Diagnostyka rearanżacji genu SHOX u kobiet 46,XX z idiopatyczną niskorosłością

  Introduction: The SHOX gene has been mapped at the pseudoautosomal region 1 (PAR1) of chromosomes X (Xp22.33) and Y (Yp11.32). The loss of SHOX gene functionality is assumed to be responsible for the Leri-Weill syndrome formation and the disproportionate short stature (DSS). The SHOX gene rearrangements constitute the majority of cases of gene functionality loss. Therefore, a practical application of the method, which allows for the diagnostics of the gene rearrangements, becomes a primary issue. With such an assumption, the MLPA technique (multiplex ligation — dependent probe amplification) becomes the method of choice. Material and methods: DNA samples were evaluated in the study by means of the MLPA method. The DNA was isolated from peripheral blood of sixty-three (63) 46,XX patients with short stature. Results: Out of the examined patients, deletions within the SHOX gene were found in five (5) patients, and duplication at the PAR1 regulatory region of the SHOX gene in one (1) case. Conclusions: The obtained results confirm the opinion that the MLPA method, while enabling the diagnostics of the etiopathogenetic factor of short stature, identified in approximately 9.5% of cases, is a useful tool in the diagnostics of SHOX gene deletion and duplication. (Endokrynol Pol 2016; 67 (4): 397–402)    Wstęp: Gen SHOX został zmapowany w regionie pseudoautosomalnym 1 (PAR1) chromosomów X (Xp22.33) i Y (Yp11.32). Utratę funkcji genu SHOX czyni się odpowiedzialną za powstanie zespołu Leri-Weill i nieproporcjonalnie niski wzrost (DSS, disproportionate short stature). Delecje genu SHOX stanowią większość przypadków utraty funkcji genu. Z tego tytułu sprawą pierwszoplanową staje się aplikacja do praktyki diagnostycznej metody, która umożliwia diagnostykę rearanżacji tego genu. Przy takim założeniu technika MLPA (multiplex ligation — dependent probe amplification) staje się metodą z wyboru. Materiały i metody: W badaniach analizowano z użyciem metody MLPA próbki DNA wyizolowanego z krwi obwodowej 63 pacjentek 46,XX z niskorosłością. Wyniki: Spośród przebadanych pacjentek u 5 wykryto delecje w obrębie genu SHOX, u jednej pacjentki wykryto duplikację w regionie regulatorowym PAR1 genu SHOX. Wnioski: Uzyskane wyniki potwierdzają opinię, że metoda MLPA, umożliwiając diagnostykę czynnika etiopatogenetycznego niskorosłości w około 9,5 % przypadków, jest użytecznym narzędziem w diagnostyce delecji i duplikacji genu SHOX. (Endokrynol Pol 2016; 67 (4): 397–402)

A novel mutation (c.T3816 > C) in the androgen receptor gene in a 46,XY female patient with androgen insensitivity syndrome

Wstęp: Mutacje w genie receptora androgenowego (AR, Androgen Receptor) są najczęstszą przyczyną zaburzeń różnicowania płci (DSD,Disorders of Sex Development) powodującą zespół niewrażliwości na androgeny (AIS, Androgen Insensitivity Syndrome). Chorzy wykazująznaczną różnorodność fenotypu: od żeńskiego (CAIS, Complete Androgen Insensitivity syndrome) przez niecałkowicie męski (PAIS, PartialAndrogen Insensitivity Syndrome) aż do prawidłowo zbudowanych niepłodnych mężczyzn (MAIS, Mild Androgen Insensitivity Syndrome).W pracy przedstawiamy wyniki badań klinicznych, endokrynologicznych oraz molekularnych pacjentki hospitalizowanej z powodupierwotnego braku miesiączki z typowymi cechami zespołu niewrażliwości na androgeny.Materiał i metody: Celem badań było określenie podłoża molekularnego zespołu niewrażliwości na androgeny u kobiety 46,XY. Przeprowadzonoanalizę molekularną genu AR z zastosowaniem metod: MSSCP (Multitemperature Single Strand Conformation Polymorphism)oraz sekwencjonowania.Wyniki: Analiza polimorfizmu konformacji pojedynczych nici DNA w gradiencie temperatury wykazała zmianę ruchliwości elektroforetycznejw egzonie 8 genu AR. W wyniku sekwencjonowania egzonu 8 wykryto mutację punktową typu missens. Mutacja, dotychczasnie opisywana, ma charakter tranzycji c.T3816 > C i powoduje zmianę S901P w łańcuchu aminokwasowym (w oparciu o najnowsząsekwencję referencyjną NCBI, NM 000044.2).Wnioski: Stwierdzenie nowej mutacji, c.T3816 > C w genie AR jest kolejnym dowodem potwierdzającym związek mutacji AR z fenotypemzespołu niewrażliwości na androgeny. (Endokrynol Pol 2013; 64 (5): 398–402)Introduction: Androgen receptor (AR) gene mutations are the most frequent cause of 46,XY disorders of sex development (DSD), andare associated with a variety of phenotypes ranging from phenotypic women (Complete Androgen Insensitivity Syndrome or CAIS)to milder degrees of undervirilisation (Partial Androgen Insensitivity Syndrome or PAIS) or men with infertility only (Mild AndrogenInsensitivity Syndrome or MAIS).In this paper, we present the results of clinical, endocrine and molecular trials in a patient hospitalised because of primary amenorrhoeawith typical phenotype of CAIS.Material and methods: The main objective of this study was to determine the molecular cause of androgen insensitivity syndrome ina 46,XY female patient. Molecular analysis of the AR gene was conducted using MSSCP (Multitemperature Single Strand ConformationPolymorphism) and sequencing methods.Results: MSSCP analysis showed changes in electrophoretic mobility in exon 8 of the AR gene. Sequencing analysis revealed a missensemutation which has not been previously described. This is a c.T3816 > C transition mutation which causes a S901P substitution in theamino acid chain (based on the latest NCBI reference sequence NM 000044.2).Conclusions: The identified c.T3816 > C mutation in AR gene provides further evidence for the correlation between specific AR mutationsand phenotype corresponding to androgen insensitivity.(Endokrynol Pol 2013; 64 (5): 398–402

