Germline mutations of aryl hydrocarbon receptor-interacting protein (AIP) gene and somatostatin receptor 1-5 and AIP immunostaining in patients with sporadic acromegaly with poor versus good response to somatostatin analogues

Objective To determine aryl hydrocarbon interacting protein (AIP) gene variations and AIP and somatostatin receptor (SSTR) 1-5 immunostaining in patients with apparently sporadic acromegaly with poor versus good response to somatostatin analogues (SRLs)

HighTUBB2Aexpression in childhood T-ALL is correlated with the clinical outcome

Introduction Microtubules are polymers that perform functions such as mitosis, intracellular transport, cell morphology, and ciliary and flagellar motility. Since microtubules are taking active part in cell division, they are among direct targets of several antimitotic drugs. Methods Expression levels of tubulin isotypes were analyzed in microarray data of childhood diagnostic T-ALL samples (n = 31) and healthy thymocytes (n = 7). Findings were validated with qPCR in separate T-ALL cohort (n = 48), and clinical correlation analyses were performed.TUBB2A's effects were tested with siRNA-mediated knockdown in MOLT4 cell line, and apoptosis assay was carried out at 24, 48, and 72 hours time points. Results In microarray data,TUBB2Awas found to be the only differentially expressed tubulin isotype (adj.Pvalue = .01), which was validated by qPCR (P = .02). Samples representing differentiation stages of T cell showed an increasing trend ofTUBB2Atoward mature T-cell stage.TUBB2Aexpression was significantly higher in high-risk group patients (P = .026) and in a group with WBC counts >100 (x10(9)cells/L) (P = .029). HighTUBB2Awas also found to be a predictor of shorter OS (P = .029) and RFS (P = .042). Conclusion Aberrant expression of TUBB isotypes can affect the balance of microtubules or microtubule-associated proteins, which might lead to drug resistance/relapse. Contribution of cytoskeleton proteins to drug resistance needs further investigation, and understanding aberrant expression and mode of action of microtubules will improve therapy strategies

