Clostridium difficile infection in an Iranian hospital

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p><it>Clostridium difficile</it> infection (CDI) is an important cause of morbidity and mortality internationally, yet there are important regional differences in the epidemiology and microbiology of disease. Most reports have come from North America and Europe, with limited information from other regions, including the Middle East. Given the changes in the epidemiology of CDI in developed countries, particularly associated with the dissemination of hypervirulent epidemic clones, an understanding of the epidemiology and microbiology of CDI in diverse regions is warranted. This study involved collection of stool samples from individuals with diarrhea at the Isfahan University of Medical Sciences Teaching Hospital, Isfahan, Iran, between October 2010 and March 2011. Selective enrichment culture for <it>C. difficile</it> was performed and isolates were characterised using ribotyping, PCR for the detection of <it>tcdA, tcdB</it> and <it>cdtB</it> genes, and <it>tcdC</it> sequence analysis.</p> <p>Findings</p> <p><it>Clostridium difficile</it> was isolated from 19/89 (21%) stool samples of 17/86 (20%) patients. 13/17 (77%) cases of CDI were hospital-associated. Patients with CDI were significantly older (43 ± 28y) than those with non-CDI diarrhea (24, ± 26y)(<it>P</it> = 0.018). All isolates were toxigenic, and possessed genes encoding for toxins A and B. Six (32%) of 19 isolates also possessed <it>cdtB</it>. Twelve ribotypes were identified. Ribotype 078/toxinotype V was most common, accounting for 4 (21%) of isolates. A single isolate of a different toxinotype V ribotype was identified, as was a toxinotype XXIV isolate. The remaining isolates consisted of 9 different toxinotype 0 ribotypes.</p> <p>Conclusions</p> <p>CDI is an important cause of diarrhea in patients in this hospital. The diversity of ribotypes was striking, and the number of different types suggests the presence of a broad range of strains in the community, the hospital or both. The predominance of toxinotype V strains, which have been associated with community-associated disease and food animals, was unexpected and possible sources of this type require further investigation.</p

Evaluation of the frequency of phenotype and genotype of Van A and Van B genes in vancomycine resistant enterococcus isolated from clinical sample of Alzahra Hospitals in Isfahan

زمینه و هدف: انتروکوک ها جزء فلور طبیعی دستگاه گوارش انسان می باشند، ولی تحت شرایطی می توانند باعث عفونت شوند و نقش مهمی در پخش ژن های مقاومت و ایجاد سویه های مقاوم به آنتی بیوتیک دارند. با افزایش استفاده از آنتی بیوتیک ونکومایسین، انتروکوک های مقاوم به وانکومایسین (VRE)یکی از پاتوژن های شایع بیمارستانی در سراسر دنیا هستند. ﺍﻳﻦ ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ با هدف ﺑﺮﺭﺳﻰ شیوع و فراوانی ژن های ﻣﻘﺎﻭﻣﺖ ﺩﺭ ﺳﻄﺢ ﻓﻨﻮﺗﻴﭙﻰ‬ ﻭ ژﻧﻮﺗﻴﭙﻰ در انتروکوک های مقاوم به وانکومایسین انجام شده است.‬ ‫ﺭﻭﺵ بررسی: در این مطالعه توصیفی مقطعی، پس از جداسازی و تشخیص 165 سویه انتروکوک از نمونه های بالینی بخش های مختلف بیمارستان الزهرا (س) اصفهان در سال 1390 ﻭ ﺍﻧﺠﺎﻡ ﺗﺴﺖ ﻫﺎﻯ ﺗﺄﻳﻴﺪﻯ، ﺍﻧﺘﺮﻭﻛﻮﻙﻫﺎ ﺍﺯ ﻧﻈﺮ ﻣﻘﺎﻭﻣﺖ ﺑﻪ ﻭاﻧﻜﻮﻣﺎﻳﺴﻴﻦ ﺑﺎ ﺭﻭﺵ ﺍﻧﺘﺸﺎﺭ ﺩﻳﺴﻚ ﻭ همچنین آزمون E-test مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه های انتروکوک های مقاوم به وانکومایسین با استفاده از روش Real Time-PCR از لحاظ وجود ژن های مقاوم به وانکومایسین VanA و VanB مورد مطالعه قرار گرفت. ﻳافته ها: نتایج نشان داد از میان 165 ایزوله انتروکوک جمع آوری شده از نمونه های بالینی 79(48) انتروکوک با روش انتشار دیسک به ونکومایسین مقاوم بودند، اما با روش E-test فقط 40(25) انتروکوک دارای مقاومت سطح بالا به ونکومایسین بودند. با روش Real time-PCR از 40 نمونه مورد نظر 37 مورد (5/92) حاوی ژن Van A و 3 مورد (5/7) حاوی ژن Van B بودند. نتیجه گیری :براساس نتایج به دست آمده، تعداد سویه های جدا شده دارای ژن VanA بیشتر از سویه های جدا شده دارای ژن VanB در بیمارستان الزهرا (س) اصفهان می باشد. روش ژنوتیپی Real time-PCR دارای اختصاصیت بالا نسبت به روش های فنوتیپی انتشار دیسک و E-TEST را می باشد

