Pediatrik Burkitt lenfomalarda miRNA-seq ile belirlenen miRNA seviyelerinin non-invazif tanı biyobelirteç potansiyelleri

Giriş: Pediatrik Burkitt lenfoma (pBL) çocuklarda en sık gözlemlenennon-Hodgkin lenfoma türüdür. Oldukça hızlı büyüyen ve agresif karakteristiğesahip pBL’nin tanısının hızlı biçimde konulup tedaviye kısa süredebaşlanması gerekmektedir. pBL tanısının konulabilmesi için uygulananve tümör biyopsi temini içeren invazif yöntemlerin yerini alabilecek noninvaziftanı yöntemlerine ihtiyaç vardır. miRNA’ların kanser hastalarınınplazma örneklerinde yüksek ifade edilmesi durumunda non-invazif tanıyıgeliştirme potansiyelleri bulunmaktadır. pBL hasta plazmalarındaki miRNA’larınifade profilleri ve pBL tanısını geliştirme potansiyelleri öncedenincelenmemiştir. Bu çalışmada pBL hasta plazmalarında ifadesi artan dolaşımsalserbest ve ekzozomal miRNA’lar miRNA-seq ile belirlenerek miRNAseviyelerinin non-invazif (invazif olmayan) tanı biyobelirteç potansiyellerideğerlendirilmiştir.Yöntem: Tanı esnasında 17 pBL olgusuna ait tümör doku ve çevreselkan örnekleri yanı sıra kontrol grubu olarak 15 obstrüktif uyku apnesi(OSA) olgusuna ait tonsil doku ve çevresel kan örnekleri temin edildi.FFPE tümör, dolaşımsal serbest ve ekzozomal miRNA izolasyonları uygunQiagen kitleriyle gerçekleştirildi. OSA tonsil dokularında IgD−/CD38+/CD77+ fenotipli sentroblast hücreleri FACS ile ayrıştırıldıktan sonra totalmiRNA örnekleri miRNeasy Micro Kit (Qiagen, Almanya) kullanılarak izoleedildi. Agilent 2100 BioAnalyzer cihazıyla miRNA örneklerinin boyutve konsantrasyonları değerlendirilerek NUGEN Ovation® SoLo RNA-SeqSystem ile miRNA-seq kütüphaneleri hazırlandı. NovaSeq 6000 yeni nesildizileme sistemi aracılığıyla tek uçlu, 50 bç uzunluğunda ve her bir miRNAörneği için ~10 milyon adet NGS okuması (İng. reads) elde edildi. Kontrolgrubuna kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir farkla ifade edilen miRNA’larmiRDeep2 programını içeren biyoinformatik iş akışı ile belirlendi. İfadesiartan miRNA’ların tanısal potansiyelleri easyROC (sürüm: 1.3.1) programıylaalıcı işletim karakteristiği (İng. receiver operating characteristic[ROC]) eğrisi altındaki alan (AUC) belirlenerek değerlendirildi. miRNA-seqsonuçlarının çapraz teyidi seçili miRNA’ların qRT-PCR deneyleri ve doğrusalregresyon analizleriyle gerçekleştirildi.Sonuçlar: pBL olgularındaki total dolaşımsal serbest miRNA konsantrasyonlarıkontrol grubu örneklere kıyasla anlamlı biçimde yüksekti. miRNAseqanalizleriyle tümör doku örneklerinde toplam 409 adet miRNA’nınifadesinin istatistiksel olarak anlamlı (log2FC&gt;1, FDR&lt;0.05) olarak arttığıbelirlendi. Plazma örneklerinde ise kontrol grubuna kıyasla 35 dolaşımsalserbest ve 128 dolaşımsal ekzozomal miRNA’nın ifadesinde artış gözlemlendi.pBL tümör dokularında ifadesi yüksek olan miRNA’ların ROC analizlerihsa-miR-143-5p, hsa-miR-654-3p, ve hsa-miR-10400-5p ifade seviyelerininpBL için tanısal biyobelirteçler olabileceğini gösterdi. pBL plazmalarındayüksek ifadeli dolaşımsal serbest ve ekzozomal miRNA’ların tekveya entegre ROC analizleri, özellikle dolaşımsal ekzozomal miRNA’larınbazı üçlü kombinasyonlarının non-invazif tanı geliştirme potansiyeline(AUC&gt;0.9) sahip olduğunu gösterdi (Şekil 1). Seçili miRNA’lar kullanılarakgerçekleştirilen qRT-PCR deneyleriyle miRNA-seq analiz sonuçlarının hemtümör doku miRNA hem de plazma miRNA seviyeleri için büyük ölçüdeörtüştüğü gözlemlendi.Tartışma: Sonuç olarak, bu projede pediatrik Burkitt lenfomanın invazifolmayan tanısını geliştirme potansiyeli bulunan ve plazma örneklerindeifadeleri artan miRNA’lar miRNA-seq aracılığıyla belirlenmiştir. Rutin klinikdeğerlendirmelerle birlikte pBL hasta plazmalarında ifadesi artmış ekzozomalmiRNA’lar hastanelerde qRT-PCR aracılığıyla tespit edilip hızlı tanıkonmasına yardımcı olabilir.Anahtar kelimeler: Pediatrik Burkitt lenfoma, invazif olmayan tanı, dolaşımsal serbestmiRNA, dolaşımsal ekzozomal miRNA, sıvı biyopsi.</p