C¸OCUKLUK C¸AGˆI B-ALL HASTALARINDA IKZF1 DELESYONLARININ ARAS¸TIRILMASI

Bir transkripsiyon fakto¨ru¨ olan Ikaros, lenfoid gelis¸imde o¨nemli rollere sahip- tir. Ikaros’un klinik o¨nemi ise c¸ocukluk c¸agˆı B-ALL hastalarının %15’inde go¨ru¨lmesi ve IKZF1 delesyonlarının artmıs¸ nu¨ks riski ve kısalmıs¸ sagˆ kalım ile ilis¸kilendirilmesinden ileri gelmektedir. Risk temelli tedavi yaklas¸ımlarının gelis¸tirilmesinde moleku¨ler belirtec¸lerden yararlanılarak tedavilerin daha etkin kullanılması, hastalık tekrarının o¨nlenmesi hedeflenmektedir. Bu dogˆ- rultuda c¸alıs¸mamızda, tanı ve nu¨ks B-ALL o¨rneklerinde IKZF1 geninin hem kopya sayısı degˆis¸imlerini hem de mutasyonlarını tarayarak olası prognostik rolu¨nu¨ incelemek istedik. C¸alıs¸ma, B-ALL tanısı almıs¸, BFM tedavi protokolu¨- ne uygun olarak takip edilen c¸ocukluk c¸agˆı 105 hasta ile gerc¸ekles¸tirilmis¸tir. 78 tanı ve 44 nu¨ks (17 hastanın tanı/nu¨ks es¸lenik) o¨rnegˆinden elde edilen DNA’lar, IKZF1 Δ2-7, Δ4-7 ve Δ4-8 delesyonları ac¸ısından yeni nesil dizile- me (NGS) yo¨ntemi ile dizilenmis¸ (454 GS Junio platform, Roche) ardından IKZF1 geninin tu¨m ekzonları MLPA yo¨ntemi ile taranmıs¸tır (Multiple ligation dependent probe amplification, SALSA kit, MRC Holland). NGS analizlerinde AVA ve GENOMIZE programları, MLPA sonuc¸ları ise Coffalyser v9.4 yazılımı kullanılarak analiz edilmis¸tir. IKZF1 delesyonları tanı B-ALL o¨rneklerinin %13’u¨nde, ilk nu¨ks o¨rneklerinin ise %19’unda tespit edilmis¸tir (Tablo 1). Dominant-negatif IKAROS varyantının ekspresyonuna yol ac¸an Δ4-7 tanı ve nu¨ks anında en sık go¨ru¨len delesyon olmus¸tur. P#15,16,17 kodlu hastalarda tanı anında IKZF1 kopya sayısı degˆis¸imi go¨zlenmezken, nu¨ks anında Δ4-7 delesyonu tespit edilmis¸tir. Bunun yanında P#3 kodlu hasta hem tanı hem de nu¨ks anında Δ4-7 delesyonu tas¸ımaktadır. Δ2-7 delesyonu tanı anında go¨zlenmezken iki nu¨ks o¨rnegˆinde tespit edilmis¸tir. P#12 kodlu hasta Δ2-7 ek olarak ikinci nu¨ksu¨nde Δ4-8 delesyonuda kazanmıs¸tır. Tespit edilen tu¨m delesyonlar hem NGS hem de MLPA yo¨ntemleri ile teyit edilmis¸tir. NGS sonuc¸larına ek olarak, Δ1-6, Δ2-8, Δ2-3, exon1 ve exon3 delesyonu bes¸ farklı hastada belirlenmis¸tir. Kopya sayısı degˆis¸imi belirlenen hic¸ bir hastada, taranan bo¨lgeler ac¸ısından nokta mutasyonu tespit edilmemis¸tir. IKZF1 delesyon varlıgˆının klinik parametreler ile olan ilis¸kisi ve yas¸am ana- lizleri incelendigˆinde istatistiksel olarak bir anlamlılık hesaplanmamıs¸tır. Literatu¨rde pediatrik B-ALL hastalarında IKZF1 kayıpları %12-15 aralıgˆında rapor edilmektedir. Kohortumuzda, IKZF1 delesyonlarının sıklıgˆı literature parallel olarak %13 olarak belirlenmis¸tir. IKZF1 kayıplarının nu¨ks do¨ne- mi B-ALL o¨rneklerindeki sıklıgˆı konusunda sınırlı sayıda bilgi mevcuttur. C¸alıs¸mamızda, nu¨ks anında tanı hastalarına oranla IKZF1 delesyonlarının daha sık oldugˆunu tespit ettik. Tanı anında var olan IKZF1 delesyonlarını ic¸e- ren klonlar, nu¨ks do¨neminde de su¨reklilik go¨sterirken, tanı anında delesyon tas¸ımayan o¨rneklerin birinci ve ikinci nu¨kslerinde IKZF1 delesyonu ic¸eren yeni klonların gelis¸tigˆi go¨ru¨lmu¨s¸tu¨r. Bo¨ylece IKZF1 delesyonlarının tanı anında ortaya c¸ıkarak erken nu¨kste devamlılık go¨sterebilecegˆinin yanı sıra nu¨ks do¨neminde ikincil bir olay olarak ta kars¸ımıza c¸ıkabilecegˆini go¨stermis¸ olduk. IKZF1 delesyonları literatu¨rde artmıs¸ nu¨ks riski ve du¨s¸u¨k sagˆ kalım ile ilis¸kilendirilmis¸tir. Nu¨ks anında artmıs¸ IKZF1 delesyonlarının varlıgˆı, IKZF1’in tedavi direnci gelis¸tirilmesinde olası katkısını du¨s¸u¨ndu¨rmektedir. Ancak yaptıgˆımız yas¸am analizlerinde sagˆ kalım ve olaysız sagˆ kalım ac¸ısından delesyon tas¸ıyan ve tas¸ımayan hastalar arasında anlamlı farklılık tespit edilmemis¸tir. Bunun nedeni go¨rece c¸alıs¸ılan hasta sayısının azlıgˆından veya erken do¨nemde hastaların kemoterapi direnci dıs¸ındaki sebepler nedeni ile kaybedilmesinden kaynaklanabilir. Bu c¸alıs¸ma, TU¨BI·TAK (Proje no: 114S038) ve I·stanbul U¨niversitesi Bilimsel Aras¸tırmalar Proje Birimi (Proje no: 35624 ve 20520) tarafından desteklenmektedir. IKZF1 NGS plateleri IRONII c¸alıs¸ma konsorsiyumu tarafından dizayn edilmis¸tir. Anahtar Kelimeler: B-ALL, IKZF1, Yeni Nesil Dizileme, MLP

Deep sequencing of BCR-ABL1 kinase domain mutations in chronic myeloid leukemia patients with resistance to tyrosine kinase inhibitors

Tyrosine kinase inhibitor (TKI) therapy is the current treatment of choice for patients with chronic phase chronic myeloid leukemia (CML) leading to rapid and durable hematological as well as molecular responses. However, emergence of resistance to TKIs has been the major obstacle to treatment success on long term. In this regard kinase domain mutations are the most common mechanism of therapy failure. In this study, we analyzed peripheral blood samples from 17 CML patients who had developed resistance to various TKIs by using next-generation sequencing parallel to Sanger sequencing. BCR-ABL1 kinase domain mutations have been found in 59% of the cohort. Our results demonstrate that next-generation sequencing results in a higher mutational detection rate than reported with conventional sequencing methodology. Furthermore, it showed the clonal diversity more accurately

Prognostic evidence of LEF1 isoforms in childhood acute lymphoblastic leukemia

Introduction The lymphoid enhancer factor 1 (LEF1) is a DNA-binding transcription factor that functions in the Wnt signaling pathway. Increased LEF1 activity is associated with progression of several types of cancer including leukemia. Here, we investigated LEF1 isoform expression and genomic variations in acute lymphoblastic leukemia (ALL)