is provided by the Poltava Regional Center for Emergency Medicine and Disaster Medicine. The structure of the center includes 4 emergency medical stations, which are located in cities such as Poltava, Kremenchuk, Lubny, Mirgorod. А modern telemedicine center was built іn 2018 for emergency counseling on-line in new directions was carried out: ultrasound and endoscopic diagnostics, radiology, counseling during surgical interventions, laboratory diagnostics, etc. Emergency medical care reform Poltava Regional should be aimed at increasing the efficiency of the use of resources; provision of the EMC system by the relevant vehicles; qualitative training of doctors in emergency medicine; informatization of the EMC system

Analysis of morbidity and causes of infant mortality in Poltava

Забезпечення високоякісної медичної допомоги новонародженим є частиною національної системи охорони здоров'я. Кількість здорових дітей в Україні зменшується щорічно. Одним з основних напрямів розвитку педіатричної служби є зниження показників дитячої смертності, підвищення народжуваності та зміцнення здоров'я дітей. Проаналізувати динаміку захворюваності та причини дитячої смертності у місті Полтава. Медико-статистична - для збору, обробки та аналізу даних (описова та аналітична статистика для визначення відносних показників, абсолютних показників зростання), системного підходу та системного аналізу. За результатами дослідження, проведеного в місті Полтава, спостерігається негативний абсолютний приріст народжуваності дітей. У структурі причин смерті дитячого населення на першому місці знаходяться захворювання періоду народження новонародженого, на другому - вроджені аномалії розвитку. Третє місце в структурі причин смерті займають хвороби центральної нервової системи. Відзначається явне зниження частоти гемолітичних захворювань, анемії, серцевих розладів, внутрішньоутробної гіпоксії та асфіксії. У структурі народжувальних травм у новонароджених займають закриті переломи ключиці, плексити новонародженого. Висновки: Аналіз захворюваності та причин дитячої смертності в місті Полтава свідчить про те, що в останні роки спостерігається зниження рівня народжуваності, збільшення захворюваності. Реформа має бути спрямована на поліпшення стану педіатричної служби та попередження передчасних пологів. Оказание высококачественной медицинской помощи новорожденным является частью национальной системы здравоохранения. Количество здоровых детей в Украине ежегодно уменьшается. Одним из основных направлений развития педиатрической службы является снижение показателей детской смертности, повышение рождаемости и укрепление здоровья детей. Проанализировать динамику заболеваемости и причин младенческой смертности в городе Полтаве. Медицинский и статистический - для сбора, обработки и анализа данных (описательная и аналитическая статистика для определения относительных показателей, показателей абсолютного роста), системный подход и системный анализ. Согласно исследованию, проведенному в городе Полтаве, наблюдается отрицательный абсолютный рост рождаемости детей. В структуре причин смерти детского населения На первом месте находятся заболевания периода рождения новорожденного, на втором месте - врожденные аномалии развития. Третье место в структуре причин смерти занимают заболевания центральной нервной системы. Наблюдается явное снижение заболеваемости гемолитической болезнью, анемией, сердечными расстройствами, внутриутробной гипоксией и удушьем. В структуре родовых травм у новорожденных занимают закрытые переломы ключицы, плексит у новорожденного. Выводы. Анализ заболеваемости и причин младенческой смертности в городе Полтаве позволяет сделать вывод о том, что в последние годы произошло снижение показателей рождаемости, увеличение показателей заболеваемости. Реформа должна быть направлена ​​на улучшение состояния педиатрической службы и профилактику преждевременных родов. Providing high-quality health care to the newborn is part of the national health system. The number of healthy children in Ukraine decreases annually. One of the main directions of development of the pediatric service is reduction of indicators of child mortality, increase of birth rate and strengthening of children’s health. To analyze the dynamics of morbidity and causes of infant mortality in the city of Poltava. Medical and statistical - for collecting, processing and analyzing data, (descriptive and analytical statistics for determining relative indicators, absolute growth indicators), a systems approach and system analysis. According to a study in the city of Poltava, there is a negative absolute increase in the birth rate of children. In the structure of the causes of death of the child population in the first place are the diseases of the period of birth of the newborn, in the second place - congenital anomalies of development. The third place in the structure of causes of death is occupied by diseases of the central nervous system. There is a clear decrease in the incidence of hemolytic disease, anemia, cardiac disorders, intrauterine hypoxia and asphyxiation. In the structure of birth injuries in newborns occupy closed clavicle fractures, plexitis of the newborn. Conclusions: Analysis of the incidence and causes of infant mortality in the city of Poltava suggests that in recent years there has been a decrease in fertility rates, an increase in morbidity rates. The reform should be aimed at improving the state of the pediatric service and the prevention of preterm labor

