PCR provjera identifikacija fenotipskog sistema s mikropločama za BMK iz tradicionalnih sireva od sirovog mlijeka sa Zapadnog Balkana

Fermentation and ripening specificity of traditional cheeses are predominantly directed by the natural microbial community present in milk selected by the cheese-making environment and technology. Therefore the traditional cheeses are unique products with specific microbiota biodiversity. There are several approaches for the identification of microbial population, however all of them have certain advantages and disadvantages. In this study the eligibility and performance of the Biolog phenotypic identification system (Biolog, Inc.) with GEN III microplates was tested. Parallel to this method, polymerase chain reaction with genus- and species-specific primers was performed. One hundred sixty-five isolates from nine types of artisan cheeses were isolated and analysed. Cheeses were produced from raw ewe’s milk in Slovenia, Bosnia and Herzegovina, Croatia and Serbia. The Biolog phenotypic identification system identified 90 isolates, but only 55 identifications acquired by the Biolog system were supported by polymerase chain reaction at a genus level and 28 at a species level. The obtained results showed that the reliability of commercial phenotypic identification systems was inadequate when analysing lactic acid bacteria isolates from natural, spontaneous fermentations and needs to be additionally corroborated by genotypic identification methods.Fermentacija i specifično zrenje sira najvećim je dijelom uvjetovano prirodnom mikrobnom zajednicom prisutnom u mlijeku, a koja se selekcionira uz pomoć sirarskog okoliša i tehnologije. Stoga su tradicionalni sirevi unikatni proizvodi sa specifičnom mikrobnom bioraznolikošću. Postoje različite mogućnosti identifikacije mikrobne populacije, međutim svi pristupi imaju svoje prednosti i nedostatke. U ovom istraživanju testirana je prikladnost i učinkovitost fenotipskog identifikacijskog sustava Biolog (Biolog, Inc.) s GEN III mikropločama. Usporedno je izvođena lančana reakcija polimeraze s rodom i vrstom specifičnih početnica. U ovom je istraživanju izolirano i analizirano ukupno 165 izolata porijeklom od devet vrsta tradicionalnih sireva. Sirevi su bili proizvedeni od sirovog ovčjeg mlijeka u Sloveniji, Bosni i Hercegovini, Hrvatskoj i Srbiji. Fenotipski identifikacijski sustav Biolog identificirao je 90 izolata. 55 identifikacija bilo je potvrđeno metodom lančane reakcije polimeraze na razini roda, a 28 na razini vrsta. Rezultati su pokazali da je pouzdanost komercijalnog fenotipskog identifikacijskog sistema neadekvatna kada se analiziraju izolati mliječno kiselinskih bakterija prirodnih i spontanih fermentacija. Taj identifikacijski sistem potrebno je dodatno potvrditi genotipskim identifikacijskim metodama