Microbial Ecology of French Dry Fermented Sausages and Mycotoxin Risk Evaluation During Storage

Dry fermented sausages are produced worldwide by well-controlled fermentationprocesses involving complex microbiota including many bacterial and fungal species with key technological roles. However, to date, fungal diversity on sausage casings during storage has not been fully described. In this context, we studied the microbial communities from dry fermented sausages naturally colonized or voluntarily surface inoculated with molds during storage using both culture-dependent and metabarcoding methods. Staphylococci and lactic acid bacteria largely dominated in samples, although some halotolerant genera (e.g., Halomonas, Tetragenococcus, and Celerinatantimonas spp.) were also frequently observed. Fungal populations varied from 7.2 to 9.8 log TFU/cm2 sausage casing during storage, suggesting relatively low count variability among products. Fungal diversity identified on voluntarily inoculated casings was lower (dominated by Penicillium nalgiovense and Debaryomyces hansenii) than naturally environment-inoculated fermented sausages (colonized by P. nalgiovense, Penicillium nordicum, and other Penicillium spp. and sporadically by Scopulariopsis sp., D. hansenii, and Candida zeylanoïdes). P. nalgiovense and D. hansenii were systematically identified, highlighting their key technological role. The mycotoxin risk was then evaluated, and in situ mycotoxin production of selected mold isolates was determined during pilot-scale sausage productions. Among the identified fungal species, P. nalgiovense was confirmed not to produce mycotoxins. However, some P. nordicum, Penicillium chrysogenum, Penicillium bialowienzense, Penicillium brevicompactum, and Penicillium citreonigrum isolates produced one or more mycotoxins in vitro. P. nordicum also produced ochratoxin A during pilotscale sausage productions using “worst-case” conditions in the absence of biotic competition. These data provide new knowledge on fermented sausage microbiota and the potential mycotoxin risk during storage

Identification de l'origine de la contamination observée en baie de La Baule : Première partie de l'étude

Afin d'améliorer la qualité sanitaire des coquillages du secteur La Baule - Le Pouliguen, la Communauté d'Agglomération CAP Atlantique a mis en place un programme d'étude pour identifier les sources de pollution sur ce secteur et initier des actions permettant de limiter les apports d'origine fécale aux coquillages. Dans le cadre de cette présente étude, de juin 2006 à décembre 2007, deux méthodes d'identification de l'origine de la contamination fécale en cours de développement au laboratoire de microbiologie d'Ifremer de Brest, ont été appliquées sur des lots de coquillages (n=87 ; 6 sites) et des échantillons d'eaux (n=40 ; 7 localisations). La première méthode consistait à rechercher par PCR conventionnelle les gènes codant les ARN ribosomiques (ARNr) 16s de Bacteroidales spécifiques de l'homme, des ruminants ou du cheval et de l'ensemble des Bacteroidales tandis que la deuxième était basée sur la détection par méthode culturale et le génotypage de bactériophages F+ARN spécifiques ; la présence des phages de génogroupes 1 et IV, prédominants dans les feces et les effluents d'origine animale, suggérant une contamination d'origine animale et la présence des phages de génogroupes II et III, prédominants dans les effluents d'origine humaine, indiquant une contamination par l'homme. Les gènes codant les ARNr 16s de Bacteroidales spécifiques d'un hôte, recherchés dans les lots de coquillages dont les concentrations en E. coli étaient supérieures à 230 par 100 g de chair et liquide intervalvaire (n=44) et dans la totalité des eaux, ont été détectés dans 20 % des lots de coquillages et 50 % des échantillons d'eaux tandis que la recherche et le génotypage des bactériophages, réalisés sur la totalité des coquillages (n=87) et des eaux, ont conduit à un résultat représentatif (> 20 isolats) dans 38 % des lots de coquillages et 57 % des eaux. Les résultats obtenus par ces deux méthodes suggèrent une contamination mixte avec une prédominance de la contamination humaine dans les coques de la plage Benoît (La Baule) et de la plage de Nau (Le Pouliguen), une contamination essentiellement d'origine animale dans les moules de l'îlot des Evens (large de La Baule), avec suspicion d'une contamination par les fientes d'oiseaux présents en nombre important sur cet îlot, et une contamination essentiellement d'origine humaine pour les moules de Penchâteau (Le Pouliguen). L'application de ces méthodes sur les échantillons d'eau indique une contamination essentiellement humaine au niveau des rejets du Nau (Le Pouliguen), de Piriac, de l'étier du Pouliguen, du ruisseau de la Torre (La Baule) et des eaux du Croisic et de Mazy (La Baule) tandis que l'étier de Pont d'Arm au Frostidié (Assérac) semble être contaminé par des apports d'origine animale. Ces deux méthodes ont permis d'apporter des données complémentaires importantes pour identifier les sources de contamination sur ce secteur. Des améliorations techniques sont encore nécessaires pour obtenir une meilleure sensibilité et des résultats quantitatifs (recherche des gènes codant les ARNr 16s de Bacteroidales par PCR en temps réel, par exemple). De plus, afin d'acquérir une connaissance plus approfondie de certains sites, les analyses seront poursuivies en 2008 sur des lots de coquillages de certains sites et sur quelques affluents

