120 research outputs found
Reticula: A temporal network and hypergraph analysis software package
In the last decade, temporal networks and static and temporal hypergraphs
have enabled modelling connectivity and spreading processes in a wide array of
real-world complex systems such as economic transactions, information
spreading, brain activity and disease spreading. In this manuscript, we present
the Reticula C++ library and Python package: A comprehensive suite of tools for
working with real-world and synthetic static and temporal networks and
hypergraphs. This includes various methods of creating synthetic networks and
randomised null models based on real-world data, calculating reachability and
simulating compartmental models on networks. The library is designed
principally on an extensible, cache-friendly representation of networks, with
an aim of easing multi-thread use in the high-performance computing
environment
Verkostonäkökulma Posidonia oceanican geneettiseen populaatiorakenteeseen
Populaatiobiologiassa käytettyjen perinteisten mallipohjaisten menetelmien tiedetään suoriutuvan huonosti, jos käytettävä data ei toteuta niissä tehtyjä oletuksia. Tässä työssä tutkitaan mahdollisuutta käyttää verkostotieteen uusimpia yhteisönhakumenetelmiä populaatiorakenteen löytämiseen geneettisestä samankaltaisuusverkosta, joka on muodostettu 1468 meriheinä Posidonia oceanican yksilön geenisekvenssien perusteella. Käytetyistä mikrosatelliittisekvensseistä voidaan rakentaa geneettinen samankaltaisuusverkko usealla eri tavalla. Työssä kokeiltiin useita tällaisia tapoja, joista sopivin valittiin käyttöön.
Useimpia verkostotieteen menetelmiä ei ole suunniteltu sovellettaviksi täysiin painotettuihin verkkoihin, joita tässä työssä käytetyt samankaltaisuusverkot ovat. Tästä johtuen osa verkostomenetelmistä jouduttiin muokkaamaan samankaltaisuusverkoille sopiviksi sekä laskennalliselta toteutukseltaan että yleiseltä toiminnaltaan. Työssä tutkitaan yhteisönhakumenetelmien löytämien geneettisten ryhmien rakennetta sekä vertaillaan näiden suhdetta maantieteeseen ja samoille yksilöille rakennettuun fylogeniapuuhun. Käytetyistä verkostomenetelmistä löydetään useita puutteita ja rajoituksia, mutta näihin ongelmiin ehdotetaan ratkaisuja ja viitoitetaan samalla tietä mahdolliselle lisätutkimukselle.In this Thesis, the objective is to study the possibility of applying state-of-the-art community detection methods of network science to genetic networks built of closely related individuals, as the traditional model based methods in population genetics are known make too restrictive assumptions and to perform poorly for data which does not fulfil these assumptions. A data set of 1468 sequenced specimens of the Mediterranean sea grass Posidonia oceanica is used to test the suggested methods. As there is no unique, ail-purpose measure for the genetic distance between individuals, several such measures are investigated and the most appropriate is selected for constructing the genetic distance network used in this Thesis.
Most methods in network theory are riot designed for weighted, full networks used in this Thesis, and thus some computational limitations are encountered, which are solved by using different algorithmic approaches. Results of different hierarchical community detection methods are examined, analyzed with respect to the underlying geography, and finally compared to results obtained from phylogeny methods, which also allow hierarch2cal clustering. Several limitations are identified in the network methods used, and possible solutions and future research directions are suggested
Laatujärjestelmien hyödyntäminen rakennushankkeessa
Tämä diplomityö käsittelee suunnittelijan, urakoitsijan ja rakennuttajan keinoja varmistaa rakennushankkeen laadukas lopputulos. Käsitteenä laatu on yksinkertaisimmillaan asiakkaan tarpeet täyttävä tuote tai palvelu, joka on tuotettu kannattavalla ja tehokkaalla tavalla. Rakennushankkeessa se tarkoittaa, että suunnittelijan on onnistuttava kuvaamaan asiakkaan vaatimukset ja tarpeet toteutuskelpoisiksi suunnitelmiksi. Urakoitsija vastaa vaatimusten, eli suunnitelmien mukaisesta toteutuksesta. Koska rakennushankkeessa toiston määrä on pieni verrattuna tehdasteollisuuteen, ja peittyviä työvaiheita on paljon, pitää laatu varmistaa etukäteen, ei tarkastamalla jälkikäteen. Diplomityön tavoitteena oli kehittää nimenomaan etukäteen tehtävää laadunvarmistusta, ja tuottaa Rakentamisen Laatu RALA ry:n arviointikäyttöön uudistetut sertifikaattikriteerit.
Kirjallisuustutkimus käsittää perehtymisen laatuun käsitteenä, laatujohtamiseen, laatujärjestelmiin sekä laadun mittaamiseen. Konstruktiivisena kehitystyönä luotiin uudistetut kriteerit RALAn arviointikäyttöön. Lähtökohtana kehitystyölle toimivat RALAn nykyiset, kaikille rakennushankkeen osapuolille erilaiset sertifikaattikriteerit ja ISO 9001:2008 vaatimukset laadunhallinnalle standardi. Kehitystyön vaihtoehtoja arvioitiin RALAn vuosittaisen arvioijapäivän työpajassa (21 osallistujaa). Lisäksi toteutettiin kyselytutkimus, joka kohdistettiin vain arviointeja työkseen tekeville 16 osallistujalle, joista 6 vastasi.