Reduction of vancomycin resistance inVanAand VanBcontainingVancomycin Resistant Enterococci (VRE) isolatesin presence of lactoferrin protein

چکیده زمینه و هدف : پروتئین لاکتوفرین(Lactoferrin(LF)) دارای اثرات ضدمیکروبی اثبات شده ای است. هدف از این مطالعه بررسی تأثیر لاکتوفرین روی حداقل غلظت مهاری) Minimum inhibitory concentration (MIC))وانکومایسین در سویه های انتروکوک مقاوم به وانکومایسین دارای ژنهای مقاومت VanA و VanB بود. ﻣﻮﺍﺩ ﻭ ﺭﻭﺵﻫﺎ: در این مطالعه مقطعی ، پس از جداسازی و تشخیص265 سویه انتروکوک از نمونه های بالینی ، MIC وانکومایسین و تیکوپلانین سویه هابا روش تست اپسیلومتر ( Epsilometer test(Etest)) بدست آمد. نمونه های انتروکوک مقاوم به وانکومایسین Vancomycin Resistance Entrococcus(VRE)) ) ، با روش real time PCR ازلحاظ وجود ژنهای مقاوم به وانکومایسین VanA و VanB بررسی شد و سپس تأثیر لاکتوفرین را بر روی MIC آنتی بیوتیک وانکومایسین سویه های VRE مورد بررسی و بااستفاده از نرم افزارآماری SPSS نسخه 20 (version 20, SPSS Inc., Chicago, IL) و آزمون های آماری رگرسیون خطی و همبستگی پیرسون با سطح معنی داری P-value &lt;0.05 آنالیز گردید. ﻧﺘﺎﻳﺞ: نمونه VanA در غلظت &micro;g/ml) 2048)پروتئین لاکتوفرین MIC وانکومایسین را 85 و 80 برابر به ترتیب در روش تغییر یافته Etest و میکروتیتر کاهش داده و در نمونه VanB در غلظت &micro;g/ml) 512) پروتئین لاکتوفرین MIC وانکومایسین را 10و 10.3 برابر به ترتیب در روش تغییر یافته Etest و میکروتیتر کاهش داده است. شاخص لاکتوفرین ارتباط همبستگی مثبت معنی داری را با کاهش MIC وانکومایسین نشان داد (001/0 Pvalue&lt; و r=0.183 ). نتیجه گیری: غلظت های متفاوت پروتئین لاکتوفرین در شرایط آزمایشگاهی باعث کاهش مقاومت در سویه هایVRE دارای ژن VanA و VanB می شود ،پیشنهاد پتانسیل استفاده از این پروتئین به عنوان یک عامل کمکی به وانکومایسین وجود دارد

Management of Patients Hospitalized for Diabetic Foot Infection: A Local Evaluation

Background: Diabetic foot ulcer (DFU) is the most frequent complication of DM with an upward trend over the last two decades.The present study was implemented to determine how DFU was managed in a major referral hospital in Isfahan. Methods: This prospective cross-sectional study was conducted from the 1st July 2016 to 15th December 2017 in Al-Zahra Hospital, in Isfahan, Iran. The information was collected by atrained pharmacy student by recordingbaseline characteristics of patients, current approach to investigate the DFU, management of the infected wound, and assessment of risk factors related to patients' outcomes. Results: The mean (±S.D) age of patients was 59.13±10.80 years. The majority of our patients had affected with Type 2 DM (96.3 %). Most of the patient (61%) had wound with grade 3 in the Wagner classification. Lesions mainly involved toes (46.3%). The most lesions (42%) had a mean size of the 5-10 cm2.The most frequently prescribed combination antibiotics were meropenem and Targocid® (teicoplanin) (34.1%), Tazocin® (piperacillin + tazobactam) and Targocid® (24.3%). Mean (±SD) duration of parenteral therapy (alone or in associated with oral treatment) was 14.95±7.62 days. Ulcer size (cm2) (P=0.04), and Wagner classification (P=0.012) had significant association with unhealed ulcer.  Conclusion: Although, our diabetic center is university-affiliated, there are still several points, and pitfalls must be considered and revised in DFU patients. Obtaining microbiological sampling, antibiotic management and baseline assessment of wound in patients are the most troublesome complications discovered by our investigation

Detection of Legionella pneumophila in the bronchoalveolar lavage samples by real time PCR in patients with ventilator-associated pneumonia in ICU

