Développement de méthodes d'assemblage de génomes de novo adaptées aux bactéries endosymbiotes

Le but de ce projet était de développer des méthodes d'assemblage de novo dans le but d'assembler de petits génomes, principalement bactériens, à partir de données de séquençage de nouvelle-génération. Éventuellement, ces méthodes pourraient être appliquées à l'assemblage du génome de StachEndo, une Alpha-Protéobactérie inconnue endosymbiote de l'amibe Stachyamoeba lipophora. Suite à plusieurs analyses préliminaires, il fut observé que l’utilisation de lectures Illumina avec des assembleurs par graphe DeBruijn produisait les meilleurs résultats. Ces expériences ont également montré que les contigs produits à partir de différentes tailles de k-mères étaient complémentaires pour la finition des génomes. L’ajout de longues paires de lectures chevauchantes se montra essentiel pour la finition complète des grandes répétitions génomiques. Ces méthodes permirent d'assembler le génome de StachEndo (1,7 Mb). L'annotation de ce génome permis de montrer que StachEndo possède plusieurs caractéristiques inhabituelles chez les endosymbiotes. StachEndo constitue une espèce d'intérêt pour l'étude du développement endosymbiotique.The goal of this project was to develop de novo genome assembly methods adapted to small genomes, especially bacterial, using next-generation sequencing data. Eventually, these methods could be used to assemble the genome of StachEndo, an unknown Alpha-Proteobacteria ensymbiont of the Stachyamoeba lipophora amoeba. Preliminary findings showed that the use of Illumina reads with DeBruijn graph assemblers yielded the best results. These experiments also showed that contigs produced with k-mers of various sizes were complementary in genome finishing assays. The addition of long-range paired-end reads proved necessary to fully close genomic assembly gaps. These methods made the assembly of StachEndo’s genome (1.7 Mb) possible. Through the annotation of StachEndo’s genes, several features that are unusal for endosymbionts were identified. StachEndo seems to be an interesting species for the study of endosymbiotic evolution

Transfert intermodal (visuel-auditif--auditif-visuel) de l'apprentissage de la discrimination de courts intervalles de temps

En modalité visuelle, la perception temporelle est influencée par l'environnement spatial. L'expérience 1 examine l'incidence des points de fixation sur la discrimination temporelle de deux durées standards : 200 et 335 ms. Trois diodes sont disposées sur un plan vertical (Bas, Milieu, Haut). Les intervalles sont délimités sur le segment inférieur de façon ascendante (B-M), descendante (M-B) ou sur le segment supérieur de façon ascendante (M-H), descendante (H-M). Un point de fixation est exigé pour chacune des conditions (B, M, H). Les résultats montrent que les performances sont majoritairement attribuables à l'influence de l'attention. Cette variable est contrôlée par l'expérience 2 qui reproduit la précédente, sans exiger de point de fixation. Les résultats révèlent que les séries ascendantes sur le segment inférieur permettent une meilleure discrimination temporelle

Artificial defects in CFRP composite structure for Thermography and Shearography nondestructive inspection

Locating defects in CFRP composite materials is a hot topic in nondestructive inspection (NDI). Beside classical NDI technique, such as ultrasound testing (UT), contactless techniques are actively studied. Generally manufacturers of CFRP structure incorporate artificial defects in the bulk, with different extents and depths, in order to study the performance of a specific NDI technique to detect the defect. One of the most common defects in CFRP is delamination between two layers. This is simulated by inserting teflon sheets which, like air, acts as ultrasound blocker in UT. When such reference part is used to assess NDI performance of thermography or shearography, we only observe respectively the thermal or mechanical response of teflon with respect to external loading used with these techniques. In this work, we assess other possibilities for artificial defects in CFRP matrix. For that a CFRP structure was developed and which incorporates teflon, flat-bottom holes and delamination obtained by the pull-out method. We experimentally studied the signals and we discuss the difference between the various artificial defects methods.TECCOMA (contract N° 7281

Practical simulation of delamination in composites for thermography NDT

This paper tackles the issue of simulating delaminations in reference standards made of CFRP (carbon fiber reinforced polymer) used for non-destructive testing by thermography. Thermography results of a real delamination are compared with flat bottom holes with similar size and depth. Results show a notable difference of the thermal contrast between the real delaminations and the FBH. To replicate the thermal behavior of a real delamination, a solution is proposed by plugging the flat-bottom hole. Thermography tests were conducted with plugs using various materials with thermal properties similar to CFRP

Evidence of decreased gap junction coupling between astrocytes and oligodendrocytes in the anterior cingulate cortex of depressed suicides

International audienc

Cocaine-related DNA methylation in caudate neurons alters 3D chromatin structure of the IRXA gene cluster

International audienc