A deep population reference panel of tandem repeat variation.

Tandem repeats (TRs) represent one of the largest sources of genetic variation in humans and are implicated in a range of phenotypes. Here we present a deep characterization of TR variation based on high coverage whole genome sequencing from 3550 diverse individuals from the 1000 Genomes Project and H3Africa cohorts. We develop a method, EnsembleTR, to integrate genotypes from four separate methods resulting in high-quality genotypes at more than 1.7 million TR loci. Our catalog reveals novel sequence features influencing TR heterozygosity, identifies population-specific trinucleotide expansions, and finds hundreds of novel eQTL signals. Finally, we generate a phased haplotype panel which can be used to impute most TRs from nearby single nucleotide polymorphisms (SNPs) with high accuracy. Overall, the TR genotypes and reference haplotype panel generated here will serve as valuable resources for future genome-wide and population-wide studies of TRs and their role in human phenotypes

Lutte antiérosive

Face à la pression démographique et foncière dans les pays en développement, la productivité des terres connaît actuellement une forte baisse dans de nombreuses régions tropicales. Par ailleurs, la succession rapprochée des tempêtes cycloniques entraîne l'appauvrissement extrême de certaines populations du fait de la dégradation des terres et des inondations des plaines où se développent les principales agglomérations. Telles sont les problématiques étudiées par l'IRD et le réseau Érosion de l'AUF dont ce CD présente les derniers travaux. Initialement réunies dans la perspective d'un colloque à Haïti (annulé suite au séisme de 2010), les contributions publiées ici portent sur des études de cas à Haïti, mais aussi à Madagascar, au Maghreb ou au Vietnam, soit au total une soixantaine de communications et une série de documents récents issus des réflexions des experts. Structuré en six thèmes, ce CD constitue ainsi une source bibliographique précieuse pour les décideurs, les experts, les ONG, les acteurs de la société civile et les chercheurs concernés par la gestion durable de l'eau et la restauration de la productivité des sols (GCES)