زمینه و هدف: لژیونلا پنوموفیلا به خاطر توانایی آن در ایجاد پنومونی ناشی از ونتیلاسیون مکانیکی مورد توجه مراکز درمانی است. هدف از این مطالعه ردیابی گونه های لژیونلا پنوموفیلا در نمونه های بدست آمده از برونکوآلوئولار لاواژ با روشReal Time PCR در بیماران بستری در بخش مراقبت های ویژه ی بیمارستان الزهرا(س) اصفهان می باشد. روش بررسی: در یک مطالعه توصیفی تحلیلی سی و نه نمونه برونکوآلوئولار لاواژ در بیماران مبتلا به پنومونی همراه با ونتیلاتور بستری در بخش مراقبت های ویژه (ICU) بیمارستان الزهرای اصفهان در سال 1390 گرفته و تا زمان آزمایش در 20- درجه سانتیگراد نگهداری شد. DNA به روش فنل کلروفرم استخراج و آزمایش Real Time PCR در 45 چرخه شامل oC95 برای 4 ثانیه و oC58 برای 30 ثانیه انجام شد. در حالی که پروب به روش Taq Man عمل می کرد. یافته ها: نتیجه برای حضور باکتری لژیونلا پنوموفیلا در همه نمونه ها منفی شد. حداقل سن افراد در مطالعه 20 و حداکثر 86 سال بوده است. مدت زمان بستری افراد مورد مطالعه در ICU حداقل 2 روز و حداکثر 65 روز است. مدت زمان ونتیلاسیون افراد مورد مطالعه حداقل 2 روز و حداکثر 65 روز بود. نتیجه گیری: این مطالعه عدم حضور لژیونلا پنوموفیلا در بیماران دچار پنومونی وابسته به ونتیلاتور در ICU بیمارستان الزهرای اصفهان رادریک مقطع زمانی نشان می دهد؛ لذا بر اساس مطالعه فوق، شناخت الگوی میکروبیولوژیک لژیونلا پنوموفیلا در سایر مراکز درمانی نیز امری منطقی به نظر می رسد

Prevalence of Transfusion Transmitted Virus Infection in Hemodialysis Patients and Injection Drug Users Compared to Healthy Blood Donors in Isfahan, Iran

Introduction. The pathogenicity and transmission routes of Transfusion Transmitted Virus (TTV) remain unclear. The aim of this study was to determine the prevalence of TTV in hemodialysis patients, injecting drug users (IDUs), and healthy blood donors, in Isfahan, Iran. Method. In a case-control study, a total of 108 subjects were put into three groups namely Group I, 36 hemodialysis patients; Group II, 36 IDUs; and Group III, 36 healthy blood donors as the control group. A 5 ml blood sample was collected from each subject in an EDTA-containing tube. Samples were tested for TTV DNA by means of real-time polymerase chain reaction (PCR). Results. The mean age was years. Seventy-one subjects (66%) were male. Of the108 cases, 30 (27.8%) were TTV positive and 78 (72.2%) were TTV negative. The prevalence of TTV in IDUs [21 (58%)] was significantly higher than in the other groups [group I: 6 (17 %) and group III: 3 (8%)] (). Conclusion. The prevalence of TTV in IDUs is significantly higher than in both hemodialysis patients and general population in Isfahan, Iran. It seems necessary to take serious measures to reduce the risk of TTV transmission to IDUs’ close contacts and health care providers

COVID-19 Associated Mucormycosis::A Review of an Emergent Epidemic Fungal Infection in 3 Era of COVID-19 Pandemic

At a time when the COVID-19's second wave is still picking up in countries like India, a number of reports describe the potential association with a rise in the number of cases of mucormycosis, commonly known as the black fungus. This fungal infection has been around for centuries and affects those people whose immunity has been compromised due to severe health conditions. In this article, we provide a detailed overview of mucormycosis and discuss how COVID-19 could have caused a sudden spike in an otherwise rare disease in countries like India. The article discusses the various symptoms of the disease, class of people most vulnerable to this infection, preventive measures to avoid the disease, and various treatments that exist in clinical practice and research to manage the disease

Prevalence of Fungemia in Pediatric Patients with Febrile Neutropenia

Background: Increasing use of different chemotherapy regimens, organ transplants, etc., has led to the increasing number of neutropenic patients. Overall, 10% of patients affected by cancer who are under treatment with anticancer drugs, regardless of the tumor type, are susceptible to febrile neutropenia. The study was performed to evaluate the frequency of bloodstream fungal infections in pediatric patients with febrile neutropenia in Sayed Al-Shohada Hospital (Cancer Referral Center in Isfahan) in 2010–2012. Materials and Methods: This cross-sectional study was performed on pediatric patients with febrile neutropenia who were referred to Sayed Al-Shohada Hospital (Cancer Referral Center in Isfahan) in 2010–2012. Blood samples were obtained from all the patients and were loaded into Bactec 9050 blood culture instruments (Bectone Dickinson, Baltimore, Md., USA), and organisms responsible for causing fever were detected. Results: Sixty-seven patients (51.3 males, 48.7 females) with a mean age of 12.3 ± 15.8 years were included. The blood cultures of 48 patients (71.6%) were negative. Seven samples of the isolates (10.4%) were fungi, and twelve of them (18%) were bacteria. Thus, the prevalence of fungal infection was 10.4%. Conclusion: Due to the high relative prevalence of fungal infections in our study, it is necessary to take precautions for fungal infection prevention and choose the best way management to obtain optimal results in these patients