Structure-Function Analysis of the Human Ferroportin Iron Exporter (SLC40A1): Effect of Hemochromatosis Type 4 Disease Mutations and Identification of Critical Residues

International audienceFerroportin (SLC40A1) is the only known iron exporter in mammals and is considered a key coordinator of the iron balance between intracellular and systemic iron homeostasis. However, the structural organization of ferroportin in the lipid bilayer remains controversial and very little is known about the mechanism underlying iron egress. In the present study, we have developed an approach based on comparative modeling, which has led to the construction of a model of the threedimensional (3D) structure of ferroportin by homology to the crystal structure of a Major Facilitator Superfamily member (EmrD). This model predicts atomic details for the organization of ferroportin transmembrane helices and is in agreement with our current understanding of the ferroportin function and its interaction with hepcidin. Using in vitro experiments, we demonstrate that this model can be used to identify novel critical amino acids. In particular, we show that the tryptophan residue 42 (p.Trp42), which is localized within the extracellular end of the ferroportin pore, is likely involved in both the iron export function and in the mechanism of inhibition by hepcidin. Thus, our 3D model provides a new perspective for understanding the molecular basis of ferroportin functions and dysfunctions

Comprehensive functional annotation of 18 missense mutations found in suspected hemochromatosis type 4 patients

International audienceHemochromatosis type 4 is a rare form of primary iron overload transmitted as an autosomal dominant trait caused by mutations in the gene encoding the iron transport protein ferroportin 1 (SLC40A1). SLC40A1 mutations fall into two functional categories (loss- versus gain-of-function) underlying two distinct clinical entities (hemochromatosis type4Aversus type 4B). However, the vast majority ofSLC40A1 mutations are rare missense variations, with only a few showing strong evidence of causality. The present study reports the results of an integrated approach collecting genetic and phenotypic data from 44 suspected hemochromatosis type 4 patients, with comprehensive structural and functional annotations. Causality was demonstrated for 10 missense variants, showing a clear dichotomy between the two hemochromatosis type 4 subtypes. Two subgroups of loss-of-function mutations were distinguished: one impairing cell-surface expression and one altering only iron egress. Additionally, a new gain-of-function mutation was identified, and the degradation of ferroportin on hepcidin binding was shown to probably depend on the integrity of a large extracellular loop outside of the hepcidin-binding domain. Eight further missense variations, on the other hand, were shown to have no discernible effects at either protein or RNA level; these were found in apparently isolated patients and were associated with a less severe phenotype. The present findings illustrate the importance ofcombining in silico and biochemical approaches to fully distinguish pathogenic SLC40A1 mutations from benign variants. This has profound implications for patient management