Silmamaterjalidest isoleeritud mikroobide ja viiruste spekter ning ravimitundlikkus Tartu Ülikooli Kliinikumi silmakliinikus 2017 kuni 2021

Eesmärk. Uuringu eesmärk oli kindlaks teha silmamaterjalidest isoleeritud mikroobide spekter, hinnata bakterite antibiootikumitundlikkust ja võrrelda seda kasutatavate paiksete ravimite valikuga.Materjal ja meetodid. Analüüsiti aastatel 2017–2021 TÜ Kliinikumi silmakliinikust ühendlaborisse saadetud silmamaterjalidest tehtud külvide ja viiruste tuvastamise tulemusi. Bakterid ja seened samastati MALDI-TOFi seadmega. Antibiootikumitundlikkus määrati Kirby-Baueri diskdifusioonmeetodil ja hinnati EUCASTi kriteeriumite alusel. Viirused tuvastati reaalaja polümeraasahelreaktsiooni (PCR) meetodil. Andmed saadi eLabori statistikaprorammist OLAP (analüüside arv, tekitajate spekter, antibiootikumitundlikkus). Paiksete ravimpreparaatide loend põhines ravimiregistril ja kliinikumi ravimiformularil ning ravimite müügiandmed saadi Ravimiametist.Tulemused ja järeldused. Vaadeldud aastatel samastati perekonna või liigi tasemel 829 mikroobi. Bakteritest domineerisid stafülokokid, hemofiilused, pneumokokid, enterobakterid, moraksellad ning viridans-grupi streptokokid. Kaks kolmandikku bakteritest olid testitud antibiootikumide suhtes tundlikud enam kui 80%. Bakterite tundlikkus Eestis kasutatud paiksete preparaatide suhtes oli järgmine: klooramfenikooli korral oli tundlikkus 89,2%, levofloksatsiini korral 91,2%, moksifloksatsiini puhul 92%, tobramütsiini puhul 90,5% ja tsiprofloksatsiini puhul 89,7%. Seega sobivad kõik loetletud preparaadid silmainfektsioonide empiiriliseks paikseks raviks.Viirustest tuvastati uuritud materjalides kõige enam lihtherpeseviirusi, järgnesidadenoviirused.Uuringu tulemused võimaldavad koostada silmainfektsioonide korral testitavate mikroobirühmapõhiste antibiootikumide loendeid ja luua analüüside tellimise lihtsustamiseks eraldi silmanakkuste diagnoosimise tellimusvormi

Pneumokokkinfektsioon lapseeas

Streptococcus pneumoniae (pneumokokk) on üks olulisemaid bakteriaalse respiratoorse ja invasiivse infektsiooni tekitajaid lapseeas. Viimase kahekümne aasta jooksul kujunenud pneumokoki antibiootikumresistentsuse üheks peamiseks riskiteguriks peetakse liigset antibiootikumide tarvitamist. Ülevaateartiklis on käsitletud pneumokoki antibiootikumresistentsuse tekkemehhanisme ja levikut maailmas, samuti selle kliinilist tähendust ning tutvustatud ka antibakteriaalse ravi taktikat ja uusi profülaktikavõimalusi pneumokokkinfektsiooni korral. Eesti Arst 2003; 82 (2): 464–47

Anaeroobsete bakterite spekter ja antibiootikumitundlikkus 2016. ja 2020. aastal TÜ Kliinikumi ühendlabori kliinilise mikrobioloogia osakonna andmetel

Eesmärk. Kirjeldada TÜ Kliinikumi ühendlabori mikrobioloogia osakonnas isoleeritud anaeroobsete bakterite liigilist jaotust ja ravimitundlikkust, et hinnata ajas toimunud muutusi ning vajadust empiirilise ravi ja tundlikkuse suhtes testitavate antibiootikumide valiku korrigeerimiseks.Metoodika. Analüüsiti 2016. ja 2020. aastal ühendlabori mikrobioloogialaboris isoleeritud anaeroobsete bakterite liigilist kooslust ja antibiootikumitundlikkust. Bakterid samastati MALDI-TOF-seadmega. Antibiootikumitundlikkuse määramiseks kasutati gradientteste, tulemusi hinnati mikroobivastase tundlikkuse testimise Euroopa komitee (EUCAST; The European Commitee on Antimcrobial Susceptibility Testing) kriteeriumite alusel.Tulemused. Anaeroobsete külvide tegemine suurenes nelja aasta jooksul 29%, kuid positiivsete külvide protsent oli sarnane, vastavalt 9,1% ja 10,4%. Sagedasemad isoleeritud anaeroobid olid Gram-negatiivsed anaeroobsed pulkbakterid (B. fragilis, Bacteroides spp. ja Prevotella spp.). Gram-positiivsete anaeroobide esinemine oli aastate jooksul ühtlaselt madal, suurenenud oli Clostridium spp. esinemissagedus ja erinevate Gram-positiivsete kokkide liigiline mitmekesisus. Tundlike anaeroobsete bakterite osakaal kahel uuritud aastal oli sarnane, erinevused ilmnesid vaid antibiootikumide minimaalse inhibeeriva kontsentratsiooni (MIK) väärtuste võrdlemisel. Statistiliselt oluline erinevus ilmnes Gram-negatiivsete pulkbakterite ampitsilliini-sulbaktaami, imipeneemi ja klindamütsiini MIKi väärtustes (p < 0,05), mis 2020. aastal olid suuremad kui 2016. aastal.Kokkuvõte ja järeldused. Anaeroobsete infektsioonide diagnostika ja külvide tegemine on aastatega paranenud ja bakterite struktuur rühma tasemel on olnud püsiv, kuid suurenenud on erinevate tuvastatud liikide arv. Anaeroobide tundlikkuse muster on olnud stabiilne, kuid muutused MIKi väärtustes võivad viidata resistentsuse edasisele kasvule. Seega tuleks anaeroobide resistentsuse muutusi jälgida pikemas perspektiivis, sest see võimaldaks korrigeerida empiirilist ravi ja kasutatavaid antibiootikumiridu

