Acácia negra.

Introdução. Fenologia e desenvolvimento. Condicionantes agrometeorológicos da produtividade: Disponibilidade hídrica; Temperatura; Radiação solar; Fotoperíodo; Vento. Eventos diversos: Granizo e chuva intensa; Seca e veranico; Vento intenso; Geada; Chuva excessiva; Chuvas na colheita

Sistema de gerenciamento de informações laboratoriais Infolab.

Requisitos do sistema InfoLab. Principais funcionalidades do InfoLab. Resultados e trabalhos futuros.bitstream/item/76630/1/CNPTIA-COM.TEC.-3-99.pd

Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore.

A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de seleção recentes foi realizada por meio da aplicação da metodologia EHH (homozigose do haplótipo estendido). 330.262 SNPs entraram na formação dos 68.054 haplótipos identificados, cobrindo 42% do genoma, sendo que a maior parte deles apresentou até 10 kb de comprimento e foram formados por 3 marcadores. Além disso, foram detectadas regiões de possíveis assinaturas de seleção com diferentes significâncias: 2.103 (P<0,01), 269 (P<0,001) e 31 (P<0,0001).SBMA 2012

Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo.

A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.bitstream/item/32428/1/doc109.pd

Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore.

A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de seleção recentes foi realizada por meio da aplicação da metodologia EHH (homozigose do haplótipo estendido). 330.262 SNPs entraram na formação dos 68.054 haplótipos identificados, cobrindo 42% do genoma, sendo que a maior parte deles apresentou até 10 kb de comprimento e foram formados por 3 marcadores. Além disso, foram detectadas regiões de possíveis assinaturas de seleção com diferentes significâncias: 2.103 (P<0,01), 269 (P<0,001) e 31 (P<0,0001)

Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore.

O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs), formados os blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos) e realizada a detecção de possíveis evidências de seleção nas regiões específicas de quatro genes candidatos - somatostatina (SST), receptor da leptina (LEPR), gene da proteina de ligação de ácido graxo 4 (FABP4) e gene do hormônio do crescimento (GH1) - bem como o padrão de frequência e homozigose dos haplótipos. Foram encontradas evidências de seleção nos quatro genes, sugerindo que estão relacionados com crescimento (SST e GH1), metabolismo e deposição de gordura (LEPR e FABP4) na raça Nelore

Análise de conjunto de genes de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal.

O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de conjuntos de genes para dados de experssão gênica, conforme utilizada no escopo da RGA. Na seção 2 é apresentado o procedimento correspondente à análise de GSA proposta por (EFRON; TIBSHIRANI, 2007), utilizado na RGA. Um exemplo completo, incluindo principais comandos do correspondente script R é apresentado na seção 3.bitstream/item/56715/1/ComTec109.pd

Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore.

Resumo: O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs), formados os blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos) e realizada a detecção de possíveis evidências de seleção nas regiões específicas de quatro genes candidatos - somatostatina (SST), receptor da leptina (LEPR), gene da proteina de ligação de ácido graxo 4 (FABP4) e gene do hormônio do crescimento (GH1) - bem como o padrão de frequência e homozigose dos haplótipos. Foram encontradas evidências de seleção nos quatro genes, sugerindo que estão relacionados com crescimento (SST e GH1), metabolismo e deposição de gordura (LEPR e FABP4) na raça Nelore.SBMA 2012

Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida.

O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.bitstream/CNPTIA/10041/1/comtec48.pdfAcesso em: 30 maio 2008