The CCP4 suite: integrative software for macromolecular crystallography

The Collaborative Computational Project No. 4 (CCP4) is a UK-led international collective with a mission to develop, test, distribute and promote software for macromolecular crystallography. The CCP4 suite is a multiplatform collection of programs brought together by familiar execution routines, a set of common libraries and graphical interfaces. The CCP4 suite has experienced several considerable changes since its last reference article, involving new infrastructure, original programs and graphical interfaces. This article, which is intended as a general literature citation for the use of the CCP4 software suite in structure determination, will guide the reader through such transformations, offering a general overview of the new features and outlining future developments. As such, it aims to highlight the individual programs that comprise the suite and to provide the latest references to them for perusal by crystallographers around the world.Jon Agirre is a Royal Society University Research Fellow (UF160039 and URF\R\221006). Mihaela Atanasova is funded by the UK Engineering and Physical Sciences Research Council (EPSRC; EP/R513386/1). Haroldas Bagdonas is funded by The Royal Society (RGF/R1/181006). Jose´ Javier Burgos-Ma´rmol and Daniel J. Rigden are supported by the BBSRC (BB/S007105/1). Robbie P. Joosten is funded by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No. 871037 (iNEXTDiscovery) and by CCP4. This work was supported by the Medical Research Council as part of United Kingdom Research and Innovation, also known as UK Research and Innovation: MRC file reference No. MC_UP_A025_1012 to Garib N. Murshudov, which also funded Keitaro Yamashita, Paul Emsley and Fei Long. Robert A. Nicholls is funded by the BBSRC (BB/S007083/1). Soon Wen Hoh is funded by the BBSRC (BB/T012935/1). Kevin D. Cowtan and Paul S. Bond are funded in part by the BBSRC (BB/S005099/1). John Berrisford and Sameer Velankar thank the European Molecular Biology Laboratory–European Bioinformatics Institute, who supported this work. Andrea Thorn was supported in the development of AUSPEX by the German Federal Ministry of Education and Research (05K19WWA and 05K22GU5) and by Deutsche Forschungsgemeinschaft (TH2135/2-1). Petr Kolenko and Martin Maly´ are funded by the MEYS CR (CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778). Martin Maly´ is funded by the Czech Academy of Sciences (86652036) and CCP4/STFC (521862101). Anastassis Perrakis acknowledges funding from iNEXT (grant No. 653706), iNEXT-Discovery (grant No. 871037), West-Life (grant No. 675858) and EOSC-Life (grant No. 824087) funded by the Horizon 2020 program of the European Commission. Robbie P. Joosten has been the recipient of a Veni grant (722.011.011) and a Vidi grant (723.013.003) from the Netherlands Organization for Scientific Research (NWO). Maarten L. Hekkelman, Robbie P. Joosten and Anastassis Perrakis thank the Research High Performance Computing facility of the Netherlands Cancer Institute for providing and maintaining computation resources and acknowledge the institutional grant from the Dutch Cancer Society and the Dutch Ministry of Health, Welfare and Sport. Tarik R. Drevon is funded by the BBSRC (BB/S007040/1). Randy J. Read is supported by a Principal Research Fellowship from the Wellcome Trust (grant 209407/Z/17/Z). Atlanta G. Cook is supported by a Wellcome Trust SRF (200898) and a Wellcome Centre for Cell Biology core grant (203149). Isabel Uso´n acknowledges support from STFC-UK/CCP4: ‘Agreement for the integration of methods into the CCP4 software distribution, ARCIMBOLDO_LOW’ and Spanish MICINN/AEI/FEDER/UE (PID2021-128751NB-I00). Pavol Skubak and Navraj Pannu were funded by the NWO Applied Sciences and Engineering Domain and CCP4 (grant Nos. 13337 and 16219). Bernhard Lohkamp was supported by the Ro¨ntgen A˚ ngstro¨m Cluster (grant 349-2013-597). Nicholas Pearce is currently funded by the SciLifeLab and Wallenberg Data Driven Life Science Program (grant KAW 2020.0239) and has previously been funded by a Veni Fellowship (VI.Veni.192.143) from the Dutch Research Council (NWO), a Long-term EMBO fellowship (ALTF 609-2017) and EPSRC grant EP/G037280/1. David M. Lawson received funding from BBSRC Institute Strategic Programme Grants (BB/P012523/1 and BB/P012574/1). Lucrezia Catapano is the recipient of an STFC/CCP4-funded PhD studentship (Agreement No: 7920 S2 2020 007).Peer reviewe