2 research outputs found
Pharmakologische Demaskierung von epigenetisch regulierten Genen bei urologischen Tumoren unter Aspekten der klinischen Chemie
Transcriptional silencing associated with aberrant promotor methylation is
acknowledged as a common mechanism for loss of function of tumor suppressor
genes in cancer cells. This thesis describes an epigenetic screen aimed to
discover hitherto unkown genes that are silenced by this mechanism in kidney
cancer. Reexpressed genes were analyzed in the kidney cancer cell line A-498
after treatment with the DNA methyltransferase (DNMT) inhibitor zebularine.
Transcript expression changes in treated and untreated cells were compared
using Affymetrix GeneChip® Human genome U133A 2.0 Arrays. For candidate
selection we applied criteria like the presence of CpG islands and SAGE-
database derived expression data. 308 transcripts were shown to be upregualted
≥ 1.5-fold after the combination of three individual experiments. We also
included experiments to show the efficacy of the demethylation treatment.
Eight candidates were further investigated for their hypothesized
downregulation in 49 patient RCC tumor tissues. A significant downregulation
for three members of the metallothioneins was detected, with an overall
percentage of 98% in cases for both MT1G and MT1H, and 73% for MT2A. We could
not demonstrate a statistical significant correlation of this downregulation
to clinicopathological characteristics like tumor stage and grade. At least we
found a tendency for a positive correlation between MT2A expression and
grading. In addition we found a tendency for negative correlation between MT1G
expression and tumor staging. 83 Summary/Zusammenfassung We deposited the
results of our RNA chip analysis to the Geo-database (accession code GSE51627)
and compared our initial 308 transcript list to publicly available data. This
comparison revealed a shared number of well-known kidney cancer genes that
points to a high specificity of the underlying demethylating process no matter
which demethylating drug was used and speaks for the consistency of our
experimental apporach.Transkriptionsinaktivierung vorgerufen durch eine veränderte
Promotormethylierung ist ein akzeptierter Mechanismus fĂĽr den Funktionsverlust
von Tumorsuppressorgenen. Die vorliegende Arbeit beschreibt ein epigenetisches
Screening-Verfahren zu Entdeckung bislang unbekannte Gene beim
Nierenzellkarzinom, die durch diesen Mekanismus inaktiviert wurden. Wir
untersuchten reaktivierte Gene nach der Behandlung der Nierenzellkarzinom-
Zelllinie A-498 mit den DNA methyltransferase (DNMT) Inhibitor Zebularine.
Expressionsveränderungen in behandelten und unbehandelten Zellen wurden durch
den Einsatz von Affymetrix GeneChip® Human genome U133A 2.0 Arrays analysiert.
FĂĽr die Kandidatenselektion wurden Kriterien wie das Vorhandensein von CpG
Inseln und Expressionsdaten der SAGE-Datenbank verwendet. 308 Transkripte
waren nach der kombinierten Analyse von drei Einzelexperimeten mehr als
1.5-fach hochreguliert. In zusätzlichen Experimenten wurde die Wirksamkeit der
Demethylierung durch Zebularine untersucht. Acht Kandidaten wurden fĂĽr den
Nachweis eine veringerten Expression entsprechend unsere Arbeithypothese in 49
Tumorgeweben von Nierenzellkarzinom- Tumorpatienten weiter analysiert. Wir
fanden ein signifikant veringerte Expression fĂĽr drei Metallothionein-Gene in
98% aller Fälle für MT1G und MT1H, und 73% aller Fälle für MT2A. Wir konnten
keine statistische signifikante Korrelation dieser verminderte Expression mit
klinish-pathologischen Eigenschaften wie dem Tumorstadium und dem Tumorgrad
nachweisen. Wir fanden eine Tendenz fĂĽr eine positive Korrelation zwischen der
MT2A Expression und dem Tumorgrad, so wie eine Tendenz zur negativen
Korrelation der MT1G expression mit dem Tumorstadium. Die Resultate der RNA
Chip-Analysen wurden and die Geo-Datenbank ĂĽbermittelt (accession code
GSE51627). Die Liste der 308 Transkripte wurde mit öffentlich zugänglichen
Daten verglichen. Dieser Vergleich ergab Ăśbereinstimmungen mit bekannten
Nierenzellkarzinom-Genen, die auf eine hohe Spezifität des zugrunde liegenden
Demethylierungs-Verfahrens schlieĂźen lassen, was nicht zuletzt fĂĽr die
Konsistenz des experimentallen Vorgehens spricht
Functional Epigenetic Analysis of Prostate Carcinoma: A Role for Seryl-tRNA Synthetase?
Transcriptional silencing, as a result of aberrant promoter hypermethylation, is a common mechanism through which genes in cancer cells become inactive. Functional epigenetic screens using demethylating agents to reexpress transcriptional silenced genes may identify such inactivated genes for needing further evaluation. We aimed to identify genes so far not known to be inactivated by promoter hypermethylation in prostate cancer. DU-145 and LNCaP cells were treated with the DNMT inhibitor zebularine. Expression changes of total RNA from treated and untreated cells were compared using an RNA expression microarray. Genes upregulated more than 2-fold were evaluated by RT-qPCR in 50 cases of paired normal and tumor tissues of prostate cancer patients. SARS was found to be downregulated in prostate cancer in 42/50 cases (84%). In addition, GADD45A and SPRY4 showed a remarkable diminished expression (88% and 74%, resp.). The gold standard for promoter hypermethylation-inactivated genes in prostate cancer (GSTP1) was repressed in 90% of our patient samples. ROC analyses reported statistically significant AUC curves in SARS, GADD45A, and GSTP1 and positive Spearman correlations were found between these genes. SARS was discovered to be a novel gene that is repressed in prostate cancer and could therefore be recommended for its involvement in prostate carcinogenesis