Genetic background of immune complications after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in children

Immune reactions are among the most serious complications observed after hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) in children. Microarray technique allows for simultaneous assessment of expression of nearly all human genes. The objective of the study was to compare the whole genome expression in children before and after HSCT. A total of 33 children referred for HSCT were enrolled in the study. In 70% of the patients HSCT was performed for the treatment of neoplasms. Blood samples were obtained before HSCT and six months after the procedure. Subsequently, the whole genome expression was assessed in leukocytes using GeneChip Human Gene 1.0 ST microarray. The analysis of genomic profiles before and after HSCT revealed altered expression of 124 genes. Pathway enrichment analysis revealed upregulation of five pathways after HSCT: allograft rejection, graft-versus-host disease, type I diabetes mellitus, autoimmune thyroid disease, and viral myocarditis. The activation of those pathways seems to be related to immune reactions commonly observed after HSCT. Our results contribute to better understanding of the genomic background of the immunologic complications of HSCT

Comparison of whole genome expression profile between preterm and full-term newborns

Objectives: Evaluate the time dependent expression of genes in preterm neonates and verify the influence of ontogenic maturation and the environmental factors on the gene expression after birth. Material and methods: The study was carried out on 20 full-term newborns and 62 preterm newborns (mean birth weight = 1002 [g] (SD: 247), mean gestational age = 27.2 weeks (SD: 1.9)). Blood samples were drawn from all the study participants at birth and at the 36th week postmenstrual age from the preterm group to assess whole genome expression in umbilical cord blood and in peripheral blood leukocytes, respectively. (SurePrint G3 Human Gene Expression v3, 8x60K Microarrays (Agilent)). Results: A substantial number of genes was found to be expressed differentially at the time of birth and at 36 PMA in comparison to the term babies with more genes being down-regulated than up-regulated. However, the fold change in the majority of cases was < 2.0. Extremely preterm and very preterm infants were characterized by significantly down-regulated cytokine and chemokine related pathways. The number of down-regulated genes decreased and number of up-regulated genes increased at 36 PMA vs. cord blood. There were no specific gene expression pathway profiles found within the groups of different gestational ages. Conclusions: Preterm delivery is associated with a different gene expression profile in comparison to term delivery. The gene expression profile changes with the maturity of a newborn measured by the gestational age

Reconstruction of environmental changes in the eemian palaeolakes on the basis of isotopic data

Wykonano oznaczenia składu izotopów trwałych tlenu i węgla dla osadów jeziornych, zawierających węglan wapnia, z dwóch profili: Besiekierz i Studzieniec (centralna Polska). W Besiekierzu (ok. 30 km na północ od Łodzi) pod osadami piaszczysto-gliniastymi występuje seria osadów jeziorno-bagiennych złożona z gytii, mułków organicznych i torfów. W Studzieńcu k. Sierpca (112 m n.p.m.) osady jeziorne wykształcone są: w spągu - w postaci mułków słabo węglanowych, wyżej - gytii, a w stropie - mułków organicznych i torfów. Na podstawie wyników analiz palinologicznych stwierdzono, że badane osady były akumulowane od schyłku zlodowacenia warty, przez interglacjał eemski, do początku zlodowacenia wisły. Uzyskane wyniki oznaczeń izotopowych pozwoliły na wydzielenie i scharakteryzowanie horyzontów izotopowych (Is) dla każdego profilu. Korelacja danych izotopowych i palinologicznych umożliwiła rekonstrukcję zmian klimatycznych i hydrologicznych zachodzących w okresie interglacjału eemskiego, takich jak: pogłębienie zbiornika i/lub dopływ wód bogatych w lekkie izotopy (Besiekierz - Is 3-Be, Studzieniec - Is 3-St), ocieplenie klimatu (Besiekierz - Is 3-8-Be, Studzieniec - Is 3-6-St), wzrost aktywności biologicznej lub występowanie zjawiska metanogenezy (Studzieniec - Is 7-St). Ponadto zaobserwowana współkształtność krzywych izotopowych w obu profilach jest charakterystyczna dla zamkniętych systemów jeziornych

Isotopic and Cladocera records of climate changes of Early Eemian at Besiekierz (Central Poland)