Tutkimuksen merkittävimpinä tuloksina nousivat esiin RALA-kriteerien liiallisen uudistamisen riskit. Erityisesti rakennushankkeen kulkua noudattavien vaatimusten muuttuminen yleisluonteisemmiksi ja vaikeasti ymmärrettäviksi koettiin uhkana sekä työpajassa että kyselytutkimuksessa. Myös kyselytutkimuksen heikko vastausprosentti selittynee sitoutumattomuudella liian suureksi koettuun uudistukseen. Tuloksen myötä kriteerien uudistustyössä päätettiin keskittyä yhdistämään vain nykyisten kriteerien yhteensopivat osuudet, säilyttää toimialakohtaiset vaatimukset lähes ennallaan ja liittää ISO 9001 -standardi vain ristiviittauksiin. Johtaminen, henkilöstö- ja tukitoiminnot sekä tarjous- ja sopimustoiminta ovat toimialasta riippumatta melko samankaltaisia, joten niiden yhdistäminen onnistui sujuvasti
Laatujärjestelmien hyödyntäminen rakennushankkeessa
Tämä diplomityö käsittelee suunnittelijan, urakoitsijan ja rakennuttajan keinoja varmistaa rakennushankkeen laadukas lopputulos. Käsitteenä laatu on yksinkertaisimmillaan asiakkaan tarpeet täyttävä tuote tai palvelu, joka on tuotettu kannattavalla ja tehokkaalla tavalla. Rakennushankkeessa se tarkoittaa, että suunnittelijan on onnistuttava kuvaamaan asiakkaan vaatimukset ja tarpeet toteutuskelpoisiksi suunnitelmiksi. Urakoitsija vastaa vaatimusten, eli suunnitelmien mukaisesta toteutuksesta. Koska rakennushankkeessa toiston määrä on pieni verrattuna tehdasteollisuuteen, ja peittyviä työvaiheita on paljon, pitää laatu varmistaa etukäteen, ei tarkastamalla jälkikäteen. Diplomityön tavoitteena oli kehittää nimenomaan etukäteen tehtävää laadunvarmistusta, ja tuottaa Rakentamisen Laatu RALA ry:n arviointikäyttöön uudistetut sertifikaattikriteerit.
Kirjallisuustutkimus käsittää perehtymisen laatuun käsitteenä, laatujohtamiseen, laatujärjestelmiin sekä laadun mittaamiseen. Konstruktiivisena kehitystyönä luotiin uudistetut kriteerit RALAn arviointikäyttöön. Lähtökohtana kehitystyölle toimivat RALAn nykyiset, kaikille rakennushankkeen osapuolille erilaiset sertifikaattikriteerit ja ISO 9001:2008 vaatimukset laadunhallinnalle standardi. Kehitystyön vaihtoehtoja arvioitiin RALAn vuosittaisen arvioijapäivän työpajassa (21 osallistujaa). Lisäksi toteutettiin kyselytutkimus, joka kohdistettiin vain arviointeja työkseen tekeville 16 osallistujalle, joista 6 vastasi.
Tutkimuksen merkittävimpinä tuloksina nousivat esiin RALA-kriteerien liiallisen uudistamisen riskit. Erityisesti rakennushankkeen kulkua noudattavien vaatimusten muuttuminen yleisluonteisemmiksi ja vaikeasti ymmärrettäviksi koettiin uhkana sekä työpajassa että kyselytutkimuksessa. Myös kyselytutkimuksen heikko vastausprosentti selittynee sitoutumattomuudella liian suureksi koettuun uudistukseen. Tuloksen myötä kriteerien uudistustyössä päätettiin keskittyä yhdistämään vain nykyisten kriteerien yhteensopivat osuudet, säilyttää toimialakohtaiset vaatimukset lähes ennallaan ja liittää ISO 9001 -standardi vain ristiviittauksiin. Johtaminen, henkilöstö- ja tukitoiminnot sekä tarjous- ja sopimustoiminta ovat toimialasta riippumatta melko samankaltaisia, joten niiden yhdistäminen onnistui sujuvasti
Multilayer Networks
In most natural and engineered systems, a set of entities interact with each
other in complicated patterns that can encompass multiple types of
relationships, change in time, and include other types of complications. Such
systems include multiple subsystems and layers of connectivity, and it is
important to take such "multilayer" features into account to try to improve our
understanding of complex systems. Consequently, it is necessary to generalize
"traditional" network theory by developing (and validating) a framework and
associated tools to study multilayer systems in a comprehensive fashion. The
origins of such efforts date back several decades and arose in multiple
disciplines, and now the study of multilayer networks has become one of the
most important directions in network science. In this paper, we discuss the
history of multilayer networks (and related concepts) and review the exploding
body of work on such networks. To unify the disparate terminology in the large
body of recent work, we discuss a general framework for multilayer networks,
construct a dictionary of terminology to relate the numerous existing concepts
to each other, and provide a thorough discussion that compares, contrasts, and
translates between related notions such as multilayer networks, multiplex
networks, interdependent networks, networks of networks, and many others. We
also survey and discuss existing data sets that can be represented as
multilayer networks. We review attempts to generalize single-layer-network
diagnostics to multilayer networks. We also discuss the rapidly expanding
research on multilayer-network models and notions like community structure,
connected components, tensor decompositions, and various types of dynamical
processes on multilayer networks. We conclude with a summary and an outlook.Comment: Working paper; 59 pages, 8 figure
- …