The occurrence of antimicrobial resistance and class 1 integrons among commensal Escherichia coli isolates from infants and elderly persons

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The aim of our study was to compare the presence of the <it>intI1 </it>gene and its associations with the antibiotic resistance of commensal <it>Escherichia coli </it>strains in children with/without previous antibiotic treatments and elderly hospitalized/healthy individuals.</p> <p>Methods</p> <p>One-hundred-and-fifteen intestinal <it>E. coli </it>strains were analyzed: 30 strains from 10 antibiotic-naive infants; 27 from 9 antibiotic-treated outpatient infants; 30 from 9 healthy elderly volunteers; and 28 from 9 hospitalized elderly patients. The MIC values of ampicillin, cefuroxime, cefotaxime, gentamicin, ciprofloxacin, and sulfamethoxazole were measured by E-test and <it>IntI1 </it>was detected by PCR.</p> <p>Results</p> <p>Out of the 115 strains, 56 (49%) carried class 1 integron genes. Comparing persons without medical interventions, we found in antibiotic-naive children a significantly higher frequency of integron-bearing strains and MIC values than in healthy elderly persons (53% versus 17%; p < 0.01). Evaluating medical interventions, we found a higher resistance and frequency of integrons in strains from hospitalized elderly persons compared with non-hospitalized ones. Children treated with antibiotics had strains with higher MIC values (when compared with antibiotic-naive ones), but the integron-bearing in strains was similar. In most cases, the differences in resistance between the groups (integron-positive and negative strains separately) were higher than the differences between integron-positive and negative strains within the groups.</p> <p>Conclusion</p> <p>The prevalence of integrons in commensal <it>E. coli </it>strains in persons without previous medical intervention depended on age. The resistance of integron-carrying and non-carrying strains is more dependent on influencing factors (hospitalization and antibiotic administration) in particular groups than merely the presence or absence of integrons.</p

TÜ Kliinikumi ühendlaboris isoleeritud anaeroobide spekter ja ravimitundlikkus

2001.–2006. a analüüsiti TÜ Kliinikumi ühendlaboris kliinilistest materjalidest isoleeritud anaeroobide rühmi ja antibiootikumitundlikkust ning võrreldi neid parodontiidi patogeenide sarnaste andmetega. Kliinilistest materjalidest isoleeritud anaeroobsetest parodontiidi patogeenidest olid sagedasemad prevotellad ja fusobakterid. Anaeroobide antibiootikumitundlikkus oli suhteliselt kõrge. Metronidasool toimis hästi gramnegatiivsetesse pulkbakteritesse, kuid grampositiivsed kokid olid resistentsemad. Klindamütsiin ja ampitsilliin/sulbaktaam olid tõhusad kõikide anaeroobirühmade suhtes. Beetalaktamaasi produtseerivate mikroobide osakaal oli 7–54%. Sagedasemad beetalaktamaasi suhtes positiivsed mikroobid olid Porphyromonas spp. ja Prevotella spp. Parodontiidi anaeroobsed patogeenid osutusid kliinilistest isolaatidest antibiootikumitundlikumateks. Eesti Arst 2008; 87(11):834−84

Staphylococcus epidermidis ja Klebsiella pneumoniae – võimalikud hospitaalinfektsioonide tekitajad Eesti lasteintensiivravi osakondades

Haiglasisesed infektsioonid ohustavad eelkõige pikaaegsel intensiivravil viibivaid patsiente, eriti aga enneaegseid ja madalakaalulisi vastsündinuid. Hospitaalinfektsioonide tekitajateks on tinglikult patogeensed mikroobid, mis pärinevad patsientide enda mikrofloorast või haigla keskkonnast. Mitmekülgse bakterioloogilise uuringuga Eesti lasteintensiivravi osakondades selgitati seal tsirkuleerivate mikroobitüvede etioloogilist struktuuri, kolonisatsiooni ning mikroobide tekitatud infektsioone. Eesti Arst 2003; 82 (4): 239–24

