Szóján előforduló Phoma-szerű gombák filogenetikai vizsgálata

Vizsgálataink során a szóján (Glycine max) előforduló Phoma-szerű gombák molekuláris taxonómiai vizsgálatát végeztük el genetikai markerek szekvenciáinak elemezésével. A szóján előforduló, szimptomatológiai és morfológiai hasonlóságuk miatt egymástól alig megkülönböztethető Phomaszerű fajok (Phoma pinodella, Phoma sojicola, Phyllosticta sojicola, Phoma exigua var. exigua) taxonómiája terén a mai napig nagy a bizonytalanság. Vizsgálatainkhoz olyan filogenetikai markert kerestünk, amely már megbízhatónak bizonyult mind a fajok közötti, mind a fajon belüli csoportok elkülönítésére más gombataxonoknál. Ezek közül választásunk az élővilágban erősen konzervatív, transzlációs elongációs faktort kódoló génre (tef1) esett, melynek intron régiója, az rDNS-ben található (Internal Transcribed Spacer=ITS) szekvenciák mellett az egyik leggyakrabban alkalmazott alternatív filogenetikai marker. Vizsgálatainkban a Debreceni Egyetem Növényvédelmi Tanszékén található törzsgyűjteményből 11 Phoma faj 24 izolátumát, köztük a szóján előforduló három faj hét izolátumát vizsgáltuk. Először minden egyes fajt morfológiai és élettani jellegzetességeik alapján azonosítottunk, majd elvégeztük a molekuláris vizsgálatokat. Mind az ITS, mind tef1 régiók parsimony típusú filogenetikai elemzése során azt az eredményt kaptuk, hogy az eredetileg Phyllosticta sojicola-ként deponált izolátum a Phoma exigua var. exigua csoportba, a Phoma sojicola pedig a Phoma pinodella csoportba rendeződött

Classification of Phoma species using new phylogenetic marker

The cosmopolitan Phoma genus contains mainly phytopathogenic, opportunistic parasite, and saprophyte fungal species. The currently applied classification is based on morphological characters. In this study, a preliminary classification for six taxa of Phoma were constructed, viz. P. exigua var. linicola, P. pinodella, P. eupyrena, P. herbarum, P. foveata, and P. destructiva, based on DNA sequence data of translation elongation factor1 subunit (EF1 = tef1). The six Phoma species were compared to two species of the closely related Ascochyta genus, and was divided into two clades. The phylogenetic tree based on tef1 sequences does not support the traditional Phoma sections set up by morphological characters

Molecular variability of Egyptian and Hungarian Botrytis cinerea isolates

An attempt was made to evaluate the variation between Hungarian and Egyptian isolates of Botrytis cinerea on the basis of molecular studies. Sequences from the minisatellites MSB1 and the widely used molecular marker in phylogenetic works, the translation elongation factor 1 subunit alpha (EF-1α=tef1), were identified. The phylogenetic analysis was conducted with PAUP*4.0b by parsimony analysis. Topological robustness in parsimony analysis was estimated using 1000 bootstrap replicates. Our results show that two of the three studied Egyptian isolates of B. cinerea have been proved to be similar to the Hungarian ones on the basis of both minasatellites and tef1 sequences while the remaining one was completely different. The similarity between Hungarian and Egyptian isolates might be due to phylogenic relationship or conidial dispersal between both countries