The Effect of miR-34a-5p and miR-145-5p Ectopic Expression on Cell Proliferation and Target Gene Expression in the MDA-MB-231 Cell Line

Aim:It was aimed to investigate the effect of miR-34a-5p and miR-145-5p on breast cancer cell line MDA-MB-231 and to determine the expression of target genes of these microRNAs (miRNAs).Materials and Methods:Firstly, literature search and in silico analysis were performed to detect possible target genes of miR-34a-5p and miR-145-5p, which are known to be tumor suppressors. Mimic miR-34a-5p and miR-145-5p were transfected to the breast cancer cell line MDA-MB-231. Deregulated genes were investigated by the quantitative real-time polymerase chain reaction compared to control cells. Also, the effect of these miRNAs on proliferation was determined using the Water Soluble Tetrazolium Salt-8 method. Finally, the expressions of epithelial mesenchymal transition (EMT) markers, which are known to be important in the metastatic process, are examined.Results:The proliferation of the miR-34a-5p or miR-145-5p transfected cells decreased compared to the control groups. The expression of E2F transcription factor 1 (E2F1) (p=0.009), mitogen activated protein kinase 1 (MEK1) (p=0.001) and cyclin dependent kinase 4 (CDK4) (p=0.005) genes, which were among the genes targeted by miR-34a-5p, were significantly reduced. EMT markers were significantly changed in miR-34a-5p transfected cells (E-Cad increase p=0.01; Vimentin decrease p=0.008). Kruppel-like factor 4 (KLF4) (p=0.007) targeted miR-145-5p were significantly reduced and EMT markers were significantly changed in miR-145-5p transfected cells (E-Cad increase p=0.0005; Vimentin decrease p=0.006).Conclusion:miR-34a-5p and miR-145-5p may have an impact on the breast cancer cell line MDA-MB-231 proliferation and EMT mechanism. At the same time, according to our study results, it was revealed that E2F1, MEK1 and CDK4 genes, whose expression level decreased after transfection of mimic miR-34a-5p, could be targeted by miR-34a-5p in breast cancer, and that the expression level of KLF4, which decreased as a result of mimic miR-145-5p transfection, could be the target

İnsan Genomunun Gizemleri

İnsan genom projesiyle genomda yer alan genetik şifrenin çözülmesinin ardından insanlar arasındaki polimorfik yapının da belli başlı hastalıklara yatkınlığa neden olabileceği anlaşılmıştır. Genomun sırlarının aydınlatılmasında organizasyonunun ve baz dizileri arasındaki etkileşimlerin nasıl meydana geldiğinin tespiti oldukça önemlidir. Çevresel faktörlerin de genlerde baz değişimlerine yol açarak veya dizide herhangi bir baz değişimine yol açmaksızın epigenetik olarak etki gösterdiği bilinmektedir. Beslenme faktörü yaşam boyu süren bir çevresel faktör olduğundan sağlık açısından oldukça önem taşımaktadır. Besinlerle alınan maddeler hücre sinyal yolaklarını etkileyerek gen ekspresyonunu değiştirebilmektedir. Genetik materyaldeki polimorfizm veya mutasyonların belirlenmesi, beslenme ve diğer faktörlerle ilişkili hastalıklara yatkınlığın belirlenebilmesi açısından oldukça önemlidir. Belli hastalıklar açısından değerlendirilecek olursa, genetik kodunda spesifik değişimleri taşıyan bireyde buna bir de beslenme bozukluğu eklenirse hastalığın ortaya çıkma hızı artmaktadır. Örnek olarak; VDR geninde spesifik bazı polimorfizmleri taşıyan bireylerde çevresel faktör olarak buna aşırı kafein tüketimi eklenmesi sonucunda osteoporoz riskinin artması verilebilir

Hl60 ve NB4 Hücrelerinde miR-638-5P/PGK1 Gen Etkileşimi

miR-638-5p önemli bir tümör baskılayıcı mikroRNA’dır. PGK1 ve SPAG1 genleri AML dahil birçok kanser türünde onkogenik etkisi bilinen genlerdir. İn silico olarak miR-638-5p hedefi olarak gösterilen bu iki genin AML hücrelerindeki ilişkisini inceleyen çalışma bulunmamaktadır. Bu yüzden çalışmada, AML hücre hatlarına miR-638-5p mimik transfeksiyonu gerçekleştirilmiş, bu transfeksiyonun proliferasyon ve gen ekspresyonu düzeyinde hücrelere etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda transfeksiyonun doğrulanması için qRT-PZR yöntemi kullanılmıştır. Proliferasyon ölçümü WST8 yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Transfekte edilen HL60 ve NB4 hücrelerinden RNA izolasyonu yapılarak cDNA sentezlenmiştir. qRT-PZR yöntemi aracılığıyla PGK1 ve SPAG1 gen ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. İstatiksel analiz için Student’s t test ve 2-ΔΔCt yöntemleri kullanılmıştır. Hücrelerde transfeksiyonun başarılı bir şekilde gerçekleştiği TaqMan primer-prob kullanılarak qRT-PZR ile doğrulanmıştır. Hücre proliferasyonunun kontrol grubuna kıyasla anlamlı şekilde azaldığı gözlemlenmiştir. qRT-PZR sonucuna göre transfekte edilen her iki hücre hattında da PGK1 gen ifadesinin kontrol grubuna göre anlamlı oranda azaldığı tespit edilmiştir. SPAG1 geninin ifadesinde istatistiksel olarak anlamlı değişim gözlemlenmemiştir. Sonuç olarak miR-638-5p’nin HL60 ve NB4 hücre hatları proliferasyonun azalmasında etkili olduğu ve PGK1’in de bu hücre hatlarında miR-638-5p’nin hedef genlerinden biri olduğu mRNA düzeyinde belirlenmiştir

Genetik Miras

Genetik miras olarak önceki kuşaklardan alınıp bir takım değişikliklerin eklenmesiyle sonraki kuşaklara aktarılan özellikler sayesinde aileler belli özellikleri benzer nitelikte taşımaktadır. Bu özellikler kimi zaman fiziksel karakterler ile ilişkili olabilirken kimi zaman ise hastalıklarla ilişkili olabilmektedir. Son yılların önemli çalışma konularından biri olan ailesel genetik alt yapının incelenmesiyle kişide görülebilecek hastalıklar açısından risk tayini yapmak mümkündür. Bu sayede birçok hastalık açısından erken teşhis mümkün olabilmektedir. Ancak genetik alt yapıya ek olarak epigenetik faktörler ve çevresel faktörler de hastalıkların ortaya çıkmasıyla ilgili risk oranını etkilemektedir. Tek yumurta ikizlerinde genetik yapı aynı olmasına karşın stres ve besin gibi önemli bazı çevresel faktörlere maruz bırakıldıklarında farklı hastalıklara yatkınlık gözlendiği bildirilmiştir. Aynı şekilde beslenme faktörü de genetik alt yapımızın yol açabileceği yatkınlıklarımızı şekillendirici bir faktör olarak düşünüldüğünde daha da önem kazanmaktadır

Differential expression of LOXL4 in normal and tumour tissue samples of laryngeal squamous cell carcinoma

Objective: Head and neck cancer is the sixth most common cancer in worldwide with an increasing incidence rate in recent years. LOXL4 is expressed in several tissues, and its expression has been shown to display a significant correlation with local lymph node metastasis. In this study, we aimed to explore the LOXL4 expression level in metastatic and non-metastatic LSCC tissues and to determine its prognostic significance