Inferring recent outcrossing rates using multilocus individual heterozygosity : application to evolving wheat populations

International audienc

Building anisotropic sampling schemes for the estimation of anisotropic dispersal

International audienceAnisotropy, a structural property of dispersal, is observed in dispersal patterns occurring for a wide range of biological systems. While dispersal models more and more often incorporate anisotropy, the sampling schemes required to collect data for validation usually do not account for the anisotropy of dispersal data. Using a parametric model already published to describe the spatial spread of a plant disease, the wheat yellow rust, we carry out a study aimed at recommending an appropriate sampling scheme for anisotropic data. In a first step, we show with a simulation study that prior knowledge of dispersal anisotropy can be used to improve the sampling scheme. One of the main guidelines to be proposed is the orientation of the sampling grid around the main dispersal directions. In a second step, we propose a sequential sampling procedure (SSP) used to automatically build anisotropic sampling schemes adapted to the actual anisotropy of dispersal. The SSP is applied to simulated and real data. The proposed methodology is expected to be adapted easily to any kind of organisms with wind-borne propagule dispersal because it does not require the inclusion of biological features specific of the considered organism

Taux naturels d'allofécondation dans des populations expérimentales de blé, et conséquences pour une gestion dynamique des ressources génétiques

National audienceThe mating system is of major concern for the dynamic management of genetic resources. We investigated the outcrossing rate of six experimental wheat populations, derived from two genetic pools (PA and PB) which have been cultivated at four French sites. The replicates of the two segregating populations have undergone 10 years of multiplication in isolation, with no artificial selection. For each population, 78 individuals were randomly sampled and genotyped for 25 codominant loci revealed by 15 restriction fragment length polymorphism (RFLP) probes. Outcrossing rates were estimated on the basis of the multilocus heterozygote deficiency. Estimates ranged from 2.4 to 10.1 %, depending on the population. The outcrossing rate appeared to be affected by the cultivation site, and also by the interaction between the genetic pool and the cultivation site. No significant pool effect was found over sites. The use of natural or modified outcrossing rates is suggested for the management of gene flows between the subpopulations of a metapopulation. Consequences of recombination events within and between populations are discussed in the context of short-term adaptive response of populations and long-term elimination of weakly deleterious mutations.Le régime de reproduction est un paramètre essentiel pour le pilotage d’un programme de gestion dynamique des ressources génétiques. Cet article s’attache à l’estimation du taux d’allogamie dans six populations expérimentales de blé tendre, issues de deux pools génétiques différents (PA et PB) cultivés dans quatre sites distincts. Chaque population a subi dix années de multiplication en isolement, sans sélection consciente. Dans chacune d’elles, 78 individus ont été aléatoirement échantillonnés et génotypés pour vingt-cinq locus codominants, grâce à quinze sondes RFLP. Les taux d’allogamie ont été estimés à partir de l’hétérozygotie résiduelle multilocus. Un niveau d’allogamie élevé pour cette espèce cléistogame a été observé. Les estimations varient de 2,4 à 10,1 % suivant les populations. Ces taux d’allofécondation dépendent d’une part du site de culture, et d’autre part d’une interaction entre composition génétique initiale et site de culture. L’intérêt de l’allogamie tant pour la génération de nouvelles combinaisons génétiques que pour la purge des mutations faiblement délétères est discuté. L’utilisation des taux naturels d’allogamie pour instaurer des flux de gènes entre les populations est proposée dans l’optique d’une gestion en métapopulation

Modelling competition for light in wheat mixtures

International audienc

Taux naturels d'allofécondation dans des populations expérimentales de blé, et conséquences pour une gestion dynamique des ressources génétiques

National audienceThe mating system is of major concern for the dynamic management of genetic resources. We investigated the outcrossing rate of six experimental wheat populations, derived from two genetic pools (PA and PB) which have been cultivated at four French sites. The replicates of the two segregating populations have undergone 10 years of multiplication in isolation, with no artificial selection. For each population, 78 individuals were randomly sampled and genotyped for 25 codominant loci revealed by 15 restriction fragment length polymorphism (RFLP) probes. Outcrossing rates were estimated on the basis of the multilocus heterozygote deficiency. Estimates ranged from 2.4 to 10.1 %, depending on the population. The outcrossing rate appeared to be affected by the cultivation site, and also by the interaction between the genetic pool and the cultivation site. No significant pool effect was found over sites. The use of natural or modified outcrossing rates is suggested for the management of gene flows between the subpopulations of a metapopulation. Consequences of recombination events within and between populations are discussed in the context of short-term adaptive response of populations and long-term elimination of weakly deleterious mutations.Le régime de reproduction est un paramètre essentiel pour le pilotage d’un programme de gestion dynamique des ressources génétiques. Cet article s’attache à l’estimation du taux d’allogamie dans six populations expérimentales de blé tendre, issues de deux pools génétiques différents (PA et PB) cultivés dans quatre sites distincts. Chaque population a subi dix années de multiplication en isolement, sans sélection consciente. Dans chacune d’elles, 78 individus ont été aléatoirement échantillonnés et génotypés pour vingt-cinq locus codominants, grâce à quinze sondes RFLP. Les taux d’allogamie ont été estimés à partir de l’hétérozygotie résiduelle multilocus. Un niveau d’allogamie élevé pour cette espèce cléistogame a été observé. Les estimations varient de 2,4 à 10,1 % suivant les populations. Ces taux d’allofécondation dépendent d’une part du site de culture, et d’autre part d’une interaction entre composition génétique initiale et site de culture. L’intérêt de l’allogamie tant pour la génération de nouvelles combinaisons génétiques que pour la purge des mutations faiblement délétères est discuté. L’utilisation des taux naturels d’allogamie pour instaurer des flux de gènes entre les populations est proposée dans l’optique d’une gestion en métapopulation

Modelling competition for light in wheat mixtures

International audienc

Use of multiparental inbred populations to determine allelic relationships of molecular markers

International audienc

Use of multiparental inbred populations to determine allelic relationships of molecular markers

International audienc

Vernalization affects DNA methylation of the VRN-A1 gene in hexaploid wheat

International audienc

Forte sélection dans des populations de blé durant 10 générations de gestion dynamique

International audienc