Medical record linkage in health information systems by approximate string matching and clustering

BACKGROUND: Multiplication of data sources within heterogeneous healthcare information systems always results in redundant information, split among multiple databases. Our objective is to detect exact and approximate duplicates within identity records, in order to attain a better quality of information and to permit cross-linkage among stand-alone and clustered databases. Furthermore, we need to assist human decision making, by computing a value reflecting identity proximity. METHODS: The proposed method is in three steps. The first step is to standardise and to index elementary identity fields, using blocking variables, in order to speed up information analysis. The second is to match similar pair records, relying on a global similarity value taken from the Porter-Jaro-Winkler algorithm. And the third is to create clusters of coherent related records, using graph drawing, agglomerative clustering methods and partitioning methods. RESULTS: The batch analysis of 300,000 "supposedly" distinct identities isolates 240,000 true unique records, 24,000 duplicates (clusters composed of 2 records) and 3,000 clusters whose size is greater than or equal to 3 records. CONCLUSION: Duplicate-free databases, used in conjunction with relevant indexes and similarity values, allow immediate (i.e.: real-time) proximity detection when inserting a new identity

Les Chrétiens dans la ville

La ville est le lieu de naissance du christianisme ; elle l'a vu ensuite s'épanouir au point de s'identifier à cette religion, dans l'espace qu'il avait conquis. N'a-t-on pas coutume de mesurer les villes au nombre de leurs clochers ? Pourtant cette identification n'a pas été immédiate. Les chrétiens ont d'abord dû se cacher dans la ville avant de pouvoir s'en emparer. À l'inverse, la sécularisation observée depuis le XVIIIe siècle a d'abord concerné les villes (à l'image de Paris), premières touchées par la « déchristianisation », la politique de laïcisation engagée en France à partir de la Révolution visant à faire disparaître précisément toute trace d'identification au christianisme. La cité devenait ainsi un terrain de conflit entre chrétiens et libres penseurs. Mais le phénomène n'est pas nouveau. Au Moyen Âge, dans les villes divisées entre chrétiens et musulmans, au temps de la Réforme, les luttes ont fait rage pour le contrôle de l'espace urbain. Il en reste des traces innombrables, à commencer par les églises et les temples, les croix, les noms de lieux qui sont autant de signes du lien entre les chrétiens et l'espace urbain. C'est cette relation complexe des chrétiens à la ville que se proposent d'analyser les études recueillies dans ce volume afin de comprendre comment se construit l'identité du chrétien dans la cité. Pour cela sont examinés l'investissement du territoire urbain par les chrétiens, puis les pratiques cultuelles propres à la ville, enfin la place particulière de la paroisse. Complété par une approche historiographique, ce livre apporte ainsi une contribution de poids au débat sur la place du religieux dans la cité

Assessment of Factors Associated With Community-Acquired Extended-Spectrum β-Lactamase–Producing <i>Escherichia coli</i> Urinary Tract Infections in France

International audienceIMPORTANCE Extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli is considered a leading pathogen contributing to the global burden of antimicrobial resistance. OBJECTIVE To better understand factors associated with the heterogeneity of community-acquired ESBL-producing E coli urinary tract infections (UTIs) in France. DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS This cross-sectional study performed from January 1 to December 31, 2021, was based on data collected via PRIMO (Surveillance and Prevention of Antimicrobial Resistance in Primary Care and Nursing Homes), a nationwide clinical laboratory surveillance system in France. Strains of E coli isolated from community urine samples from January 1 to December 31, 2019, from 59 administrative departments of metropolitan France were included. MAIN OUTCOMES AND MEASURES Quasi-Poisson regression models were used to assess the associations between several ecological factors available on government and administration websites between 2010 and 2020 (demographic population structure, living conditions, baseline health care services, antibiotic consumptions, economic indicators, animal farming density, and environmental characteristics) and the number of ESBL-producing E coli strains isolated from urine samples of individuals with community-acquired UTI in 2019