Ocena niezrównoważenia genomu w przypadkach rozrostu oraz raka endometrium

Objective: The main goal of our study was to identify the earliest and specific genetic changes which could be associated with an increased risk of neoplastic transformation in a group of patients with endometrial hyperplasia. Another goal was to characterize genetic changes associated with advanced forms of cancer. Material and methods: The study involved forty-four (44) female patients, including five (5) patients with no histopathologically confirmed hyperplastic features, twenty-six (26) patients with histopathologically confirmed endometrial hyperplasia, and thirteen (13) patients with diagnosed carcinoma of the endometrium. The study was conducted using a custom-made 4x180K microarray of BlueGnome. Results: Copy number variations (CNV) were found in the cases without endometrial hyperplasia. Such changes occur with varying frequency in the genome of healthy female population. Significant genome imbalance was identified in the twenty-six (26) (100%) patients with diagnosed hyperplasia and in eleven (11) subjects (84.6%) with diagnosed endometrial cancer. Other, not yet reported, changes localized in characteristic regions of the genome were also found.Cel pracy: Celem podjętych badań było zidentyfikowanie w grupie pacjentek z rozrostem endometrium najwcześniejszych i specyficznych zmian genetycznych, które można identyfikować z podwyższonym ryzykiem transformacji nowotworowej, a także charakterystyka zmian genetycznych związanych z rozwiniętą formą nowotworu. ateriał i metody: Badaniami objęto 44 pacjentki: w 5 przypadkach histopatologicznie nie potwierdzono cech rozrostu, w 26 przypadkach potwierdzono histopatologicznie rozrost endometrium, u 13 pacjentek zdiagnozowano raka błony śluzowej trzonu macicy. Wyniki: Badania przeprowadzono przy użyciu mikromacierzy typu custom-made 4x180K firmy BlueGnome. W przypadkach bez rozrostu zdiagnozowaliśmy zmiany o charakterze CNV’s (Copy Number Variation), które z różną częstością występują w genomie populacji osób zdrowych. Istotne niezrównoważenie genomu zostało wykryte u 26 (100 %) pacjentek z rozpoznanymi rozrostami oraz u 11 (84, 6%) pacjentek z rozpoznanym rakiem endometrium. Wykryliśmy również dotąd nieopisywane zmiany zlokalizowane w charakterystycznych regionach genomu. Wnioski: Technika aCGH jest efektywnym narzędziem do analizy aberracji chromosomowych. Badanie niestabilności chromosomowej, czyli określenie rodzaju i zakresu zmian w chromosomach, jest badaniem pozwalającym ustalić regiony krytyczne, a co za tym idzie zidentyfikować geny lub grupy genów ważne dla powstawania i rozwoju raka endometrium. W oparciu o przeprowadzone badania zaproponowaliśmy hipotetyczny model sekwencji zmian genetycznych towarzyszących wielostopniowemu procesowi transformacji nowotworowej endometrium

Analiza polimorfizmów/mutacji genów PTEN, CDKN2A, TP53 oraz genu hMSH6 w rozrostach oraz rakach endometrium

