Analisis Penanda Tunggal Karakter Agronomi dengan Marka Mikrosatelit pada Tanaman Padi (Oryza sativa L.)

Keragaman genetik pada tanaman padi lokal di Indonesia menjadi kunci untuk pemulia tanaman dalam merakit suatu kultivar padi unggul. Keragaman genetik tersebut digunakan untuk perbaikan genetik pada tanaman padi. Marka molekuler bisa menjadi alternatif untuk mengelompokkan plasma nutfah padi sesuai dengan fenotipe dan genotipenya. Marka molekuler juga digunakan untuk mendeteksi lokus-lokus yang mengatur karakter agronomi pada tanaman padi. Penanda mikrosatelit (Simple Sequence Repeat) menjadi penanda molekuler yang banyak digunakan karena sifatnya yang reproducible, kodominan, dan dapat mendeteksi variasi alel yang tinggi. Pemanfaatan peta keterpautan mikrosatelit dalam perakitan varietas baru juga dapat menghemat waktu, tenaga, dan dana . Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keterpautan marka mikrosatelit dengan karakter agronomi melalui Analisis Penanda Tunggal dan untuk mengetahui pengaruh gen mayor maupun gen minor pada setiap karakter agronomi yang diamati. Hasil yang didapatkan dari penelitian ini adalah setiap lokus pada 8 marka yang digunakan memiliki asosiasi dengan 13 karakter agronomi yang berbeda dan setiap lokus yang berasosiasi dengan setiap karakter agronomi tersebut diatur oleh gen mayor karena nilai determinansi R2 > 10%