Results of stable isotope, Cladocera and pollen analyses of lacustrine sediments from Besiekierz (Central Poland) are presented. The Besiekierz palaeolake is located about 25 km north of Łódź (Central Poland) at 130 m a.s.l. The 4 m thick deposits comprise silty sands and clayey silts, overlain by calcareous gyttja and organic silts and peat. Pollen analysis documents that these deposits accumulated during the Eemian Interglacial and the Early Vistulian. Based on the results of stable isotope analyses, nine isotopic horizons (Is) were defined and characterized, and these enabled reconstruction of both climatic and hydrological changes. A positive trend in δ18O values and constant values of δ 13 suggest gradual climatic warming, while constant values of δ 18O and δ 13C indicate stable conditions and/or a fast rate of sedimentation. The fluctuation of isotopic values in the upper part of the succession probably points to a shallowing of the lake due to sedimentary infill. The subfossil cladoceran fauna in the Besiekierz succession is represented by 11 solely littoral species belonging to 3 families. Four zones of Cladocera development were distinguished. The Besiekierz palaeolake was a shallow reservoir. The initial period of its existence probably saw its greatest depth. The Cladocera species present indicate the initial oligotrophic status of the lake and its subsequent increase in trophic status.We compare the results of the isotopic, cladoceran and published palynological analyses, to distinguish and explain the phases of evolution of the lake

Characteristics of depositional environments of Czechowskie Lake basin and its vicinity

W artykule przedstawiono przegląd badań nad morfogenezą misy jeziornej Jeziora Czechowskiego na Pojezierzu Starogardzkim. W dostępnych odsłonięciach, wkopach i wierceniach o nienaruszonej strukturze przeprowadzono analizę sedymentologiczną osadów glacjofluwialnych, glacjolimnicznych, limnicznych i stokowych. Wyniki tej analizy uzupełniono rezultatami kartowania geologicznego i geomorfologicznego. W efekcie przeprowadzonych prac stwierdzono, że misa jeziora założona jest w głębokiej rynnie subglacjalnej, która do początku allerødu zakonserwowana była bryłami martwego lodu. Ich wytopienie doprowadziło do powstania zróżnicowanej morfologii dna rynny. W najgłębszych miejscach, dzięki ograniczonej miksji, były warunki do zachowania rocznej laminacji osadów dennych. Sedymentacja osadów glacjofluwialnych w otoczeniu rynny była bardzo zróżnicowana i w wielu miejscach wskazuje na warunki przepływu nadkrytycznego. W przypowierzchniowej warstwie osadów sandrowych stwierdzono ślady zapisu procesów mrozowych (gleby mrozowe) oraz wytrącenia węglanowe wskazujące na występowanie warunków peryglacjalnych po zaprzestaniu przepływu proglacjalnego. Osady limniczne są również zróżnicowane w zależności od cech morfometrycznych basenu sedymentacyjnego, a przede wszystkim od głębokości ich depozycji. Osady stokowe pochodzą w większości z ostatnich dwustu lat, a ich depozycja nastąpiła wskutek działalności gospodarczej człowieka.The paper aims to review the investigations on the genesis of the Czechowskie Lake basin (Starogard Lakeland, north-central Poland). The sedimentological analysis of the glaciofluvial, glaciolimnic, limnic and colluvial deposits have been conducted in the outcrops, pits and boreholes with undisturbed cores. They were supplemented by the results of the geological and geomorphological mapping. Summing up the investigations it can be stated that the lake basin developed within a deep subglacial channel which was preserved by the dead ice blocks till the onset of the Allerød. Their melting led to the emergence of a morphologically diversified lake basin. The conditions in its deepest parts, due to hampered mixing and wave action, favoured the preservation of the annually laminated sediments. The glaciofluvial deposition in the vicinity of the lake was diverse and in many places it indicates the supercritical condition of the water flow. Within the near-surface layer of outwash deposits were recognized the traces of the periglacial processes and calcareous precipitates which indicate short glaciolimnic periods or breaks in sedimentation. The limnic sediments are also diversified and dependent on the morphometric features of the sedimentary basin, mostly the depth of the deposition. Colluvial deposits have originated mostly in the last 200 years as a consequence of the transient deforestation of the surrounding area