Endometrial cancer belongs to the most frequent malignancies in the female genital organs with a growing incidence trend. The molecular changes, which are specific for particular stages of neoplastic transformation or the histopathological type of neoplasm, have not yet been described in any more uniform way. The goal of the undertaken studies was the evaluation of the polymorphisms / mutations of PTEN, CDKN2A, TP53 suppressor genes and of hMSH6 gene of incorrectly paired base-pairs in a group of female patients with endometrial hyperplasia and endometrial cancer. The studies involved forty-four (44) female patients: five (5) cases, despite the fact that clinical inclusion criteria had been met, no hyperplastic features were confirmed in a histopathological analysis. Twenty-six (26) patients with histopathologically confirmed endometrial hyperplasia and thirteen (13) patients with diagnosed carcinoma of uterine body mucosa were added into the study. The sequencing method was used for the identification of mutations / polymorphisms in MSH6, CDKN2A, PTEN and TP53 genes. Two changes were identified in TP53 gene: R175H G>A (CGC>CAC) polymorphism in exon 5 and R213R (CGA>CGG) synonimic change in exon 6 in 15% of the examined patients (2/13 cases of endometrial cancer). Regarding DNA sequence of exon 3 in MSH6 gene, the following polymorphism was found in 29% of the patients: D180D (GAT>GAC). None of the patients demonstrated any changes, either in DNA sequence of CDKN2A gene or in exons 2, 5, 7 and 8 of the PTEN gene.Rak endometrium należy do najczęstszych nowotworów złośliwych żeńskich narządów płciowych. Rejestruje się stały wzrost liczby zachorowań. Dotychczas nie zostały jednoznacznie opisane zmiany molekularne, specyficzne dla poszczególnych etapów transformacji nowotworowej lub typu histopatologicznego nowotworu. Celem podjętych badań była analiza polimorfizmów/ mutacji genów supresorowych PTEN, CDKN2A, TP53 oraz genu naprawy błędnie sparowanych zasad hMSH6 w grupie pacjentek z rozrostem endometrium oraz rakiem endometrium. Badaniami objęto 44 pacjentki: w 5 przypadkach, pomimo spełnienia klinicznych kryteriów włączenia, histopatologicznie nie potwierdzono cech rozrostu, do dalszych badań włączono 26 pacjentek z histopatologicznie potwierdzonym rozrostem endometrium oraz 13 pacjentek ze zdiagnozowanym rakiem błony śluzowej trzonu macicy. Do identyfikacji mutacji/polimorfizmów w genach MSH6, CDKN2A, PTEN i TP53 wykorzystano metodę sekwencjonowania. W genie TP53 wykryliśmy dwie zmiany: polimorfizm R175H G>A (CGC>CAC) w egzonie 5 oraz zmianę synonimiczną R213R (CGA>CGG) w egzonie 6 u 15% badanych (2/13 przypadków raka endometrium). W sekwencji DNA egzonu 3 genu MSH6 u 29% pacjentek został wykryty polimorfizm: D180D (GAT>GAC). U żadnej z pacjentek nie została wykryta zmiana w sekwencji DNA genu CDKN2A oraz w egzonach 2; 5; 7 i 8 genu PTEN

Adaptation of PCR technique for quantitative estimation of genetic material from different regions of chromosome 21 in cases of trisomy 21.

Pre- and postnatal diagnosis of chromosomal aberrations is generally based on conventional cytogenetic analysis. In this paper, we have devised a quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR) method to determine gene dose effects and applied it in cases of regular trisomy 21 as a model. The method is based on quantitative assessment of PCR products after using primers amplifying DNA fragments located in the pericentromeric, heterochromatic, euchromatic and telomeric regions of chromosome 21. A gene dose effect on the amount of PCR product in cases of trisomy 21 was confirmed. Moreover, a correlation between the amount of the PCR product of the examined sequences and their location in the chromosome was observed. The obtained results suggest that the Q-PCR technique can be applied in the diagnosis of aneuploidies

Diagnostyka prenatalna rzadkich zaburzeń rozwojowych płodu – opis przypadku

Abstract Hereby we present a case of a pregnancy in which careful dysmorphology of the fetus in subsequent sonographic evaluation resulted in detection of a very rare anomaly. It allowed explanation of the fetal phenotype, compared then with that of the newborn and estimation of genetic risk for the next pregnancies in this family.Streszczenie Przedstawiono przypadek ciąży, w której dzięki wnikliwej analizie dysmorfologicznej płodu w kolejnych badaniach USG zainicjowano szereg unikalnych badań genetycznych, które doprowadziły do wykrycia bardzo rzadkiego zaburzenia u dziecka. Pozwoliło to wyjaśnić zarówno fenotyp płodu, następnie żywo urodzonego dziecka, jak i ocenić ryzyko genetyczne występujące w tej rodzinie w kolejnych ciążach

The Usefulness of Cell-Based and Liquid-Based Urine Tests in Clarifying the Diagnosis and Monitoring the Course of Urothelial Carcinoma. Identification of Novel, Potentially Actionable, RB1 and ERBB2 Somatic Mutations

Bladder cancer is one of the most common cancers in global statistics. One of the issues associated with this disease is the high incidence of cases with delayed diagnosis and what factors correlate with worse treatment outcomes. A possible reason for this may be the rather limited availability of non-invasive diagnostic tools. This short communication presents a case of a 68 year old male patient after an ineffective therapy, carried on for several years with symptoms commonly associated with prostate overgrowth that masked a carcinoma in situ of the urinary bladder. Implementation of several diagnostic techniques, including urine sediment cytology, immunocytochemistry, the fluorescence in situ hybridisation technique, the Bladder EpiCheck test and whole-genome sequencing, enabled the establishment of a correct diagnosis, implementation of appropriate treatment and provision of patient-friendly monitoring. The described case emphasises the usefulness of cell-based and liquid-based urine tests in bladder cancer diagnostic procedures