Ul Mira 14, Saint Petersburg 197101, Russia 6 St. Petersburg Hospital No. 31, Pr. Dinamo 3, Saint Petersburg

The spread of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae is a global problem; however, no exact data on the epidemiology of carbapenemase in the Baltic countries and St. Petersburg area is available. We aimed to evaluate the epidemiology of carbapenemaseproducing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in the Baltic States and St. Petersburg, Russia, and to compare the different methods for carbapenemase detection. From January to May 2012, all K. pneumoniae ( = 1983) and E. coli ( = 7774) clinical isolates from 20 institutions in Estonia, Latvia, Lithuania, and St. Petersburg, Russia were screened for carbapenem susceptibility. The IMP, VIM, GIM, NDM, KPC, and OXA-48 genes were detected using real-time PCR and the ability to hydrolyze ertapenem was determined using MALDI-TOF MS. Seventy-seven strains were found to be carbapenem nonsusceptible. From these, 15 K. pneumoniae strains hydrolyzed ertapenem and carried the NDM gene. All of these strains carried integron 1 and most carried integron 3 as well as genes of the CTX-M-1 group. No carbapenemase-producing E. coli or K. pneumoniae strains were found in Estonia, Latvia, or Lithuania; however, NDM-positive K. pneumoniae was present in the hospital in St. Petersburg, Russia. A MALDI-TOF MS-based assay is a suitable and cost-effective method for the initial confirmation of carbapenemase production

Persistence of Escherichia coli Clones and Phenotypic and Genotypic Antibiotic Resistance in Recurrent Urinary Tract Infections in Childhood▿

We assessed the clonality of consecutive Escherichia coli isolates during the course of recurrent urinary tract infections (RUTI) in childhood in order to compare clonality with phenotypic antibiotic resistance patterns, the presence of integrons, and the presence of the sul1, sul2, and sul3 genes. Altogether, 78 urinary E. coli isolates from 27 children, who experienced recurrences during a 1-year follow-up after the first attack of acute pyelonephritis, were investigated. The MICs of sulfamethoxazole, trimethoprim-sulfamethoxazole (SXT), ampicillin, cefuroxime, cefotaxime, and gentamicin and the presence or absence of the intI gene for class 1 integrons and the sulfamethoxazole resistance-encoding genes sul1, sul2, and sul3 were determined. All E. coli strains were genotyped by pulsed-field gel electrophoresis. There were no significant differences in the prevalences of resistance to beta-lactams and SXT between initial and consecutive E. coli isolates (41 versus 45% and 41 versus 29%, respectively). However, the E. coli strains obtained after SXT administration more frequently carried two or more sul genes than the nonexposed strains (9/21 [43%] versus 11/57 [19%], respectively; P = 0.044). In 78% of the patients, the recurrence of unique clonal E. coli strains alone or combined with individual strains was detected. Phenotypic resistance and the occurrence of sul genes were more stable in clonal strains than in individual strains (odds ratios, 8.7 [95% confidence interval {95% CI}, 1.8 to 40.8] and 4.4 [95% CI, 1.1 to 17.7], respectively). Thus, in children with RUTIs, the majority of E. coli strains from consecutive episodes are unique persisting clones, with rare increases in the initially high antimicrobial resistance, the presence of sul genes, and the presence of integrons

Eucalypt Extracts Prepared by a No-Waste Method and Their 3D-Printed Dosage Forms Show Antimicrobial and Anti-Inflammatory Activity

The pharmaceutical industry usually utilizes either hydrophobic or hydrophilic substances extracted from raw plant materials to prepare a final product. However, the waste products from the plant material still contain biologically active components with the opposite solubility. The aim of this study was to enhance the comprehensive usability of plant materials by developing a new no-waste extraction method for eucalypt leaves and by investigating the phytochemical and pharmacological properties of eucalypt extracts and their 3D-printed dosage forms. The present extraction method enabled us to prepare both hydrophobic soft extracts and hydrophilic (aqueous) dry extracts. We identified a total of 28 terpenes in the hydrophobic soft extract. In the hydrophilic dry extract, a total of 57 substances were identified, and 26 of them were successfully isolated. The eucalypt extracts studied showed significant antimicrobial activity against Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis, Candida albicans, Corynebacterium diphtheriae gravis, and Corynebacterium diphtheriae mitis. The anti-inflammatory activity of the dry extract was studied using a formalin-induced-edema model in mice. The maximum anti-exudative effect of the dry extract was 61.5% at a dose of 20 mg/kg. Composite gels of polyethylene oxide (PEO) and eucalypt extract were developed, and the key process parameters for semi-solid extrusion (SSE) 3D printing of such gels were verified. The SSE 3D-printed preparations of novel synergistically acting eucalypt extracts could have uses in antimicrobial and anti-inflammatory medicinal applications